genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1331972--1332067	20	4.8	20	89	5	140	31	15	10	42	1.81
1334366--1334533	51	3.3	50	82	5	169	30	25	11	33	1.91
1334470--1334951	79	6.2	78	82	8	531	27	24	14	33	1.94
1340048--1340081	13	2.6	14	86	13	54	64	0	0	35	0.94
1344897--1344922	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1345271--1345326	31	1.9	30	82	13	73	26	7	5	60	1.44
1352330--1352372	15	2.9	15	86	3	52	51	0	0	48	1.00
1352330--1352428	34	2.9	34	77	17	100	51	1	1	46	1.14
1357020--1357059	17	2.2	19	91	8	66	7	2	5	85	0.83
1359256--1359303	12	4.0	12	78	10	53	72	0	25	2	0.95
1359250--1359309	21	2.9	21	85	5	77	73	0	23	3	0.98
1359250--1359284	3	11.7	3	87	0	52	74	0	25	0	0.82
1360469--1360585	51	2.3	51	80	5	146	35	8	25	30	1.86
1360629--1361111	79	6.1	79	78	2	407	34	13	24	27	1.93
1360633--1361104	158	3.0	155	75	4	460	34	13	24	27	1.93
1363280--1363330	20	2.5	20	90	0	75	29	13	7	49	1.70
1363960--1364608	119	5.4	119	85	3	739	30	17	23	28	1.97
1364569--1364644	35	2.1	36	85	2	100	22	17	30	30	1.96
1364508--1364706	96	2.1	97	82	8	237	26	16	27	29	1.97
1364605--1364840	60	3.8	60	79	7	240	30	16	26	26	1.96
1364330--1364862	283	1.9	275	81	6	642	29	17	25	27	1.97
1364606--1364842	126	1.9	126	82	1	296	31	15	26	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1379776--1379831	20	2.7	20	88	5	76	44	8	14	32	1.76
1379818--1379859	20	2.1	20	90	0	66	30	14	9	45	1.77
1385776--1385973	60	3.3	59	78	7	197	39	18	12	29	1.87
1385776--1385929	59	2.6	59	78	11	154	43	15	12	28	1.83
1386092--1386129	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1387355--1387380	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1389928--1389966	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
1392043--1392073	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1393828--1393872	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1396092--1396117	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1396124--1396196	28	2.4	29	86	13	103	34	19	19	27	1.96
1396142--1396197	28	2.0	28	100	0	112	35	21	17	25	1.95
1410677--1410742	20	3.7	20	69	26	65	30	16	16	36	1.91
1410815--1410840	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1417122--1417162	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
1419516--1419585	19	3.6	19	90	1	104	38	18	14	28	1.90
1422607--1424616	61	33.9	60	83	7	2032	27	28	19	24	1.99
1425438--1425500	19	3.7	18	72	24	64	34	12	17	34	1.88
1425436--1425508	32	2.3	32	95	0	128	35	12	17	34	1.88
1425532--1425557	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1425595--1425668	20	3.8	20	94	3	132	35	13	10	40	1.80
1427953--1428351	51	7.6	51	70	12	249	29	26	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1432339--1433050	106	6.7	106	75	4	569	37	9	22	30	1.85
1435764--1435788	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1444843--1444892	20	2.5	20	93	0	91	36	14	18	32	1.90
1447453--1447479	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1448875--1449111	73	3.3	71	71	15	184	27	16	26	29	1.96
1448831--1449284	142	3.2	140	80	6	432	29	15	25	28	1.96
1448916--1449128	69	3.0	68	73	13	191	26	15	28	29	1.96
1449301--1449542	72	3.3	73	77	2	243	30	14	26	29	1.95
1452122--1452176	19	2.8	20	69	5	58	38	14	14	32	1.87
1452144--1452207	33	2.0	33	90	3	103	40	15	12	31	1.85
1452579--1452680	31	3.2	32	65	27	88	32	20	10	36	1.87
1452571--1452700	65	2.0	65	100	0	260	32	20	12	35	1.89
1452914--1452961	25	1.9	25	91	0	78	37	27	2	33	1.69
1453031--1453112	43	1.9	43	87	5	121	26	23	2	47	1.64
1454491--1454530	10	4.0	10	93	0	62	22	20	30	27	1.98
1454961--1455000	13	3.1	13	77	0	53	35	17	12	35	1.88
1463103--1463571	236	2.0	236	96	0	875	21	17	32	28	1.96
1470116--1470168	13	4.5	13	69	26	55	35	16	13	33	1.88
1470119--1470183	33	2.0	33	87	6	96	33	16	15	33	1.91
1470248--1470274	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1471040--1471073	10	3.4	10	87	0	50	2	17	11	67	1.34
1482466--1482521	19	2.9	19	86	2	76	37	12	17	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485049--1485084	13	2.8	13	91	0	63	36	5	16	41	1.72
1485117--1485155	20	1.9	21	94	5	71	33	17	12	35	1.88
1486765--1487278	155	3.3	155	83	4	613	24	17	20	36	1.94
1489456--1489491	17	2.1	17	100	0	72	33	0	27	38	1.57
1492594--1492629	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
1496439--1496486	22	2.3	23	86	13	68	70	0	0	29	0.87
1496438--1496488	11	4.8	11	76	23	56	70	0	0	29	0.87
1496438--1496486	10	4.7	10	76	18	55	71	0	0	28	0.86
1498019--1498085	33	2.0	33	88	5	100	34	16	11	37	1.85
1498042--1498071	13	2.3	13	94	0	51	33	16	13	36	1.88
1498136--1498200	32	2.0	32	84	3	85	41	18	15	24	1.89
1498747--1498804	19	3.2	19	71	14	68	36	20	3	39	1.70
1498731--1498830	35	2.8	36	92	3	175	36	26	2	36	1.68
1498744--1498798	16	3.2	16	71	14	56	30	25	3	40	1.73
1500685--1500709	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1505135--1505168	17	2.1	17	88	5	52	5	26	11	55	1.58
1506861--1506915	20	2.8	20	84	15	78	29	18	12	40	1.87
1506965--1507024	13	5.1	13	69	22	60	40	16	16	26	1.90
1506978--1507043	20	3.7	20	73	26	83	39	18	18	24	1.92
1506946--1507043	33	3.0	33	95	1	171	39	17	17	25	1.91
1510755--1510812	10	5.4	11	76	10	57	46	3	3	46	1.36
1510768--1510909	21	6.8	21	77	1	124	38	6	7	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1510846--1510884	10	3.8	10	80	6	51	38	5	2	53	1.37
1511752--1511801	19	2.5	20	87	6	75	38	16	16	30	1.90
1512180--1512252	32	2.4	30	82	15	87	31	4	9	54	1.51
1512437--1512469	15	2.1	16	88	5	50	48	6	9	36	1.60
1512538--1512656	21	5.8	20	75	8	87	33	8	7	50	1.61
1512581--1512627	20	2.3	21	88	3	69	34	8	4	53	1.51
1512678--1512755	21	3.7	21	76	6	68	30	7	14	47	1.72
1512717--1512761	21	2.1	21	83	0	54	26	8	11	53	1.65
1512809--1512971	41	4.0	40	78	12	152	36	5	9	48	1.58
1512812--1513162	42	8.4	42	70	14	154	33	7	10	48	1.65
1512889--1513012	11	11.6	11	66	13	71	35	5	10	48	1.61
1512812--1513018	64	3.3	63	76	12	162	35	6	10	47	1.64
1512812--1513095	21	13.6	21	72	10	188	34	6	10	49	1.62
1513305--1513374	21	3.3	19	74	18	50	35	7	11	45	1.68
1513385--1513529	21	6.9	21	72	15	120	35	4	8	51	1.53
1513383--1513547	84	2.0	85	81	6	201	34	6	9	50	1.59
1513429--1513561	21	6.3	20	68	12	61	36	4	8	51	1.52
1513625--1513667	21	2.0	22	90	4	70	32	9	11	46	1.72
1513634--1513704	21	3.3	21	78	9	63	39	9	8	42	1.69
1513753--1513799	19	2.3	20	86	13	62	25	8	8	57	1.57
1514381--1514422	3	14.0	3	94	0	75	66	2	30	0	1.04
1514501--1514539	18	2.1	19	95	4	71	82	0	5	12	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1515420--1515486	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1518754--1518918	84	2.0	84	82	7	201	24	20	3	51	1.63
1520444--1520510	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1520969--1520994	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1521440--1521471	13	2.3	15	89	10	50	12	15	6	65	1.44
1521811--1521866	25	2.3	23	82	14	60	30	0	10	58	1.32
1521850--1521908	20	2.9	20	82	5	73	32	3	3	61	1.29
1522923--1522955	17	1.9	17	93	0	57	78	9	0	12	0.95
1522921--1522956	18	2.0	18	88	0	54	77	8	0	13	0.98
1523525--1523806	68	4.1	67	86	1	366	30	42	14	13	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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