genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418705--2418802	32	3.0	32	96	1	178	36	16	12	34	1.86
2421305--2421471	50	3.3	51	72	9	144	32	14	24	27	1.95
2421595--2421760	51	3.3	51	80	1	190	32	12	25	30	1.92
2424065--2424120	20	2.8	20	83	5	69	42	12	14	30	1.82
2424773--2425111	177	1.9	177	88	1	518	31	13	13	41	1.83
2426607--2426716	48	2.3	49	96	1	204	37	20	11	30	1.88
2426704--2426755	20	2.6	21	87	9	81	36	13	17	32	1.89
2429686--2429743	27	2.2	26	79	11	64	34	12	31	22	1.91
2431856--2431989	50	2.7	49	82	5	144	38	11	16	32	1.85
2432730--2432763	18	1.9	17	88	5	50	52	0	29	17	1.45
2432743--2432876	61	2.2	61	83	2	162	39	11	25	23	1.88
2432823--2432999	52	3.4	52	78	1	158	33	15	24	26	1.95
2436238--2436312	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
2436235--2436312	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
2436873--2437638	28	26.8	28	86	4	914	22	18	31	28	1.97
2436873--2437638	144	5.3	143	86	5	994	22	18	31	28	1.97
2438886--2438916	5	6.4	5	92	7	55	0	0	16	83	0.64
2438886--2438925	12	2.9	14	89	10	57	0	0	15	85	0.61
2438851--2438925	22	3.4	21	75	21	64	1	5	12	81	0.92
2438884--2438925	9	4.7	9	77	11	50	0	0	14	85	0.59
2453300--2453374	20	3.8	20	78	3	71	42	12	13	32	1.80
2453297--2453374	40	2.0	39	87	2	111	42	12	12	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2453573--2453846	49	5.5	49	81	7	300	34	17	24	23	1.96
2453839--2453932	31	3.0	31	80	9	84	19	18	34	28	1.95
2453855--2453932	32	2.5	31	89	6	113	16	20	33	29	1.95
2453911--2454080	27	6.3	27	82	4	182	31	16	31	21	1.95
2466321--2466748	217	2.0	217	92	0	721	31	13	17	36	1.90
2466890--2466914	8	3.1	8	100	0	50	52	24	12	12	1.72
2467017--2467070	23	2.3	23	100	0	108	50	12	20	16	1.78
2467729--2467848	50	2.4	51	91	1	188	39	13	15	32	1.85
2470136--2470543	79	5.2	78	83	6	484	28	22	12	37	1.90
2470490--2470666	51	3.5	48	79	6	192	27	22	9	40	1.85
2470591--2470887	79	3.8	78	80	3	287	28	22	11	36	1.90
2472688--2472822	67	2.0	67	97	0	252	31	18	19	30	1.96
2473650--2473940	154	1.9	154	84	2	388	47	8	10	32	1.69
2474910--2475477	65	8.9	62	71	12	251	44	18	22	14	1.86
2474910--2475205	32	9.1	32	63	21	87	45	17	20	15	1.85
2474910--2475207	130	2.3	132	78	3	343	45	17	20	15	1.85
2475249--2475312	33	2.0	33	90	3	103	40	14	29	15	1.86
2475264--2475391	33	3.9	33	78	9	120	39	19	28	12	1.88
2475290--2475393	31	3.2	32	77	11	113	40	21	25	12	1.88
2475239--2475557	162	2.0	162	79	7	344	42	20	23	13	1.87
2475345--2475586	97	2.5	97	84	3	292	42	20	21	14	1.88
2475312--2475633	162	2.0	163	82	4	391	43	20	20	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2475518--2475674	66	2.4	65	81	8	176	42	18	21	17	1.89
2475518--2475718	33	6.1	32	69	14	108	45	17	20	16	1.86
2475853--2475913	32	1.9	32	82	0	77	45	18	24	11	1.82
2475722--2475945	117	1.9	117	88	0	340	41	17	24	16	1.89
2475865--2475990	32	3.9	31	70	22	91	39	19	25	15	1.91
2476029--2476183	67	2.4	65	86	2	211	45	17	20	17	1.86
2476147--2476270	32	3.9	31	73	15	92	44	19	20	15	1.87
2476147--2476214	32	2.2	32	86	2	93	45	17	20	16	1.85
2476170--2476865	64	10.7	65	75	8	422	43	18	22	15	1.88
2476596--2476758	34	4.9	34	72	16	112	41	19	23	15	1.89
2476175--2476834	130	5.1	127	75	11	432	42	18	22	15	1.88
2478234--2478268	11	3.3	11	88	8	54	68	0	8	22	1.16
2479856--2480102	97	2.5	97	84	1	307	35	12	23	27	1.92
2482498--2482551	20	2.7	20	77	8	56	33	16	9	40	1.80
2483321--2483831	156	3.3	153	81	4	564	38	16	17	27	1.91
2493538--2493625	46	1.9	46	88	4	133	36	0	18	45	1.49
2495389--2495817	151	2.8	150	82	8	460	49	8	9	32	1.66
2495435--2495857	154	2.8	151	81	6	449	48	8	10	32	1.68
2496203--2496257	19	2.8	19	88	2	74	29	18	14	38	1.90
2496288--2496339	20	2.6	20	87	0	68	36	13	21	28	1.91
2507559--2508618	76	14.3	75	74	8	602	23	15	17	43	1.87
2507595--2508505	294	3.1	294	95	0	1606	23	15	18	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509974--2510458	79	6.2	79	76	8	341	35	9	25	29	1.87
2510018--2510460	158	2.8	157	84	5	495	36	9	24	29	1.86
2510396--2510512	51	2.3	51	91	1	182	35	10	25	29	1.89
2510496--2510564	28	2.5	28	80	4	86	23	13	34	28	1.92
2510530--2510721	77	2.5	77	80	8	219	33	11	26	28	1.91
2513087--2513111	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
2513630--2513663	9	3.7	9	92	7	59	88	0	11	0	0.52
2513632--2513661	15	1.9	16	93	6	53	86	0	13	0	0.57
2513945--2514198	43	6.0	43	79	2	217	19	25	15	39	1.91
2513992--2514198	43	4.8	43	81	2	236	20	25	15	38	1.92
2514000--2514235	86	2.7	88	83	5	286	20	25	15	38	1.92
2514293--2514598	38	7.8	37	69	13	139	15	24	14	44	1.84
2514325--2514574	38	6.3	40	70	10	156	16	25	13	44	1.84
2514293--2514456	79	2.1	79	84	2	213	15	24	15	45	1.84
2514293--2514573	117	2.4	115	78	8	289	16	24	14	44	1.84
2514353--2514624	117	2.3	118	80	6	277	16	24	14	44	1.85
2514470--2514629	79	2.0	79	84	7	209	16	24	15	44	1.85
2514593--2514867	43	6.4	43	76	7	256	18	23	17	40	1.92
2514593--2514867	86	3.2	83	81	6	282	18	23	17	40	1.92
2514622--2514870	129	1.9	127	84	6	324	19	23	17	39	1.92
2515175--2515199	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2515155--2515220	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515240--2515264	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2515273--2515401	52	2.5	52	96	0	231	35	17	17	29	1.93
2517501--2517552	27	2.0	26	85	10	72	23	42	17	17	1.89
2524286--2524337	27	2.0	26	85	10	72	23	44	17	15	1.86
2525242--2525374	43	3.1	42	80	6	117	18	20	18	42	1.90
2525316--2525662	43	8.0	43	76	5	176	18	24	17	39	1.92
2525316--2525662	86	4.0	86	71	4	264	18	24	17	39	1.92
2525314--2525632	176	1.8	176	83	2	426	18	23	17	39	1.92
2525314--2525674	176	2.1	176	81	2	411	18	23	17	39	1.92
2525560--2525684	43	2.8	45	82	11	129	20	25	16	37	1.93
2525697--2525985	41	7.0	41	78	3	274	21	23	16	38	1.93
2527072--2527316	131	1.9	130	87	0	364	36	8	4	49	1.54
2527196--2527602	153	2.7	152	81	4	433	33	7	8	49	1.63
2528487--2528516	12	2.4	13	94	5	53	40	10	16	33	1.82
2529949--2530028	29	2.8	28	84	3	88	51	1	7	40	1.38
2530915--2531008	45	2.1	46	91	2	154	28	19	7	44	1.77
2531049--2531079	15	2.1	15	100	0	62	19	12	6	61	1.53
2538532--2538747	108	2.0	108	100	0	432	24	20	15	39	1.91
2541831--2541884	19	2.7	19	77	5	54	40	12	12	33	1.82
2545864--2545911	15	3.1	15	78	3	60	41	8	2	47	1.45
2545865--2545925	30	1.9	34	87	12	94	37	9	3	49	1.52
2550604--2550735	52	2.5	53	80	7	137	37	18	21	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2550930--2551232	32	9.7	33	80	5	206	22	17	29	31	1.97
2550966--2551232	63	4.3	64	74	9	228	22	17	29	30	1.97
2551475--2551576	52	2.0	52	82	3	125	34	16	24	24	1.95
2552844--2552909	11	5.9	11	79	11	64	3	1	13	81	0.87
2552844--2552887	23	1.9	23	95	0	79	4	0	15	79	0.89
2552841--2552908	20	3.2	21	76	11	68	2	1	13	82	0.86
2565184--2565317	67	2.0	67	100	0	268	43	16	14	25	1.86
2567879--2567955	20	3.8	20	75	13	75	36	10	10	42	1.73
2568601--2568759	79	2.0	79	100	0	318	31	18	8	40	1.82
2572152--2572180	12	2.5	12	94	5	51	55	6	0	37	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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