genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1645050--1645393	43	7.8	43	76	11	270	20	28	12	38	1.89
1645050--1645386	88	3.8	86	78	13	321	21	28	12	37	1.90
1645399--1645466	35	1.9	35	81	0	82	20	23	17	38	1.93
1645981--1646133	20	7.6	20	69	23	90	26	16	15	41	1.88
1646048--1646117	33	2.1	33	97	0	131	27	17	14	41	1.87
1646068--1646098	13	2.4	13	94	0	53	29	12	16	41	1.85
1646032--1646133	53	1.9	53	84	7	136	28	15	14	41	1.87
1646880--1647509	49	13.0	49	78	11	635	25	25	16	32	1.96
1646764--1646985	116	1.9	119	80	7	263	24	24	13	36	1.92
1646959--1647026	21	3.2	21	63	19	50	25	25	17	32	1.97
1646889--1647460	92	6.0	92	89	5	838	25	25	16	32	1.96
1647165--1647509	104	3.4	104	82	10	453	25	24	15	33	1.95
1647529--1647678	53	3.0	49	80	7	174	24	26	18	30	1.98
1648277--1648333	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
1648257--1648357	32	3.1	32	94	4	168	34	11	17	35	1.87
1648255--1648352	19	5.8	18	70	28	81	33	12	17	36	1.87
1648395--1648419	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1648428--1648556	52	2.5	52	98	0	249	35	16	17	30	1.92
1649402--1649440	20	2.0	20	85	10	53	25	15	10	48	1.76
1650674--1650744	27	2.6	27	100	0	142	22	45	19	12	1.84
1653433--1653549	51	2.3	52	78	12	134	31	25	11	30	1.92
1653537--1653605	28	2.5	28	86	11	97	27	31	15	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1653642--1653717	28	2.8	28	81	2	100	22	30	21	26	1.99
1653645--1653716	27	2.6	28	80	4	94	22	30	20	26	1.98
1653701--1653835	50	2.7	51	92	2	227	34	25	7	32	1.84
1653701--1653867	51	3.3	49	87	5	217	32	25	8	32	1.87
1653701--1653917	101	2.1	102	80	4	242	31	25	10	33	1.89
1653890--1654072	79	2.3	79	80	4	199	28	23	13	34	1.93
1655122--1655148	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1655177--1655233	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
1655218--1655244	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1655199--1655263	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
1655796--1655848	19	2.7	18	83	16	61	20	39	3	35	1.71
1659238--1659358	13	7.9	13	71	28	80	34	13	17	34	1.88
1659218--1659379	32	5.0	32	96	0	297	34	12	17	35	1.87
1659712--1659753	17	2.5	17	88	3	59	83	7	9	0	0.81
1660723--1660954	35	7.4	28	75	14	108	20	33	13	31	1.92
1660767--1661167	35	11.9	34	80	10	389	18	34	12	34	1.89
1661133--1661186	27	2.0	27	85	0	72	20	31	14	33	1.93
1661202--1661499	32	9.2	32	89	5	458	28	34	18	17	1.94
1661194--1661499	65	4.7	65	92	2	501	28	34	17	18	1.94
1661194--1661490	33	9.1	33	88	5	435	28	34	18	18	1.95
1661492--1661827	49	6.9	49	83	5	423	25	25	17	32	1.97
1661685--1661774	43	2.1	43	91	0	144	24	24	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1661728--1661879	52	2.8	55	81	4	166	26	23	15	34	1.94
1662743--1662767	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1662723--1662789	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1662863--1662980	52	2.3	52	96	0	218	34	17	17	29	1.94
1674140--1674195	19	2.8	20	81	8	69	35	16	14	33	1.88
1674181--1674207	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1674162--1674226	33	2.0	32	87	3	94	40	15	16	27	1.89
1676479--1676534	28	2.0	28	100	0	112	21	25	21	32	1.98
1679089--1679137	16	2.9	16	78	9	53	42	2	0	55	1.11
1679436--1679497	32	1.9	33	83	3	81	50	0	0	50	1.00
1679442--1679520	23	3.3	24	75	19	69	49	1	0	49	1.09
1681716--1681742	14	1.9	14	100	0	54	55	0	7	37	1.28
1682003--1682047	22	2.0	22	91	0	72	37	13	8	40	1.76
1683043--1683078	7	5.1	7	100	0	72	41	0	0	58	0.98
1689541--1689599	22	2.6	23	91	5	102	30	5	10	54	1.56
1693353--1693633	147	1.9	147	91	2	467	44	5	8	41	1.58
1697634--1697692	2	30.0	2	77	3	57	47	6	3	42	1.46
1697637--1697690	27	2.0	27	100	0	108	48	7	3	40	1.49
1697844--1697875	12	2.7	12	95	0	55	53	3	43	0	1.16
1699858--1699891	9	3.8	9	92	0	59	47	0	23	29	1.52
1704378--1704404	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1708543--1708671	52	2.5	52	93	0	213	30	18	16	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1708543--1708691	52	2.9	51	83	9	185	31	18	16	33	1.93
1708680--1708704	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1708748--1708831	19	4.7	19	80	18	101	38	16	11	33	1.86
1708786--1708810	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1708767--1708829	32	2.0	32	93	6	110	34	17	12	34	1.88
1711532--1711589	22	2.6	22	86	10	75	48	0	0	51	1.00
1711972--1712064	46	2.0	46	95	0	168	37	18	9	34	1.83
1715504--1715549	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
1715823--1716368	109	5.0	108	79	5	386	34	16	15	33	1.90
1716819--1716875	13	3.9	13	74	24	51	33	14	19	33	1.91
1716817--1716898	19	5.1	17	68	28	63	31	12	19	36	1.89
1716818--1716895	32	2.4	32	93	0	129	32	12	19	35	1.89
1716953--1717098	52	2.8	51	90	4	213	34	18	17	30	1.94
1720604--1720647	14	3.1	14	90	3	61	0	27	0	72	0.85
1720608--1720647	7	5.6	7	84	3	53	0	30	0	70	0.88
1721447--1721529	42	2.0	42	95	0	148	36	7	19	37	1.79
1721619--1721966	28	12.6	28	73	10	119	24	16	28	31	1.96
1721655--1721725	26	2.7	26	84	8	81	29	15	21	33	1.94
1721781--1722147	110	3.3	109	80	3	371	23	17	28	30	1.97
1721765--1722077	28	11.3	28	74	13	220	23	16	29	30	1.96
1721650--1722052	82	4.9	82	72	13	278	24	16	29	30	1.97
1721619--1722077	138	3.3	136	80	6	462	24	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1721920--1722090	82	2.1	80	80	10	186	22	18	30	29	1.97
1722059--1722162	28	3.8	26	75	12	84	22	20	27	29	1.98
1722096--1722187	28	3.3	28	75	6	87	22	19	25	32	1.97
1722051--1722187	56	2.5	54	77	4	132	24	19	24	31	1.98
1738909--1738967	22	2.7	22	72	0	55	3	20	13	62	1.45
1739304--1739359	20	2.9	20	77	15	55	10	26	7	55	1.60
1739694--1739755	28	2.2	28	88	0	88	8	12	9	69	1.37
1740376--1740418	17	2.5	17	92	0	68	41	6	27	23	1.80
1740622--1740671	3	16.3	3	95	4	91	34	0	0	66	0.92
1741219--1743004	42	42.9	42	78	4	1498	40	18	24	17	1.91
1743075--1743262	101	1.9	101	88	2	288	41	13	20	23	1.89
1743216--1744159	44	22.1	44	71	11	475	42	14	21	21	1.88
1743216--1743425	87	2.4	87	83	4	255	41	14	20	23	1.89
1743215--1744164	88	11.1	82	76	10	625	42	14	21	21	1.88
1743701--1744097	130	3.1	130	82	6	400	41	14	22	21	1.89
1744145--1744403	48	5.4	47	81	7	263	43	16	19	20	1.88
1744144--1744403	96	2.7	97	83	5	305	43	16	19	20	1.88
1744326--1744481	84	1.9	84	86	2	224	45	14	21	19	1.85
1745068--1745142	21	3.7	21	74	17	68	45	12	14	28	1.80
1745469--1745495	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1745564--1745588	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1745544--1745608	33	2.0	33	90	6	105	36	13	16	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1751858--1751907	21	2.4	22	83	9	61	32	20	2	46	1.62
1752643--1752672	15	2.0	15	100	0	60	20	26	13	40	1.89
1753626--1753678	20	2.5	21	84	6	63	32	5	16	45	1.71
1754147--1754200	28	1.9	28	96	0	99	31	12	14	40	1.84
1754341--1754392	20	2.6	20	93	0	86	34	13	17	34	1.89
1759672--1759697	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1761906--1761950	20	2.1	21	84	8	56	55	4	20	20	1.60
1763753--1763783	15	2.1	15	93	0	53	48	19	19	12	1.81
1765862--1765887	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1768433--1768458	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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