genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1900927--1901188	107	2.5	106	74	13	250	25	25	17	31	1.97
1901062--1901239	78	2.3	79	88	1	250	28	26	14	30	1.95
1901175--1901287	51	2.2	51	85	4	158	31	28	9	30	1.89
1901273--1901344	28	2.6	28	95	0	126	23	29	20	26	1.99
1901423--1901474	28	1.9	27	88	7	79	25	25	17	32	1.97
1903588--1903624	4	9.2	4	93	0	65	24	0	2	72	0.97
1907218--1907553	172	2.0	172	96	0	618	31	31	15	21	1.94
1915115--1915390	100	2.8	99	89	4	411	25	28	19	26	1.98
1915315--1915619	55	5.4	54	82	8	349	27	26	20	25	1.99
1915314--1915617	117	2.7	114	86	7	413	27	26	20	25	1.99
1915659--1915894	61	3.9	61	82	7	282	25	26	19	28	1.99
1915635--1915908	61	4.6	59	78	13	276	24	26	19	29	1.98
1915874--1916070	42	4.5	42	80	7	207	21	24	13	40	1.90
1915874--1916070	88	2.3	88	86	3	283	21	24	13	40	1.90
1916756--1916919	20	7.8	20	77	16	138	28	15	14	42	1.86
1916806--1916919	60	1.9	59	85	7	158	29	15	12	42	1.84
1919266--1919496	107	2.2	107	95	0	408	25	25	18	31	1.97
1919424--1919523	28	3.6	28	86	2	121	21	30	22	27	1.98
1919314--1919629	135	2.3	135	89	2	465	24	25	18	31	1.97
1919449--1919710	107	2.5	106	75	11	266	25	26	17	30	1.97
1919266--1919710	242	1.8	241	83	2	597	25	25	17	31	1.97
1919584--1919761	78	2.3	79	87	1	241	29	28	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1919697--1919809	51	2.2	51	84	4	149	32	28	9	29	1.89
1919634--1920082	122	3.6	120	85	6	526	29	26	11	32	1.92
1919634--1920082	244	1.8	245	83	8	604	29	26	11	32	1.92
1920039--1920090	28	1.9	27	88	7	79	25	25	17	32	1.97
1922205--1922237	4	8.2	4	93	0	57	24	0	3	72	0.98
1925573--1925713	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
1925702--1925726	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1925792--1925816	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1925770--1925836	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1925874--1925915	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
1926706--1926904	49	3.9	50	80	4	220	35	16	23	24	1.95
1926635--1927121	221	2.3	212	88	6	700	36	14	24	24	1.93
1926965--1927097	43	3.1	42	80	9	117	33	17	24	24	1.96
1926994--1927097	43	2.5	42	82	9	122	30	19	24	25	1.98
1927027--1927997	49	19.9	49	86	3	1336	31	17	26	24	1.97
1927028--1927997	98	10.0	98	93	3	1649	31	17	26	24	1.97
1927028--1927997	297	3.3	295	95	3	1707	31	17	26	24	1.97
1928027--1928119	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
1928126--1928587	33	14.0	34	77	14	348	32	14	32	20	1.92
1928124--1928364	69	3.4	71	91	4	357	34	11	33	20	1.89
1928342--1928454	31	3.7	30	79	12	122	24	19	30	24	1.98
1928321--1928581	62	4.1	61	74	13	190	29	16	31	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1928468--1928522	28	2.0	27	89	3	83	25	16	36	21	1.94
1929864--1929902	1	39.0	1	89	0	60	0	2	2	94	0.34
1935191--1935331	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
1935320--1935344	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1935411--1935435	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1935389--1935455	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
1935493--1935534	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
1939096--1939431	172	2.0	172	98	0	645	30	32	15	20	1.94
1942853--1942972	52	2.3	51	82	4	143	42	10	16	30	1.82
1948945--1949016	20	3.6	20	82	0	90	30	15	12	41	1.84
1950874--1950927	20	2.6	21	85	5	74	27	12	16	42	1.85
1951590--1951614	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
1952984--1953026	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
1953467--1953505	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
1959569--1959594	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1959548--1959613	33	2.0	34	87	3	98	28	12	16	42	1.84
1968479--1968514	10	3.4	10	92	7	54	0	13	0	86	0.58
1969115--1969578	167	2.8	167	83	5	582	52	7	9	31	1.61
1972444--1972501	7	7.7	7	77	21	55	82	1	15	0	0.74
1972468--1972503	16	2.3	15	90	4	54	91	2	5	0	0.49
1972522--1972586	25	2.8	23	84	13	80	36	0	0	63	0.95
1972522--1972596	23	3.0	26	80	16	79	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1972524--1972594	25	3.0	23	78	11	79	36	0	0	63	0.95
1972948--1972985	20	1.9	20	94	0	67	73	0	23	2	0.95
1972954--1973001	25	2.0	25	91	4	80	75	0	20	4	0.97
1973032--1973092	25	2.6	23	75	17	63	31	3	0	65	1.09
1975921--1975958	20	1.9	20	88	0	58	47	10	18	23	1.79
1976616--1977684	28	37.5	28	78	7	827	22	17	31	27	1.97
1976595--1977249	173	3.8	176	77	7	500	22	18	30	27	1.97
1985258--1985329	28	2.6	28	78	8	76	31	20	25	22	1.98
1985315--1985431	51	2.3	51	83	2	164	32	11	23	32	1.90
1985444--1985556	51	2.2	51	87	0	163	36	11	23	28	1.90
1985305--1985621	130	2.4	129	84	3	404	36	11	22	29	1.89
1988021--1988050	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
1988717--1988761	19	2.3	19	92	3	72	73	2	24	0	0.95
1988955--1989482	55	9.1	60	82	7	526	27	19	26	26	1.99
1988968--1989823	165	5.1	167	78	10	738	25	19	27	27	1.99
1989598--1989823	55	4.1	55	86	1	301	23	20	27	27	1.99
1989203--1989921	320	2.2	319	87	1	1039	25	18	28	27	1.98
1990989--1991039	7	7.3	7	78	8	50	3	3	11	80	0.98
2003147--2003339	79	2.4	79	80	10	214	32	15	24	27	1.95
2003296--2003372	28	2.8	28	88	7	113	25	18	31	24	1.97
2003475--2003592	51	2.3	50	84	8	150	33	12	24	28	1.92
2006062--2006118	20	2.8	20	91	0	96	43	14	14	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2006051--2006080	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
2014915--2014974	24	2.4	25	81	13	79	53	8	10	28	1.63
2017122--2017182	27	2.2	29	82	5	81	55	0	0	44	0.99
2017122--2017195	13	5.4	13	74	18	53	56	0	0	43	0.99
2022422--2022452	7	4.6	7	92	8	55	67	0	0	32	0.91
2022422--2022452	13	2.3	14	94	5	55	67	0	0	32	0.91
2023899--2023950	17	3.2	17	82	15	58	65	0	0	34	0.93
2029050--2029101	17	3.2	17	82	15	58	65	0	0	34	0.93
2030729--2030966	58	4.2	57	77	6	178	49	15	7	27	1.72
2031007--2031129	48	2.6	47	80	11	117	48	13	14	23	1.79
2031759--2031794	18	1.9	20	88	11	58	0	11	0	88	0.50
2033082--2033503	64	6.7	63	71	12	224	36	11	14	37	1.82
2033160--2033253	32	2.9	32	72	0	98	37	12	15	34	1.86
2034412--2034454	21	2.0	21	90	0	68	48	6	13	30	1.69
2034564--2035511	469	2.0	472	91	3	1523	34	12	12	39	1.82
2038708--2038743	19	1.9	18	88	5	54	80	2	0	16	0.83
2038712--2038752	19	2.1	19	86	4	55	80	4	0	14	0.87
2038730--2038781	24	2.3	22	83	6	68	75	5	0	19	1.01
2038710--2038775	24	2.6	27	78	9	66	78	4	0	16	0.90
2038900--2038954	18	3.0	18	82	15	76	16	25	12	45	1.83
2039590--2039647	13	4.0	13	76	23	62	36	13	17	32	1.89
2039569--2039650	32	2.6	32	94	1	139	36	12	18	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2039580--2039633	19	3.2	19	70	29	66	35	12	18	33	1.89
2044105--2044517	79	5.3	78	78	6	383	28	24	13	33	1.94
2044098--2044518	158	2.7	156	77	9	435	28	24	13	33	1.93
2044453--2044568	50	2.3	50	82	5	128	28	29	11	31	1.91
2044811--2044854	23	2.0	22	86	4	61	15	0	18	65	1.27
2045751--2045813	24	2.5	26	77	12	69	53	0	1	44	1.10
2045777--2045815	20	2.0	20	85	5	53	48	0	0	51	1.00
2045787--2045826	20	2.0	20	85	5	53	45	0	5	50	1.23
2046309--2046370	31	2.0	31	81	12	74	51	0	1	46	1.10
2047415--2047514	33	3.1	30	73	21	94	53	1	3	43	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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