genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8270--8527	136	1.9	136	87	4	378	33	15	24	27	1.95
8397--8545	77	1.9	77	95	0	271	30	16	25	26	1.97
10107--10368	50	5.3	50	89	3	413	14	26	14	44	1.84
10107--10368	100	2.6	99	95	3	465	14	26	14	44	1.84
11873--11981	31	3.5	31	81	6	132	32	22	16	28	1.96
15272--15311	10	3.9	11	78	15	50	45	0	0	55	0.99
15273--15313	19	2.2	19	86	8	57	46	0	0	53	1.00
16587--16707	1	121.0	1	90	0	188	95	4	0	0	0.28
17728--17754	1	27.0	1	100	0	54	0	0	0	100	0.00
18819--18860	17	2.5	17	96	0	75	50	0	0	50	1.00
18819--18860	8	4.9	9	85	11	61	50	0	0	50	1.00
19590--19662	13	5.8	13	75	16	57	65	0	1	32	1.01
19589--19662	24	3.0	24	73	21	73	64	0	1	33	1.02
19739--19768	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
20078--20136	22	2.7	23	84	5	77	40	1	0	57	1.09
20083--20144	22	2.9	22	83	7	65	45	1	0	53	1.10
20818--20868	26	2.0	26	85	11	70	62	0	0	37	0.95
20953--20985	15	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
23378--23500	31	4.0	31	80	4	140	26	17	24	31	1.97
25029--25292	50	5.3	50	92	0	456	43	15	26	15	1.85
25029--25292	100	2.6	100	98	0	510	43	15	26	15	1.85
26838--26963	53	2.5	51	82	12	143	27	26	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26891--27041	78	1.9	79	94	1	268	26	25	16	31	1.97
26974--27092	51	2.4	51	89	1	177	28	26	14	30	1.95
26895--27162	129	2.1	130	91	0	430	27	24	15	33	1.95
26895--27228	129	2.6	128	86	2	416	26	23	14	35	1.94
39816--39992	87	2.0	87	100	0	354	27	18	24	28	1.98
41282--41307	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
43681--43727	21	2.3	20	78	10	51	40	6	19	34	1.77
43848--43886	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
43872--43950	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
45966--45996	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
47799--47843	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
50057--50082	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
50121--50196	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
50141--50214	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
50121--50214	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
50721--51267	122	4.5	123	87	3	739	25	28	20	25	1.99
50698--51267	62	9.4	61	84	5	678	25	28	20	25	1.99
50721--51267	244	2.2	246	89	2	825	25	28	20	25	1.99
52100--52279	50	3.6	50	93	0	315	44	15	25	15	1.85
52100--52279	100	1.8	100	100	0	360	44	15	25	15	1.85
53836--53961	53	2.5	51	82	12	143	27	26	15	30	1.95
53889--54188	79	3.8	79	92	0	476	27	24	15	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56866--57048	50	3.7	50	88	0	267	25	19	13	41	1.88
59383--59862	79	6.1	79	79	6	429	28	24	13	33	1.93
59386--59860	158	3.0	158	82	4	530	28	25	13	33	1.93
59387--59831	237	1.9	237	83	5	587	28	24	13	33	1.93
63810--63933	31	4.0	31	84	0	149	27	16	23	32	1.96
63811--63934	62	2.0	62	87	0	176	27	16	23	33	1.95
63920--64035	38	3.0	37	81	10	103	29	17	18	35	1.93
64116--64154	17	2.4	17	87	12	55	38	0	12	48	1.42
65198--65239	14	2.9	15	78	7	50	50	0	2	47	1.14
72938--72968	9	3.4	9	100	0	62	80	0	0	19	0.71
77748--77791	6	7.0	6	87	10	61	47	15	2	34	1.58
79804--79832	6	4.8	6	100	0	58	48	17	0	34	1.47
85437--85462	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
85417--85480	32	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
86106--86185	39	2.0	40	83	7	101	33	23	6	36	1.80
88028--88063	13	2.8	13	91	0	54	33	13	16	36	1.89
89090--89420	165	2.0	165	100	0	662	25	18	17	38	1.93
91635--91701	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
91655--91679	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
91745--91769	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
91778--91898	52	2.3	52	94	0	215	33	19	18	28	1.95
94030--94105	27	2.8	27	97	0	143	21	36	19	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95751--95795	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
98014--98039	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
97994--98057	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
102840--102920	20	4.0	20	76	6	72	38	13	9	38	1.78
102883--102925	20	2.2	20	95	0	77	30	13	11	44	1.80
104521--104574	23	2.3	23	90	0	81	50	7	14	27	1.70
106434--106475	12	3.6	12	78	15	52	35	9	28	26	1.88
110398--110451	21	2.5	22	81	3	65	46	7	0	46	1.31
110755--110827	33	2.2	33	87	0	101	28	15	12	43	1.82
110867--111014	70	2.1	70	97	1	280	45	15	6	32	1.72
113877--113906	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
115498--115522	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
115477--115541	33	2.0	33	87	3	96	27	13	16	41	1.87
117487--117602	52	2.2	52	84	1	144	41	14	14	29	1.86
119270--119319	25	2.1	25	85	7	68	48	4	4	44	1.40
119784--119817	16	2.1	16	89	10	52	44	2	0	52	1.16
120160--120196	18	2.1	18	94	0	65	45	0	2	51	1.15
120791--120821	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
122054--122080	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
122580--122642	24	2.6	24	78	16	76	36	1	3	58	1.23
125397--125484	46	1.9	46	92	0	149	27	13	17	42	1.86
127763--127792	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129061--129384	169	1.9	169	83	3	420	45	3	4	47	1.39
129815--129851	11	3.5	11	85	14	51	27	0	0	72	0.84
129816--129861	9	4.7	10	76	12	51	26	0	0	73	0.83
130252--130294	16	2.5	17	81	14	52	37	2	9	51	1.47
132599--132623	13	1.9	13	100	0	50	24	16	20	40	1.91
133199--133255	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
133179--133279	32	3.1	32	97	1	184	34	11	17	35	1.87
133177--133274	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
133317--133341	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
137078--137493	49	8.9	49	74	12	318	31	18	24	25	1.97
137029--137307	150	1.9	150	83	3	373	31	18	25	25	1.97
137078--137298	101	2.2	98	85	2	289	32	18	24	24	1.97
137228--137490	87	3.0	88	86	1	375	30	19	23	26	1.98
137497--137668	34	5.1	34	79	6	165	37	15	30	16	1.90
137507--137669	33	4.8	33	77	8	127	38	14	30	16	1.89
137508--137668	67	2.4	67	80	9	168	38	14	29	16	1.89
137671--137763	31	3.0	30	84	7	116	29	17	30	23	1.97
137663--137775	31	3.7	30	83	5	111	26	18	29	25	1.98
137755--137895	28	5.0	28	79	8	169	19	15	30	34	1.93
137748--137895	55	2.6	57	91	4	237	22	14	30	32	1.94
138252--138373	37	3.3	37	94	0	199	45	15	13	25	1.83
139395--139439	9	5.0	9	84	10	56	2	6	4	86	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139406--139438	17	1.9	17	93	0	57	3	6	0	90	0.52
139526--139570	1	45.0	1	81	0	54	0	6	2	91	0.50
139516--139563	22	2.3	22	89	7	73	0	8	6	85	0.74
139324--139565	121	2.0	124	93	4	420	11	18	14	54	1.69
139526--139570	13	3.8	12	85	8	65	0	6	2	91	0.50
153529--153556	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
153510--153576	33	2.0	33	88	5	100	41	13	14	29	1.85
153603--153628	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
155537--155582	14	3.3	14	76	17	51	47	2	2	47	1.26
166689--166717	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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