genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

This is table  15  of  23  ( 2678 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298548--2298862	93	3.3	93	79	9	284	20	30	13	36	1.91
2298298--2298857	34	17.8	32	77	11	266	20	29	14	34	1.93
2298660--2298856	66	3.0	67	81	6	240	17	31	13	37	1.89
2298916--2299315	49	8.6	46	71	14	166	24	25	19	30	1.98
2298960--2299117	39	3.8	39	74	15	138	25	22	22	29	1.99
2298910--2299167	87	3.0	86	89	2	336	25	24	20	29	1.99
2299087--2299461	49	7.6	49	75	5	306	24	24	18	33	1.97
2299084--2299423	101	3.4	98	82	4	360	23	25	17	33	1.96
2299080--2299417	150	2.3	148	81	3	390	24	24	18	32	1.97
2300253--2300278	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2309056--2309117	33	1.9	33	83	9	83	17	4	4	72	1.20
2313841--2313879	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
2320898--2320950	20	2.7	20	85	8	65	39	16	16	26	1.91
2321011--2321036	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2320993--2321056	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
2323247--2323291	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2325093--2325123	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2327185--2327210	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2327331--2327376	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2329753--2329778	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2330629--2330705	20	3.8	20	77	0	91	35	14	9	41	1.77
2331990--2332035	23	2.0	23	95	0	83	23	32	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2336091--2336256	83	2.0	83	98	0	323	24	18	25	31	1.98
2344406--2344477	28	2.6	28	88	4	101	25	19	33	22	1.97
2344465--2344851	52	7.4	51	74	13	297	31	12	26	29	1.93
2344465--2344848	157	2.5	152	78	8	387	31	12	26	29	1.93
2344355--2344853	264	1.9	260	90	3	804	31	13	27	28	1.94
2344670--2344743	24	2.9	24	90	8	103	21	21	32	24	1.98
2347204--2347229	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2347183--2347249	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
2347267--2347337	19	4.2	17	74	25	78	38	14	11	36	1.81
2347291--2347315	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2347272--2347334	32	2.0	32	93	0	108	34	15	12	36	1.86
2349213--2349264	11	4.7	11	83	9	61	82	11	3	1	0.88
2349215--2349264	10	4.7	10	85	11	64	84	10	4	2	0.84
2349213--2349264	21	2.3	23	87	6	72	82	11	3	1	0.88
2350483--2350847	28	12.6	28	86	5	480	27	33	17	20	1.95
2350483--2350847	57	6.3	56	84	6	480	27	33	17	20	1.95
2351423--2351589	20	8.8	20	66	12	100	32	14	13	40	1.84
2351423--2351500	40	2.0	39	87	2	111	33	12	14	39	1.84
2351423--2351552	32	4.2	32	65	21	87	32	14	12	40	1.83
2351413--2351620	92	2.3	91	96	2	382	30	15	12	41	1.85
2351515--2351592	40	2.0	39	87	2	111	33	12	14	39	1.84
2356395--2356548	77	2.0	77	98	0	299	31	31	14	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357421--2357465	23	1.9	24	86	4	65	73	6	2	17	1.15
2357429--2357504	40	1.9	39	86	7	109	78	13	2	5	1.02
2357474--2357521	11	4.3	11	76	5	51	83	10	4	2	0.87
2357447--2357515	26	2.7	26	81	0	75	79	14	4	1	0.95
2357429--2357521	40	2.3	39	82	10	100	78	12	3	5	1.04
2357447--2357520	14	5.6	13	75	12	62	79	14	4	1	0.94
2358737--2359990	28	44.1	28	85	2	1364	28	29	18	24	1.97
2360870--2360944	20	3.8	20	83	0	105	33	14	12	40	1.83
2367567--2367596	3	10.0	3	92	0	51	33	0	3	63	1.11
2369256--2369328	20	3.7	20	69	7	58	34	10	10	43	1.75
2369251--2369328	40	2.0	40	89	0	120	35	10	11	42	1.75
2369343--2369473	65	2.0	65	95	0	235	25	23	9	41	1.83
2370792--2371778	493	2.0	491	98	0	1902	37	13	13	35	1.85
2376335--2376379	16	2.8	16	86	3	54	57	0	4	37	1.19
2376506--2376605	34	2.7	34	83	10	101	53	0	2	45	1.12
2376549--2376579	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
2376837--2376875	11	3.5	11	85	0	51	69	2	0	28	1.02
2378995--2379065	20	3.5	20	81	7	81	42	9	15	32	1.80
2379086--2379110	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2379713--2380452	43	17.2	42	74	14	342	38	12	28	19	1.89
2379713--2380457	42	17.3	42	74	15	401	39	12	28	19	1.89
2379713--2380452	85	8.6	84	76	12	523	38	12	28	19	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2379713--2380452	127	5.7	127	81	8	723	38	12	28	19	1.89
2380423--2380689	61	4.6	60	77	10	241	28	19	25	27	1.98
2380612--2380783	94	1.8	95	91	1	283	26	19	25	28	1.99
2380709--2380934	61	3.8	60	82	5	284	30	19	23	26	1.98
2380433--2381501	270	4.0	262	81	7	1024	25	20	26	26	1.99
2380709--2380961	115	2.2	110	84	9	301	29	19	23	27	1.98
2380881--2381053	94	1.8	95	89	1	276	25	20	28	26	1.99
2380829--2381109	150	1.8	150	87	4	411	27	19	25	26	1.99
2380976--2381584	55	10.9	55	86	3	763	23	22	26	27	1.99
2381246--2381333	27	3.3	26	67	14	70	22	20	30	26	1.98
2381471--2381624	60	2.5	62	83	8	190	29	18	25	25	1.98
2386614--2386742	52	2.5	52	92	0	213	29	17	16	37	1.91
2386802--2386828	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2386784--2386848	33	2.0	33	93	3	114	38	16	12	32	1.86
2387534--2387929	52	8.1	49	80	9	395	31	17	26	23	1.97
2387652--2387882	43	5.1	42	79	12	228	28	18	27	25	1.98
2387600--2387882	92	3.1	92	91	2	433	29	18	27	24	1.98
2387971--2388097	56	2.2	57	87	5	186	18	18	27	35	1.94
2387972--2388375	30	13.6	30	77	7	226	25	16	28	29	1.96
2387946--2388102	84	1.8	84	82	10	203	20	16	28	35	1.94
2388088--2388161	35	2.1	34	82	2	85	35	9	29	25	1.88
2388138--2388371	29	8.0	29	78	5	238	26	16	29	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388138--2388371	59	4.0	59	83	2	274	26	16	29	27	1.97
2389822--2389863	12	3.6	11	84	15	50	2	4	4	88	0.71
2389823--2389863	11	3.9	10	87	9	55	2	4	4	87	0.72
2389815--2389853	14	2.7	15	84	11	55	2	2	10	84	0.81
2403685--2403813	52	2.5	52	94	0	222	27	16	17	37	1.91
2403873--2403899	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2403855--2403919	33	2.0	33	93	3	114	38	16	12	32	1.86
2409316--2409444	52	2.5	52	97	0	240	28	17	18	35	1.93
2409316--2409464	52	2.9	51	91	4	228	30	16	18	34	1.94
2409453--2409477	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2409520--2409617	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
2409539--2409595	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2409518--2409615	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
2410489--2411000	49	10.7	49	81	9	576	31	16	26	25	1.97
2410638--2410705	21	3.2	20	66	25	50	29	16	27	26	1.97
2410489--2411000	92	5.4	94	85	6	540	31	16	26	25	1.97
2411006--2411111	34	3.2	33	89	5	169	23	16	33	25	1.96
2411108--2411192	33	2.5	34	78	5	91	38	10	31	18	1.85
2411200--2411632	34	13.9	31	71	14	277	30	13	34	22	1.92
2411194--2411643	61	7.2	65	77	13	362	30	13	34	22	1.92
2411236--2411605	92	4.1	90	78	16	318	29	12	34	22	1.92
2411241--2411632	153	2.5	153	92	2	651	28	13	34	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2411334--2411643	92	3.4	91	83	8	301	29	12	34	23	1.92
2414872--2415036	84	2.0	84	82	7	201	24	18	3	52	1.61
2417180--2417218	10	4.0	10	93	3	62	38	7	30	23	1.83
2417180--2417218	19	2.0	20	90	5	62	38	7	30	23	1.83
2417242--2417378	53	2.6	53	92	1	229	26	16	18	37	1.92
2417366--2417420	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
2417459--2417499	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2418516--2418665	52	2.9	52	92	2	248	31	16	18	34	1.93
2418707--2418804	19	5.7	19	71	27	94	37	16	12	33	1.86
2418726--2418782	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23