genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1665369--1665397	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
1666264--1666289	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1666328--1666404	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
1666349--1666421	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
1666328--1666421	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
1667040--1667134	34	2.9	33	93	6	167	47	24	3	25	1.66
1674318--1674343	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1674404--1674476	20	3.6	20	78	7	85	32	17	13	35	1.89
1674382--1674459	21	3.7	21	74	8	79	30	15	11	42	1.82
1674382--1674476	41	2.3	42	91	8	151	31	16	12	38	1.86
1677454--1677494	21	2.0	21	90	4	66	48	51	0	0	1.00
1677454--1677505	21	2.7	20	83	13	65	51	48	0	0	1.00
1677684--1677792	31	3.6	30	69	10	87	62	35	1	0	1.06
1677730--1677773	20	2.1	22	87	8	65	68	27	4	0	1.09
1677824--1677891	13	5.0	15	70	20	51	52	47	0	0	1.00
1677857--1677891	13	2.6	14	86	13	56	57	42	0	0	0.99
1677930--1678030	23	4.3	23	72	16	73	62	37	0	0	0.96
1677993--1678061	25	2.9	24	75	8	70	65	34	0	0	0.93
1678141--1678183	19	2.3	19	88	8	61	62	37	0	0	0.95
1678175--1678249	33	2.2	34	83	9	91	54	44	1	0	1.08
1684148--1684199	20	2.7	20	88	8	72	30	13	19	36	1.90
1684232--1684284	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1686610--1686644	16	2.2	16	90	5	54	65	5	5	22	1.36
1690578--1690639	31	1.9	34	83	9	85	40	16	14	29	1.88
1690648--1690685	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1691127--1691171	20	2.1	22	84	8	58	22	44	24	8	1.81
1693255--1693322	33	2.1	32	88	2	100	35	17	13	33	1.89
1693353--1693404	23	2.3	23	96	0	95	36	25	9	28	1.87
1693360--1693416	23	2.6	22	89	8	82	36	22	8	31	1.85
1698611--1698664	21	2.7	20	86	13	76	33	12	14	38	1.85
1698611--1698663	19	2.7	20	88	11	74	32	13	15	39	1.85
1698734--1698765	13	2.5	13	94	0	55	34	12	15	37	1.85
1699329--1699403	36	2.1	36	97	0	141	36	24	1	38	1.64
1699329--1699390	18	3.4	18	70	26	58	40	24	0	35	1.55
1699346--1699404	18	3.3	17	70	25	50	35	20	1	42	1.62
1705802--1705832	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
1707443--1707519	32	2.4	32	97	0	145	29	16	15	37	1.90
1707460--1707519	19	3.5	19	68	25	60	30	16	15	38	1.89
1707561--1707612	20	2.6	20	84	6	70	28	15	17	38	1.90
1717805--1717849	23	2.0	23	95	4	83	42	4	0	53	1.21
1718383--1718446	25	2.4	26	73	14	60	64	0	4	31	1.14
1718419--1718502	43	2.0	43	80	0	96	59	0	10	29	1.31
1718657--1718707	19	3.0	17	86	13	70	49	0	0	50	1.00
1721998--1722059	26	2.4	25	84	7	72	46	1	1	50	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1726512--1726546	17	2.1	17	89	5	54	48	5	0	45	1.26
1727109--1727172	29	2.1	31	82	5	78	40	0	3	56	1.15
1727217--1727241	13	1.9	13	100	0	50	56	4	0	40	1.18
1732742--1732910	10	16.7	10	80	8	146	36	1	13	49	1.50
1732747--1732910	4	42.0	4	74	4	93	36	1	12	49	1.49
1732763--1732905	26	5.7	26	81	8	161	35	0	13	50	1.47
1732747--1732909	26	6.2	26	83	4	159	36	1	12	49	1.49
1736291--1736324	2	17.5	2	93	6	61	52	47	0	0	1.00
1737448--1737492	16	2.8	16	86	3	54	62	4	0	33	1.15
1738435--1738478	22	2.1	20	83	8	52	40	2	0	56	1.11
1738562--1738595	15	2.3	15	89	0	50	61	0	2	35	1.11
1738568--1738612	15	3.0	16	84	9	51	55	0	2	42	1.12
1740653--1740691	21	1.9	21	84	5	53	20	10	10	58	1.59
1741059--1741203	58	2.5	58	85	0	182	22	8	11	57	1.61
1741117--1741200	20	4.3	20	68	14	59	20	5	13	60	1.53
1742357--1742410	20	2.8	20	91	2	83	33	18	11	37	1.86
1743268--1743325	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
1743364--1743391	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1743398--1743521	52	2.4	52	93	0	203	37	17	17	27	1.93
1749179--1749264	19	4.7	19	73	20	76	37	13	16	32	1.88
1749221--1749245	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1749202--1749272	32	2.2	32	97	0	133	33	12	18	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1749317--1749344	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1757414--1758332	28	32.5	28	82	5	975	24	16	27	31	1.96
1757414--1758332	57	16.2	56	81	7	975	24	16	27	31	1.96
1765652--1765699	15	3.2	15	75	0	60	16	0	41	41	1.48
1776616--1776677	24	2.7	22	80	12	54	6	20	1	70	1.17
1781144--1781210	10	6.9	10	77	14	61	35	0	0	64	0.94
1781167--1781273	54	2.0	54	81	7	128	36	0	0	63	0.95
1781337--1781394	17	3.2	18	84	13	75	58	1	0	39	1.08
1781350--1781392	20	2.2	20	91	8	70	55	2	0	41	1.12
1781670--1781729	24	2.5	24	86	0	75	41	15	8	35	1.77
1784265--1784561	147	2.0	147	98	0	576	47	12	16	24	1.81
1789378--1789414	10	3.6	10	85	7	56	24	0	0	75	0.80
1789372--1789414	21	2.0	22	95	4	79	23	0	0	76	0.78
1789349--1789476	60	2.1	60	83	13	156	35	0	0	62	1.06
1789442--1789485	7	6.0	7	84	5	52	22	0	0	77	0.77
1789454--1789489	17	2.1	17	89	5	54	27	0	0	72	0.85
1789482--1789519	15	2.4	17	82	8	53	50	0	0	50	1.00
1792288--1792325	20	1.9	20	88	0	58	57	2	0	39	1.12
1793891--1793917	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1802450--1802499	15	3.3	15	81	10	66	20	46	12	22	1.83
1802954--1803229	75	3.7	75	92	0	480	30	6	23	39	1.81
1803179--1803274	45	2.1	45	92	0	156	31	8	22	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1803042--1803418	195	2.0	189	90	3	592	31	7	22	38	1.81
1803224--1803643	75	5.7	75	86	4	593	31	8	21	38	1.83
1803224--1803643	144	2.9	147	86	5	582	31	8	21	38	1.83
1803593--1803684	45	2.0	45	93	0	157	32	6	21	39	1.79
1803374--1803911	270	2.0	271	90	0	853	31	7	21	38	1.82
1803637--1804064	75	5.7	75	91	0	685	31	8	21	38	1.83
1803443--1803838	195	2.0	195	90	0	621	32	7	21	38	1.82
1803637--1804064	151	2.8	150	91	0	694	31	8	21	38	1.83
1803638--1804064	226	1.9	225	93	1	730	31	8	21	38	1.83
1804019--1804109	45	2.0	45	93	0	155	35	6	20	37	1.79
1803941--1804184	120	2.0	120	95	0	434	32	7	21	38	1.82
1804061--1804377	75	4.2	75	92	0	526	29	7	22	40	1.81
1803865--1804259	195	2.0	196	91	0	630	31	7	22	38	1.82
1803790--1804329	270	2.0	271	92	0	893	30	7	22	39	1.81
1807246--1807320	25	3.0	25	88	0	114	29	14	16	40	1.88
1809251--1809328	21	3.7	21	84	3	104	38	12	14	34	1.84
1809439--1809464	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1811858--1812221	52	7.0	53	70	13	204	29	25	12	32	1.92
1811947--1812016	26	2.6	27	86	2	88	24	34	21	20	1.97
1813900--1813941	21	2.0	21	85	0	57	38	28	0	33	1.58
1815689--1815713	11	2.3	11	100	0	50	20	0	16	64	1.30
1815729--1815759	13	2.4	13	94	0	53	54	0	3	41	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1817789--1817854	2	34.0	2	77	17	68	51	3	1	43	1.26
1820075--1820130	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
1822995--1823492	153	3.2	150	81	3	510	37	20	17	23	1.93
1825546--1825581	18	1.9	19	88	5	56	47	2	13	36	1.58
1825480--1825872	164	2.4	163	85	6	524	52	6	10	29	1.62
1825856--1825906	25	2.1	24	96	3	93	62	7	7	21	1.48
1825848--1825910	12	4.9	13	94	5	103	63	7	7	20	1.47
1825690--1826055	201	1.8	199	90	1	588	54	6	9	29	1.59
1825915--1826200	157	1.8	157	91	1	466	52	7	10	29	1.64
1830694--1830889	105	1.9	105	81	6	245	45	8	7	37	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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