genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8163671--8163720	21	2.3	22	86	10	68	30	16	26	28	1.96
8164187--8164219	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8164385--8164430	9	5.3	9	82	10	60	32	2	21	43	1.65
8167109--8167141	2	16.5	2	93	0	57	45	3	0	51	1.16
8167595--8167662	23	3.0	23	77	0	82	19	25	25	30	1.98
8173560--8173681	63	1.9	63	82	11	151	31	10	3	54	1.51
8174190--8174555	132	2.7	135	89	4	539	36	7	8	47	1.61
8179918--8179990	10	7.5	10	75	14	64	80	0	16	2	0.82
8179916--8179991	20	3.9	19	80	14	84	80	0	17	2	0.83
8179916--8179989	18	3.9	19	76	20	68	79	0	17	2	0.84
8179918--8179990	30	2.5	29	82	4	92	80	0	16	2	0.82
8179917--8179990	38	1.9	38	86	5	105	79	0	17	2	0.84
8185104--8185457	76	4.7	76	89	1	530	25	19	21	33	1.97
8185633--8185710	3	26.0	3	94	0	138	34	1	0	64	1.02
8186790--8186857	14	4.9	14	74	12	50	30	4	1	63	1.23
8186878--8186942	35	1.9	32	87	9	94	29	3	1	66	1.16
8186922--8186956	11	3.1	11	91	4	52	25	2	5	65	1.28
8186990--8187358	134	2.7	134	87	4	528	37	6	8	47	1.59
8187770--8187805	17	2.1	17	94	0	63	33	16	13	36	1.89
8188039--8188128	7	12.9	7	100	0	180	27	14	28	28	1.95
8191675--8191713	16	2.4	16	91	0	60	20	23	12	43	1.86
8198482--8198546	14	4.6	14	73	9	51	20	0	30	49	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8198494--8198567	21	3.5	20	75	14	69	20	0	29	50	1.49
8198482--8198567	28	3.1	28	81	3	84	20	0	30	48	1.50
8198643--8198698	17	3.2	17	92	2	85	39	1	8	50	1.44
8198652--8198709	17	3.4	16	88	9	71	37	3	10	48	1.54
8199066--8199144	7	11.3	7	75	5	70	18	1	32	46	1.58
8199066--8199144	21	3.8	21	75	9	81	18	1	32	46	1.58
8199127--8199229	48	2.1	49	81	3	118	30	5	13	50	1.65
8199141--8199235	49	2.0	49	85	2	129	33	6	8	51	1.57
8198153--8200220	543	3.6	567	86	8	2733	36	8	12	42	1.74
8199228--8199266	2	19.0	2	89	5	60	48	0	5	46	1.24
8199275--8199318	20	2.2	20	91	0	70	34	18	9	38	1.82
8199666--8199705	21	1.9	21	89	0	62	27	0	25	47	1.52
8199785--8199836	15	3.4	15	86	2	77	40	3	7	48	1.50
8199290--8201437	543	4.0	544	71	14	1841	36	10	11	42	1.75
8200290--8200342	20	2.5	20	72	6	52	37	9	5	47	1.60
8200561--8200738	74	2.4	75	91	0	277	30	20	9	39	1.84
8200736--8200779	21	2.1	21	87	8	63	22	0	25	52	1.48
8200758--8200864	48	2.2	49	81	3	117	32	7	11	48	1.67
8200854--8200905	15	3.4	15	86	2	77	40	3	7	48	1.50
8201284--8201344	7	8.7	7	85	0	86	16	0	36	47	1.47
8201419--8201446	13	2.2	13	100	0	56	39	0	7	53	1.28
8201597--8201629	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8201842--8201887	19	2.3	20	92	3	76	26	36	0	36	1.57
8201842--8201878	11	3.5	11	78	14	51	27	37	0	35	1.57
8202042--8202121	26	3.2	24	75	19	65	37	7	6	48	1.57
8202068--8202170	13	7.3	13	72	17	73	42	5	5	45	1.52
8202131--8202189	18	3.3	18	84	11	68	47	1	5	45	1.34
8202068--8202185	13	7.9	14	73	15	62	43	5	5	45	1.50
8203758--8203853	48	2.0	48	95	0	174	38	9	12	39	1.75
8203912--8203963	26	2.0	26	96	0	95	34	9	9	46	1.69
8205941--8206165	119	1.9	119	81	1	272	47	2	3	46	1.32
8207314--8207402	42	2.1	44	83	8	112	23	30	3	42	1.70
8213548--8213588	19	2.1	20	95	4	75	70	0	14	14	1.16
8213719--8213755	20	1.9	18	89	10	56	54	8	0	37	1.30
8215906--8215932	11	2.5	11	100	0	54	85	0	0	14	0.61
8218227--8218279	26	2.0	26	85	7	70	18	9	0	71	1.12
8222729--8222783	24	2.2	25	81	12	69	40	0	0	60	0.97
8222763--8222794	14	2.4	14	94	5	57	53	0	0	46	1.00
8222729--8222770	3	14.0	3	90	9	68	35	0	0	64	0.94
8233861--8233898	18	2.1	17	90	9	58	84	0	13	2	0.73
8233859--8233889	15	2.0	16	93	6	55	77	0	16	6	0.97
8235415--8235976	112	4.9	114	82	8	603	38	12	20	28	1.89
8236359--8236401	22	2.0	22	85	0	59	39	0	0	60	0.97
8236318--8236392	3	25.0	3	91	5	125	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8238690--8238731	15	2.7	15	88	3	57	23	9	0	66	1.21
8239065--8239134	37	1.9	35	82	8	86	35	24	7	32	1.83
8240693--8240723	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
8240793--8240857	16	4.1	16	91	0	103	53	24	13	7	1.66
8241950--8242005	14	4.3	14	82	17	84	51	26	14	7	1.67
8241943--8241990	10	4.4	10	78	19	51	54	25	12	8	1.65
8241943--8242004	24	2.6	24	97	0	115	53	25	12	8	1.66
8243465--8243520	24	2.3	24	81	6	69	58	8	0	32	1.29
8253955--8254009	22	2.5	22	90	3	83	50	30	9	9	1.65
8255085--8255125	16	2.6	16	88	0	55	60	9	4	24	1.47
8255026--8255188	86	1.9	86	83	5	213	44	11	6	38	1.65
8255101--8255250	72	2.1	72	81	4	171	39	11	5	44	1.63
8255448--8255512	3	22.0	3	73	14	55	33	3	0	63	1.10
8255441--8255500	10	5.8	10	75	14	59	35	3	0	61	1.12
8256660--8256783	31	3.9	30	70	21	83	35	21	19	23	1.96
8257702--8257770	27	2.5	27	83	2	75	17	5	23	53	1.65
8268314--8268369	4	13.2	4	75	17	51	76	0	17	5	0.96
8268314--8268411	8	11.4	8	74	18	65	77	0	17	5	0.94
8268335--8268401	19	3.5	20	80	15	70	77	0	17	4	0.93
8268327--8268396	22	3.1	23	80	15	83	77	0	17	5	0.96
8269650--8269958	134	2.3	134	83	3	381	32	20	15	31	1.94
8270130--8270187	3	20.7	3	79	10	61	31	3	0	65	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8270135--8270187	22	2.4	23	87	6	74	32	1	0	66	1.03
8270894--8270932	11	3.5	11	83	13	53	79	0	20	0	0.73
8276733--8276784	3	17.3	3	95	0	95	36	0	0	63	0.95
8276722--8276784	15	4.2	15	93	0	90	36	0	0	63	0.95
8278008--8278050	21	2.1	20	83	12	52	32	2	2	62	1.20
8278597--8278678	3	28.3	3	85	11	118	32	0	0	67	0.91
8278590--8278675	14	5.7	14	82	12	100	31	0	0	68	0.90
8278593--8278689	40	2.5	41	83	11	132	31	0	0	68	0.90
8278877--8278918	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
8284909--8284947	8	4.8	8	90	3	60	79	0	20	0	0.73
8284891--8284931	20	2.0	21	90	4	66	80	0	17	2	0.82
8284908--8284947	17	2.3	18	91	8	66	80	0	20	0	0.72
8287608--8287643	17	2.1	17	94	0	63	22	16	41	19	1.90
8287527--8287714	92	2.0	95	88	6	283	30	15	25	28	1.96
8288856--8289275	55	7.7	54	84	4	450	35	17	17	28	1.93
8291777--8291817	19	2.2	19	86	8	57	31	2	43	21	1.66
8291986--8292016	12	2.6	12	94	0	53	19	45	22	12	1.84
8295817--8295962	19	7.6	19	92	3	222	33	15	33	17	1.91
8296324--8296733	55	7.5	55	81	5	492	34	19	19	26	1.96
8296324--8296726	164	2.4	165	87	4	548	34	19	19	26	1.96
8299357--8299383	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8299473--8299753	154	1.8	154	81	8	358	39	6	7	46	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8310836--8310898	6	10.5	6	72	24	53	77	0	17	4	0.93
8310832--8310884	10	5.4	10	82	17	67	79	0	18	1	0.83
8310832--8310891	19	3.1	19	81	15	70	78	0	18	3	0.89
8310834--8310893	30	2.0	30	90	3	95	76	0	18	5	0.96
8310836--8310891	20	2.8	20	83	8	78	78	0	17	3	0.89
8311530--8311592	27	2.3	27	97	0	117	25	12	25	36	1.91
8311911--8312043	22	6.0	22	90	0	203	31	16	12	39	1.86
8311911--8312061	44	3.4	44	79	3	160	34	14	12	38	1.84
8311925--8312062	66	2.1	66	86	2	188	34	14	12	39	1.83
8312444--8312891	122	3.7	122	92	0	727	39	14	19	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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