genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2863--3229	114	3.2	114	84	7	426	29	23	11	35	1.90
2760--3231	59	8.2	57	71	13	256	29	22	11	36	1.90
9817--9851	14	2.6	14	95	4	63	22	14	20	42	1.88
10106--10138	17	1.9	17	93	0	57	57	3	0	39	1.14
10125--10230	27	3.9	27	78	15	94	45	0	3	50	1.19
10160--10202	17	2.5	17	73	0	50	48	0	4	46	1.22
10096--10230	54	2.5	55	77	10	134	46	0	2	49	1.22
10623--10665	21	2.0	21	86	0	59	27	25	6	39	1.81
10708--10998	58	5.0	57	73	12	218	27	23	12	37	1.90
10730--11067	117	2.9	117	86	3	436	28	22	12	36	1.90
12762--12803	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
13645--13703	17	3.5	17	79	2	66	40	15	5	38	1.69
15450--15479	13	2.3	13	94	0	51	26	6	13	53	1.64
24646--24733	36	2.5	36	98	1	169	30	11	17	40	1.84
26009--26118	34	3.0	38	67	18	88	32	5	10	50	1.60
27681--27719	20	1.9	21	89	5	62	23	10	10	56	1.63
29901--29975	37	2.0	37	97	0	141	41	4	32	22	1.72
34713--34801	36	2.5	36	98	0	169	30	10	16	42	1.81
38602--38654	17	3.1	17	80	0	61	37	18	9	33	1.83
39552--39707	78	2.0	78	98	0	303	25	25	7	41	1.81
52474--52532	22	2.7	22	81	5	66	37	23	18	20	1.94
58756--58790	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62466--62516	27	1.9	27	88	11	79	49	19	5	25	1.71
66139--66405	137	1.9	137	84	4	360	28	13	14	43	1.83
68201--68256	18	3.3	18	71	19	66	35	7	16	41	1.75
68193--68284	32	2.8	32	91	1	148	34	5	18	41	1.74
72013--72064	19	2.7	19	73	11	52	44	5	3	46	1.45
73269--73306	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
74685--74765	30	2.7	30	88	1	110	62	9	9	17	1.52
75074--75115	20	2.0	21	82	13	52	66	14	2	16	1.35
76468--76720	130	1.9	130	88	1	382	22	16	32	28	1.95
78218--78265	8	6.1	8	78	4	53	0	12	4	83	0.79
80224--80336	57	2.0	57	98	0	217	31	9	20	38	1.85
80373--80412	18	2.2	18	86	8	55	62	7	5	25	1.42
81157--81240	30	2.8	30	89	1	125	61	7	11	19	1.52
81159--81260	30	3.4	30	86	1	107	59	7	14	17	1.58
82193--82771	293	2.0	292	92	4	981	19	15	29	35	1.93
82963--82990	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
84388--84466	37	2.1	38	97	2	151	26	12	18	41	1.87
86202--86257	21	2.7	21	88	0	85	21	39	30	8	1.84
88110--88147	14	2.5	16	83	16	62	44	5	39	10	1.61
88112--88145	14	2.4	14	100	0	68	44	5	38	11	1.65
98036--98094	27	2.2	26	84	6	73	55	0	1	42	1.09
99382--99465	3	27.7	3	90	4	107	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99697--99752	17	3.2	17	69	18	51	17	23	8	50	1.74
99680--100238	112	5.0	112	85	5	702	30	19	15	35	1.92
100919--101214	115	2.6	115	92	1	479	33	19	12	34	1.90
101213--101396	83	2.2	83	97	0	341	37	20	13	29	1.90
102536--102590	11	5.2	10	81	12	65	0	20	0	80	0.72
102537--102593	23	2.4	24	85	14	82	0	19	0	80	0.71
102536--102593	22	2.7	22	87	10	84	0	20	0	79	0.74
109911--109942	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
113233--113280	24	2.1	22	85	11	62	64	2	2	31	1.16
113280--113333	26	2.0	27	86	10	76	46	1	5	46	1.37
113904--113987	23	3.5	23	77	8	71	57	0	1	41	1.06
117483--117569	21	4.0	21	65	24	54	37	25	9	27	1.86
120984--121206	32	7.0	32	77	2	187	29	21	12	36	1.90
124937--124992	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
129193--129248	24	2.3	24	78	9	60	28	7	5	58	1.46
132032--132260	104	2.2	103	81	2	280	34	22	16	26	1.95
134081--134118	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
134081--134135	14	4.1	14	88	6	69	49	5	0	45	1.25
134295--134337	16	2.6	16	81	3	50	32	4	6	55	1.47
142525--142665	3	47.3	3	94	4	250	66	0	0	32	0.97
142881--143466	135	4.4	135	81	6	585	32	15	20	32	1.93
144706--144782	5	16.0	5	71	24	51	5	16	0	77	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144724--144767	14	3.2	13	84	9	52	4	11	0	84	0.77
144709--144766	9	6.3	9	79	16	57	5	15	0	79	0.90
152705--152748	18	2.4	18	100	0	88	40	25	9	25	1.84
155289--155321	12	2.6	13	90	9	59	60	6	6	27	1.44
160036--160106	15	4.9	15	68	6	56	30	18	19	30	1.96
160036--160106	28	2.4	29	88	4	108	30	18	19	30	1.96
162565--162610	16	3.1	16	73	23	55	71	0	4	23	1.03
162743--162791	15	3.3	15	78	16	66	65	0	12	22	1.26
162706--162807	29	3.4	29	89	8	136	67	0	9	21	1.25
162750--162798	15	3.3	15	74	25	59	63	0	16	20	1.31
162960--163024	28	2.3	27	80	15	69	61	0	4	33	1.16
164980--165041	12	5.0	13	74	21	53	50	1	3	45	1.27
165575--165818	125	2.0	125	82	3	303	25	19	20	34	1.96
168001--168121	58	2.1	59	85	1	163	29	25	18	26	1.98
170104--170183	40	2.0	40	85	0	106	30	23	16	30	1.96
171299--171437	36	3.9	34	70	9	93	35	17	17	30	1.93
175353--175465	36	3.2	36	77	3	113	38	19	16	25	1.93
181090--181131	18	2.3	19	84	12	61	61	4	9	23	1.45
182126--182164	17	2.2	18	86	13	55	61	0	12	25	1.31
183428--183460	12	2.5	14	90	9	52	33	24	9	33	1.87
197975--198083	36	3.1	36	82	1	130	38	18	15	27	1.91
198821--198873	27	2.0	26	82	10	63	28	11	16	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203156--203183	4	7.0	4	100	0	56	0	25	0	75	0.81
215102--215611	134	3.8	135	78	4	498	31	16	20	31	1.94
215105--215611	266	1.9	265	82	3	601	31	16	20	31	1.94
216353--216430	4	19.8	4	94	2	140	26	0	23	50	1.50
220209--220324	15	8.4	13	66	21	58	6	19	0	74	1.03
220222--220320	20	4.8	20	65	20	51	7	21	0	71	1.09
220211--220317	43	2.6	40	80	15	119	6	20	0	72	1.06
220280--220330	8	6.9	7	82	8	57	3	15	0	80	0.86
220211--220332	42	2.9	42	77	6	122	5	20	0	73	1.03
224062--224100	20	2.0	20	84	0	51	53	0	0	46	1.00
228541--229061	55	9.5	55	91	0	803	33	12	18	35	1.88
228541--229061	219	2.4	220	91	0	821	33	12	18	35	1.88
234521--234562	22	1.9	22	85	9	59	11	9	2	76	1.12
243127--243363	130	1.8	130	82	7	311	42	13	9	33	1.78
246020--246121	40	2.6	39	76	13	109	31	19	22	26	1.98
250572--250636	27	2.4	28	86	2	96	44	20	12	23	1.84
250685--250717	16	1.9	17	88	11	50	45	0	24	30	1.53
260310--260340	3	10.3	3	100	0	62	67	32	0	0	0.91
260340--260382	3	14.7	3	95	4	79	65	0	0	34	0.93
261558--261588	16	1.9	16	93	0	53	35	35	9	19	1.85
263339--263425	45	1.9	46	90	2	140	27	18	25	28	1.98
271579--271666	45	1.9	46	90	2	142	29	18	25	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273490--274334	450	1.9	451	92	0	1433	24	22	27	24	2.00
278199--278232	15	2.2	16	89	5	52	73	2	2	20	1.09
280458--280925	90	5.3	90	93	3	761	36	22	18	23	1.95
281022--281191	42	4.1	42	84	3	236	29	30	12	27	1.93
281010--281191	83	2.2	84	89	4	278	29	29	13	28	1.94
281252--281362	36	3.1	36	84	0	159	36	15	21	26	1.93
281664--281874	34	6.2	34	87	3	282	36	10	21	31	1.88
281695--281904	102	2.1	102	80	3	226	40	10	20	28	1.86
282011--282224	32	6.6	32	87	1	302	33	23	12	30	1.91
281993--282224	65	3.6	64	84	1	302	34	23	11	30	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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