genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8--6868	476	14.5	475	87	2	9170	30	18	14	36	1.91
8--6868	951	7.2	950	86	2	9056	30	18	14	36	1.91
594--6025	159	34.3	157	66	14	998	30	18	14	36	1.91
7564--12770	476	10.7	476	74	9	4230	31	19	14	34	1.92
18256--18331	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
18255--18340	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
18246--18364	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
24571--24676	42	2.9	36	78	14	103	11	45	1	41	1.51
24576--24646	32	2.2	33	89	2	108	11	45	2	40	1.55
24604--24676	12	6.6	12	72	23	54	13	43	1	41	1.53
24624--24655	9	3.6	9	91	0	55	12	43	0	43	1.42
24586--24661	32	2.5	31	85	12	95	13	44	1	40	1.51
29097--29187	42	2.2	43	88	4	132	12	45	0	42	1.41
29138--29219	33	2.5	33	80	11	96	12	40	1	46	1.49
29963--29995	14	2.3	15	94	5	59	6	9	9	75	1.18
31938--41295	159	59.1	159	66	14	1026	31	18	14	35	1.91
30952--60922	476	62.9	476	81	6	14360	31	18	14	36	1.91
37418--37753	158	2.1	158	87	2	469	32	17	16	34	1.92
36947--38228	633	2.0	632	84	1	1667	31	17	14	35	1.91
37571--41988	475	9.3	474	87	1	5842	31	18	14	35	1.91
41739--42236	252	2.0	252	85	3	680	30	18	14	36	1.91
42238--60228	159	113.6	159	65	13	2939	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50333--60922	475	22.3	475	86	1	13745	30	18	14	36	1.91
60673--61171	253	2.0	252	87	2	723	30	18	14	36	1.91
60196--61650	728	2.0	729	88	1	2141	30	18	14	36	1.90
60921--62101	475	2.5	475	86	2	1767	31	18	14	36	1.91
70479--70597	42	2.8	42	88	0	175	8	44	3	43	1.51
72209--78558	475	13.4	475	85	1	8263	31	18	13	36	1.90
72328--78339	159	37.9	159	66	11	1141	31	18	13	35	1.91
77902--79235	680	2.0	680	91	0	2161	31	19	12	36	1.89
78866--81388	158	15.9	158	65	15	630	30	18	13	36	1.90
78549--81636	475	6.5	473	85	2	4008	30	18	13	36	1.90
78549--81636	954	3.2	948	91	1	4754	30	18	13	36	1.90
86610--86728	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
86625--86695	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
87490--87526	16	2.3	16	86	13	58	5	8	8	78	1.09
87478--87526	17	2.7	18	90	6	73	6	8	8	77	1.12
87676--88145	235	2.0	235	99	0	931	44	16	19	20	1.87
88589--94488	476	12.5	474	84	2	7446	31	18	14	35	1.91
89854--115541	159	162.3	159	66	12	5821	30	18	14	36	1.91
89774--94488	951	5.0	950	86	1	6445	31	18	13	35	1.91
94476--104622	950	10.7	950	89	1	14746	31	18	14	35	1.91
94442--115940	475	45.3	476	81	6	13388	30	18	14	36	1.91
109041--112532	949	3.7	948	89	1	4982	31	18	14	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90173--115060	317	78.6	312	65	12	3454	30	18	14	36	1.91
115940--118785	476	6.0	472	86	3	3915	35	15	19	29	1.92
119375--119432	21	2.8	21	97	0	107	25	13	10	50	1.74
119732--122119	475	5.0	474	85	3	3084	35	14	19	30	1.92
119728--122032	952	2.4	948	87	2	3279	35	14	19	30	1.92
121883--122193	158	2.0	158	92	0	514	35	13	19	32	1.90
122530--122901	159	2.3	160	88	1	534	35	16	18	30	1.92
122591--123421	159	5.2	159	72	9	548	36	14	18	30	1.91
124642--124698	20	2.8	20	91	5	87	43	10	14	31	1.79
125092--125382	42	6.9	42	85	1	332	38	18	25	16	1.92
125081--125382	126	2.4	127	88	2	437	38	19	25	16	1.92
125383--125679	60	5.0	59	78	7	262	39	11	25	22	1.88
125513--125617	30	3.5	30	69	7	79	40	13	24	21	1.89
125384--125664	120	2.4	117	80	6	289	39	11	26	23	1.88
125593--125674	28	2.8	29	74	7	87	41	10	25	21	1.86
127088--127134	16	3.0	15	84	9	58	21	2	2	74	1.03
127091--127134	15	2.8	16	89	6	63	20	2	2	75	1.03
127599--127624	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
132790--133018	105	2.2	104	87	3	327	34	10	24	31	1.90
132793--133017	53	4.3	52	81	6	258	34	11	23	31	1.89
132793--133029	104	2.3	103	85	3	296	34	10	24	30	1.90
135383--135408	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135362--135430	33	2.1	33	86	5	95	40	14	15	28	1.87
135460--135553	19	5.6	19	72	27	104	36	19	11	32	1.88
135450--135552	32	3.2	32	98	0	197	35	19	11	33	1.88
136184--136275	37	2.4	39	76	14	100	42	13	27	17	1.86
136451--136594	28	5.2	29	62	21	92	21	19	30	28	1.98
136341--137036	59	11.9	59	90	4	1017	25	21	28	25	1.99
138004--138109	1	106.0	1	77	0	104	0	2	8	88	0.60
138004--138107	53	2.0	52	88	9	158	0	2	8	88	0.61
150674--150750	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
150733--150972	104	2.3	104	88	2	347	33	10	25	31	1.89
150736--150960	53	4.3	52	80	6	249	33	10	24	31	1.89
153334--153359	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
153409--153472	19	3.7	19	74	23	77	37	18	10	32	1.86
153401--153471	32	2.2	32	97	0	133	36	19	11	32	1.87
153428--153452	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
156803--156863	16	3.9	15	82	18	79	81	14	0	3	0.80
156803--156853	20	2.7	20	84	6	70	82	13	0	3	0.81
158174--158911	34	23.2	32	76	13	473	20	29	13	35	1.91
158259--158912	96	6.9	92	79	11	476	21	29	13	35	1.91
158174--158866	130	5.5	128	74	14	439	20	30	13	35	1.91
158785--158845	27	2.1	27	88	8	86	22	32	14	29	1.94
158896--158985	33	2.8	31	80	8	108	27	36	16	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158917--158983	33	2.0	33	97	0	125	28	34	17	19	1.95
158983--159472	87	5.5	88	88	5	628	25	26	20	28	1.99
159071--159322	39	6.0	39	73	17	211	26	27	20	25	1.99
159288--159616	49	6.6	48	79	8	329	23	27	18	31	1.97
159288--159616	101	3.3	98	84	4	367	23	27	18	31	1.97
159294--159616	150	2.2	148	85	5	429	23	26	18	31	1.97
160346--160421	32	2.4	32	90	0	125	32	14	18	34	1.91
160346--160408	19	3.6	19	68	24	66	33	12	19	34	1.89
166252--166372	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
166252--166392	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
166381--166405	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
166469--166493	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
166447--166513	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
167712--167766	17	3.4	16	78	9	58	1	10	3	83	0.84
168323--168717	165	2.4	166	80	8	419	47	12	11	28	1.76
168952--169067	50	2.3	50	80	2	126	26	18	18	36	1.94
169062--169216	52	3.0	53	80	3	145	28	20	18	33	1.95
169131--169238	52	2.1	52	82	0	126	31	19	16	32	1.94
169225--169356	53	2.5	53	81	2	149	34	21	18	26	1.96
169268--169417	53	2.8	52	83	6	151	34	19	17	29	1.94
169639--169742	37	2.8	37	77	0	109	27	13	21	37	1.91
169752--169862	53	2.1	53	83	6	136	29	20	17	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173395--173422	13	2.2	13	100	0	56	71	7	0	21	1.09
176358--177014	134	4.9	135	74	7	477	36	18	14	31	1.90
178181--178243	32	1.9	32	84	9	83	25	14	19	41	1.89
178213--178266	20	2.8	20	88	2	74	29	12	20	37	1.90
178316--178340	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
178296--178360	33	2.0	33	90	6	105	35	13	18	32	1.90
179948--179982	18	1.9	18	94	0	61	40	0	28	31	1.57
186581--186605	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
187837--187945	58	1.9	57	82	1	137	19	21	20	39	1.93
200570--200609	13	3.1	13	85	0	62	32	10	12	45	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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