genome.fa.s9634.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009634.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117034_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  17174986

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8772812--8772850	20	1.9	21	89	5	62	56	10	10	23	1.63
8783907--8783963	20	2.7	22	83	8	73	56	12	8	22	1.63
8785146--8785211	31	2.1	31	82	0	78	6	7	24	62	1.45
8785879--8785942	18	3.4	18	70	16	58	26	39	7	26	1.83
8785881--8785956	38	2.0	38	89	0	116	28	38	7	25	1.84
8788441--8788479	21	1.9	20	84	5	51	69	17	0	12	1.19
8793846--8794222	35	10.7	35	90	0	592	19	19	17	43	1.89
8794267--8794437	89	1.9	89	84	0	225	26	15	18	39	1.90
8799066--8799112	15	3.1	15	100	0	94	34	19	6	40	1.77
8806078--8806115	13	2.7	14	88	8	51	68	0	2	28	1.03
8811942--8811983	20	2.0	21	86	4	59	19	14	23	42	1.87
8811990--8812030	21	2.0	21	85	0	55	60	0	0	39	0.96
8815684--8815720	14	2.6	14	91	0	65	16	21	5	56	1.59
8815806--8815855	23	2.1	24	88	3	75	24	26	24	26	2.00
8822799--8822847	24	2.0	24	100	0	98	59	0	12	28	1.34
8823157--8823228	3	24.3	3	94	2	128	36	0	0	63	0.94
8825024--8825080	25	2.3	25	79	14	64	35	0	5	59	1.20
8826167--8826307	68	2.0	70	90	5	223	43	7	4	43	1.53
8826436--8826480	22	2.0	23	95	4	83	42	8	0	48	1.34
8831295--8831653	126	2.9	125	84	3	454	24	19	25	30	1.98
8831824--8831930	35	3.2	35	73	13	109	36	14	18	30	1.90
8831939--8832125	69	2.7	69	76	11	173	40	11	17	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8831939--8832138	70	2.9	68	78	5	204	41	12	17	29	1.85
8831837--8832139	139	2.2	134	75	9	308	39	12	17	30	1.87
8832245--8832274	15	2.0	15	93	0	51	43	6	16	33	1.74
8832470--8832536	34	2.0	34	90	0	107	38	8	16	35	1.80
8836214--8836598	210	1.8	209	80	3	459	25	20	20	34	1.96
8836785--8836864	32	2.5	32	89	0	115	55	6	17	21	1.64
8837901--8837938	16	2.4	16	86	8	51	57	5	5	31	1.43
8845119--8845212	6	15.7	6	98	0	179	31	32	1	34	1.65
8845536--8845584	23	2.1	23	85	7	64	59	12	2	26	1.44
8847046--8847097	24	2.2	24	100	0	104	42	13	15	28	1.85
8852833--8852901	30	2.3	30	97	0	129	23	10	18	47	1.79
8856988--8857026	10	3.9	10	89	0	60	56	23	12	7	1.62
8856988--8857102	20	5.7	20	71	17	78	56	20	14	8	1.64
8857000--8857068	24	2.9	24	93	0	120	55	24	15	4	1.59
8856989--8857050	10	5.8	10	76	14	52	56	22	14	6	1.61
8857068--8857106	10	3.9	10	82	0	51	58	10	15	15	1.62
8857273--8857334	24	2.6	24	84	7	90	61	17	9	11	1.56
8861273--8861335	32	2.0	31	81	9	74	34	6	0	58	1.23
8865971--8867040	164	6.5	164	84	3	1276	29	24	20	25	1.99
8865971--8867040	248	4.3	244	78	5	958	29	24	20	25	1.99
8865972--8867051	412	2.6	407	77	5	1161	29	24	20	25	1.99
8867643--8867683	2	21.5	2	85	9	59	46	0	2	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8868812--8868848	15	2.2	17	86	13	51	21	5	5	67	1.31
8874054--8875120	164	6.5	164	85	2	1392	29	25	20	24	1.99
8874054--8875120	248	4.3	244	78	5	959	29	25	20	24	1.99
8874054--8875153	412	2.7	407	77	5	1219	29	25	20	25	1.99
8880996--8881051	13	4.2	13	75	11	51	33	19	14	32	1.92
8881048--8881115	30	2.3	30	84	5	84	20	22	19	38	1.94
8885560--8885588	11	2.6	11	100	0	58	72	0	0	27	0.85
8887975--8888064	38	2.5	35	87	10	130	30	8	20	41	1.82
8888017--8888167	66	2.2	69	86	6	202	36	13	21	28	1.92
8888116--8888404	36	8.1	36	80	9	308	39	12	20	27	1.89
8888188--8888372	100	1.8	102	83	2	248	39	11	20	28	1.88
8888059--8888396	177	1.9	177	89	3	524	39	13	21	25	1.90
8888081--8888396	173	1.8	177	90	4	507	40	12	20	26	1.88
8888856--8888897	21	2.0	21	85	4	57	21	11	16	50	1.77
8889600--8889862	95	2.7	95	87	4	350	32	18	17	31	1.94
8891480--8891524	7	6.4	7	92	0	63	37	4	31	26	1.76
8891468--8891524	21	2.8	21	78	7	64	38	8	28	24	1.85
8891992--8892116	46	2.8	45	89	3	189	29	23	9	37	1.86
8892221--8892329	40	2.7	40	91	0	182	36	26	12	23	1.91
8896161--8896219	17	3.5	16	77	11	64	6	18	0	74	1.03
8896180--8896302	6	20.3	6	76	13	85	5	16	2	75	1.10
8896176--8896298	37	3.2	34	74	18	86	6	15	2	75	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8896185--8896279	43	2.2	42	82	10	122	6	15	3	74	1.14
8896236--8896302	31	2.2	29	82	12	82	5	14	1	77	1.03
8896302--8896343	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
8898623--8898675	20	2.7	20	96	0	97	22	20	32	24	1.98
8899130--8899253	45	2.8	45	87	1	178	30	20	7	41	1.80
8905095--8905195	51	2.0	51	90	0	157	32	20	11	34	1.89
8907409--8907450	16	2.8	15	78	7	50	16	19	11	52	1.74
8915555--8915615	27	2.3	27	97	0	113	21	18	26	34	1.96
8918397--8918444	21	2.3	21	85	7	62	81	0	2	16	0.79
8918397--8918444	7	6.9	7	79	9	53	81	0	2	16	0.79
8918397--8918445	11	4.7	10	80	9	53	81	0	2	16	0.78
8918522--8918938	78	5.5	76	83	11	416	45	4	3	46	1.40
8918522--8918938	38	10.9	37	82	11	450	45	4	3	46	1.40
8919064--8919135	38	1.9	37	91	8	119	45	5	1	47	1.34
8918860--8919257	196	2.0	197	97	0	744	44	12	5	37	1.65
8919965--8920429	85	5.4	85	85	1	590	26	20	19	33	1.96
8920489--8920766	85	3.3	86	82	3	312	25	22	24	28	1.99
8926197--8926254	26	2.2	27	81	3	64	68	1	12	17	1.28
8926352--8926398	23	2.0	23	91	0	76	57	8	12	21	1.62
8926565--8926656	7	13.1	7	95	0	139	14	23	0	61	1.32
8927408--8927440	14	2.4	14	94	0	57	57	6	6	30	1.47
8927463--8927765	75	4.1	75	75	11	268	44	6	3	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8927456--8927757	38	8.1	37	77	13	280	45	5	3	44	1.45
8927467--8927758	113	2.6	112	82	6	292	45	6	3	44	1.46
8928202--8928280	21	4.0	20	76	17	76	73	0	7	18	1.06
8928200--8928277	38	2.0	39	85	11	108	71	0	7	20	1.10
8928351--8928404	3	18.3	3	84	3	74	66	0	0	33	0.92
8928494--8928527	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8928638--8928695	24	2.4	23	83	8	80	44	6	3	44	1.47
8928552--8928718	65	2.8	57	74	21	153	43	7	3	45	1.48
8928659--8928927	36	7.2	36	83	12	312	44	4	5	45	1.48
8928659--8928927	74	3.6	72	83	9	319	44	4	5	45	1.48
8931418--8931874	85	5.4	85	84	2	567	25	21	19	34	1.96
8931412--8931874	170	2.7	170	87	2	642	25	20	19	34	1.96
8931934--8932211	85	3.3	85	82	4	310	25	22	24	27	2.00
8937637--8937694	26	2.2	27	81	3	64	68	1	12	17	1.28
8937792--8937837	22	2.1	22	91	0	74	56	8	13	21	1.63
8938004--8938094	7	13.1	7	94	2	139	14	24	0	61	1.33
8938847--8938879	14	2.4	14	94	0	57	57	6	6	30	1.47
8938957--8939203	39	6.4	39	78	14	228	45	5	3	45	1.43
8938895--8939204	38	8.1	38	74	15	248	46	5	3	44	1.44
8939647--8939725	21	4.0	20	76	17	76	73	0	7	18	1.06
8939645--8939722	38	2.0	39	85	11	108	71	0	7	20	1.10
8939742--8939855	3	38.3	3	78	11	83	65	3	4	26	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8940074--8940131	24	2.4	23	83	8	80	44	6	3	44	1.47
8939988--8940154	65	2.8	57	74	21	153	43	7	3	45	1.48
8940095--8940359	36	7.2	36	85	9	340	44	4	5	45	1.49
8940095--8940359	74	3.6	72	86	7	356	44	4	5	45	1.49
8944884--8944927	22	2.0	22	87	12	65	68	15	6	9	1.38
8945336--8945461	60	2.1	61	88	2	184	30	26	7	35	1.83
8945336--8945476	60	2.3	59	84	4	183	31	27	6	34	1.82
8945539--8945688	59	2.5	60	85	1	203	38	2	24	36	1.67
8948746--8948828	21	3.8	21	77	13	78	20	22	31	25	1.98
8948746--8948827	23	3.7	22	79	9	78	20	23	31	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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