genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8517965--8518039	34	2.2	34	88	9	109	25	2	0	72	0.98
8517981--8518115	34	4.2	32	69	24	90	29	6	0	63	1.19
8518049--8518097	25	1.9	26	84	12	66	38	4	0	57	1.18
8518262--8518304	13	3.5	13	81	12	54	25	2	0	72	0.97
8518273--8518299	11	2.5	11	100	0	54	22	0	0	77	0.76
8518262--8518320	24	2.5	24	83	5	66	25	5	0	69	1.09
8524637--8524678	10	4.2	10	79	11	50	71	2	2	23	1.10
8527908--8527941	17	2.0	17	100	0	68	29	23	23	23	1.99
8530675--8530719	19	2.4	19	96	0	81	57	8	20	13	1.62
8538741--8538793	16	3.2	16	76	12	63	39	5	11	43	1.64
8538741--8538795	17	3.3	17	79	5	67	40	5	12	41	1.66
8541681--8541733	21	2.5	21	81	0	61	22	26	16	33	1.96
8541723--8541813	20	4.6	20	94	0	146	37	21	20	19	1.95
8542519--8542558	20	2.0	20	95	0	71	10	15	17	57	1.64
8542523--8542566	20	2.2	20	83	0	52	13	13	18	54	1.71
8544425--8544570	20	7.6	20	84	9	205	38	19	20	21	1.94
8544428--8544530	54	1.9	54	97	0	197	39	20	21	18	1.92
8544481--8544607	20	6.7	19	82	11	84	40	18	20	21	1.92
8544615--8544734	20	6.3	20	72	11	83	21	20	19	39	1.93
8544596--8544737	73	1.9	73	92	0	239	20	21	19	39	1.93
8545218--8545316	21	4.7	21	75	3	92	22	35	20	22	1.96
8545215--8545325	42	2.6	42	74	5	116	20	36	18	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8546675--8546710	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
8546777--8546817	20	2.0	20	90	0	64	14	14	17	53	1.73
8546788--8546883	33	2.8	33	88	3	129	13	22	20	42	1.87
8546855--8546960	20	5.3	20	82	2	124	19	20	23	35	1.96
8549395--8549448	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
8549395--8549462	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
8550310--8550396	20	4.3	20	80	8	113	20	18	20	40	1.92
8550393--8550433	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
8551089--8551127	20	2.0	20	90	5	62	38	10	0	51	1.36
8551747--8551829	28	3.0	28	92	0	139	39	21	9	28	1.85
8560035--8560063	15	2.0	15	93	6	51	34	20	13	31	1.92
8561744--8561806	28	2.2	28	83	5	83	52	20	3	23	1.61
8563913--8563955	22	2.0	22	90	9	70	55	0	0	44	0.99
8564627--8564671	20	2.2	20	92	0	72	46	17	15	20	1.84
8568859--8568948	45	2.0	45	95	0	162	31	16	5	46	1.70
8570518--8570614	44	2.2	44	83	8	126	31	17	19	30	1.95
8570964--8571007	19	2.3	18	85	11	61	50	6	6	36	1.56
8573510--8573563	22	2.6	21	82	8	65	35	12	16	35	1.87
8577245--8577276	15	2.0	17	88	11	50	31	12	0	56	1.37
8579268--8579366	44	2.3	43	78	5	108	33	19	17	30	1.94
8580979--8581233	137	1.9	136	94	0	456	40	18	14	27	1.89
8581552--8581595	19	2.3	19	88	4	61	52	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8581942--8581975	8	4.4	8	92	3	52	35	0	8	55	1.31
8587120--8587213	25	3.6	25	68	13	71	55	7	3	34	1.44
8587120--8587229	55	2.0	53	82	3	130	54	7	2	35	1.42
8589631--8589687	24	2.4	24	100	0	114	26	14	22	36	1.92
8596994--8597340	131	2.7	131	82	4	402	39	16	11	32	1.84
8600809--8600840	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
8613008--8613372	131	2.8	131	81	1	428	40	15	10	33	1.81
8614501--8614534	18	1.9	18	88	5	52	11	8	0	79	0.94
8615439--8615472	16	2.1	16	94	0	59	64	0	20	14	1.28
8617379--8617443	24	2.7	24	82	2	67	46	35	7	10	1.68
8630383--8630470	24	3.7	23	80	7	88	47	18	13	20	1.82
8630403--8630467	12	5.5	11	74	18	60	46	18	18	16	1.85
8631378--8631413	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
8632736--8632799	18	3.6	18	91	0	101	15	18	48	17	1.81
8632728--8632758	13	2.4	13	94	0	53	16	19	48	16	1.81
8636520--8636566	19	2.5	18	86	6	58	27	10	2	59	1.42
8644047--8644105	24	2.5	24	83	5	75	52	16	10	20	1.72
8644100--8644155	24	2.3	24	75	6	60	50	14	14	21	1.78
8647810--8647875	27	2.5	27	83	11	75	4	19	48	27	1.68
8649155--8649189	12	2.8	12	91	4	52	37	11	5	45	1.64
8654157--8654221	17	3.3	20	66	20	55	40	10	23	26	1.87
8654801--8654825	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8654867--8654931	18	3.6	18	87	4	78	46	38	6	9	1.61
8654888--8654941	18	3.1	18	91	2	74	51	31	3	12	1.57
8666819--8666871	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
8667078--8667107	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
8667224--8667315	29	3.2	29	88	0	103	48	5	18	27	1.69
8671938--8672012	29	2.5	31	78	12	84	44	9	20	26	1.81
8674551--8674693	65	2.2	65	98	0	277	34	20	14	30	1.93
8674551--8674715	65	2.5	65	93	1	260	33	20	15	30	1.94
8675748--8675833	42	2.0	42	97	0	163	39	18	24	17	1.92
8676160--8676189	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
8678107--8678146	21	1.9	21	89	0	62	22	20	35	22	1.96
8678487--8678538	24	2.2	24	82	0	59	17	25	5	51	1.67
8680738--8680794	23	2.5	23	72	16	55	29	22	22	24	1.99
8681423--8681448	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
8689159--8689280	64	1.9	64	88	3	183	35	20	18	25	1.95
8689159--8689321	64	2.6	63	83	5	177	34	20	19	25	1.96
8695429--8695454	10	2.6	10	100	0	52	19	0	11	69	1.18
8699730--8699758	14	2.1	14	100	0	58	31	6	6	55	1.53
8701148--8701204	27	2.4	21	71	28	60	22	0	26	50	1.49
8701870--8702018	65	2.3	67	78	11	166	29	22	18	30	1.97
8703190--8703226	19	1.9	19	100	0	74	37	2	27	32	1.71
8703493--8703724	80	2.9	80	96	1	432	45	11	6	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8708379--8708407	11	2.6	11	100	0	58	17	0	0	82	0.66
8710555--8710581	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
8714318--8714366	24	2.0	24	100	0	98	26	16	20	36	1.93
8720286--8720317	14	2.3	14	94	0	55	25	37	31	6	1.81
8729170--8729243	38	1.9	38	94	0	130	33	14	5	45	1.68
8729169--8729251	38	2.2	38	86	2	121	36	13	4	45	1.64
8729207--8729493	144	2.0	142	92	2	477	32	12	9	44	1.75
8731419--8731800	138	2.8	138	82	6	439	40	13	15	30	1.86
8734100--8734212	42	2.7	42	83	1	138	24	16	25	32	1.96
8734134--8734735	203	3.0	201	86	2	843	27	20	18	33	1.96
8735310--8735397	37	2.4	37	82	1	104	44	19	18	18	1.87
8736310--8736571	54	4.8	53	83	4	308	39	18	9	32	1.83
8736308--8736571	108	2.4	108	86	3	377	39	18	9	32	1.83
8738689--8738768	21	3.8	20	78	6	79	1	15	2	81	0.87
8739613--8739645	13	2.5	13	90	0	57	24	36	6	33	1.80
8747192--8747566	139	2.8	138	83	7	443	41	12	14	32	1.83
8755492--8756459	200	4.9	199	83	4	1050	39	12	15	32	1.85
8756014--8756055	21	2.0	20	86	4	57	38	9	11	40	1.75
8755706--8756459	398	1.9	398	86	3	1088	39	12	15	32	1.85
8757527--8757612	44	2.0	44	83	0	109	31	24	17	26	1.97
8757586--8757634	21	2.2	22	92	7	82	34	26	14	24	1.94
8758445--8758549	54	1.9	55	88	1	158	27	22	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8758510--8758569	21	2.8	21	82	9	77	35	23	15	26	1.94
8763324--8763425	21	4.8	21	70	15	75	32	28	15	23	1.95
8764306--8764359	22	2.6	21	88	5	74	31	27	16	24	1.96
8767756--8767828	6	12.0	6	80	1	65	28	5	5	60	1.42
8767750--8767826	18	4.3	18	75	6	75	28	6	5	59	1.44
8767768--8767828	24	2.5	24	89	0	104	29	4	6	59	1.44
8769178--8769215	19	2.0	19	94	0	67	50	5	15	28	1.66
8769180--8769223	19	2.3	19	88	4	61	52	6	11	29	1.63
8769272--8770788	448	3.4	446	87	1	2063	42	14	13	29	1.84
8770095--8770134	21	1.9	21	94	0	71	25	10	15	50	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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