genome.fa.s9592.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00116971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  7920512

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7491248--7491311	20	3.2	20	93	0	110	23	17	21	37	1.94
7491255--7491324	20	3.5	20	90	0	104	18	14	22	44	1.86
7499010--7499054	20	2.2	21	84	4	56	35	20	17	26	1.95
7499674--7499710	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
7500160--7500257	21	4.7	21	74	5	81	28	16	17	37	1.91
7503126--7503168	21	2.0	21	86	8	61	23	23	18	34	1.96
7503186--7503224	19	2.1	19	100	0	78	25	20	20	33	1.97
7507299--7507341	21	2.0	21	86	8	61	23	23	18	34	1.96
7507772--7507838	18	3.8	16	75	19	62	26	1	22	49	1.59
7510326--7510350	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
7510840--7510893	21	2.6	21	84	0	72	31	12	16	38	1.87
7512746--7512797	25	2.1	25	86	10	72	59	5	0	34	1.21
7512740--7512797	26	2.2	28	79	17	70	62	5	0	32	1.18
7517411--7517488	36	2.2	36	95	0	138	53	12	10	23	1.69
7536479--7536533	28	2.0	28	96	0	101	36	21	12	29	1.91
7537256--7537365	38	3.0	36	90	2	166	17	10	22	49	1.78
7544006--7544081	14	5.4	14	88	0	98	11	11	18	57	1.64
7544249--7544316	10	6.2	10	73	18	55	11	8	17	61	1.54
7544253--7544333	23	3.5	23	84	1	108	11	9	18	60	1.57
7544300--7544330	14	2.2	14	94	0	53	9	12	19	58	1.62
7549285--7549319	12	2.9	12	82	0	52	42	28	0	28	1.56
7549671--7549797	31	4.1	31	84	0	173	33	18	18	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7551044--7551108	31	2.2	30	83	5	78	33	23	7	35	1.83
7551873--7551939	31	2.2	31	84	7	84	31	13	7	47	1.70
7551873--7551964	30	3.0	30	80	9	98	33	14	7	44	1.73
7552380--7552432	22	2.3	23	83	9	72	67	5	0	26	1.12
7553485--7553516	14	2.3	14	94	0	55	31	25	18	25	1.98
7556753--7556787	13	2.6	14	90	4	54	34	0	0	65	0.93
7564469--7564512	20	2.0	22	87	12	65	68	0	6	25	1.14
7564469--7564515	23	2.0	23	84	8	60	65	0	8	25	1.20
7564984--7565248	131	2.0	132	99	0	523	29	12	9	47	1.74
7566932--7567413	162	3.0	162	88	1	714	23	23	15	36	1.94
7570308--7570355	21	2.3	21	96	0	87	39	6	16	37	1.74
7572093--7572186	22	4.2	22	68	17	68	32	23	15	27	1.95
7572817--7572868	20	2.6	20	96	0	95	21	25	17	36	1.94
7579728--7579780	20	2.7	19	82	5	61	28	22	15	33	1.94
7586731--7586778	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
7586943--7586984	22	1.9	22	85	0	57	61	0	0	38	0.96
7588180--7588242	2	31.5	2	93	6	110	49	1	0	49	1.10
7592275--7592338	11	5.6	11	80	7	65	25	21	18	34	1.96
7592284--7592368	12	7.3	12	82	5	77	23	21	20	35	1.96
7592283--7592368	23	3.7	23	84	4	102	24	20	19	34	1.96
7595937--7596286	174	2.0	174	100	0	700	32	15	20	31	1.94
7598984--7599026	20	2.3	18	84	15	52	25	25	6	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7599089--7599132	15	2.9	15	79	3	52	29	0	4	65	1.12
7599665--7599706	19	2.2	19	100	0	84	42	21	9	26	1.83
7599879--7599925	21	2.2	22	88	3	69	34	29	19	17	1.94
7611128--7611193	12	5.6	12	83	3	89	37	13	16	31	1.88
7611126--7611204	23	3.4	23	82	1	95	44	12	13	29	1.81
7612205--7612260	29	1.9	29	85	0	76	33	14	5	46	1.67
7618604--7618678	24	3.1	24	71	7	71	34	20	29	16	1.94
7618639--7618685	24	2.0	24	82	0	58	36	23	23	17	1.95
7623137--7623180	17	2.6	17	85	7	63	56	29	0	13	1.38
7623132--7623183	9	6.4	8	77	18	54	59	26	0	13	1.34
7625124--7625183	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
7628317--7628360	17	2.6	17	85	7	63	56	29	0	13	1.38
7628312--7628363	9	6.4	8	77	18	54	59	26	0	13	1.34
7630304--7630363	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
7634173--7634212	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
7636961--7637181	64	3.5	64	87	2	284	33	20	19	26	1.96
7637795--7637888	31	3.0	31	89	3	145	18	18	23	40	1.91
7645164--7645226	24	2.6	24	77	5	65	17	26	23	31	1.97
7650120--7650144	7	3.6	7	100	0	50	88	0	12	0	0.53
7654919--7654977	24	2.5	23	77	2	73	33	22	23	20	1.97
7654969--7655024	23	2.4	23	85	5	78	41	21	21	16	1.90
7654814--7655243	215	2.0	217	99	0	846	30	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7655134--7655192	24	2.5	23	77	2	73	33	22	23	20	1.97
7655186--7655255	23	3.0	23	77	8	79	35	22	22	18	1.95
7655351--7655390	16	2.5	17	84	11	50	47	22	5	25	1.71
7660383--7660414	13	2.3	15	89	10	50	53	6	12	28	1.62
7660463--7660497	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
7665453--7665541	43	2.1	43	83	8	110	56	5	12	25	1.58
7665507--7665682	43	4.0	44	75	9	137	58	5	9	27	1.50
7666589--7666641	21	2.5	21	93	0	88	30	28	22	18	1.98
7666656--7666952	40	7.3	40	91	5	479	20	18	24	36	1.95
7666656--7666952	82	3.6	82	94	2	512	20	18	24	36	1.95
7666656--7666952	122	2.4	122	95	1	531	20	18	24	36	1.95
7667558--7667582	5	5.0	5	100	0	50	0	20	60	20	1.37
7671341--7671375	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
7671424--7671473	21	2.4	21	83	16	68	38	4	4	54	1.38
7671424--7671472	22	2.3	22	86	13	68	38	4	4	53	1.39
7679342--7679374	14	2.3	15	89	5	50	48	0	9	42	1.35
7679888--7679913	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7683544--7683590	21	2.2	21	80	0	58	21	27	14	36	1.93
7683586--7683679	20	4.7	20	81	2	116	38	19	20	22	1.94
7683586--7683679	41	2.3	41	83	1	118	38	19	20	22	1.94
7683586--7683697	20	5.6	20	79	8	88	36	20	20	22	1.95
7684224--7684314	19	5.0	19	75	14	84	42	24	20	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7684224--7684278	19	2.8	20	86	2	85	43	21	21	12	1.86
7684311--7684411	33	2.8	34	76	10	96	12	21	17	47	1.81
7684323--7684411	20	4.8	19	74	20	82	12	21	17	48	1.80
7686103--7686380	94	3.1	92	88	7	408	21	12	18	47	1.82
7686469--7686566	19	5.1	19	90	3	142	47	22	21	8	1.76
7686475--7686579	19	5.4	19	82	10	115	46	24	19	9	1.79
7686475--7686566	39	2.4	38	92	3	148	47	23	20	7	1.76
7686594--7686639	14	3.3	14	84	0	65	6	21	23	47	1.74
7686627--7686678	21	2.6	20	78	6	61	13	19	21	46	1.84
7687074--7687166	42	2.2	42	80	0	105	21	38	16	23	1.92
7688675--7688759	19	4.7	19	79	16	74	44	20	22	12	1.85
7688690--7688716	14	1.9	14	100	0	54	40	22	29	7	1.81
7688707--7688769	19	3.3	19	86	4	83	44	22	17	15	1.86
7688769--7688895	33	3.8	33	91	0	200	13	22	17	46	1.83
7688804--7688915	19	6.4	19	68	20	73	14	21	18	45	1.85
7688879--7688961	20	4.2	20	72	15	64	22	20	22	33	1.97
7691418--7691471	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
7691418--7691485	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
7692345--7692459	21	5.7	21	82	9	123	38	17	23	20	1.93
7692345--7692727	41	9.4	41	85	6	198	30	20	20	29	1.97
7692334--7692727	61	6.4	60	77	10	207	29	20	20	29	1.97
7692455--7692663	82	2.6	82	94	0	357	22	22	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7692653--7692726	21	3.5	21	86	0	103	35	18	25	20	1.96
7692333--7692688	82	4.4	81	81	7	312	29	20	19	31	1.97
7693995--7694099	3	34.3	3	86	3	147	37	0	0	61	1.02
7695502--7695577	35	2.2	35	79	9	84	35	3	1	59	1.24
7703256--7703722	92	5.1	92	94	1	731	27	13	22	35	1.92
7705933--7706105	54	3.3	54	88	2	244	39	15	21	23	1.92
7706469--7706523	22	2.5	22	90	0	92	34	12	14	38	1.84
7707222--7707305	31	2.8	31	94	3	145	21	19	23	35	1.96
7707253--7707951	76	9.2	76	97	0	1301	22	21	21	34	1.97
7708078--7708152	3	24.3	3	86	5	105	37	0	0	62	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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