genome.fa.s113.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold113
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3764034

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203114--203170	19	2.9	19	81	2	69	33	14	15	36	1.88
203198--203246	13	4.2	13	71	28	56	30	12	16	40	1.85
209576--209607	12	2.7	12	95	0	55	37	28	6	28	1.81
213825--214123	142	2.1	144	86	9	418	50	9	11	28	1.70
213975--214366	167	2.4	166	86	3	515	51	9	11	27	1.70
215360--215417	19	3.0	20	87	5	82	39	13	12	34	1.82
215461--215490	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
215444--215511	33	2.1	32	83	10	84	32	16	16	35	1.91
219611--219635	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
219736--219761	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
219716--219783	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
223297--223364	33	2.1	32	88	2	100	33	14	14	36	1.87
225588--225628	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
231941--232008	33	2.1	32	86	2	91	35	13	14	36	1.85
232062--232111	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
235734--235758	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
238218--238242	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
238230--238282	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
238323--238390	33	2.1	33	88	2	102	35	17	13	33	1.89
238343--238368	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
244940--244981	21	2.0	22	85	4	59	40	9	9	40	1.70
248595--248644	21	2.4	21	96	0	91	58	8	18	16	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255589--255666	20	3.7	21	80	11	61	42	0	26	30	1.56
255617--255662	23	2.0	23	100	0	92	47	0	26	26	1.52
256294--256318	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
261519--261587	28	2.3	29	87	7	95	53	8	18	18	1.70
261613--261945	96	3.4	96	77	8	311	36	12	21	28	1.91
266347--266659	52	6.0	52	75	12	228	32	15	27	24	1.96
266311--266651	52	6.5	49	74	12	187	32	17	26	23	1.96
266664--266742	32	2.6	30	81	4	95	24	18	26	30	1.98
266711--267218	28	18.2	27	81	6	489	23	17	29	29	1.97
267121--268297	27	42.9	27	86	2	1334	28	14	31	24	1.95
267119--268297	165	7.2	164	83	4	1329	28	14	31	24	1.95
267091--268297	82	14.7	82	84	3	1327	28	14	31	24	1.95
275274--275356	20	3.3	24	65	31	66	46	9	18	25	1.79
275277--275407	51	2.6	51	96	0	235	46	9	17	25	1.79
278352--278523	52	3.3	51	75	2	164	37	14	23	25	1.92
278545--278689	58	2.5	58	85	3	195	35	11	25	26	1.91
278701--279059	33	11.2	32	75	7	273	23	17	27	31	1.97
278710--279059	128	2.7	127	80	3	378	24	17	27	31	1.97
279069--279227	31	5.3	30	80	8	153	33	10	27	28	1.90
280525--280580	21	2.6	21	85	5	76	17	0	5	76	0.96
280511--280569	19	3.0	19	78	9	64	16	0	5	77	0.93
281383--281439	19	2.9	19	81	2	69	31	15	17	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281468--281554	20	4.7	20	74	18	80	33	14	16	35	1.89
281489--281513	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
281469--281533	33	2.0	33	96	0	121	32	16	18	32	1.94
283128--283161	3	11.3	3	93	0	59	35	0	35	29	1.58
287806--287855	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
289552--289595	21	2.0	23	86	8	65	34	4	20	40	1.73
290168--290193	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
290244--290308	33	2.0	32	82	11	78	30	12	20	36	1.89
295798--295823	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
297463--297493	10	3.1	10	100	0	62	70	0	9	19	1.14
297316--297735	165	2.5	163	81	8	449	48	9	10	30	1.71
298640--298687	20	2.5	20	86	3	71	31	18	14	35	1.91
300331--300377	15	3.1	15	93	0	76	42	2	27	27	1.67
307333--307423	20	4.6	19	79	8	85	30	18	14	36	1.91
307333--307424	39	2.3	40	83	9	109	30	18	15	35	1.92
307451--307504	20	2.8	20	86	8	67	38	11	20	29	1.87
307808--307857	20	2.5	20	86	0	64	30	16	16	38	1.90
311051--311166	51	2.2	52	86	1	153	41	14	16	27	1.87
312036--312258	52	4.3	51	76	1	160	40	14	19	25	1.90
312036--312228	52	3.7	52	76	1	181	38	14	20	26	1.91
312204--312537	58	5.7	57	87	2	416	34	14	24	26	1.94
312220--312540	174	1.8	174	88	4	486	35	14	24	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312546--312896	32	10.8	31	77	7	240	22	16	27	33	1.96
312603--312889	33	8.8	33	78	5	235	24	16	27	32	1.96
312546--312896	65	5.4	64	79	5	330	22	16	27	33	1.96
312934--313116	30	6.1	30	80	3	188	33	12	28	25	1.92
312944--313116	90	1.9	90	82	2	213	32	13	28	26	1.93
319481--319560	20	3.7	20	72	18	70	30	15	13	41	1.85
319547--319585	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
319707--319753	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
321459--321499	20	2.0	22	90	9	68	36	2	26	34	1.70
321895--321940	21	2.1	21	84	11	58	43	2	10	43	1.51
322100--322125	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
324879--325265	166	2.3	165	81	5	447	29	11	8	50	1.67
324879--325265	167	2.3	164	82	4	461	29	11	8	50	1.67
325399--325448	21	2.3	22	80	10	59	28	8	16	48	1.74
325575--325601	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
325589--325663	20	3.8	20	92	1	116	38	12	16	33	1.85
325691--325755	33	2.0	32	88	11	96	35	15	18	30	1.92
325711--325735	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
327058--327086	10	3.0	10	95	5	51	82	0	17	0	0.66
331793--331817	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
331634--332117	167	2.9	165	76	8	462	31	11	8	48	1.70
333636--334008	154	2.4	153	81	4	433	24	18	19	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336088--336127	18	2.2	18	95	0	71	32	7	40	20	1.80
336616--336665	21	2.4	21	86	0	73	70	4	6	20	1.25
340318--340346	12	2.4	12	100	0	58	17	0	24	58	1.38
340547--340601	19	2.8	19	86	2	74	36	12	12	38	1.82
343046--343088	22	2.0	22	90	0	68	44	9	9	37	1.69
345202--345264	19	3.6	19	68	24	66	34	11	17	36	1.85
345202--345277	32	2.4	32	90	0	125	34	13	17	35	1.88
346539--346589	13	4.2	12	81	18	54	86	11	0	1	0.66
346545--346588	19	2.6	16	86	13	61	88	9	0	2	0.59
348009--348144	51	2.6	50	80	6	148	34	14	24	26	1.94
348076--348412	79	4.3	79	93	0	575	31	15	26	26	1.96
348364--348439	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
349656--349858	35	5.9	35	95	4	371	19	31	5	43	1.74
349656--349858	102	2.0	102	95	4	365	19	31	5	43	1.74
349864--349891	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
350321--350424	40	2.5	41	80	9	113	43	11	28	16	1.83
350551--350746	61	3.3	59	84	7	249	25	20	27	26	1.99
353826--353945	52	2.3	52	95	0	213	30	17	18	34	1.94
353826--353965	52	2.7	51	88	4	201	31	17	18	32	1.94
353954--353978	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
354019--354085	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
354041--354065	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
354123--354164	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
354842--356099	49	24.4	53	72	16	290	33	16	25	24	1.96
354901--355272	115	3.3	115	77	10	473	36	14	24	24	1.93
354842--355308	218	2.1	218	97	0	882	34	15	25	25	1.94
355103--355488	170	2.3	166	93	4	650	36	14	23	24	1.93
355394--356118	49	15.0	49	85	4	988	32	17	26	24	1.97
355337--356118	98	8.0	98	94	3	1264	32	17	26	24	1.97
356148--356240	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
356245--356696	36	12.9	36	87	6	588	34	11	34	19	1.89
356245--356698	70	6.5	70	88	6	602	34	11	34	19	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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