genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14827029--14827103	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
14840845--14840900	3	18.0	3	85	7	76	37	0	0	62	0.95
14847716--14847756	10	3.9	10	87	6	55	82	0	17	0	0.66
14847716--14847762	16	2.9	17	84	15	64	80	0	19	0	0.70
14849854--14850314	93	5.0	93	92	5	746	28	13	22	35	1.92
14850219--14850429	115	1.8	114	84	3	278	31	14	20	33	1.93
14852959--14853008	21	2.3	22	93	3	84	36	12	16	36	1.85
14853052--14854277	614	2.0	607	96	3	2266	38	15	17	28	1.91
14854281--14854770	76	6.5	76	95	1	869	22	19	22	35	1.96
14854281--14854770	153	3.2	151	94	2	858	22	19	22	35	1.96
14855034--14855077	19	2.3	19	92	0	70	18	43	18	20	1.89
14855763--14855800	18	2.1	18	90	0	58	28	2	0	68	1.03
14857783--14857823	6	6.7	6	91	2	64	34	29	17	19	1.94
14857868--14857926	20	2.7	22	79	10	77	35	22	22	20	1.96
14858549--14858574	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
14865509--14865543	18	1.9	18	100	0	70	22	17	42	17	1.88
14865942--14865995	27	2.0	27	96	0	99	53	14	5	25	1.63
14870110--14870160	26	2.0	26	84	0	66	62	5	3	27	1.36
14870111--14870166	26	2.2	26	80	6	60	62	5	5	26	1.39
14871006--14871070	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
14870981--14871070	12	8.1	11	91	5	105	46	2	1	50	1.21
14873038--14873083	17	2.6	18	89	6	76	21	8	28	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14874996--14875167	39	4.4	39	81	1	200	23	16	26	32	1.96
14874999--14875164	79	2.1	79	85	1	226	23	16	27	32	1.96
14879006--14879077	17	4.2	17	77	7	65	43	8	12	36	1.73
14881458--14881532	17	4.4	16	73	9	51	40	9	13	37	1.77
14881595--14881680	37	2.3	37	97	0	163	45	17	10	26	1.81
14881612--14881673	20	3.2	20	64	13	58	50	17	4	27	1.67
14884282--14884354	31	2.4	31	88	4	103	24	26	30	19	1.98
14888068--14888207	32	4.6	30	73	13	117	53	19	2	24	1.58
14898825--14898877	24	2.2	24	93	3	90	49	0	5	45	1.26
14898813--14898877	26	2.5	25	83	16	80	47	1	6	44	1.37
14898787--14898976	64	3.0	63	87	7	255	46	2	7	43	1.45
14898841--14898911	38	1.9	37	91	5	117	46	0	8	45	1.33
14898889--14898938	26	1.9	26	95	0	91	42	6	10	42	1.63
14898915--14899019	39	2.8	37	92	5	183	42	3	7	45	1.50
14899063--14899095	15	2.2	15	89	10	50	15	6	0	78	0.93
14900443--14900482	17	2.2	19	86	13	57	22	7	5	65	1.38
14901347--14901445	21	4.6	21	73	17	62	49	1	0	49	1.07
14901351--14901439	33	2.7	32	72	14	83	47	1	0	51	1.08
14901404--14901442	15	2.5	15	91	4	60	48	0	0	51	1.00
14901378--14901446	23	3.0	23	77	14	70	46	1	0	52	1.09
14901330--14901428	45	2.2	45	84	10	123	50	1	1	47	1.14
14910680--14910718	15	2.7	15	84	4	53	20	23	2	53	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14913579--14913627	22	2.2	22	100	0	98	48	8	28	14	1.72
14913668--14913730	27	2.3	27	97	0	117	34	20	12	31	1.90
14915853--14915893	21	1.9	22	85	5	57	39	14	4	41	1.67
14916031--14916084	15	3.7	15	87	7	76	20	20	3	55	1.58
14922240--14922434	97	2.0	97	91	0	318	35	21	8	34	1.84
14922904--14923115	34	6.1	34	72	14	130	46	5	6	41	1.52
14922910--14923166	68	3.8	68	82	9	260	45	6	6	42	1.54
14924748--14924787	17	2.4	17	80	16	55	42	0	7	50	1.30
14925475--14925507	15	2.1	17	88	11	52	27	0	0	72	0.85
14929359--14929481	55	2.3	54	82	4	149	39	19	20	21	1.93
14929350--14929503	54	2.8	55	82	2	168	38	20	20	20	1.93
14929406--14929498	28	3.4	27	69	16	75	35	21	25	17	1.95
14929564--14929607	22	2.0	23	86	13	65	34	13	20	31	1.92
14934801--14934876	36	2.0	36	82	7	89	38	3	15	42	1.66
14934819--14934889	36	2.0	36	88	0	106	38	5	16	39	1.73
14934948--14935011	21	3.0	21	84	6	78	29	21	9	39	1.85
14936560--14936602	4	10.8	4	100	0	86	74	0	0	25	0.82
14938882--14938927	20	2.3	20	85	7	58	54	6	8	30	1.56
14940587--14940686	7	13.9	7	70	19	64	59	3	2	36	1.24
14940590--14940683	9	10.6	9	71	22	58	58	3	2	36	1.26
14940619--14940686	3	22.7	3	73	21	54	61	1	1	35	1.14
14940587--14940686	15	6.4	15	71	20	80	59	3	2	36	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14940587--14940686	27	3.6	27	74	16	89	59	3	2	36	1.24
14940715--14940764	10	5.0	10	83	9	57	52	2	6	40	1.38
14941035--14941288	85	3.0	84	75	6	242	30	20	18	30	1.96
14945825--14946512	55	12.7	55	83	7	443	26	26	15	30	1.96
14946056--14946499	54	8.2	54	84	5	533	26	26	17	30	1.97
14946056--14946511	213	2.1	216	86	5	629	26	25	16	30	1.97
14946827--14946851	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
14946892--14947089	36	5.5	36	86	2	238	20	19	23	36	1.95
14948262--14948639	125	3.0	125	87	0	515	25	24	16	33	1.96
14965461--14965498	20	1.9	20	88	0	58	44	18	10	26	1.82
14969494--14969525	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
14969491--14969545	6	10.4	5	83	14	51	41	1	0	56	1.10
14970598--14970642	21	2.2	20	88	11	65	31	4	0	64	1.13
14970877--14970914	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
14972809--14973600	137	5.8	137	83	1	913	34	24	14	25	1.94
14973768--14973803	3	12.3	3	88	5	56	33	2	0	63	1.08
14974797--14974841	21	2.2	20	88	11	65	31	4	0	64	1.13
14978354--14978406	27	2.0	26	88	3	79	30	24	15	30	1.95
14988194--14988245	25	2.2	24	93	6	88	73	3	11	11	1.23
14988194--14988249	24	2.4	23	85	11	78	73	3	12	10	1.22
14992586--14992707	41	3.0	41	83	0	163	35	14	18	31	1.92
14994677--14994723	18	2.6	18	93	0	76	38	17	23	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14997428--14997461	11	3.1	11	82	0	50	41	8	20	29	1.82
15001101--15001468	131	2.8	131	84	4	481	39	14	11	33	1.82
15003502--15003544	3	14.0	3	85	4	59	67	0	0	32	0.91
15005142--15005186	22	2.2	20	88	8	63	4	15	0	80	0.87
15005169--15005203	17	2.1	17	89	5	54	8	11	0	80	0.92
15005137--15005210	27	2.7	26	77	20	80	6	14	0	78	0.95
15013905--15013955	3	17.0	3	100	0	102	66	0	0	33	0.92
15015220--15015308	41	2.2	42	86	8	121	6	15	1	76	1.05
15018755--15018797	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
15030543--15030645	44	2.4	44	83	4	120	32	21	14	32	1.93
15031093--15031137	19	2.3	20	78	17	51	15	2	13	68	1.30
15031161--15031198	13	3.2	12	78	14	51	34	13	2	50	1.55
15032466--15032496	14	2.2	14	94	0	53	48	6	3	41	1.45
15034887--15035255	131	2.8	132	85	4	471	39	14	11	33	1.83
15041051--15041395	45	7.7	45	81	6	378	42	13	19	25	1.87
15043483--15043561	30	2.6	30	80	7	81	41	7	17	32	1.78
15045234--15045355	40	3.0	40	87	0	172	22	14	26	36	1.93
15045466--15045620	45	3.4	45	87	5	206	42	7	18	32	1.77
15047185--15047229	22	2.1	21	83	4	54	44	2	4	48	1.35
15047264--15047516	93	2.7	93	74	8	237	44	7	5	42	1.56
15052806--15052856	24	2.0	26	85	7	70	60	3	1	33	1.26
15054012--15054060	14	3.3	15	77	8	55	61	4	0	34	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15054686--15055008	106	3.0	105	87	3	434	22	18	23	34	1.96
15055967--15056065	51	1.9	51	83	4	128	17	25	12	45	1.82
15066419--15066448	13	2.3	13	94	0	51	76	3	0	20	0.92
15066650--15066700	24	2.0	26	85	7	70	60	3	1	33	1.26
15082439--15082469	16	2.0	16	93	6	55	35	0	12	51	1.40
15084297--15084333	3	12.0	3	94	5	65	64	0	0	35	0.94
15084297--15084345	16	3.1	16	88	2	64	59	4	0	36	1.17
15084647--15084881	104	2.3	104	82	5	271	23	15	26	34	1.94
15085393--15085680	100	2.8	101	84	6	370	37	10	18	34	1.84
15085625--15085826	67	3.0	66	75	4	172	39	10	19	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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