genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   

This is table  12  of  78  ( 9351 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2481323--2481359	14	2.5	15	83	16	51	5	21	0	72	1.04
2490915--2491065	45	3.3	45	89	3	221	39	20	9	30	1.84
2492586--2492623	18	2.1	18	85	9	51	50	15	0	34	1.45
2496919--2496955	13	2.6	15	79	16	51	43	5	24	27	1.76
2501083--2501124	17	2.5	17	96	0	75	19	14	2	64	1.39
2504664--2504734	3	23.7	3	72	16	58	38	0	4	57	1.18
2504665--2504734	18	3.8	18	82	14	97	38	0	4	57	1.19
2509685--2509756	35	2.1	35	97	0	135	33	8	15	43	1.76
2510954--2511026	25	2.8	25	80	12	60	67	5	6	20	1.35
2513223--2513308	31	2.8	31	96	0	154	31	25	22	20	1.98
2513606--2513653	17	2.8	17	93	6	80	25	27	31	16	1.97
2514356--2514907	41	13.5	41	94	1	923	18	20	24	36	1.94
2514910--2514958	24	2.0	24	96	0	89	24	20	18	36	1.94
2515050--2515144	6	16.5	6	98	1	162	30	52	16	0	1.44
2515362--2515434	20	3.6	20	75	3	83	39	24	21	13	1.90
2515359--2515459	41	2.5	41	93	0	166	37	25	19	16	1.93
2515359--2515463	21	5.1	21	69	4	88	38	26	19	16	1.92
2518203--2518702	55	9.1	54	78	10	319	31	23	16	29	1.96
2518269--2518698	165	2.6	162	84	6	514	30	23	15	29	1.96
2518236--2518703	110	4.3	110	84	6	576	30	23	16	29	1.96
2518269--2518718	55	8.3	52	81	8	390	31	23	15	29	1.95
2519002--2519034	17	1.9	17	88	11	50	33	27	0	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520132--2520211	14	5.4	15	72	25	64	5	20	1	73	1.08
2520116--2520194	40	1.9	42	85	10	110	6	21	1	70	1.16
2520205--2520241	10	3.6	10	92	3	56	10	5	0	83	0.79
2520191--2520248	22	2.4	24	83	13	75	8	13	0	77	0.98
2520160--2520254	7	13.3	7	71	17	54	6	15	0	77	0.95
2520160--2520254	14	6.2	15	69	20	63	6	15	0	77	0.95
2520126--2520261	39	3.5	37	73	16	105	6	16	0	75	1.05
2529769--2529874	45	2.2	44	79	12	113	35	23	9	31	1.87
2529793--2529895	45	2.2	46	89	3	163	38	20	9	31	1.85
2533886--2533938	24	2.2	24	86	0	79	39	1	32	26	1.67
2535985--2536103	31	3.9	30	81	3	132	27	19	19	33	1.96
2537405--2537430	12	2.2	12	100	0	52	34	7	0	57	1.27
2542962--2543073	43	2.6	43	74	2	100	29	15	19	35	1.92
2547338--2547366	15	1.9	15	100	0	58	37	20	13	27	1.91
2552767--2552870	49	2.1	49	94	3	183	31	12	7	48	1.69
2557323--2557359	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
2561912--2562157	86	2.9	86	76	7	214	26	18	5	50	1.68
2561895--2562157	44	6.1	44	70	13	159	25	18	4	51	1.66
2564610--2564649	20	2.0	20	90	9	64	35	10	20	35	1.86
2567515--2567556	21	2.0	22	86	13	61	57	2	2	38	1.25
2569778--2569807	5	6.0	5	100	0	60	40	20	0	40	1.52
2574962--2574988	14	1.9	14	100	0	54	55	0	37	7	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2575166--2575200	17	1.9	19	88	11	56	31	8	34	25	1.86
2595561--2595612	21	2.5	21	82	11	63	71	0	0	28	0.87
2595570--2595617	21	2.2	22	85	7	62	70	0	0	29	0.87
2595681--2595735	24	2.3	24	93	0	101	29	14	10	45	1.79
2596692--2596752	29	2.1	29	90	0	95	47	9	8	34	1.66
2596654--2596952	135	2.2	136	83	3	357	44	10	10	35	1.73
2596813--2596888	29	2.6	29	91	2	116	50	14	3	31	1.61
2597065--2597127	29	2.1	29	88	2	90	46	3	9	41	1.52
2597078--2597141	29	2.2	29	85	0	83	46	7	7	37	1.62
2600217--2600246	15	1.9	16	93	6	53	40	6	13	40	1.71
2600632--2600711	21	3.8	21	94	0	142	25	32	17	25	1.97
2601025--2601050	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2610591--2610697	24	4.5	24	75	0	106	47	16	14	20	1.82
2610591--2610699	48	2.3	48	78	0	128	47	16	15	20	1.82
2611810--2611886	18	4.6	18	78	15	92	19	50	18	11	1.77
2611814--2611892	31	2.5	31	89	0	131	18	48	18	13	1.81
2611868--2611914	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
2611833--2611907	13	5.2	13	79	17	69	17	45	20	17	1.86
2611884--2611915	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
2611868--2611914	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
2616721--2616860	60	2.3	61	85	2	176	33	17	6	42	1.74
2616703--2616798	29	3.2	29	67	16	70	34	15	5	44	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616982--2617157	60	2.9	58	75	10	167	44	5	19	31	1.72
2619176--2619204	15	2.0	15	93	6	51	51	0	6	41	1.28
2620243--2620433	95	2.0	96	85	3	260	35	15	15	34	1.89
2621568--2621685	36	3.3	36	71	3	112	27	16	13	42	1.85
2621728--2621880	39	4.0	38	82	6	166	30	19	15	35	1.92
2621896--2621981	36	2.4	36	86	0	109	25	20	12	40	1.88
2621809--2622008	101	2.0	102	90	1	321	31	20	11	37	1.88
2622119--2622194	30	2.5	30	95	0	134	30	22	13	34	1.92
2622045--2622231	96	1.9	97	81	3	225	26	23	12	36	1.91
2623862--2623954	2	46.5	2	97	0	177	48	0	1	50	1.07
2624038--2624216	3	62.0	3	71	18	80	25	5	1	68	1.18
2624038--2624186	70	2.1	70	81	7	169	24	5	0	69	1.14
2624225--2624253	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2624400--2624441	15	2.6	16	85	7	50	4	7	16	71	1.26
2628576--2628763	95	2.0	95	89	2	288	33	16	17	32	1.92
2630069--2630223	39	4.0	39	87	1	197	27	20	16	36	1.93
2630239--2630322	36	2.3	36	89	0	123	25	19	13	42	1.86
2630152--2630351	101	2.0	102	91	3	323	30	18	12	39	1.88
2630455--2630537	30	2.8	30	90	0	121	28	21	13	36	1.91
2630524--2630575	16	2.9	17	70	25	52	28	25	11	34	1.91
2632325--2632397	30	2.5	29	77	18	80	23	4	1	71	1.11
2632347--2632392	24	1.9	24	86	0	65	26	2	2	69	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2632494--2632526	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2632657--2632734	29	2.6	29	77	4	84	14	5	8	71	1.27
2634508--2634554	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
2636141--2636169	7	4.1	7	100	0	58	0	13	41	44	1.44
2637785--2637835	26	2.0	25	92	3	84	35	9	1	52	1.46
2638662--2638699	18	2.1	18	95	0	67	23	18	34	23	1.96
2640970--2641012	20	2.3	19	88	8	61	23	20	9	46	1.79
2649734--2649771	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2649998--2650180	41	4.5	41	92	1	287	15	20	25	38	1.92
2650037--2650180	20	7.1	20	63	13	69	13	21	25	39	1.90
2650046--2650157	21	5.4	21	66	19	83	14	21	26	37	1.92
2650991--2651017	5	5.4	5	100	0	54	0	40	22	37	1.54
2660984--2661107	66	1.9	66	82	0	158	37	20	21	19	1.94
2661174--2661221	24	2.0	24	87	0	69	54	12	22	10	1.68
2661174--2661208	12	2.9	12	100	0	70	51	17	22	8	1.72
2661518--2661563	20	2.3	20	88	0	65	32	15	19	32	1.93
2666625--2666675	23	2.2	24	80	16	63	29	25	21	23	1.99
2671343--2671439	31	3.2	31	78	8	117	44	9	3	43	1.52
2671354--2671447	30	3.1	30	79	8	109	47	5	2	44	1.37
2671873--2671914	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2676311--2676429	3	39.7	3	93	0	202	34	2	0	63	1.08
2676428--2676472	20	2.3	19	84	3	54	62	2	0	35	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2689285--2689317	17	2.0	17	94	5	59	87	0	12	0	0.53
2690394--2690851	83	5.5	82	93	2	749	28	13	20	37	1.90
2690394--2690851	165	2.8	165	94	1	785	28	13	20	37	1.90
2691533--2691791	114	2.3	114	91	3	407	35	13	20	30	1.91
2691698--2691881	89	2.1	90	86	5	257	33	16	17	32	1.93
2691584--2692227	203	3.0	206	82	12	677	35	14	19	31	1.92
2691787--2692267	116	4.2	115	88	5	656	36	14	19	29	1.92
2692585--2692685	3	35.7	3	82	15	126	36	0	0	62	1.02
2692588--2692679	8	11.6	8	82	15	120	35	1	0	63	1.02
2693173--2693231	28	2.0	30	90	6	95	67	8	23	0	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78