genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2329710--2329757	19	2.5	20	86	6	71	35	18	16	29	1.93
2336111--2336140	3	10.0	3	92	0	51	33	36	0	30	1.58
2337818--2337873	19	2.9	19	89	2	76	33	16	17	32	1.92
2337858--2337883	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2338595--2338641	23	2.0	23	100	0	94	29	8	25	36	1.86
2340022--2340206	78	2.4	78	79	8	198	25	28	14	32	1.94
2340144--2340255	51	2.2	51	87	7	158	29	28	8	33	1.87
2340058--2340675	130	4.7	130	85	2	767	28	26	12	32	1.93
2340268--2340385	51	2.3	51	86	5	159	28	25	13	32	1.94
2340403--2340517	51	2.3	51	80	6	135	29	26	10	33	1.90
2340067--2340613	260	2.1	259	93	1	943	28	26	12	32	1.92
2340451--2340596	79	1.8	79	88	5	224	28	26	13	31	1.93
2340528--2340648	51	2.3	52	87	2	172	29	26	11	32	1.91
2340629--2340700	28	2.6	27	82	8	83	27	29	15	27	1.96
2340657--2340835	79	2.2	80	84	1	225	26	26	13	32	1.94
2340581--2340779	107	1.8	108	81	4	249	28	25	13	33	1.93
2345035--2345132	48	2.2	42	86	13	128	30	13	18	37	1.89
2349930--2349994	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
2349951--2349975	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2349932--2350000	32	2.2	32	97	0	129	33	11	17	37	1.86
2350047--2350071	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2350083--2350205	52	2.4	52	97	0	228	34	19	21	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356868--2356925	8	7.0	8	84	11	64	86	5	0	8	0.71
2356869--2356937	8	7.8	9	80	9	63	85	4	2	7	0.81
2356869--2356926	18	3.3	18	83	4	75	87	5	0	6	0.65
2356869--2356936	26	2.6	25	84	9	91	85	4	2	7	0.82
2356869--2356926	1	58.0	1	78	0	53	87	5	0	6	0.65
2357970--2358239	55	4.8	55	85	5	272	27	25	21	25	1.99
2357929--2358489	123	4.7	122	79	6	602	26	26	19	27	1.99
2357929--2358489	61	9.5	60	83	5	517	26	26	19	27	1.99
2358460--2358640	42	4.5	38	75	14	134	18	28	15	37	1.91
2358517--2358657	42	3.2	43	81	10	178	18	24	12	44	1.84
2358523--2358654	46	3.0	45	80	9	164	19	25	12	42	1.87
2358606--2358674	36	1.9	36	82	8	88	18	24	15	40	1.90
2361700--2361796	51	1.9	50	85	6	133	28	19	9	42	1.82
2361830--2361945	51	2.3	51	84	0	142	27	23	13	35	1.93
2361700--2362236	130	4.1	131	81	3	573	28	24	11	35	1.91
2361959--2362078	51	2.4	51	81	5	136	27	25	15	31	1.95
2362090--2362207	51	2.3	52	88	2	166	30	27	10	32	1.89
2362190--2362261	28	2.6	27	86	8	92	25	26	18	30	1.98
2362218--2362389	79	2.2	80	83	11	212	29	23	12	35	1.91
2362142--2362344	107	1.9	108	84	10	272	27	25	11	34	1.91
2363364--2364014	28	23.3	28	79	5	559	25	29	14	30	1.95
2363364--2364014	55	11.7	56	78	7	583	25	29	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2363364--2363919	83	6.7	83	81	5	518	25	29	14	30	1.94
2363927--2364387	28	16.0	28	82	4	447	29	27	17	25	1.97
2363656--2364387	56	12.9	56	79	7	426	27	28	16	27	1.97
2363972--2364445	28	16.2	32	77	10	223	29	27	17	25	1.97
2364284--2364419	32	4.4	32	82	8	133	30	29	15	25	1.96
2365445--2365482	10	3.8	10	80	13	51	65	7	5	21	1.38
2372768--2372842	33	2.3	33	82	11	84	36	0	9	54	1.33
2373098--2373266	90	1.9	89	85	3	232	39	11	13	36	1.81
2378519--2378963	58	7.7	57	73	13	259	48	11	10	29	1.73
2378544--2378757	117	1.8	115	81	7	263	48	11	9	30	1.71
2378635--2378945	169	1.8	170	81	4	387	47	10	10	31	1.72
2389632--2389666	17	2.1	17	88	0	52	0	22	0	77	0.78
2389648--2389678	13	2.5	12	90	10	53	0	16	0	83	0.64
2390481--2390518	19	2.0	19	89	0	58	36	21	13	28	1.91
2396701--2396739	13	3.0	13	92	0	60	30	15	15	38	1.88
2400727--2400765	19	2.1	18	90	4	60	23	2	0	74	0.94
2400904--2400935	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2401764--2401798	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2403226--2403262	18	2.1	18	89	0	56	29	13	24	32	1.93
2405266--2405308	21	2.0	22	81	4	52	62	11	4	20	1.46
2406400--2406432	15	2.2	15	94	0	57	0	15	15	69	1.19
2406414--2406463	20	2.4	21	90	6	75	0	20	14	66	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406414--2406470	20	2.8	20	86	7	62	0	17	15	66	1.25
2406527--2406623	5	19.4	5	72	19	53	1	20	19	58	1.45
2406539--2406647	19	5.6	18	83	16	137	0	20	19	59	1.43
2406521--2406647	40	3.2	40	95	1	227	0	19	20	59	1.43
2406549--2406647	14	7.4	14	65	24	61	1	20	19	59	1.44
2406521--2406673	80	1.9	80	83	9	197	3	20	18	56	1.57
2406891--2407055	42	3.9	43	82	3	181	20	26	13	40	1.89
2407377--2407407	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2407376--2407447	12	7.0	10	77	19	53	41	0	0	58	0.98
2410183--2410335	48	3.2	47	75	8	137	32	11	11	44	1.77
2410111--2410389	96	2.9	95	75	6	249	30	11	12	45	1.77
2410265--2410397	49	2.7	48	81	3	149	28	12	14	45	1.80
2411688--2411840	65	2.4	65	78	5	159	32	16	16	33	1.92
2411765--2411971	64	3.2	64	78	10	183	32	14	17	35	1.90
2412876--2412952	33	2.5	31	78	17	81	40	0	3	55	1.18
2414682--2414731	26	1.9	26	83	0	64	48	20	16	16	1.82
2415205--2415314	54	2.1	53	91	3	177	33	5	6	54	1.49
2417303--2417349	19	2.5	19	79	6	51	40	4	0	55	1.19
2420007--2420036	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
2420767--2420808	21	2.0	21	95	0	75	28	26	0	45	1.54
2420897--2420951	20	2.8	20	86	5	67	12	32	1	52	1.50
2426300--2426518	34	6.5	34	84	2	271	26	7	25	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426300--2426518	102	2.2	101	88	1	330	26	7	25	40	1.82
2426935--2426963	14	2.0	15	93	6	51	48	0	0	51	1.00
2427468--2427512	20	2.2	20	84	7	56	44	2	2	51	1.26
2427507--2427546	20	1.9	21	85	10	55	60	0	2	37	1.11
2427542--2427586	22	2.0	23	86	4	65	33	0	0	66	0.92
2427568--2427626	20	3.2	18	77	17	68	38	0	0	61	0.96
2427628--2427681	22	2.3	23	87	6	74	53	0	0	46	1.00
2427632--2427680	9	5.4	9	79	16	57	53	0	0	46	1.00
2427632--2427681	14	3.6	14	79	15	52	54	0	0	46	1.00
2427623--2427693	31	2.3	32	76	13	78	56	0	0	43	0.99
2427665--2427706	21	1.9	22	85	9	59	69	0	0	30	0.89
2427674--2427706	7	4.7	7	92	0	57	72	0	0	27	0.85
2428747--2428771	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2429471--2429554	28	3.1	26	73	20	73	28	2	1	67	1.10
2431746--2431770	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2431876--2432018	9	15.0	9	69	12	63	66	4	0	29	1.10
2431866--2431935	34	1.9	38	86	11	103	58	1	0	40	1.07
2431856--2431931	19	4.2	19	68	14	61	59	1	1	38	1.14
2431900--2431939	19	2.1	19	85	4	53	65	0	0	35	0.93
2431931--2431998	31	2.1	33	86	10	97	70	4	0	25	1.05
2432070--2432114	16	2.8	16	80	10	56	71	2	0	26	0.98
2432304--2432354	12	4.4	12	75	9	52	60	0	39	0	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432770--2432795	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2432862--2432906	17	2.6	17	85	3	63	40	0	0	60	0.97
2432862--2432910	16	3.0	16	83	16	57	40	0	0	59	0.98
2433326--2433359	13	2.5	13	85	4	50	47	0	0	52	1.00
2447469--2447744	79	3.5	79	85	3	360	27	24	13	34	1.93
2448035--2448101	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2448055--2448079	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2448142--2448166	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2448175--2448298	52	2.4	52	93	4	207	34	18	17	29	1.94
2451384--2451630	79	3.1	79	84	1	307	28	23	12	35	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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