genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2092664--2092747	31	2.7	31	83	9	109	35	20	13	30	1.90
2093210--2093247	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
2093456--2093499	22	2.1	21	91	8	72	36	9	6	47	1.62
2097510--2098509	73	13.9	72	75	8	628	30	26	13	29	1.94
2097510--2098446	219	4.3	217	75	8	757	30	26	13	29	1.94
2100874--2101078	72	2.7	77	81	5	231	35	12	22	28	1.91
2100877--2101124	79	3.2	78	79	7	242	33	13	23	29	1.93
2101084--2101154	28	2.5	28	79	0	88	29	18	22	29	1.97
2100935--2101312	187	2.0	184	83	2	470	33	14	23	29	1.93
2101114--2101583	79	5.9	78	78	8	430	34	13	22	29	1.92
2101114--2101583	158	3.0	157	82	5	518	34	13	22	29	1.92
2103938--2103994	20	2.8	21	84	7	73	43	5	17	33	1.71
2107394--2107453	27	2.3	27	80	16	72	26	23	13	36	1.92
2109663--2109820	84	1.9	84	84	5	212	30	22	12	34	1.91
2112392--2112454	32	2.0	32	83	0	81	20	15	14	49	1.80
2112377--2112640	95	2.8	94	76	5	253	21	22	11	43	1.84
2112786--2112844	30	1.9	31	86	10	86	20	20	13	45	1.84
2112916--2112985	30	2.3	30	85	0	86	24	18	12	44	1.85
2113825--2114168	32	10.6	33	66	9	109	38	15	13	32	1.86
2114028--2114095	33	2.1	33	91	2	111	36	19	14	29	1.91
2114927--2114968	21	2.0	22	85	4	59	61	0	0	38	0.96
2114945--2114978	15	2.1	15	89	10	50	55	0	2	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2115158--2115241	30	2.5	36	77	20	117	30	26	14	28	1.95
2115158--2115240	32	2.5	32	84	13	107	31	26	14	27	1.95
2119597--2119637	20	2.1	20	82	13	50	43	7	26	21	1.79
2124626--2124781	32	4.8	32	79	16	171	30	13	25	31	1.94
2124633--2124788	65	2.4	64	84	9	217	28	13	25	32	1.93
2126300--2126358	21	2.8	21	87	5	75	64	3	15	16	1.42
2126325--2126377	21	2.5	22	90	3	81	62	3	18	15	1.47
2128601--2128643	21	2.0	21	90	0	68	44	0	27	27	1.55
2130071--2130195	32	3.9	32	78	13	109	30	14	23	32	1.94
2130631--2130804	85	2.0	86	86	5	246	35	8	8	48	1.63
2137739--2137764	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2137721--2137784	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2139985--2140034	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2141822--2141852	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2143933--2143970	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
2144082--2144127	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2145776--2145801	12	2.2	12	100	0	52	34	0	23	42	1.54
2146544--2146569	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2146526--2146589	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2152551--2152588	16	2.3	17	86	4	51	50	2	7	39	1.46
2163488--2163560	27	2.6	29	83	14	100	24	32	20	21	1.97
2163376--2163765	51	7.4	51	72	16	217	30	26	11	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2163545--2163765	105	2.1	103	84	5	275	30	25	10	33	1.90
2163748--2163822	28	2.7	29	83	4	82	25	32	18	24	1.97
2163374--2163873	264	1.9	263	90	2	797	29	26	12	31	1.93
2163699--2163898	107	1.9	107	82	5	251	27	27	16	29	1.96
2163858--2163912	28	1.9	29	88	3	85	20	27	20	32	1.97
2163776--2163980	77	2.6	78	83	1	241	24	28	17	29	1.97
2171356--2171382	14	1.9	14	100	0	54	96	3	0	0	0.23
2171357--2171381	13	1.9	13	100	0	50	96	4	0	0	0.24
2171382--2171442	21	3.0	20	81	6	79	37	16	13	32	1.87
2171382--2171442	20	3.1	19	79	11	77	37	16	13	32	1.87
2171478--2171545	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2171480--2171542	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2171499--2171523	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2171565--2171631	33	2.0	33	85	0	89	23	14	17	43	1.87
2173974--2174106	52	2.6	52	79	5	144	30	26	11	32	1.91
2174090--2174166	28	2.8	28	88	4	102	23	32	19	24	1.97
2174041--2174245	107	1.9	107	82	5	252	26	27	15	29	1.96
2174120--2174322	79	2.6	79	81	4	214	25	28	16	30	1.96
2186723--2186755	12	2.8	12	95	0	57	84	6	9	0	0.76
2188082--2188777	28	25.3	26	60	17	85	29	31	19	20	1.97
2187759--2189154	55	25.3	55	92	3	2158	28	30	20	20	1.97
2189586--2189614	11	2.6	11	100	0	58	93	6	0	0	0.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189617--2189677	21	3.0	20	81	6	79	37	16	13	32	1.87
2189617--2189677	20	3.1	19	79	11	77	37	16	13	32	1.87
2189713--2189780	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2189715--2189777	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2189734--2189758	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2189800--2189866	33	2.0	33	85	0	89	23	14	17	43	1.87
2192210--2192342	52	2.6	52	79	5	144	30	26	11	32	1.91
2192326--2192402	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
2192277--2192480	106	1.9	107	82	6	252	26	28	15	29	1.96
2202570--2202669	28	3.6	28	84	9	125	27	20	31	22	1.98
2202657--2202880	52	4.3	52	82	4	236	32	12	25	29	1.92
2202657--2202880	105	2.1	104	83	2	270	32	12	25	29	1.92
2202863--2202935	27	2.6	28	86	2	94	23	21	31	23	1.98
2202922--2203054	51	2.5	52	79	8	142	33	9	23	33	1.87
2205417--2205442	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2205482--2205555	19	3.9	19	96	0	139	36	16	10	36	1.83
2205591--2205667	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
2208003--2208072	27	2.7	25	80	17	72	67	14	1	17	1.31
2208024--2208070	24	1.9	25	86	4	69	68	17	2	12	1.31
2208117--2208155	17	2.2	19	86	9	55	43	0	2	53	1.14
2208119--2208213	29	3.2	28	70	16	68	54	2	1	42	1.19
2210331--2210377	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2212732--2212762	16	1.9	16	93	0	53	38	6	0	54	1.26
2213092--2213134	22	2.0	22	81	9	52	46	2	13	37	1.57
2218145--2218222	38	2.1	37	90	2	120	52	1	3	42	1.27
2218137--2218204	19	3.5	19	70	9	66	48	2	2	45	1.32
2220785--2220940	51	3.1	51	87	5	226	29	26	10	33	1.89
2220871--2221095	79	2.9	78	81	4	265	28	27	12	32	1.93
2221032--2221147	51	2.3	51	83	7	155	30	27	8	33	1.87
2222601--2222648	21	2.2	23	85	10	66	39	8	6	45	1.59
2223197--2223251	26	2.1	27	89	3	85	25	27	1	45	1.64
2233001--2233039	14	2.8	14	84	7	53	23	25	7	43	1.80
2241015--2241146	48	2.8	48	90	0	201	35	18	27	18	1.94
2241279--2242002	28	24.4	29	78	9	537	20	17	31	29	1.96
2242004--2242407	27	14.7	27	86	6	512	30	14	31	23	1.94
2241356--2241997	153	4.3	153	81	8	603	21	17	30	30	1.96
2242004--2242377	55	6.9	53	89	4	518	29	14	32	23	1.94
2242004--2242407	82	4.9	81	88	3	535	30	14	31	23	1.94
2254960--2255006	17	2.7	17	86	3	58	40	0	6	53	1.27
2267064--2267093	16	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
2268448--2268506	2	29.5	2	82	0	73	47	3	3	45	1.36
2268448--2268511	22	3.0	22	88	6	98	45	3	4	46	1.39
2280580--2280616	5	7.2	5	87	6	56	2	18	0	78	0.87
2285038--2285085	23	2.1	23	85	11	64	68	2	2	27	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2285327--2285351	13	1.9	13	100	0	50	60	0	8	32	1.26
2285570--2285613	18	2.4	18	81	7	54	56	0	0	43	0.99
2288367--2288404	19	2.0	20	89	5	60	36	7	5	50	1.54
2297035--2297087	23	2.2	23	86	6	70	81	18	0	0	0.70
2297035--2297087	6	8.8	6	76	15	56	81	18	0	0	0.70
2297045--2297089	12	3.8	11	88	11	63	84	15	0	0	0.62
2298295--2298567	30	8.7	31	83	6	302	22	28	16	32	1.96
2298288--2298533	62	4.0	61	83	7	300	22	29	16	31	1.96
2298548--2298601	27	2.0	27	88	0	81	24	27	14	33	1.94
2298514--2298857	34	10.8	33	76	14	276	19	30	13	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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