genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2701882--2701913	16	2.0	16	100	0	64	18	25	12	43	1.85
2709661--2709699	15	2.5	15	87	4	51	69	2	10	17	1.28
2720450--2720501	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
2723696--2723843	74	2.0	74	100	0	296	35	13	20	31	1.91
2729580--2729618	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2729536--2729726	64	3.0	64	80	7	208	30	24	16	28	1.97
2729566--2729726	65	2.5	65	84	3	209	30	25	16	27	1.96
2729566--2729746	64	2.8	64	82	2	211	29	25	17	27	1.97
2735488--2735536	22	2.3	21	83	13	57	30	20	18	30	1.96
2738120--2738158	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2738106--2738265	65	2.5	65	84	6	209	30	25	16	28	1.97
2738106--2738286	64	2.8	64	82	2	211	29	25	17	27	1.97
2739339--2739388	25	2.0	25	84	0	64	52	6	24	18	1.67
2741745--2741774	16	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
2742096--2742164	30	2.3	30	85	7	88	43	11	8	36	1.72
2774425--2774454	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2775883--2775945	24	2.7	24	90	2	92	31	26	17	23	1.97
2777166--2777205	16	2.6	16	84	4	55	55	0	0	45	0.99
2777621--2777996	36	10.1	36	69	21	231	44	2	5	47	1.37
2777619--2777796	87	2.0	87	97	0	338	43	2	4	49	1.35
2777670--2777757	25	3.5	26	73	11	85	45	2	4	47	1.35
2777711--2777996	70	4.0	72	76	16	283	45	2	5	47	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777853--2777877	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
2777897--2777953	28	2.0	28	100	0	114	54	3	3	38	1.35
2779278--2779313	15	2.2	17	90	9	58	2	13	0	83	0.76
2779288--2779330	20	2.2	20	87	8	61	9	9	0	81	0.88
2779372--2779472	30	3.5	29	72	17	86	20	2	0	76	0.92
2779372--2779447	18	4.3	17	74	11	55	18	3	0	77	0.92
2779393--2779464	21	3.8	18	80	10	74	19	2	0	77	0.88
2779393--2779456	24	2.6	25	85	12	87	18	3	0	78	0.89
2779418--2779473	21	2.8	21	76	10	55	21	3	0	75	0.96
2783138--2783214	20	3.8	20	82	3	100	55	10	5	28	1.55
2783730--2783952	29	7.6	28	81	9	182	32	4	15	47	1.64
2783735--2783978	58	4.2	56	83	10	230	34	4	14	47	1.63
2783735--2783978	117	2.1	113	80	12	257	34	4	14	47	1.63
2783836--2783983	29	5.3	26	82	9	102	35	3	14	46	1.61
2786949--2787131	95	1.9	95	86	0	258	33	17	19	30	1.95
2788329--2789178	84	10.2	84	80	4	903	31	24	19	25	1.98
2789702--2790050	37	9.5	35	81	9	349	44	3	4	47	1.40
2789861--2790034	11	14.1	11	65	20	51	43	2	5	48	1.40
2789702--2790050	145	2.4	145	87	6	481	44	3	4	47	1.40
2790048--2790094	25	1.9	24	86	4	67	23	4	2	70	1.16
2790072--2790103	10	3.2	10	90	0	55	18	6	0	75	1.01
2791344--2791391	23	2.0	23	84	4	60	8	14	2	75	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2791373--2791416	16	2.8	16	86	6	54	18	6	0	75	1.02
2791377--2791505	54	2.4	53	81	11	138	15	8	0	75	1.08
2791449--2791490	16	2.6	17	85	7	52	16	4	0	78	0.91
2791395--2791480	30	3.2	26	69	24	61	13	10	1	74	1.13
2791362--2791499	72	1.9	71	81	8	165	14	10	0	74	1.11
2791433--2791516	14	6.1	14	73	14	68	15	7	1	76	1.06
2791549--2791595	4	11.8	4	77	8	51	25	4	0	70	1.05
2791445--2791592	28	5.4	27	70	22	73	20	6	1	71	1.15
2798225--2799989	3	593.7	3	82	12	1722	0	37	0	61	1.01
2798323--2798348	13	2.0	13	100	0	52	0	61	0	38	0.96
2800552--2800615	32	2.0	32	84	6	85	48	6	1	43	1.37
2805279--2805318	20	2.0	20	95	0	71	15	35	27	22	1.94
2805281--2805320	10	4.0	10	86	0	53	12	32	32	22	1.91
2810426--2810472	23	2.2	21	85	14	62	17	29	29	23	1.97
2810433--2810493	20	2.9	21	85	7	70	18	24	32	24	1.97
2823016--2823069	18	2.7	21	83	16	87	31	27	27	12	1.93
2832376--2832438	30	2.1	30	100	0	126	6	28	39	25	1.80
2833137--2833207	29	2.4	29	97	0	133	35	16	14	33	1.89
2834026--2834050	12	2.1	12	100	0	50	32	28	8	32	1.86
2834450--2834527	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
2834746--2834792	23	2.0	23	91	0	76	53	4	0	42	1.20
2840481--2840626	69	2.1	69	93	0	247	34	17	20	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2843644--2843695	2	28.5	2	74	18	51	48	0	3	48	1.20
2844100--2845453	84	16.3	83	83	5	1617	23	21	26	29	1.99
2844189--2845453	249	5.1	249	93	1	1964	23	21	26	29	1.99
2848860--2848904	19	2.4	19	92	3	74	68	8	8	13	1.38
2851460--2851513	2	29.5	2	75	17	55	48	0	3	48	1.19
2851454--2851490	10	3.7	10	92	0	56	45	0	8	45	1.32
2852787--2852829	19	2.3	19	87	0	59	25	18	0	55	1.42
2858383--2858471	45	2.0	45	84	4	117	20	22	24	32	1.98
2859791--2859815	7	3.6	7	100	0	50	16	0	84	0	0.63
2869196--2869222	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
2877346--2877385	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
2879457--2879617	65	2.5	65	84	5	202	25	18	24	31	1.98
2890171--2890220	20	2.5	20	80	3	66	18	16	0	66	1.26
2900169--2900329	65	2.5	65	86	5	211	26	20	23	29	1.99
2904764--2904806	20	2.2	20	87	8	61	13	0	25	60	1.34
2905412--2905450	20	2.0	20	94	0	69	17	35	28	17	1.94
2905487--2905545	20	3.0	20	94	0	109	20	32	25	22	1.98
2908934--2909902	484	2.0	485	98	0	1859	36	13	15	34	1.87
2924024--2924118	41	2.3	41	98	0	181	38	7	9	44	1.65
2937601--2937640	19	2.0	21	90	9	66	45	5	5	45	1.47
2938866--2938925	31	1.9	32	86	10	88	38	15	20	26	1.91
2938861--2938938	32	2.5	31	79	6	77	42	12	16	28	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2938960--2938986	5	5.4	5	100	0	54	0	18	37	44	1.50
2939599--2939654	27	2.1	26	96	3	103	73	10	3	12	1.22
2943322--2943474	65	2.4	64	86	3	200	32	20	16	30	1.95
2945414--2945453	21	1.9	21	89	0	62	52	7	10	30	1.62
2951983--2952138	65	2.4	65	85	7	203	30	23	15	30	1.95
2954793--2954881	31	2.9	31	86	1	126	37	6	12	43	1.69
2954798--2954896	31	3.2	31	84	1	119	42	9	9	39	1.68
2959092--2959188	31	3.2	31	81	12	112	48	10	3	38	1.53
2960999--2961043	21	2.1	21	87	0	63	26	2	26	44	1.66
2961012--2961071	28	2.1	28	82	11	70	31	5	18	45	1.71
2973742--2973781	14	2.9	15	78	14	50	7	15	0	77	0.98
2978044--2978686	136	4.6	137	76	9	367	23	31	20	24	1.98
2978333--2978717	136	2.8	136	89	0	554	24	32	19	23	1.97
2981837--2981876	20	2.0	21	95	5	73	32	22	20	25	1.98
2983750--2983800	19	2.7	18	82	17	59	56	1	11	29	1.46
2985449--2985494	21	2.2	21	88	3	67	45	28	13	13	1.80
2989593--2989646	2	27.5	2	96	3	101	50	0	0	50	1.00
2998938--2998992	15	3.6	14	83	13	65	78	9	12	0	0.97
2998941--2999010	17	4.2	17	77	12	65	78	8	11	1	1.02
2998938--2999013	16	4.7	15	74	16	55	77	9	11	1	1.05
2999620--2999674	22	2.5	22	93	0	92	36	27	7	29	1.84
3000693--3001670	106	9.2	106	91	0	1535	34	24	18	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3015679--3015718	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
3025990--3026029	21	1.9	21	89	0	62	52	5	5	37	1.45
3031519--3031581	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
3044392--3044494	52	2.0	52	98	0	197	39	5	15	38	1.72
3051345--3051380	17	2.1	17	100	0	72	16	38	5	38	1.72
3052255--3052310	22	2.5	22	100	0	112	14	23	44	17	1.85
3064704--3064734	16	1.9	16	93	0	53	64	0	16	19	1.29
3065749--3065786	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
3068553--3068591	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
3073971--3074071	23	4.4	23	83	7	125	40	15	15	27	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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