genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650381--650434	20	2.7	20	85	2	81	33	16	9	40	1.80
650975--651470	52	9.5	53	71	12	278	33	15	23	27	1.95
650997--651185	102	1.8	103	86	6	276	33	14	23	27	1.94
650966--651488	102	5.0	102	72	10	236	33	15	24	27	1.95
651613--651672	31	1.9	31	89	0	93	21	21	30	26	1.99
652359--652392	14	2.5	13	90	9	59	32	5	32	29	1.81
653379--653404	8	3.2	8	100	0	52	0	0	23	76	0.78
653433--653505	7	10.0	7	74	14	58	12	4	2	80	0.95
653434--653505	15	4.9	15	80	8	67	11	4	2	81	0.92
660099--660239	52	2.7	51	84	7	178	43	12	14	29	1.82
660100--660239	51	2.7	52	84	7	178	43	12	14	30	1.81
671619--671805	52	3.7	50	85	5	241	45	12	11	29	1.78
671844--671918	20	3.7	20	87	1	96	37	14	6	41	1.72
671865--671935	20	3.5	20	88	1	97	33	16	8	40	1.79
671960--671996	19	1.9	19	100	0	74	37	2	0	59	1.12
673339--673807	154	3.1	151	81	7	421	50	9	8	31	1.64
676035--676081	19	2.5	19	82	6	60	46	2	2	48	1.25
676631--676693	16	3.9	16	74	12	58	50	6	0	42	1.27
677044--677072	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
677313--677351	15	2.4	16	83	16	53	48	0	0	51	1.00
677319--677350	15	2.1	16	94	5	57	50	0	0	50	1.00
678680--678719	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
682949--682980	4	8.0	4	92	0	55	71	0	3	25	1.00
683545--683599	13	4.7	13	78	19	59	41	0	0	58	0.98
683541--683597	28	2.0	28	83	6	71	38	0	0	61	0.96
684334--684369	15	2.4	15	100	0	72	41	0	0	58	0.98
684335--684407	15	5.1	14	80	14	62	45	0	0	54	0.99
684813--684843	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
686140--686496	182	2.0	181	91	0	579	35	19	15	29	1.93
691379--691420	6	7.0	6	78	10	50	16	7	0	76	1.00
691380--691418	17	2.2	18	90	4	62	15	7	0	76	0.99
691379--691420	18	2.3	19	84	12	61	16	7	0	76	1.00
702168--702209	17	2.5	17	76	3	50	45	38	14	2	1.58
702489--702522	17	2.0	17	94	0	59	50	20	5	23	1.70
702580--702621	16	2.6	16	88	0	57	35	33	21	9	1.86
703348--703401	26	2.1	26	83	10	67	33	0	3	62	1.12
704600--704645	11	4.3	11	94	2	76	28	0	2	69	1.00
704600--704661	22	2.8	22	82	9	81	29	3	3	64	1.25
705348--705409	19	3.2	20	77	15	67	22	0	8	69	1.14
705622--705783	38	4.3	38	80	6	166	30	12	29	28	1.93
710297--710385	38	2.7	30	73	25	88	30	10	25	33	1.89
710311--710483	38	4.6	38	83	2	186	29	12	27	30	1.93
711186--711264	26	3.0	27	78	12	76	43	0	0	56	0.99
711224--711277	26	2.1	25	86	10	74	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711483--711519	16	2.3	17	86	9	51	43	0	2	54	1.14
711502--711551	19	2.5	20	87	12	77	60	0	0	40	0.97
711502--711566	20	3.3	19	77	18	62	58	1	0	40	1.07
717593--717683	39	2.3	39	79	3	103	42	15	9	31	1.80
717728--717815	40	2.2	40	82	6	99	45	12	13	28	1.80
717715--717966	39	6.5	38	77	8	190	44	11	15	28	1.82
718466--718509	24	1.9	22	86	9	61	70	13	6	9	1.33
718973--719014	20	2.1	20	86	0	57	30	16	16	35	1.92
719557--719658	34	3.0	33	84	7	107	36	8	25	29	1.86
719612--719684	34	2.1	34	80	9	78	35	8	27	28	1.86
722044--722079	17	2.2	17	90	9	58	25	5	11	58	1.54
722786--722817	17	1.9	17	93	6	57	25	15	9	50	1.74
723700--723764	33	2.0	33	84	0	85	33	13	13	38	1.85
724311--724409	34	2.9	34	80	8	121	32	12	24	31	1.92
725056--725085	14	2.2	14	94	5	53	0	13	0	86	0.57
725805--725894	16	5.6	16	75	16	55	17	16	26	38	1.91
726685--726753	16	4.3	16	75	0	75	13	15	31	39	1.86
726947--726991	21	2.1	22	88	12	67	35	8	4	51	1.54
736544--736575	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
738440--738475	5	7.4	5	96	3	65	58	0	0	41	0.98
738525--738606	21	4.0	20	76	6	74	35	3	7	53	1.46
738469--738585	53	2.2	54	82	13	136	35	4	7	52	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738524--738605	11	7.9	10	73	21	53	34	3	7	54	1.46
740280--740331	26	2.0	26	100	0	104	26	23	15	34	1.94
743604--743645	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
746079--746109	12	2.6	12	94	0	53	45	0	0	54	0.99
747338--747649	118	2.6	117	78	6	324	34	18	17	29	1.94
759205--759355	52	2.9	52	77	3	142	34	15	23	27	1.94
762443--762518	38	2.0	38	92	0	125	30	18	15	35	1.92
762611--762708	19	5.7	19	70	27	94	38	15	12	33	1.84
762606--762706	32	3.1	32	94	1	175	37	15	11	34	1.85
762630--762686	13	3.9	13	72	24	51	36	14	14	35	1.86
762951--763168	43	4.9	43	83	5	249	31	17	24	25	1.97
763178--763234	31	1.9	28	89	10	87	21	17	24	36	1.94
763214--763804	29	20.6	27	78	9	331	24	17	26	31	1.97
763234--763805	28	19.9	28	79	8	569	25	17	26	30	1.97
763234--763805	57	9.9	56	80	7	569	25	17	26	30	1.97
763171--763777	147	4.2	145	83	6	616	24	17	26	31	1.97
764167--764251	37	2.3	37	95	0	152	42	17	14	25	1.87
765276--765354	9	9.0	9	72	10	65	1	2	12	83	0.81
765282--765340	17	3.7	16	84	11	77	0	1	11	86	0.65
765276--765352	25	3.0	26	81	9	95	1	2	11	84	0.79
765282--765342	31	2.0	31	90	6	97	0	1	13	85	0.68
765276--765353	16	5.1	15	76	7	77	1	2	11	84	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769069--769197	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
769282--769330	19	2.6	19	93	3	82	38	18	10	32	1.84
769300--769362	32	2.0	32	90	0	99	33	15	12	38	1.86
777853--777994	20	6.8	20	75	16	119	27	14	14	43	1.84
785269--785320	22	2.3	23	96	3	97	59	9	11	19	1.59
786231--786305	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
786228--786305	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
786819--787801	86	11.4	86	89	4	1416	22	17	32	28	1.96
786831--787802	29	33.9	29	91	3	1454	22	17	32	28	1.96
789010--789064	1	55.0	1	81	0	56	0	1	9	89	0.57
789017--789063	12	3.8	12	88	5	76	0	0	10	89	0.49
789017--789065	13	3.8	13	83	5	73	0	0	12	87	0.54
789017--789066	25	2.0	25	96	0	91	0	0	14	86	0.58
798792--798818	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
802140--802191	22	2.3	23	96	3	97	59	9	11	19	1.59
803099--803173	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
803096--803173	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
804814--804905	30	3.4	30	66	27	96	26	18	16	39	1.91
804814--804925	50	2.2	50	95	3	199	26	18	15	39	1.90
807220--807478	79	3.3	77	78	8	247	27	25	15	31	1.96
809535--809572	4	9.5	4	88	0	58	21	2	2	73	1.07
809537--809577	16	2.5	16	88	4	55	19	2	4	73	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820414--820474	31	2.0	31	96	0	113	19	11	31	37	1.87
820848--821538	61	11.3	60	84	4	764	26	26	17	29	1.98
820847--821538	122	5.7	122	86	2	881	26	26	17	29	1.98
820847--821542	183	3.8	183	87	2	916	26	26	17	28	1.98
821592--821710	41	2.9	41	89	0	193	20	26	14	39	1.90
822451--822503	20	2.7	20	75	0	61	33	16	7	41	1.77
824854--825033	79	2.3	79	87	0	243	28	26	13	32	1.94
824994--825109	51	2.3	52	79	11	134	26	24	14	34	1.94
825044--825392	79	4.4	78	81	3	387	27	25	14	33	1.94
824873--825262	209	1.9	209	84	2	523	26	25	14	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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