genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7911593--7911647	20	2.8	20	94	0	92	34	20	27	18	1.95
7911669--7911787	21	5.7	21	83	10	145	24	17	33	24	1.96
7911867--7911924	30	2.0	29	86	10	82	43	17	5	34	1.71
7911867--7911926	29	2.0	30	90	6	95	41	16	6	35	1.75
7913198--7913245	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
7914539--7914613	20	3.7	20	78	3	78	26	18	32	22	1.97
7914534--7914613	41	2.0	41	89	0	124	25	20	31	23	1.98
7914678--7914732	21	2.6	21	91	0	83	21	20	36	21	1.95
7914813--7914870	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
7914813--7914872	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
7916143--7916190	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
7917484--7917521	20	1.9	20	94	0	67	23	18	36	21	1.95
7917573--7917670	21	4.7	21	77	13	94	24	19	32	23	1.97
7917750--7917807	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
7917750--7917809	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
7918291--7918424	45	3.0	44	80	3	160	43	8	15	32	1.77
7919130--7919277	65	2.3	65	86	6	203	30	17	23	28	1.97
7919625--7919658	12	2.7	13	86	9	52	41	5	11	41	1.66
7921825--7921943	44	2.7	44	82	1	159	28	20	22	28	1.98
7923988--7924045	18	3.1	18	81	13	71	29	10	6	53	1.61
7923988--7924045	21	2.9	21	85	7	68	29	10	6	53	1.61
7925075--7925277	45	4.5	45	86	1	246	38	8	20	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7928159--7928489	45	7.4	45	85	2	423	41	9	18	29	1.83
7931675--7931792	22	5.5	22	80	8	134	29	12	30	27	1.93
7931669--7931831	42	3.9	42	79	8	174	30	11	31	25	1.91
7932458--7932505	20	2.3	20	85	3	60	22	12	27	37	1.90
7938586--7938659	22	3.5	22	73	14	64	29	13	32	24	1.93
7938584--7938682	42	2.4	42	89	0	144	32	13	31	23	1.93
7938606--7938701	20	4.7	20	71	13	70	31	12	33	22	1.91
7938740--7938783	19	2.2	20	88	8	63	38	15	20	25	1.92
7946978--7947034	26	2.2	26	81	12	64	22	15	7	54	1.65
7948506--7948546	17	2.4	17	88	8	57	75	4	9	9	1.17
7949565--7949606	17	2.3	18	92	8	68	76	0	2	21	0.90
7950718--7950760	10	4.4	10	85	14	54	74	0	6	18	1.04
7950898--7950975	22	3.2	24	82	12	97	44	6	1	47	1.36
7952832--7952882	27	2.0	24	82	14	59	39	1	0	58	1.09
7957124--7957162	20	2.0	20	100	0	78	48	5	20	25	1.70
7966340--7966578	118	2.0	118	99	0	469	38	10	17	33	1.85
7968612--7969041	216	2.0	216	94	0	752	37	18	19	25	1.94
7973776--7973899	53	2.4	53	84	1	151	35	17	17	29	1.93
7973915--7974062	48	3.1	48	95	0	260	49	20	8	21	1.76
7979353--7979391	21	2.0	18	85	14	51	20	2	41	35	1.66
7982045--7982309	139	1.9	139	84	6	358	36	8	9	46	1.67
7982682--7982707	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7983102--7983153	17	3.1	17	76	13	54	34	1	17	46	1.59
7985232--7985422	36	5.3	36	92	0	310	16	26	23	34	1.95
7987774--7987858	33	2.7	32	77	3	91	52	9	4	32	1.54
7994800--7994829	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7994912--7994940	15	1.9	15	100	0	58	41	3	0	55	1.17
7994969--7995016	2	24.0	2	95	0	87	52	0	0	47	1.00
8001062--8001122	21	3.2	20	82	11	58	0	11	11	77	1.01
8001070--8001134	16	3.4	19	79	18	73	0	9	10	80	0.92
8001070--8001141	10	6.5	11	76	19	51	0	8	9	81	0.86
8001084--8001130	16	2.8	16	93	6	76	0	8	8	82	0.83
8003955--8003983	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8005722--8005772	25	2.0	25	100	0	102	43	7	11	37	1.71
8009589--8009648	29	2.2	27	82	11	77	43	8	5	43	1.56
8011584--8011645	21	3.0	21	90	0	97	51	19	6	22	1.69
8012786--8012901	57	2.0	58	94	3	207	51	8	16	23	1.71
8013898--8014096	41	4.8	41	80	3	175	35	12	17	35	1.87
8023538--8023609	27	2.7	27	100	0	144	30	8	22	38	1.83
8024355--8024385	12	2.6	12	89	0	53	19	45	22	12	1.84
8024538--8024579	20	2.1	20	95	0	75	35	4	16	42	1.69
8025620--8025644	13	1.9	13	100	0	50	8	0	8	84	0.79
8027132--8027496	131	2.8	131	82	2	432	31	10	16	40	1.83
8033776--8033823	23	2.1	23	92	0	78	43	8	14	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8033859--8033907	23	2.1	23	92	0	80	38	8	20	32	1.82
8033735--8033964	87	2.6	87	94	0	397	43	11	13	31	1.79
8033882--8034028	64	2.3	64	95	0	267	44	12	12	29	1.79
8034046--8034500	200	2.3	199	85	3	614	29	16	15	38	1.89
8038051--8038378	55	6.0	55	80	8	234	31	22	16	29	1.96
8038072--8038378	110	2.8	110	83	3	370	30	22	16	29	1.96
8038395--8038467	37	2.0	37	86	0	101	20	19	21	38	1.94
8038681--8038713	17	1.9	17	88	11	50	30	27	3	39	1.72
8039736--8039974	8	28.9	8	72	23	85	6	17	0	75	1.01
8039740--8039944	53	3.8	52	76	18	188	6	18	0	75	1.01
8039741--8039974	97	2.4	97	79	13	250	6	18	0	75	1.01
8039741--8039974	18	13.0	18	70	22	97	6	18	0	75	1.01
8039749--8039960	15	13.1	16	68	23	58	6	17	0	75	1.01
8046392--8046502	45	2.3	47	86	7	154	41	19	9	28	1.84
8051547--8051576	15	2.1	15	93	6	53	46	3	0	50	1.18
8051563--8051663	42	2.4	41	83	6	114	43	1	2	51	1.28
8052687--8052791	55	1.9	55	92	0	174	26	24	21	26	2.00
8057111--8057143	14	2.4	14	100	0	66	30	57	0	12	1.35
8059226--8059278	15	3.3	15	76	19	54	71	0	11	16	1.13
8059224--8059279	25	2.3	25	84	3	69	69	0	12	17	1.18
8066191--8066220	9	3.3	9	95	0	51	53	0	36	10	1.35
8068787--8068829	21	2.0	22	90	4	70	39	16	18	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8071995--8072038	20	2.2	20	91	0	70	27	9	20	43	1.82
8074433--8074502	20	3.3	22	76	13	74	44	5	7	42	1.55
8077988--8078103	52	2.2	52	95	1	205	43	0	1	55	1.10
8077987--8078078	24	3.7	24	84	11	130	45	0	1	53	1.07
8078099--8078160	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
8081768--8081815	21	2.3	21	92	0	78	64	8	16	10	1.48
8092959--8093021	32	2.0	32	87	6	92	20	17	22	39	1.92
8093418--8093458	12	3.6	12	80	12	50	4	43	4	46	1.46
8112091--8112250	80	2.0	80	95	0	284	31	20	16	32	1.94
8118498--8118619	41	3.0	41	78	2	129	35	18	18	28	1.94
8123706--8123756	22	2.3	22	82	0	66	70	3	1	23	1.14
8123757--8123797	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
8124212--8124262	26	2.0	25	82	17	61	31	5	1	60	1.31
8124247--8124293	24	2.0	24	82	0	58	44	4	2	48	1.34
8145921--8145966	21	2.1	22	88	4	67	56	0	2	41	1.11
8146422--8146634	21	10.2	20	72	18	116	21	19	24	35	1.96
8146422--8146615	42	4.7	42	90	1	293	21	19	23	36	1.95
8146397--8146615	84	2.6	84	86	5	295	21	19	22	36	1.95
8146745--8146796	5	10.6	5	85	2	70	36	23	38	1	1.66
8147497--8147570	21	3.5	21	94	0	121	22	22	25	28	1.99
8149848--8150104	129	2.0	129	98	0	496	39	16	14	29	1.88
8150851--8151153	39	8.3	37	75	17	183	44	3	7	43	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8150882--8151136	39	6.9	38	77	16	184	43	4	8	43	1.54
8150851--8151091	39	6.4	38	79	11	203	46	3	7	43	1.49
8150891--8151091	77	2.6	78	81	11	188	44	3	7	44	1.51
8151115--8151196	31	2.6	30	78	9	74	39	1	7	52	1.37
8151227--8151259	10	3.5	10	88	12	52	27	9	0	63	1.24
8152431--8152475	19	2.4	18	77	3	54	22	11	0	66	1.22
8152517--8152559	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
8152578--8152602	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
8152644--8152673	15	1.9	16	93	6	53	16	10	0	73	1.09
8156647--8156722	27	2.8	27	93	0	125	31	27	15	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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