genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

This is table  13  of  18  ( 2069 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2047449--2047493	14	3.2	14	78	9	56	51	0	2	46	1.13
2047484--2047550	23	3.0	22	74	24	68	50	0	4	44	1.22
2047534--2047589	27	2.0	29	86	10	80	53	0	1	44	1.11
2048950--2049206	58	4.4	57	76	9	225	47	16	9	26	1.77
2048980--2049197	59	3.7	58	76	8	185	46	16	9	27	1.77
2048950--2049170	117	1.9	117	81	3	266	47	16	9	26	1.76
2049581--2049639	22	2.8	21	77	7	66	33	13	15	37	1.86
2050696--2050736	20	2.0	22	90	9	68	48	24	9	17	1.76
2050856--2050885	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
2056895--2056952	28	2.1	28	96	0	107	25	0	18	55	1.43
2057048--2057087	20	2.0	20	85	0	53	37	12	20	30	1.89
2059010--2059069	22	2.7	23	92	2	95	41	0	23	35	1.55
2059790--2059818	12	2.3	13	94	5	51	34	17	10	37	1.84
2065046--2065350	64	4.8	64	76	6	262	39	12	14	34	1.83
2065088--2065180	32	2.9	32	77	0	105	38	16	12	32	1.86
2065046--2065362	128	2.5	124	79	6	307	38	12	13	35	1.83
2067046--2067864	165	5.0	165	82	6	867	29	11	7	51	1.64
2067069--2067955	165	5.4	164	80	6	737	29	11	7	50	1.66
2068877--2068916	13	3.0	13	96	3	71	0	0	17	82	0.67
2069407--2070408	354	2.8	354	96	0	1854	30	25	19	25	1.98
2072996--2073458	160	2.9	161	88	1	667	34	11	13	41	1.80
2073763--2074113	155	2.3	156	80	4	370	23	16	21	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076636--2076999	129	2.8	127	88	5	536	41	15	11	31	1.83
2078810--2078859	25	2.0	26	84	11	68	78	0	20	2	0.86
2078836--2078877	11	4.0	10	82	17	50	76	0	14	9	1.02
2078830--2078877	22	2.1	24	81	14	66	75	0	16	8	1.04
2079959--2080418	159	2.9	161	86	3	622	34	9	12	43	1.75
2085816--2085993	89	2.0	89	98	0	347	33	13	12	40	1.83
2086890--2086970	22	3.7	22	73	3	83	53	11	6	29	1.61
2088706--2088745	12	3.5	11	86	10	53	85	0	15	0	0.61
2088706--2088752	24	2.0	24	88	8	71	80	0	19	0	0.70
2088707--2088756	11	4.2	12	85	12	59	80	0	20	0	0.72
2088706--2088749	11	4.1	11	94	2	72	81	0	18	0	0.68
2090449--2090695	97	2.5	97	86	0	359	29	28	12	29	1.93
2095378--2095447	23	3.1	23	78	14	65	72	8	12	5	1.25
2096804--2097038	28	8.4	27	83	6	245	27	29	12	30	1.93
2096953--2097122	55	3.1	55	80	2	162	30	32	12	24	1.93
2097029--2097556	28	18.6	28	72	9	277	31	29	15	23	1.95
2097089--2097218	65	2.0	64	84	1	170	30	34	16	19	1.93
2097033--2097271	121	2.0	120	81	4	284	31	32	14	21	1.94
2097148--2097579	113	3.8	113	78	8	272	31	28	15	24	1.95
2097153--2097560	85	4.9	84	78	5	378	31	28	15	24	1.95
2097153--2097584	57	7.6	54	73	9	231	31	28	15	24	1.95
2098971--2099007	11	3.3	11	92	3	56	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2100716--2100958	97	2.5	96	85	2	333	27	26	13	32	1.94
2102549--2102581	7	4.9	7	88	3	50	87	3	9	0	0.63
2110390--2110457	22	3.1	22	78	2	75	50	8	10	30	1.67
2111934--2111964	7	4.6	7	96	4	55	90	0	9	0	0.46
2115801--2115856	21	2.7	21	100	0	112	30	23	14	32	1.94
2115907--2115945	20	2.0	20	89	0	60	35	7	20	35	1.81
2116006--2116058	20	2.7	20	96	0	97	41	13	13	32	1.82
2118182--2118369	96	1.9	97	83	7	240	30	19	11	38	1.88
2118182--2118408	96	2.3	96	80	5	226	29	21	11	37	1.89
2119003--2119043	21	2.0	21	90	9	66	39	14	9	36	1.79
2119083--2119152	20	3.6	19	77	9	70	38	17	14	30	1.89
2119123--2119258	53	2.6	53	86	0	209	32	17	19	30	1.95
2119282--2119312	10	3.1	10	95	0	53	25	29	3	41	1.71
2119300--2119355	21	2.6	22	94	5	96	28	25	8	37	1.86
2119426--2119464	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
2124014--2124074	30	2.0	30	100	0	122	37	6	29	26	1.81
2124946--2125015	20	3.6	19	77	9	70	38	17	14	30	1.89
2124986--2125121	53	2.6	53	86	0	209	33	18	19	29	1.95
2125145--2125175	10	3.1	10	95	0	53	25	29	3	41	1.71
2125163--2125218	21	2.6	22	94	5	96	28	25	8	37	1.86
2125289--2125327	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
2126900--2126925	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127848--2127899	26	2.0	27	85	11	72	26	9	13	50	1.72
2128926--2128971	20	2.3	20	88	3	76	34	13	19	32	1.90
2129579--2129609	16	1.9	16	100	0	62	54	6	12	25	1.62
2137679--2137734	20	2.8	20	78	10	69	32	21	10	35	1.88
2137757--2137812	19	2.9	19	81	2	67	37	10	17	33	1.85
2138689--2138754	32	2.1	32	91	0	105	37	12	13	36	1.82
2149379--2149415	10	3.6	11	89	10	53	78	5	0	16	0.93
2149377--2149420	9	4.6	9	86	8	52	81	4	0	13	0.83
2151226--2151644	79	5.3	79	80	7	397	34	14	22	28	1.93
2151198--2151644	158	2.8	157	78	5	474	34	13	22	28	1.93
2151585--2151693	51	2.1	51	81	3	121	33	11	23	30	1.91
2151627--2151771	78	1.9	78	82	2	184	31	13	26	29	1.93
2151506--2151902	129	3.1	129	83	3	476	34	12	23	29	1.92
2151760--2152062	79	3.8	78	80	5	281	33	14	23	29	1.94
2151790--2152089	158	1.9	157	83	8	394	33	14	23	28	1.94
2151970--2152193	107	2.1	106	82	4	272	31	15	25	27	1.96
2152045--2152112	28	2.4	28	90	0	100	27	16	32	23	1.96
2151887--2152226	186	1.8	185	85	2	477	32	15	24	27	1.95
2152075--2152225	78	1.9	77	82	4	187	32	14	23	29	1.94
2154045--2154098	20	2.7	20	82	0	63	42	9	18	29	1.81
2154887--2154961	28	2.7	29	79	6	91	29	26	14	29	1.95
2155566--2155865	52	5.8	52	79	0	276	26	23	15	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2155553--2155838	104	2.8	104	83	2	333	26	24	14	34	1.94
2156745--2156798	20	2.7	20	82	2	63	38	12	14	33	1.85
2161822--2161866	21	2.0	23	83	8	58	42	8	13	35	1.75
2166072--2166197	20	5.8	20	70	18	81	42	11	14	30	1.81
2166072--2166244	91	1.9	89	88	2	256	43	10	16	29	1.82
2167489--2167541	26	2.0	27	92	3	90	50	15	3	30	1.61
2168680--2168748	33	2.1	33	89	5	104	37	17	13	31	1.88
2168777--2168831	19	2.8	20	80	5	67	36	14	14	34	1.87
2168817--2168843	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2172564--2172611	21	2.3	20	82	6	60	43	16	16	22	1.87
2173594--2173618	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2173575--2173637	32	2.0	32	93	0	108	36	17	11	34	1.85
2173572--2173638	19	3.8	19	74	22	74	37	16	10	35	1.83
2174323--2174848	49	10.8	49	84	4	643	31	17	25	24	1.97
2174372--2174848	97	4.9	97	92	2	737	31	17	26	25	1.97
2174372--2174848	146	3.3	145	85	3	629	31	17	26	25	1.97
2174850--2174932	33	2.6	32	86	3	123	15	18	36	30	1.92
2174946--2175460	34	16.0	33	80	11	378	35	13	31	19	1.91
2175009--2175069	27	2.3	27	91	0	95	36	13	29	21	1.91
2174946--2175341	61	6.3	63	78	12	361	34	13	31	20	1.91
2175170--2175253	29	3.0	28	84	6	116	27	14	35	22	1.93
2174949--2175487	256	2.1	253	84	6	689	34	13	31	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175427--2175485	27	2.1	27	84	3	73	32	15	32	20	1.93
2175586--2175623	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
2176508--2176536	6	5.0	6	91	8	51	0	0	13	86	0.58
2176446--2176614	79	2.2	78	97	1	320	15	8	20	55	1.66
2176586--2176622	11	3.4	11	88	0	56	0	0	18	81	0.70
2176750--2176786	18	2.1	18	100	0	74	16	10	21	51	1.74
2176840--2176872	13	2.5	13	95	0	57	0	0	9	90	0.44
2176840--2176872	15	2.3	14	94	5	57	0	0	9	90	0.44
2176841--2176897	23	2.5	23	83	8	71	3	1	12	82	0.87
2183491--2183518	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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