genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2725957--2726361	79	5.2	78	79	8	389	28	24	12	34	1.91
2726014--2726301	154	1.9	154	86	4	411	28	24	11	35	1.90
2727896--2728178	92	3.0	92	80	6	291	38	14	7	39	1.74
2732046--2732086	21	2.0	21	90	0	64	53	0	26	19	1.45
2732047--2732108	21	3.0	20	81	9	61	54	1	22	20	1.53
2738258--2738282	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2738323--2738389	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
2738345--2738369	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2738972--2739022	19	2.6	20	90	3	77	27	15	13	43	1.85
2739099--2739139	20	2.1	19	90	4	64	36	9	9	43	1.71
2743066--2743100	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2752509--2752763	133	1.9	134	85	5	356	32	24	19	23	1.98
2752509--2752791	67	4.3	66	77	7	240	31	24	19	24	1.98
2752393--2753151	293	2.6	289	81	5	795	31	24	19	24	1.98
2752740--2753096	195	1.8	195	84	2	493	31	24	19	24	1.98
2752445--2752975	226	2.3	226	79	5	502	32	24	19	24	1.98
2752445--2753038	226	2.6	226	76	6	490	31	24	19	25	1.98
2752898--2753167	129	2.1	128	84	4	348	30	26	18	24	1.98
2753000--2753177	98	1.9	93	82	5	221	27	25	22	24	2.00
2752398--2753219	31	25.7	31	68	12	294	30	24	19	25	1.98
2753343--2753414	29	2.5	29	90	0	108	33	26	16	23	1.96
2760781--2760820	20	2.0	20	100	0	80	50	35	0	15	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2762284--2763172	29	30.9	29	85	6	1134	23	16	30	28	1.97
2762284--2763175	57	15.5	57	85	5	1129	23	16	30	28	1.96
2778381--2778457	20	3.8	20	79	6	93	41	11	14	32	1.82
2780457--2780508	20	2.5	21	84	3	70	40	11	17	30	1.85
2784896--2784954	20	2.8	21	85	12	77	35	13	13	37	1.84
2785652--2785966	61	5.3	61	72	14	169	37	15	24	22	1.93
2785945--2786003	28	2.1	28	93	0	100	27	20	27	25	1.99
2785889--2786054	89	1.9	89	89	0	260	33	15	27	24	1.95
2785970--2786137	61	2.8	61	85	7	225	35	11	26	26	1.91
2786152--2786405	52	4.9	52	79	6	203	35	18	24	22	1.95
2786475--2786589	33	3.4	34	86	7	112	16	15	35	32	1.90
2786451--2786755	32	9.4	32	80	6	278	19	15	34	30	1.93
2786451--2786988	64	8.2	65	74	10	373	19	15	34	30	1.93
2786682--2786831	77	1.9	78	87	2	221	22	16	32	29	1.95
2786761--2786985	32	7.2	32	80	5	219	18	16	33	32	1.93
2787123--2787331	30	6.8	30	71	14	104	29	14	31	23	1.95
2792183--2792303	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
2792183--2792323	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
2792312--2792336	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2792376--2792445	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
2792401--2792425	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2807765--2807908	52	2.6	56	81	13	188	47	16	10	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2807963--2808034	28	2.6	28	86	0	99	16	18	4	61	1.50
2816179--2816241	19	3.7	18	72	24	64	34	12	15	36	1.86
2816166--2816249	32	2.7	32	94	1	143	35	13	14	36	1.85
2816273--2816354	34	2.4	34	91	0	137	32	15	12	39	1.85
2816328--2816355	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2820081--2820136	17	3.2	17	89	5	76	48	7	0	44	1.30
2826260--2826299	21	1.9	21	85	10	55	40	20	0	40	1.52
2830145--2830179	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
2830166--2830203	9	4.2	9	96	0	67	44	0	42	13	1.43
2830136--2830235	51	2.0	51	89	0	155	46	1	41	12	1.48
2830175--2830254	42	1.9	42	89	0	124	45	1	41	12	1.50
2832317--2832389	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
2832334--2832410	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
2832317--2832410	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
2832449--2832474	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2836532--2836562	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2838633--2838671	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2840464--2840558	33	2.9	33	98	1	183	25	3	25	46	1.67
2841179--2841251	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
2841196--2841272	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
2841179--2841272	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
2841311--2841336	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2844038--2844128	33	2.7	34	83	5	114	12	46	2	39	1.53
2844040--2844128	12	8.0	11	69	19	51	12	46	2	39	1.54
2844074--2844114	21	2.0	21	90	9	66	12	43	2	41	1.55
2853489--2853591	9	12.1	9	69	19	78	13	46	0	39	1.43
2853494--2853612	12	10.9	12	73	23	88	13	47	0	38	1.43
2853506--2853582	33	2.5	30	83	14	86	14	48	0	37	1.44
2853461--2853611	42	3.6	42	96	0	266	12	47	0	39	1.46
2858987--2859032	22	2.2	22	85	11	62	60	2	23	13	1.43
2861695--2862176	139	3.5	136	82	8	557	20	19	30	30	1.97
2862028--2862116	38	2.4	37	86	5	117	19	13	32	34	1.90
2862085--2862146	28	2.2	28	85	2	81	16	20	25	37	1.93
2862225--2862582	143	2.5	144	83	5	474	28	15	25	30	1.95
2863016--2863072	13	4.5	13	73	20	57	28	22	15	33	1.95
2863019--2863067	25	1.9	26	84	12	66	30	22	16	30	1.96
2879661--2879721	9	7.1	9	72	10	56	40	0	44	14	1.46
2879651--2879753	42	2.4	42	86	1	143	40	1	43	13	1.55
2880584--2880719	45	3.1	45	65	25	119	19	11	26	43	1.84
2880549--2880718	85	2.0	85	94	0	295	21	11	27	40	1.87
2886482--2886651	85	2.0	85	91	2	279	21	10	27	40	1.86
2903444--2903485	20	2.1	20	86	0	57	26	38	19	16	1.92
2905651--2905703	20	2.7	19	85	2	70	28	15	15	41	1.87
2905652--2905703	19	2.7	20	84	3	70	28	15	15	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2911341--2911384	12	3.7	12	88	11	72	13	50	0	36	1.42
2911341--2911387	24	2.0	24	100	0	94	12	48	0	38	1.41
2918957--2918995	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
2923739--2923967	103	2.2	103	84	0	305	28	25	12	33	1.92
2927755--2927779	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2929425--2929854	85	5.1	82	76	8	321	43	13	24	18	1.87
2929683--2929823	43	3.3	43	74	9	144	44	12	23	19	1.84
2929425--2929854	169	2.5	170	77	8	412	43	13	24	18	1.87
2929972--2930132	46	3.5	46	79	0	178	42	11	24	21	1.85
2930764--2930947	78	2.4	77	84	7	237	31	11	26	30	1.92
2931755--2931812	27	2.1	27	81	6	64	15	10	5	68	1.35
2931766--2931832	9	7.7	9	78	15	61	13	2	7	76	1.12
2932908--2932933	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2932890--2932953	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2935151--2935200	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2936998--2937028	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2939097--2939135	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
2939256--2939301	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2941678--2941703	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2941660--2941723	32	2.0	33	87	3	94	40	15	15	28	1.88
2945371--2945434	33	2.0	32	87	3	92	29	15	15	39	1.89
2945403--2945453	19	2.7	20	80	14	54	27	15	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2951054--2951149	36	3.0	32	77	14	108	29	25	14	31	1.95
2956660--2956710	20	2.6	19	79	11	59	33	15	17	33	1.92
2956799--2956913	38	3.0	38	94	0	203	37	12	7	42	1.71
2957149--2957411	141	1.9	140	88	4	404	42	10	8	37	1.71
2958381--2958429	10	4.8	10	87	12	64	2	20	0	77	0.87
2958395--2958429	12	2.8	13	87	12	56	0	25	0	74	0.82
2960416--2960845	170	2.5	170	80	4	440	43	13	23	19	1.86
2960497--2960846	85	4.1	85	79	6	325	43	13	23	19	1.86
2960976--2961170	46	4.2	46	86	3	243	40	12	26	20	1.88
2962733--2962780	8	5.8	8	92	2	69	10	0	4	85	0.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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