genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2217426--2217840	41	10.1	40	71	14	256	31	20	16	31	1.95
2217426--2217688	123	2.1	123	80	8	286	31	20	17	30	1.96
2217436--2217840	164	2.5	165	83	5	484	31	20	17	30	1.95
2223878--2223938	21	2.9	21	97	0	113	19	6	21	52	1.68
2224073--2224410	43	7.9	43	90	0	534	23	25	18	31	1.97
2224505--2224553	22	2.2	22	92	0	80	51	18	14	16	1.77
2225129--2225217	3	30.0	3	88	8	130	31	0	0	68	0.90
2226458--2226512	28	2.0	27	82	10	67	32	5	1	60	1.30
2226683--2226727	20	2.3	19	80	3	54	33	4	0	62	1.15
2226557--2226860	157	1.9	158	83	5	391	41	5	6	47	1.52
2227526--2227561	17	2.1	17	94	0	63	22	13	19	44	1.86
2227962--2227987	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2229716--2229770	20	2.8	19	80	2	56	20	7	9	63	1.47
2231499--2231552	19	2.8	19	97	0	99	25	35	16	22	1.95
2231536--2231646	56	2.0	56	85	5	152	28	23	19	27	1.98
2237288--2237346	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
2237336--2237471	30	4.7	30	72	25	91	51	13	0	35	1.41
2237368--2238100	53	14.0	51	74	15	343	51	12	0	35	1.41
2237400--2237439	20	2.0	21	90	5	64	50	12	0	37	1.41
2237518--2237570	14	3.6	14	72	22	54	58	5	0	35	1.22
2237494--2237579	31	2.7	32	87	7	131	53	11	0	34	1.37
2237610--2237651	21	2.0	21	95	4	75	50	14	0	35	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2237495--2237856	22	13.4	29	67	27	164	52	12	0	35	1.39
2237760--2237856	31	3.4	29	72	25	91	51	10	0	38	1.36
2237559--2238122	126	4.5	125	75	15	535	51	12	0	35	1.40
2237840--2237908	15	4.2	15	72	24	59	52	4	0	43	1.21
2237845--2238007	37	4.3	37	73	17	138	51	11	0	37	1.37
2237743--2238101	182	2.0	181	89	7	548	50	12	0	36	1.41
2237940--2238122	32	6.5	31	74	24	181	51	11	0	37	1.38
2237974--2238015	22	2.0	22	95	4	77	50	14	0	35	1.43
2237976--2238023	22	2.2	22	85	7	62	54	14	0	31	1.41
2238027--2238068	21	2.0	22	95	4	77	50	14	0	35	1.43
2238053--2238107	18	3.3	18	65	19	55	54	14	0	30	1.41
2238029--2238076	21	2.2	21	85	7	60	54	14	0	31	1.41
2238106--2238216	15	7.1	15	78	17	120	51	2	0	45	1.15
2238145--2238216	29	2.5	30	93	4	121	50	0	0	50	1.00
2238045--2238216	80	2.2	79	85	8	226	51	6	0	42	1.27
2240974--2241008	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2244422--2245001	123	4.7	124	89	2	857	40	15	18	25	1.90
2244932--2244995	20	3.2	20	68	12	60	43	10	21	23	1.84
2244915--2245169	140	1.8	139	87	0	375	40	14	18	27	1.89
2245815--2245840	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2248872--2249012	42	3.5	41	89	9	227	30	13	24	31	1.94
2250166--2250244	39	2.0	39	97	0	149	16	26	21	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256707--2256750	21	2.2	20	87	4	61	31	27	25	15	1.96
2258046--2258122	31	2.5	31	80	2	75	27	18	23	31	1.97
2258096--2258194	30	3.3	30	91	1	146	21	23	26	29	1.99
2261321--2261365	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
2262727--2262818	29	3.2	29	86	6	116	21	21	26	30	1.99
2264747--2265014	42	6.3	42	89	3	392	18	27	23	30	1.98
2264749--2265045	130	2.3	127	87	4	409	19	26	22	31	1.98
2264751--2265083	85	3.8	87	82	7	272	18	26	22	32	1.97
2264749--2265084	130	2.6	129	83	6	362	19	26	22	32	1.97
2266406--2266446	18	2.3	18	100	0	82	0	43	4	51	1.23
2266400--2266445	18	2.3	20	78	17	60	0	39	4	56	1.19
2267524--2267580	24	2.3	25	80	11	64	63	1	1	33	1.15
2268050--2268082	16	2.1	16	88	5	50	24	0	0	75	0.80
2271866--2271917	19	2.7	19	96	0	95	34	15	11	38	1.83
2284201--2284316	57	2.0	57	94	0	205	34	28	14	22	1.94
2298975--2299107	46	2.9	46	86	3	178	27	12	22	37	1.90
2300146--2300293	72	2.1	69	89	3	224	37	12	25	23	1.91
2304942--2305054	37	3.0	38	75	7	115	38	22	19	20	1.94
2305454--2305911	54	8.5	54	94	0	747	36	19	25	18	1.95
2315005--2315071	33	2.1	34	83	13	88	74	1	4	19	1.07
2315042--2315096	16	3.2	17	78	14	60	72	3	1	21	1.09
2314975--2315161	99	1.9	100	79	8	211	72	4	3	19	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315118--2315184	24	2.8	24	71	10	57	73	2	2	20	1.10
2316338--2316386	16	3.4	14	84	15	64	77	0	6	16	0.96
2316457--2316518	13	4.8	13	78	9	56	50	9	1	38	1.45
2316483--2316511	12	2.4	12	100	0	58	51	6	0	41	1.28
2316501--2316679	38	4.9	38	75	14	144	48	6	2	43	1.40
2316514--2316654	70	2.0	72	83	2	178	48	6	2	42	1.43
2316510--2316681	70	2.4	71	75	10	177	47	6	2	44	1.41
2317022--2317137	32	3.7	31	74	8	117	38	5	9	46	1.59
2317019--2317137	64	1.9	62	87	3	175	37	5	9	47	1.57
2352628--2352727	25	4.2	24	65	15	64	75	1	19	5	1.05
2354002--2354298	99	2.9	99	90	6	447	28	15	29	25	1.96
2354010--2354458	104	4.4	103	82	9	431	28	17	27	27	1.97
2354002--2354298	50	5.9	51	89	8	457	28	15	29	25	1.96
2354111--2354451	51	6.6	52	81	10	244	27	17	26	28	1.98
2354000--2354456	153	3.0	153	83	11	464	28	16	27	27	1.97
2376179--2376296	40	3.0	40	87	4	161	40	6	17	34	1.76
2380177--2380230	28	2.0	27	85	3	72	57	9	3	29	1.47
2385656--2385826	70	2.5	71	84	10	221	44	9	13	32	1.76
2385824--2385999	75	2.3	75	81	1	201	40	10	14	35	1.79
2385975--2386022	23	2.1	23	88	0	69	35	12	14	37	1.84
2385670--2386076	173	2.4	165	83	8	470	41	9	13	35	1.78
2385930--2386113	98	1.9	98	84	4	246	38	9	15	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386174--2386462	153	1.9	153	90	1	463	42	10	9	37	1.73
2386636--2386935	108	2.8	107	79	6	327	34	13	12	39	1.82
2386783--2387237	226	2.0	226	85	3	621	31	12	12	42	1.81
2388035--2388074	21	1.9	21	89	0	62	35	27	15	22	1.94
2388878--2389087	65	3.2	65	78	8	180	31	22	18	27	1.97
2394817--2394873	22	2.7	21	84	10	80	31	26	15	26	1.96
2394816--2394912	43	2.2	44	81	5	117	30	24	19	24	1.98
2397538--2397744	65	3.2	64	78	11	190	31	23	17	27	1.97
2410608--2410712	34	3.1	34	80	2	122	43	23	7	24	1.80
2413613--2413650	17	2.4	17	91	8	62	55	31	0	13	1.38
2415584--2415641	20	2.7	22	76	7	66	18	24	34	22	1.96
2421351--2421559	76	2.8	76	86	3	280	22	22	31	23	1.98
2425787--2425829	21	2.1	20	82	4	50	51	6	13	27	1.67
2429339--2429379	12	3.0	14	75	17	50	46	0	0	53	1.00
2431401--2431432	5	6.4	5	100	0	64	0	78	0	21	0.76
2434054--2434078	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2441508--2441550	7	6.1	7	100	0	86	58	0	41	0	0.98
2442394--2442528	58	2.3	60	78	10	136	31	16	17	34	1.92
2444627--2444766	70	2.0	69	94	4	246	37	11	27	24	1.89
2450408--2450438	12	2.6	12	94	0	53	48	19	0	32	1.49
2452636--2452728	29	3.2	29	72	14	91	38	5	23	32	1.78
2452620--2452804	60	3.1	59	85	2	244	37	3	24	34	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452636--2452788	29	5.2	29	65	10	76	39	4	21	33	1.74
2457009--2457039	16	1.9	16	100	0	62	41	0	0	58	0.98
2465828--2465879	19	2.7	19	93	0	86	19	1	34	44	1.62
2465828--2465886	19	3.1	19	90	0	82	20	3	33	42	1.69
2465904--2465952	21	2.3	21	89	0	71	18	4	36	40	1.70
2469368--2469428	22	2.7	22	82	7	70	27	21	18	32	1.96
2477565--2477602	18	2.1	18	85	9	51	50	15	0	34	1.45
2479515--2479876	55	6.6	55	85	4	397	31	22	16	29	1.96
2479515--2479876	110	3.3	110	84	3	442	31	22	16	29	1.96
2481290--2481351	12	4.9	13	72	20	51	3	22	1	72	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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