genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7085920--7086389	117	4.0	117	86	2	651	37	15	18	27	1.92
7088110--7088165	24	2.3	23	79	11	60	21	1	3	73	1.08
7088976--7089022	3	16.0	3	80	4	51	25	4	0	70	1.05
7093190--7093243	24	2.2	24	83	6	65	42	14	14	27	1.85
7096345--7096381	16	2.2	17	95	4	67	72	10	16	0	1.10
7096345--7096403	18	3.2	17	76	21	57	76	8	15	0	1.01
7096359--7096418	20	3.1	19	81	9	68	80	5	13	1	0.96
7097758--7098077	131	2.4	131	83	2	390	26	30	17	26	1.97
7098300--7098344	3	15.0	3	90	0	72	31	4	0	64	1.13
7100675--7100737	23	2.7	23	97	2	117	42	1	4	50	1.32
7102174--7102205	12	2.7	12	100	0	64	21	25	9	43	1.82
7103585--7103625	14	3.1	14	79	10	50	82	0	14	2	0.76
7103555--7103620	19	3.3	20	79	12	73	77	4	16	1	1.01
7104859--7105034	65	2.7	66	83	4	212	30	19	11	39	1.87
7104859--7105034	67	2.7	66	83	3	212	30	19	11	39	1.87
7105053--7105228	83	2.1	83	86	0	244	26	35	13	24	1.92
7105537--7105609	3	24.7	3	97	2	139	34	0	0	65	0.93
7107775--7107824	23	2.2	23	85	0	64	42	12	12	34	1.79
7107675--7107926	87	2.9	87	90	0	380	43	12	12	31	1.79
7107862--7107911	23	2.2	23	88	0	73	40	12	16	32	1.84
7108149--7108411	113	2.3	113	89	3	408	44	12	11	31	1.77
7108783--7108833	23	2.2	23	85	0	66	39	9	17	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7108729--7108926	87	2.3	87	92	0	324	42	11	13	32	1.79
7109157--7109482	112	2.9	113	91	2	541	41	13	11	33	1.81
7109382--7109572	90	2.1	90	94	1	330	42	13	12	31	1.80
7113719--7113770	20	2.5	20	75	12	52	30	15	17	36	1.91
7114144--7114200	29	2.0	29	85	0	78	17	33	26	22	1.96
7114246--7114299	10	5.1	10	74	12	54	22	29	37	11	1.89
7114286--7114336	14	3.6	14	83	0	66	21	31	37	9	1.86
7114361--7114429	29	2.4	29	85	0	84	13	36	27	23	1.92
7114943--7114972	7	4.3	7	100	0	60	13	0	40	46	1.43
7115019--7115061	21	2.0	21	86	0	59	27	2	16	53	1.55
7118681--7119009	11	28.2	11	72	12	173	44	1	10	43	1.48
7118652--7118916	14	15.6	18	67	27	79	43	1	11	44	1.47
7118713--7118979	26	10.2	26	75	18	223	45	1	10	43	1.45
7118797--7118858	9	6.4	9	78	14	70	51	0	11	37	1.38
7118851--7118917	16	3.6	18	75	24	59	37	0	14	47	1.45
7118723--7119018	86	3.4	84	73	19	93	44	1	10	43	1.47
7118651--7119015	26	14.4	25	70	18	100	44	1	10	43	1.47
7118681--7119018	186	1.8	183	86	7	495	44	1	10	43	1.48
7118687--7119019	14	25.1	13	74	20	193	44	1	10	43	1.48
7119009--7119048	21	1.9	21	85	10	55	40	2	7	50	1.44
7118875--7119362	244	2.0	242	94	0	859	41	3	10	44	1.56
7119153--7119263	26	4.4	25	83	10	131	45	1	9	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7119164--7119262	23	4.1	23	86	6	117	47	2	8	42	1.44
7119189--7119259	34	2.1	35	89	2	108	47	1	9	40	1.45
7120304--7120347	23	1.9	23	85	0	61	54	2	4	38	1.33
7121572--7121605	15	2.2	16	94	5	61	55	5	0	38	1.24
7121658--7121763	30	3.5	30	86	2	140	46	13	0	39	1.49
7121821--7121937	42	2.9	38	75	17	112	44	12	0	41	1.48
7121947--7121986	21	1.9	21	100	0	80	57	15	0	27	1.38
7122101--7122204	48	2.2	48	83	10	124	47	10	0	42	1.38
7121711--7122437	382	2.0	358	84	10	928	48	12	1	38	1.49
7122647--7122742	22	4.2	22	75	15	79	37	16	26	19	1.93
7122793--7122912	29	4.1	29	86	1	159	19	35	25	20	1.96
7122936--7122989	14	3.9	14	85	9	83	9	35	33	22	1.86
7123066--7123147	29	2.8	29	92	0	128	19	26	36	17	1.94
7129294--7129344	23	2.3	22	90	6	77	33	27	15	23	1.95
7136096--7136229	23	5.8	23	84	3	162	32	25	15	26	1.95
7136089--7136229	69	2.0	69	84	0	183	34	24	14	26	1.94
7138043--7138084	21	2.0	20	86	4	57	26	0	33	40	1.56
7138088--7138143	28	2.0	28	82	6	69	50	0	5	44	1.25
7138396--7138760	117	3.1	117	88	2	496	25	22	15	36	1.93
7140236--7140271	12	3.1	12	92	4	56	11	11	0	77	0.99
7140251--7140302	10	5.3	10	83	6	63	1	13	0	84	0.70
7140251--7140302	19	2.7	19	88	11	79	1	13	0	84	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7140240--7140302	18	3.4	18	85	10	74	4	12	0	82	0.82
7140251--7140303	20	2.8	18	83	13	70	1	15	0	83	0.74
7142323--7142367	23	2.0	23	91	8	74	31	26	17	24	1.97
7143032--7143082	20	2.4	21	83	6	59	33	21	11	33	1.90
7158958--7158996	19	2.1	19	85	9	53	28	0	5	66	1.12
7158955--7158996	18	2.3	18	84	15	52	26	0	4	69	1.08
7161459--7161648	59	3.2	58	78	10	186	36	21	3	39	1.69
7169937--7170043	2	53.5	2	100	0	214	49	0	0	50	1.00
7170050--7170144	35	2.7	34	86	3	136	45	0	0	54	0.99
7169935--7170142	20	12.8	16	75	17	52	46	0	0	53	1.00
7170141--7170186	14	3.2	14	78	6	56	45	30	0	23	1.53
7171150--7171379	64	3.6	63	80	5	210	26	17	26	28	1.98
7171278--7171328	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
7171172--7171379	65	3.2	64	81	11	210	27	17	25	29	1.97
7177770--7177809	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
7179736--7179914	64	2.8	64	82	2	207	27	17	27	27	1.98
7179864--7179915	19	2.8	19	85	8	72	25	17	34	23	1.96
7179757--7179914	65	2.5	64	85	3	201	27	16	27	28	1.97
7191581--7191869	144	2.0	144	94	0	506	30	9	19	40	1.83
7193098--7193150	18	2.9	18	97	0	97	22	33	26	16	1.96
7193384--7193424	17	2.4	17	100	0	82	39	17	12	31	1.86
7199967--7200019	18	2.9	18	88	5	72	28	32	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7200743--7200800	29	2.0	29	93	0	98	27	17	20	34	1.95
7202999--7203042	21	2.0	23	86	8	65	29	18	15	36	1.92
7216879--7217132	110	2.3	110	89	0	382	24	16	22	36	1.94
7222048--7222104	15	3.7	15	81	4	60	49	1	3	45	1.29
7224441--7224529	29	3.1	29	80	6	108	20	28	32	19	1.96
7224912--7224947	17	2.1	17	100	0	72	16	0	41	41	1.48
7225101--7225188	30	2.9	29	86	8	113	42	1	10	46	1.45
7225242--7225275	15	2.2	16	94	5	61	38	0	5	55	1.24
7227488--7227608	59	2.1	56	87	4	170	49	8	2	39	1.46
7227693--7227957	14	20.3	14	69	22	159	43	8	2	45	1.46
7227693--7228023	11	27.2	11	68	25	145	45	8	2	44	1.46
7227693--7227891	49	4.0	50	83	7	230	43	8	2	46	1.46
7227680--7227988	25	12.6	25	72	15	190	44	8	2	44	1.47
7227696--7227860	26	6.7	23	71	13	98	43	7	2	46	1.46
7227693--7227891	37	5.4	37	82	8	160	43	8	2	46	1.46
7227871--7227926	19	3.1	19	72	15	64	48	12	0	39	1.41
7227782--7228064	132	2.1	129	82	9	347	45	9	1	43	1.47
7227799--7228023	97	2.3	96	85	8	289	45	9	1	42	1.47
7227967--7228059	8	10.3	9	71	23	54	50	10	1	37	1.44
7227995--7228055	19	3.4	19	72	21	67	52	8	1	37	1.41
7227964--7228058	35	2.7	35	95	0	163	51	10	1	36	1.43
7227837--7228058	97	2.3	98	80	9	258	47	10	1	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7228268--7228294	14	1.9	14	100	0	54	44	11	0	44	1.39
7228266--7228586	49	6.6	49	87	4	431	44	10	0	43	1.45
7228266--7228586	97	3.3	98	87	4	431	44	10	0	43	1.45
7228408--7228440	13	2.4	14	90	5	50	39	18	0	42	1.50
7228266--7228570	146	2.1	142	87	7	450	44	10	0	43	1.41
7231589--7231648	17	3.3	17	72	17	57	48	10	0	41	1.37
7231613--7231775	83	2.0	84	92	2	276	49	8	3	38	1.51
7232261--7232301	21	2.0	21	90	0	64	51	17	2	29	1.58
7232227--7232291	28	2.3	28	82	10	87	53	10	1	33	1.45
7236828--7236870	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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