genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1985414--1985753	61	5.4	61	79	9	257	22	30	12	34	1.91
1985527--1985845	93	3.5	94	80	8	291	22	30	11	36	1.89
1985813--1985866	27	2.0	27	82	7	65	24	31	11	33	1.90
1985869--1985938	34	2.1	33	89	2	104	21	18	10	50	1.76
1986013--1986172	31	5.1	31	86	2	194	29	31	17	21	1.96
1986028--1986188	64	2.6	63	81	4	191	27	31	18	22	1.97
1986260--1986371	52	2.2	52	83	3	136	28	21	11	38	1.88
1986291--1986541	52	4.9	52	82	3	213	23	22	15	37	1.93
1986311--1986485	51	3.4	50	81	6	192	24	22	16	37	1.93
1986240--1986541	103	2.9	102	74	5	241	24	22	14	38	1.92
1986613--1986765	52	2.9	51	76	3	162	24	25	17	32	1.97
1987472--1987510	20	2.0	20	89	0	60	43	10	15	30	1.80
1988535--1988595	29	2.1	30	87	6	90	18	6	4	70	1.27
1988535--1988607	28	2.6	28	81	14	80	17	8	5	68	1.34
1988971--1989827	167	5.2	166	79	8	727	50	7	11	30	1.66
1988971--1989827	332	2.6	328	80	7	868	50	7	11	30	1.66
1988971--1989942	167	5.9	163	78	9	576	50	8	11	30	1.67
1990490--1990521	16	2.0	16	100	0	64	31	25	25	18	1.98
1990553--1990742	20	9.8	20	69	25	106	26	15	16	41	1.88
1990640--1990701	13	5.2	13	70	21	55	29	14	16	40	1.88
1990620--1990722	33	3.1	33	97	0	188	27	16	16	39	1.90
1990553--1990742	53	3.7	52	78	12	162	26	15	16	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1993120--1993194	28	2.8	25	82	13	78	21	29	22	26	1.99
1993044--1993251	107	1.9	106	84	7	278	25	26	17	29	1.98
1993265--1993301	18	2.1	18	89	0	56	21	27	5	45	1.73
1993318--1993469	80	1.9	80	82	6	193	26	21	15	36	1.93
2000001--2000034	16	2.1	16	88	0	50	29	0	8	61	1.26
2000043--2000102	28	2.1	29	81	9	70	73	1	11	13	1.18
2002619--2002797	37	4.7	36	80	11	169	24	18	22	34	1.97
2002651--2002766	41	2.9	42	83	8	145	25	22	20	31	1.98
2002651--2002797	78	1.9	79	89	1	233	23	21	22	32	1.98
2002903--2002936	17	2.0	17	88	11	52	41	0	14	44	1.45
2006479--2006519	21	2.0	21	90	0	64	29	14	14	41	1.86
2009806--2009839	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2009891--2009946	25	2.2	24	78	9	58	39	1	0	58	1.08
2009903--2009973	23	3.0	23	81	10	72	29	1	2	66	1.15
2009900--2009975	36	2.1	36	80	9	84	30	1	2	65	1.14
2010192--2010309	51	2.3	53	88	5	179	53	3	0	43	1.17
2015717--2015839	66	1.9	65	81	9	153	28	10	20	40	1.85
2016848--2016944	17	5.3	19	69	22	64	40	0	1	58	1.05
2016888--2016937	12	4.4	11	75	9	55	40	0	0	60	0.97
2016890--2016956	35	2.1	34	86	13	97	38	0	0	61	0.96
2021281--2021351	32	2.2	32	82	5	81	30	12	16	39	1.86
2023826--2024224	79	5.0	79	71	7	266	25	16	13	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2024144--2024317	87	2.0	87	89	0	267	25	22	14	37	1.92
2024827--2024889	33	1.9	33	93	0	108	36	7	17	38	1.79
2024953--2025010	21	2.8	20	89	10	91	37	17	17	27	1.92
2024953--2025008	20	2.8	20	91	8	87	37	17	17	26	1.93
2026556--2026609	1	54.0	1	77	0	54	88	0	0	11	0.50
2026559--2026610	17	3.0	17	88	11	79	86	0	0	13	0.57
2026555--2026610	27	2.0	28	90	10	89	85	0	0	14	0.59
2026555--2026610	15	3.7	15	78	21	64	85	0	0	14	0.59
2026613--2026711	21	4.8	21	97	2	191	39	19	10	31	1.85
2026613--2026711	41	2.4	42	98	1	191	39	19	10	31	1.85
2026747--2026814	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2026768--2026792	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2026749--2026811	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2026854--2026879	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2026834--2026900	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2029297--2029369	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2029352--2029522	51	3.3	51	78	4	189	28	26	11	32	1.92
2029505--2029586	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
2041984--2042013	11	2.7	11	94	0	51	93	3	3	0	0.42
2041982--2042044	15	4.3	15	81	4	65	85	4	9	0	0.72
2043010--2044024	55	18.3	55	89	4	1444	28	30	20	20	1.98
2043057--2043145	26	3.3	27	63	16	67	28	31	17	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2043335--2043418	28	3.0	27	63	13	71	28	33	19	19	1.96
2043669--2043758	26	3.3	26	67	19	76	28	33	17	20	1.95
2044595--2044649	1	55.0	1	77	0	56	89	0	0	10	0.50
2044598--2044647	16	2.9	17	91	5	75	88	0	0	12	0.53
2044598--2044650	18	3.0	18	91	2	81	86	0	0	13	0.56
2044653--2044730	21	3.8	21	96	3	149	39	19	10	30	1.85
2044649--2044730	41	2.0	40	97	2	155	39	19	9	31	1.84
2044766--2044833	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2044787--2044811	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2044768--2044830	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2044873--2044898	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2044853--2044919	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2047316--2047388	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2047371--2047541	51	3.3	51	78	4	189	28	26	11	32	1.92
2047524--2047605	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
2050449--2050521	30	2.4	30	97	0	137	68	5	15	10	1.36
2052374--2052504	65	2.0	65	95	2	237	29	17	14	38	1.89
2059718--2059760	20	2.1	20	87	12	61	34	9	6	48	1.62
2060919--2060943	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2061979--2062019	21	2.0	21	85	4	57	21	12	14	51	1.75
2064450--2064502	20	2.7	20	90	0	79	33	15	16	33	1.90
2065118--2065206	44	2.0	46	93	4	155	34	29	2	33	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065162--2065231	20	3.5	20	77	12	81	37	25	1	35	1.65
2067072--2067100	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
2067247--2067315	32	2.2	32	82	10	81	52	21	5	20	1.67
2069819--2069885	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2069839--2069863	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2069926--2069950	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2069959--2070086	52	2.5	52	94	3	224	33	17	17	30	1.94
2076940--2076995	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
2076980--2077006	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2076961--2077025	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
2081707--2081786	9	8.9	9	72	9	65	80	13	3	2	0.96
2081743--2081814	25	2.9	24	87	6	99	80	8	4	6	1.01
2081707--2081789	13	6.2	14	65	14	50	80	13	3	2	0.94
2082992--2083331	33	10.7	32	71	13	193	22	30	15	32	1.94
2082981--2083147	63	2.7	61	78	9	185	20	29	14	35	1.92
2083180--2083240	29	2.1	29	84	0	77	24	39	14	21	1.91
2083025--2083317	62	4.6	62	80	6	259	22	30	14	32	1.94
2083375--2083454	32	2.4	34	79	8	110	16	30	15	38	1.89
2083390--2083972	27	19.2	27	72	18	218	22	28	12	36	1.90
2083391--2083977	122	4.8	120	80	9	495	22	28	12	37	1.90
2083390--2083981	62	9.7	62	75	13	419	22	28	12	36	1.90
2083455--2083857	27	12.8	35	75	17	221	23	27	11	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083763--2083857	34	2.8	34	95	0	163	22	28	12	36	1.90
2083879--2083945	34	2.0	34	85	5	91	20	32	10	35	1.87
2083801--2083967	88	1.9	88	88	4	257	22	32	13	31	1.92
2083973--2084485	32	15.9	31	80	8	510	29	31	17	22	1.96
2083973--2084485	129	4.0	128	81	10	568	29	31	17	22	1.96
2083924--2084485	226	2.5	226	84	5	687	28	31	16	23	1.96
2084547--2084743	52	3.9	50	82	6	220	23	24	17	35	1.95
2084638--2084882	112	2.2	113	84	5	318	24	24	13	37	1.92
2091045--2091099	21	2.6	21	85	0	65	18	21	0	60	1.37
2091060--2091103	21	2.1	21	91	0	70	20	18	0	61	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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