genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14619426--14619487	24	2.6	24	86	0	79	25	8	9	56	1.59
14623271--14623315	12	3.8	12	77	11	56	15	11	17	55	1.68
14623269--14623315	24	2.0	24	91	8	78	14	12	17	55	1.70
14627399--14627504	43	2.5	43	82	0	140	24	23	17	33	1.96
14631834--14631872	7	5.6	7	100	0	78	43	0	28	28	1.55
14632695--14632740	24	1.9	24	90	0	74	39	17	13	30	1.87
14634456--14634517	27	2.3	27	88	0	88	56	8	1	33	1.38
14639279--14639406	59	2.2	59	85	5	170	33	18	25	22	1.97
14639422--14639698	39	7.2	39	88	3	391	35	15	16	32	1.91
14639422--14639698	77	3.6	77	88	4	400	35	15	16	32	1.91
14639422--14639698	116	2.4	115	87	3	394	35	15	16	32	1.91
14640476--14640523	20	2.4	20	89	0	78	25	12	33	29	1.92
14641453--14641520	18	3.7	18	90	2	91	19	22	29	29	1.98
14645556--14645636	28	2.9	28	86	0	117	19	19	23	37	1.95
14646466--14646714	78	3.2	76	81	4	284	36	13	16	33	1.88
14646466--14646708	116	2.1	118	85	5	325	36	13	16	34	1.87
14646466--14646714	39	6.4	38	81	4	250	36	13	16	33	1.88
14646985--14647325	111	3.1	110	84	1	459	42	17	11	28	1.84
14649060--14649128	36	1.9	35	86	13	97	10	8	4	76	1.13
14649376--14649403	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
14649539--14649578	18	2.2	18	95	0	71	20	20	2	57	1.52
14650853--14650938	24	3.6	23	85	4	118	54	17	11	16	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14650950--14650998	14	3.5	14	80	0	62	61	16	8	14	1.56
14651429--14651609	42	4.3	42	75	12	149	24	20	13	41	1.88
14651429--14651609	43	4.3	41	77	9	152	24	20	13	41	1.88
14651456--14651644	42	4.5	41	78	7	184	22	21	14	42	1.88
14654131--14654445	121	2.6	121	77	5	296	35	14	15	33	1.89
14654178--14654462	122	2.3	121	78	7	281	33	15	15	35	1.89
14656656--14656680	11	2.3	11	100	0	50	24	8	0	68	1.16
14663515--14663558	18	2.5	18	85	10	56	18	6	0	75	1.02
14663854--14663893	21	2.0	21	90	5	64	17	17	0	65	1.28
14668982--14669084	13	7.9	13	78	4	109	37	12	21	28	1.90
14668995--14669085	39	2.3	39	84	0	137	37	14	20	27	1.92
14671904--14671957	17	3.2	17	89	0	72	46	9	11	33	1.71
14671904--14671974	34	2.1	34	81	5	81	45	9	12	32	1.75
14677925--14677992	17	4.0	17	90	0	100	41	7	14	36	1.74
14677925--14677992	34	2.0	34	94	0	118	41	7	14	36	1.74
14684009--14684048	17	2.3	18	86	4	55	82	5	7	5	0.94
14687116--14687245	59	2.2	59	84	2	163	28	16	24	30	1.97
14688002--14688034	16	2.1	16	94	0	57	42	0	3	54	1.15
14693706--14693745	19	2.1	19	100	0	80	22	15	20	42	1.88
14694666--14694795	59	2.2	59	83	2	154	29	16	24	30	1.96
14694856--14694898	20	2.2	20	82	0	50	18	4	16	60	1.52
14695564--14695594	16	1.9	16	93	0	53	35	0	6	58	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14696298--14696438	74	1.9	74	82	5	178	29	22	12	34	1.92
14696288--14696486	37	5.4	37	74	7	145	28	21	12	37	1.90
14696450--14696622	66	2.6	66	86	9	244	30	17	11	39	1.86
14696623--14697051	138	3.1	137	81	3	484	28	29	14	27	1.95
14697035--14697105	23	3.1	23	97	0	133	28	28	12	30	1.93
14697406--14697434	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
14704352--14704407	15	3.6	16	75	18	64	33	0	0	66	0.92
14704458--14704530	33	2.2	33	92	0	119	43	20	10	24	1.84
14708659--14709314	110	6.0	110	90	2	977	34	22	18	24	1.96
14709331--14709657	84	3.9	83	77	4	309	32	25	18	23	1.97
14709391--14709692	165	1.8	164	82	2	390	31	25	19	23	1.98
14710013--14710066	8	6.8	8	73	23	51	27	0	0	72	0.85
14710548--14710593	14	3.4	14	78	6	58	28	0	0	71	0.86
14710547--14710593	13	3.5	13	85	5	58	29	0	0	70	0.88
14711040--14711085	24	1.9	24	95	0	83	43	13	13	30	1.81
14714102--14714589	59	8.3	58	73	9	384	30	23	10	35	1.88
14714045--14714589	117	4.6	117	88	3	704	29	23	10	35	1.89
14720790--14720827	20	1.9	20	94	0	67	26	28	21	23	1.99
14721441--14721849	59	7.0	58	74	11	370	30	23	10	35	1.88
14721445--14721849	117	3.5	117	95	0	704	30	23	10	35	1.88
14725005--14725059	18	3.4	16	79	20	69	61	1	0	36	1.06
14725010--14725232	114	2.0	112	80	7	254	44	1	6	47	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14725200--14725300	32	3.1	32	84	2	130	44	0	10	44	1.39
14725212--14725314	32	3.2	31	77	6	107	46	0	9	43	1.36
14726194--14726222	11	2.7	11	94	5	51	27	6	6	58	1.50
14726264--14726295	14	2.4	14	94	5	57	59	6	9	25	1.52
14729452--14729662	92	2.3	92	77	4	221	28	15	22	33	1.94
14729642--14729754	59	1.9	59	83	3	147	32	14	25	27	1.94
14729784--14730058	38	7.4	37	72	7	191	40	12	15	32	1.85
14729775--14729994	74	3.0	74	86	2	291	40	12	15	31	1.84
14729858--14730058	111	1.8	111	87	2	305	38	12	16	31	1.87
14730144--14730168	13	1.9	13	100	0	50	40	0	24	36	1.55
14730356--14731268	38	24.5	37	69	10	459	38	13	15	32	1.86
14730355--14731078	74	9.7	74	81	4	739	38	12	16	32	1.85
14730954--14731197	111	2.2	112	87	5	359	38	13	15	31	1.87
14730831--14731344	259	2.0	259	87	0	751	38	13	15	32	1.86
14731028--14731313	74	3.8	74	83	1	322	39	14	14	31	1.86
14730880--14731268	185	2.1	187	87	3	547	38	14	16	31	1.88
14731060--14731348	74	3.9	73	79	7	280	38	14	14	31	1.87
14739771--14739844	37	2.0	37	100	0	148	35	21	8	35	1.83
14741040--14741076	17	2.2	17	100	0	74	18	10	16	54	1.71
14747373--14747425	27	2.0	26	85	3	70	32	18	20	28	1.97
14754513--14754560	20	2.4	20	100	0	96	25	37	22	14	1.92
14760786--14760814	14	2.0	15	93	6	51	68	6	0	24	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14767108--14767141	12	2.8	12	81	0	50	70	2	2	23	1.15
14768054--14768096	19	2.3	19	88	4	61	58	2	6	32	1.38
14771963--14771996	13	2.6	13	90	0	50	47	5	14	32	1.69
14772463--14772521	23	2.7	22	81	5	66	30	15	30	23	1.95
14772443--14772521	21	3.6	21	80	11	70	29	16	29	25	1.97
14776268--14776307	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
14778672--14778707	5	7.8	5	87	12	51	80	0	0	19	0.71
14778673--14778707	9	3.9	9	88	11	54	80	0	0	20	0.72
14778672--14778706	13	2.6	13	95	4	61	80	0	0	20	0.72
14778895--14778924	15	2.0	15	100	0	60	46	6	6	40	1.56
14778857--14778930	38	1.9	38	86	8	105	45	9	4	40	1.55
14779967--14780042	24	3.2	23	77	15	84	48	6	0	44	1.28
14779978--14780042	23	2.8	23	88	2	94	47	4	0	47	1.22
14785080--14785192	28	4.0	28	97	0	217	41	21	3	33	1.70
14805516--14805554	7	5.4	7	84	6	51	41	2	2	53	1.28
14805516--14805555	15	2.7	15	88	3	55	40	2	2	55	1.27
14806644--14806674	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
14809802--14809865	3	21.0	3	83	3	83	34	29	0	35	1.58
14810021--14810122	23	4.4	23	75	0	96	36	23	21	18	1.95
14810013--14810122	46	2.4	46	81	6	116	36	23	21	18	1.95
14810211--14810311	45	2.3	43	81	10	130	34	18	11	34	1.88
14813251--14813303	23	2.3	23	83	3	61	26	7	11	54	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14813788--14813866	24	3.5	24	67	13	76	30	18	17	32	1.95
14813786--14813871	44	2.0	44	92	0	145	27	20	18	32	1.96
14813787--14813886	44	2.3	44	83	10	132	30	20	18	32	1.96
14819628--14819668	22	1.9	21	90	5	64	29	21	12	36	1.90
14821677--14821715	18	2.3	18	86	8	55	15	0	25	58	1.37
14822123--14822165	18	2.4	17	88	11	68	34	6	6	51	1.56
14822499--14822577	24	3.5	24	70	16	78	31	17	16	34	1.93
14822500--14822595	43	2.2	43	87	5	131	31	17	17	33	1.94
14824796--14824825	13	2.2	14	94	5	53	73	0	23	3	0.98
14826822--14826867	13	3.5	13	81	0	56	32	17	17	32	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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