genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7810093--7810130	20	1.9	20	88	0	58	31	26	7	34	1.85
7811822--7811959	64	2.2	64	85	2	179	28	17	26	28	1.98
7812262--7813092	209	3.9	212	92	3	1275	50	8	12	29	1.68
7813163--7813267	27	3.7	27	79	6	102	45	9	3	40	1.55
7813226--7813329	20	5.2	20	73	8	86	45	7	4	42	1.54
7813242--7813329	40	2.2	39	82	6	97	45	6	4	43	1.51
7813444--7813516	20	3.4	20	77	17	74	39	8	1	50	1.41
7813468--7813734	33	8.1	33	70	16	178	43	7	4	44	1.53
7813555--7813589	18	1.9	18	88	0	52	40	11	8	40	1.72
7813568--7813738	93	1.8	92	85	6	238	44	7	4	43	1.53
7813586--7813748	60	2.7	62	83	8	192	46	6	3	43	1.48
7813718--7813827	18	5.7	18	75	19	96	41	10	7	40	1.66
7813715--7813828	38	2.9	39	84	11	151	41	9	7	42	1.65
7813719--7813851	42	3.3	41	76	19	136	40	9	8	42	1.66
7813891--7813924	13	2.6	13	90	0	50	47	5	0	47	1.26
7813966--7814009	21	2.1	21	86	0	61	47	25	2	25	1.63
7814057--7814174	25	4.1	27	66	23	80	44	7	6	41	1.59
7814025--7814148	18	7.4	18	66	20	81	45	7	7	40	1.60
7814180--7814232	26	2.0	26	89	7	81	47	3	1	47	1.31
7814057--7814226	85	2.0	85	85	10	231	44	7	5	42	1.55
7818498--7818576	39	2.0	39	85	5	104	37	6	3	51	1.45
7820963--7820997	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7821746--7821974	76	3.0	76	94	0	386	34	13	16	36	1.87
7823324--7823348	7	3.6	7	100	0	50	0	28	0	72	0.86
7825890--7826010	41	3.0	41	90	1	181	28	22	10	38	1.88
7826076--7826121	21	2.2	21	100	0	92	30	19	17	32	1.95
7831529--7831587	30	2.0	30	86	6	84	42	10	3	44	1.55
7831532--7831621	31	2.9	30	77	6	92	45	7	3	43	1.49
7833041--7833104	23	2.8	23	90	0	101	26	26	28	18	1.98
7838392--7838434	21	2.0	21	82	8	52	23	13	2	60	1.45
7838619--7838682	23	2.8	23	87	0	92	28	26	26	18	1.98
7840592--7840706	42	2.7	43	87	2	162	46	3	0	50	1.18
7840633--7840705	20	3.4	22	76	16	80	45	1	0	53	1.09
7840692--7840753	25	2.5	25	76	7	65	58	4	1	35	1.29
7846128--7846197	21	3.3	21	77	0	68	21	14	32	31	1.93
7847623--7847678	27	2.2	25	87	6	76	21	3	33	41	1.70
7850589--7850681	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
7850586--7850681	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
7850589--7850681	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
7850608--7850742	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
7850670--7850764	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
7850953--7850996	22	2.0	22	95	0	79	20	40	15	22	1.90
7851254--7851291	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
7852591--7852635	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7853103--7853169	20	3.4	20	83	2	82	40	23	20	14	1.90
7853142--7853237	19	5.6	18	69	25	75	45	22	19	11	1.82
7853158--7853215	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
7853142--7853232	32	2.8	33	94	3	166	47	23	18	10	1.80
7853249--7853305	14	3.9	14	77	20	62	7	19	26	47	1.74
7853244--7853321	31	2.4	33	89	6	124	8	20	24	46	1.79
7853296--7853344	19	2.5	20	73	3	55	14	22	20	42	1.88
7855293--7855369	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
7855303--7855369	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
7855395--7855445	20	2.5	20	93	0	84	19	23	23	33	1.97
7855810--7855845	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
7857066--7857124	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
7857292--7857316	13	1.9	13	100	0	50	76	0	24	0	0.80
7859553--7859645	32	2.8	33	96	1	170	43	19	24	12	1.86
7859645--7859687	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
7859673--7859706	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
7859826--7859862	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
7862210--7862394	19	10.1	19	75	14	165	43	22	21	12	1.86
7862210--7862394	33	5.1	38	81	10	165	43	22	21	12	1.86
7862390--7862434	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
7862963--7863056	20	4.7	20	77	2	80	23	17	24	35	1.95
7863045--7863140	41	2.3	41	98	0	147	18	23	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7863045--7863137	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
7864248--7864349	36	2.7	38	76	13	104	51	2	2	42	1.32
7864468--7864505	20	1.9	20	100	0	76	23	26	10	39	1.87
7865986--7866029	18	2.4	19	85	11	56	63	0	0	36	0.95
7865993--7866037	19	2.3	20	81	14	58	64	2	0	33	1.06
7866367--7866411	20	2.1	22	84	8	58	35	0	2	62	1.08
7866383--7866412	14	2.1	14	93	6	51	40	0	0	60	0.97
7866480--7866506	13	2.1	13	100	0	54	29	0	0	70	0.88
7880883--7880920	14	2.6	15	83	4	51	18	21	10	50	1.76
7881366--7881432	3	22.0	3	84	3	62	43	1	0	55	1.09
7881824--7881886	25	2.5	25	92	0	108	41	34	9	14	1.78
7882946--7882982	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
7884222--7884293	31	2.3	32	83	7	94	36	11	13	38	1.81
7884222--7884302	31	2.6	30	82	7	90	34	11	13	40	1.80
7884486--7884679	37	5.2	36	77	9	169	41	6	11	40	1.67
7887570--7887603	16	2.2	16	89	5	52	20	17	17	44	1.87
7892611--7892823	37	5.8	36	75	13	177	44	4	9	41	1.58
7892701--7892731	15	2.1	15	93	0	53	41	3	16	38	1.64
7892611--7892828	74	2.9	75	77	13	216	44	5	10	40	1.60
7892834--7892930	42	2.3	43	84	8	121	44	5	5	45	1.48
7892877--7892913	17	2.2	17	90	0	56	48	5	2	43	1.40
7892928--7892984	19	2.9	19	86	2	69	33	1	0	64	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7897679--7897743	22	2.8	24	83	9	89	43	9	3	44	1.51
7897692--7897745	22	2.5	22	93	3	92	42	9	1	46	1.46
7897693--7897755	22	2.6	26	87	9	89	41	6	1	50	1.37
7897715--7897779	30	2.3	28	82	10	71	43	3	1	52	1.26
7897765--7897806	19	2.3	19	83	4	50	50	4	2	42	1.36
7898911--7898958	20	2.3	20	85	7	60	33	16	20	29	1.95
7898946--7899025	34	2.4	34	100	0	160	35	21	15	28	1.93
7899014--7899085	20	3.5	20	80	9	65	29	15	27	27	1.96
7899723--7899797	20	3.7	20	82	3	87	26	20	32	21	1.97
7899718--7899797	41	2.0	41	89	0	124	25	21	31	22	1.98
7899819--7899893	20	3.6	20	77	8	69	22	17	34	25	1.96
7899820--7899907	21	4.2	21	73	15	74	22	20	34	22	1.97
7899989--7900046	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
7899989--7900048	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
7901319--7901366	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
7902236--7902300	34	2.0	31	82	11	78	27	26	15	30	1.96
7902817--7902842	13	2.0	13	100	0	52	30	15	30	23	1.95
7902797--7902842	21	2.2	21	88	0	65	26	15	34	23	1.94
7902924--7902981	30	2.0	29	90	10	91	44	17	5	32	1.70
7902924--7902983	29	2.0	30	93	6	104	43	16	6	33	1.74
7904255--7904302	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
7905605--7905643	12	3.6	12	74	25	50	30	17	30	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7905597--7905691	20	4.7	20	83	5	111	28	18	30	22	1.97
7905714--7905807	21	4.5	21	75	13	86	24	18	34	23	1.96
7905891--7905950	29	2.0	30	93	6	104	46	16	3	33	1.64
7907223--7907270	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
7908561--7908640	41	2.0	41	87	0	115	26	20	30	23	1.98
7908607--7908661	20	2.8	20	97	0	101	32	20	29	18	1.96
7908683--7908801	21	5.7	21	81	10	136	24	18	33	23	1.97
7908881--7908938	30	2.0	29	86	10	82	43	17	5	34	1.71
7908881--7908940	29	2.0	30	90	6	95	41	16	6	35	1.75
7911547--7911626	41	2.0	41	87	5	117	27	20	28	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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