genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2057721--2057793	35	2.1	35	97	0	137	43	17	5	32	1.72
2061446--2061554	35	3.0	36	87	5	166	44	18	5	31	1.72
2061486--2061546	21	3.2	21	65	29	55	42	18	4	34	1.71
2062007--2062284	43	6.4	44	77	11	227	26	16	6	50	1.68
2062006--2062243	88	2.7	90	81	6	274	26	15	6	51	1.67
2063958--2063991	10	3.4	10	83	0	50	23	0	0	76	0.79
2064670--2064724	16	3.4	16	82	7	58	38	12	21	27	1.90
2066455--2066481	14	1.9	14	100	0	54	14	0	22	62	1.31
2066698--2066749	27	1.9	27	92	0	86	25	9	17	48	1.77
2075596--2075636	17	2.4	17	83	4	55	43	14	9	31	1.78
2075620--2075658	20	2.0	21	85	10	55	33	15	12	38	1.85
2079398--2079436	17	2.3	17	91	8	62	51	2	5	41	1.38
2090285--2090324	19	2.1	19	90	9	64	52	10	0	37	1.35
2090442--2090514	38	2.0	37	81	5	85	28	9	27	34	1.88
2101332--2101371	20	2.0	20	95	0	71	37	20	20	22	1.94
2101956--2102010	20	2.8	19	78	8	65	14	14	21	49	1.79
2103771--2103816	4	11.5	4	80	0	56	28	2	2	67	1.14
2103942--2104018	21	3.6	22	81	8	79	22	33	19	24	1.97
2108860--2108897	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
2109069--2109126	20	2.9	19	80	10	62	37	10	24	27	1.88
2109119--2109228	20	5.5	20	72	21	70	30	14	27	28	1.95
2109099--2109226	40	3.2	40	73	12	113	32	14	26	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2109078--2109228	80	1.9	80	82	8	191	31	13	26	28	1.94
2109211--2109268	21	2.8	21	79	7	73	29	12	29	29	1.93
2110969--2111016	22	2.2	21	82	10	53	27	0	27	45	1.54
2114765--2114814	22	2.4	21	90	6	75	52	0	2	46	1.12
2114847--2114878	14	2.3	14	94	0	55	37	0	0	62	0.95
2115110--2115143	17	2.0	17	100	0	68	70	5	0	23	1.09
2115773--2115913	39	3.6	39	99	0	273	43	4	9	41	1.59
2115890--2115936	24	2.0	23	95	4	85	46	0	8	44	1.33
2115928--2116121	37	5.4	37	85	11	253	43	4	7	44	1.52
2115913--2116100	74	2.6	74	90	7	296	45	3	7	43	1.50
2116116--2116158	7	6.3	7	84	12	54	41	0	4	53	1.21
2115913--2116146	74	3.2	73	82	14	270	44	3	7	44	1.49
2116162--2116196	11	3.2	11	84	15	54	25	0	0	74	0.82
2116170--2116207	18	2.1	18	90	9	60	23	2	0	73	0.95
2116162--2116217	22	2.4	23	88	5	78	25	1	0	73	0.93
2128164--2128188	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
2129724--2129766	21	2.0	21	90	0	68	46	0	4	48	1.22
2129769--2129824	23	2.3	24	90	6	87	41	3	10	44	1.56
2129769--2129828	24	2.5	25	89	8	97	41	5	10	43	1.60
2129794--2130070	37	7.7	37	85	11	348	44	3	7	44	1.50
2129718--2129862	59	2.5	58	86	6	220	44	2	7	44	1.46
2129892--2129951	11	5.1	11	70	21	50	45	1	8	45	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2130055--2130147	10	8.8	10	75	20	59	33	1	4	61	1.23
2130105--2130147	13	3.2	13	90	9	61	30	0	0	69	0.88
2130105--2130147	16	2.6	17	85	14	63	30	0	0	69	0.88
2130070--2130178	20	5.6	20	74	15	68	27	1	1	68	1.10
2130107--2130172	30	2.2	30	82	12	75	24	1	0	74	0.91
2134036--2134122	41	2.1	41	91	0	138	44	19	18	17	1.87
2134856--2134942	26	3.3	26	100	0	174	33	17	20	28	1.95
2137969--2138008	18	2.2	18	86	0	53	7	32	12	47	1.69
2137984--2138028	21	2.1	21	91	0	72	4	31	15	48	1.65
2138452--2138589	21	6.7	21	69	6	59	34	25	18	21	1.96
2138557--2138925	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
2139608--2139654	24	2.0	24	86	0	67	27	12	21	38	1.90
2139827--2139851	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
2142340--2142644	19	17.4	19	79	17	358	46	18	20	14	1.83
2142393--2142470	14	4.8	15	71	22	52	43	19	24	12	1.86
2142368--2142644	52	5.2	52	91	6	370	46	17	21	14	1.83
2142340--2142682	141	2.5	136	89	6	494	45	18	20	14	1.85
2142340--2142666	52	6.3	55	87	10	314	46	18	21	14	1.84
2142673--2142774	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
2142880--2142916	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
2144893--2144949	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
2144874--2144966	33	2.8	33	93	0	159	47	21	19	11	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144837--2144971	19	7.6	19	76	16	119	45	23	18	11	1.82
2144967--2145095	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
2144967--2145058	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
2145138--2145700	93	6.1	93	98	1	1089	46	18	12	22	1.83
2145138--2145700	185	3.0	186	98	1	1089	46	18	12	22	1.83
2147460--2147514	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
2147455--2147536	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
2147467--2147555	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
2147635--2147705	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
2147887--2147941	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
2148087--2148279	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
2148087--2148279	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
2148335--2148386	20	2.6	20	93	0	86	21	11	26	40	1.87
2149514--2149541	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
2150015--2150063	21	2.3	20	80	10	53	59	12	6	22	1.55
2150961--2151002	23	1.9	22	85	9	59	38	19	9	33	1.84
2155195--2155301	24	4.5	24	74	0	97	48	15	14	20	1.81
2155195--2155303	48	2.3	48	77	0	119	48	15	15	20	1.81
2157676--2157721	18	2.6	18	96	0	83	10	19	52	17	1.74
2157670--2157699	13	2.3	13	88	0	51	16	20	46	16	1.84
2158917--2158960	22	2.0	22	91	4	72	20	4	11	63	1.44
2160877--2160973	37	2.6	37	80	6	124	41	15	12	30	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161456--2161546	19	4.6	19	70	17	60	31	4	2	61	1.28
2161715--2161761	23	2.0	23	84	8	60	23	2	8	65	1.31
2161766--2161874	17	6.2	18	68	21	54	29	3	1	65	1.20
2161856--2161882	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2161853--2161908	12	4.6	12	78	10	60	17	5	0	76	0.96
2162995--2163031	19	1.9	19	89	10	58	8	24	0	67	1.17
2167315--2167390	22	3.5	22	90	3	127	36	27	14	21	1.92
2168194--2169883	106	16.0	106	89	1	2452	34	24	17	23	1.96
2170614--2170718	37	2.8	37	85	0	147	39	15	15	30	1.88
2171542--2171576	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2171580--2171659	13	6.4	13	70	13	51	17	10	0	72	1.11
2171595--2171635	15	2.6	16	81	14	50	14	7	0	78	0.96
2173624--2173661	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
2184887--2184924	6	6.2	6	82	17	51	18	15	15	50	1.79
2184890--2184924	13	2.8	13	91	4	54	20	17	17	45	1.85
2188211--2188463	125	2.0	124	87	0	362	29	15	28	27	1.96
2189715--2191050	214	6.2	214	82	7	1518	33	16	18	31	1.94
2190800--2190902	41	2.5	41	76	7	95	27	20	19	33	1.97
2191165--2191482	138	2.3	140	87	4	457	28	18	22	30	1.98
2196554--2196669	8	12.9	9	66	21	57	38	0	0	60	1.03
2196578--2196679	25	4.3	25	67	14	72	38	0	0	61	0.96
2196559--2196679	35	3.5	35	96	1	217	38	0	0	60	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198652--2198717	31	2.1	33	88	5	100	22	13	24	39	1.90
2203383--2203473	33	2.8	33	88	3	132	24	14	23	38	1.91
2205664--2205728	9	6.8	9	78	13	58	16	26	27	29	1.97
2205664--2205702	21	1.9	21	89	5	62	17	25	23	33	1.96
2205685--2205734	19	2.7	18	90	9	82	14	30	30	26	1.94
2205685--2205734	9	5.3	9	83	7	64	14	30	30	26	1.94
2205730--2205768	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
2208680--2208755	39	1.9	39	100	0	152	35	21	25	18	1.95
2211263--2211301	21	1.9	21	89	5	62	7	28	15	48	1.72
2211581--2211615	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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