genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
686193--686617	61	6.9	60	80	8	394	22	29	14	33	1.94
686258--686872	61	9.9	60	79	11	210	21	29	13	34	1.92
686503--686972	33	14.6	33	75	14	335	20	30	13	35	1.91
686558--686910	127	2.8	126	89	3	503	19	30	12	37	1.89
686753--686840	27	3.0	27	79	17	104	23	32	10	32	1.89
686981--687049	22	3.2	22	62	25	56	24	23	18	33	1.97
687167--687782	49	13.2	48	75	10	487	26	25	17	31	1.97
687068--687325	88	3.0	87	87	1	363	27	25	17	29	1.98
687167--687646	136	3.5	136	78	10	548	27	25	17	29	1.97
686985--687597	223	2.7	222	88	3	888	26	25	17	29	1.98
687339--687500	39	3.9	39	75	15	162	26	28	19	25	1.99
687291--687645	88	3.9	87	86	6	458	26	25	18	29	1.98
688617--688683	33	2.0	33	91	0	107	31	14	13	40	1.85
691642--692557	456	2.0	456	99	0	1796	27	20	16	36	1.93
694988--695044	17	3.6	14	74	21	51	77	1	12	8	1.07
694992--695078	27	3.1	27	70	23	72	70	2	16	11	1.27
700877--701197	47	6.8	46	77	7	252	25	19	16	38	1.92
700833--701198	95	3.9	95	82	1	394	25	20	16	38	1.93
701376--701889	85	6.1	85	78	5	423	20	31	13	34	1.91
701376--701835	170	2.7	169	80	3	498	20	31	13	34	1.92
701488--701889	169	2.4	170	79	5	411	21	31	13	33	1.91
703046--703492	152	2.8	155	82	8	487	28	10	10	49	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
703190--703579	164	2.4	166	81	8	492	27	12	9	50	1.70
705705--706084	154	2.4	154	81	3	413	22	17	20	38	1.93
711211--711258	16	3.1	16	74	14	55	52	0	0	47	1.00
713101--713160	22	2.8	21	70	7	57	58	1	0	40	1.08
713105--713229	51	2.5	50	83	12	150	55	4	1	39	1.28
713443--713506	22	2.9	23	81	9	64	51	3	1	43	1.26
713443--713494	2	26.0	2	88	7	79	51	1	0	46	1.12
713885--713912	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
714155--714308	52	3.0	51	86	11	206	55	6	0	37	1.31
714683--714724	22	1.9	22	90	0	66	33	9	9	47	1.68
715040--715068	13	2.1	14	93	6	51	31	20	10	37	1.86
715053--715102	20	2.5	20	83	3	66	32	14	16	38	1.88
722758--722827	28	2.5	28	100	0	140	27	28	12	31	1.93
722761--722844	28	2.7	32	80	17	113	25	32	14	28	1.94
722761--722855	33	3.0	33	83	7	101	26	30	14	28	1.95
726032--726062	9	3.4	9	100	0	62	58	19	0	22	1.40
726899--726964	33	2.0	33	85	5	89	39	15	15	30	1.88
727313--727367	20	2.8	20	83	2	67	29	12	18	40	1.87
727417--727441	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
728322--728427	54	1.9	55	84	5	142	56	5	0	36	1.29
728582--728639	22	2.6	22	78	8	64	46	12	12	29	1.77
728725--728919	52	3.7	52	82	8	243	39	1	6	53	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
728725--728920	104	1.9	105	87	6	290	39	1	6	53	1.33
729023--729057	18	1.9	18	94	0	61	34	2	2	60	1.26
733208--733275	33	2.1	32	89	10	102	38	13	13	35	1.83
733206--733424	104	2.1	105	91	0	350	35	15	15	32	1.90
739487--740334	28	29.5	28	80	8	807	29	29	17	23	1.97
740007--740083	32	2.4	32	84	0	100	29	27	19	23	1.98
739487--740334	86	9.8	87	79	6	829	29	29	17	23	1.97
740419--740544	49	2.7	46	84	7	155	21	26	20	30	1.98
741531--741623	48	1.9	48	86	0	132	29	18	12	39	1.88
741587--741643	20	2.8	20	86	5	71	33	15	12	38	1.85
741539--741688	68	2.2	69	85	3	194	29	16	12	42	1.84
751225--751260	18	2.0	18	94	0	63	38	25	5	30	1.78
753696--753774	14	5.8	13	71	4	59	40	21	13	24	1.90
753697--753775	27	2.9	27	82	1	95	39	21	13	25	1.90
759817--762200	880	2.7	871	81	6	2632	39	14	11	34	1.81
768316--768461	49	2.9	48	76	10	148	39	16	21	23	1.92
768245--768461	102	2.1	104	81	5	246	38	15	21	24	1.92
768289--768444	49	3.0	52	75	10	149	37	16	21	25	1.93
768458--768567	58	1.9	58	86	0	157	33	16	24	25	1.96
768582--768666	32	2.6	33	85	5	111	18	22	28	30	1.97
768580--768726	33	4.5	33	76	2	127	25	20	25	29	1.99
770283--770335	13	4.5	12	82	17	67	1	0	13	84	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770283--770337	23	2.3	25	87	6	87	1	0	12	85	0.68
770283--770337	24	2.3	24	88	11	87	1	0	12	85	0.68
784415--784488	20	3.6	20	77	13	78	39	6	17	36	1.76
787933--787974	21	2.0	22	95	4	77	42	23	14	19	1.87
789825--789872	20	2.4	20	96	0	87	56	12	29	2	1.48
790197--790258	21	3.0	21	88	4	81	62	0	19	17	1.32
794852--794904	19	2.7	20	88	2	72	33	16	13	35	1.88
794950--794979	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
794933--795000	33	2.1	32	89	10	102	32	14	17	35	1.91
795947--796000	21	2.7	20	80	13	67	31	12	18	37	1.89
796041--796093	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
796081--796105	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
796685--796732	24	2.0	24	100	0	96	33	29	0	37	1.58
798112--798156	20	2.1	22	80	12	58	8	26	42	22	1.83
798590--798615	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
803129--803162	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
804743--804807	32	2.0	32	88	11	96	29	15	16	38	1.90
804764--804789	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
804849--804901	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
804889--804913	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
806001--806077	32	2.3	34	82	8	95	31	20	10	37	1.87
806523--806615	36	2.8	33	84	15	113	34	12	20	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807974--808008	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
815175--815205	13	2.4	13	94	0	53	32	19	9	38	1.84
817843--817891	19	2.5	20	80	12	57	32	14	14	38	1.86
820586--820639	19	2.8	20	91	2	83	37	16	12	33	1.87
820625--820651	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
822957--823003	22	2.2	23	85	14	66	46	0	21	31	1.51
829533--829587	19	2.8	19	83	2	65	34	14	16	34	1.89
829572--829598	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
837632--837684	19	2.7	20	88	2	72	35	16	15	32	1.90
837673--837697	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
837654--837718	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
838970--839009	21	1.9	21	89	0	62	40	5	12	42	1.64
840045--840094	24	2.1	24	85	3	66	36	4	2	58	1.29
840295--840334	21	1.9	21	85	10	55	50	5	0	45	1.23
851159--851187	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
851470--851498	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
852770--852816	2	23.5	2	91	0	76	46	0	53	0	1.00
853073--853134	16	3.9	15	71	12	52	75	3	4	16	1.10
853141--853238	35	2.9	33	78	4	97	55	0	1	43	1.06
853143--853238	33	2.8	34	80	4	104	55	0	1	43	1.06
853333--853385	16	3.3	16	89	0	61	58	3	1	35	1.27
853347--853391	16	2.8	16	89	0	63	62	4	0	33	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853462--853504	15	2.9	15	79	3	52	51	4	0	44	1.22
853462--853564	50	2.0	51	94	5	183	50	5	1	41	1.37
853462--853655	16	12.6	15	70	19	89	52	3	1	42	1.25
853462--853623	10	15.7	10	66	19	66	51	4	1	43	1.29
853468--853591	50	2.7	48	86	12	163	50	4	1	43	1.33
853569--853664	32	3.2	31	83	14	128	56	1	0	42	1.06
854874--854905	10	3.1	11	91	8	50	78	0	0	21	0.76
857184--857252	29	2.4	29	78	2	77	49	0	1	49	1.09
857242--857286	20	2.4	18	82	17	56	55	6	4	33	1.46
858320--858370	20	2.5	22	75	21	65	45	0	0	54	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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