genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2183473--2183538	33	2.0	33	88	5	98	39	13	16	30	1.87
2183562--2183613	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2183570--2183655	19	4.7	19	75	20	85	36	16	12	34	1.87
2183562--2183632	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
2184393--2185069	52	14.0	49	71	15	325	32	19	25	23	1.97
2184438--2184874	101	4.4	101	80	7	353	33	18	25	22	1.97
2184393--2184785	153	2.6	153	81	5	433	33	17	25	22	1.96
2184746--2184916	49	3.9	43	73	13	161	30	21	23	24	1.99
2184593--2185058	95	5.0	95	80	10	464	31	19	24	24	1.98
2184838--2184913	39	1.9	39	83	0	98	26	22	23	27	1.99
2184691--2185056	183	2.0	179	85	7	497	30	20	24	24	1.99
2185066--2185143	28	2.6	30	80	11	90	19	19	26	34	1.95
2185134--2185562	33	13.3	33	79	9	368	33	13	32	20	1.91
2185134--2185562	61	6.7	65	79	9	355	33	13	32	20	1.91
2185136--2185502	100	3.7	99	84	6	444	34	13	33	19	1.90
2185360--2185411	27	1.9	27	96	0	95	30	15	32	21	1.94
2185444--2185690	31	8.1	30	81	9	277	27	16	31	23	1.96
2185451--2185686	61	3.9	61	90	3	327	26	16	31	25	1.97
2189737--2189860	52	2.4	51	94	1	212	28	18	18	34	1.95
2189869--2189893	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2189957--2189981	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2190412--2190454	13	3.2	13	86	3	59	0	0	16	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2192753--2192821	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
2192629--2192915	49	5.8	49	83	8	318	32	16	25	26	1.96
2192936--2193363	30	14.5	30	76	10	310	25	16	29	29	1.97
2192936--2193363	57	7.2	60	77	9	337	25	16	29	29	1.97
2192936--2193150	92	2.4	86	83	5	270	21	16	29	32	1.95
2193187--2193359	29	5.9	29	81	6	170	25	18	29	26	1.98
2194769--2194895	1	127.0	1	74	0	83	2	3	9	85	0.81
2194769--2194892	16	7.4	17	79	9	121	2	3	9	84	0.82
2194769--2194896	50	2.5	49	85	11	152	2	3	10	84	0.83
2194770--2194892	33	3.7	31	79	18	106	2	3	9	84	0.82
2204583--2204609	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
2208771--2208848	35	2.4	33	91	8	124	28	21	20	29	1.98
2208857--2208915	13	4.9	13	73	26	67	35	13	16	33	1.88
2208857--2208936	34	2.4	34	100	0	160	35	12	17	35	1.88
2208979--2209003	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2209434--2209472	13	2.9	13	84	3	51	0	0	17	82	0.68
2209434--2209468	15	2.2	16	90	5	54	0	0	14	85	0.59
2215350--2215396	24	2.0	24	82	0	58	63	8	10	17	1.49
2215856--2216012	20	7.8	20	68	18	94	28	15	14	42	1.85
2218543--2218614	28	2.6	27	86	8	92	23	30	18	27	1.97
2218571--2218905	79	4.2	78	77	7	300	26	26	14	32	1.94
2221243--2221272	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2222030--2222058	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
2224201--2224498	79	3.8	79	82	5	370	28	23	13	33	1.93
2232492--2232522	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2245545--2245584	16	2.3	18	87	8	57	45	0	2	52	1.14
2245585--2245618	16	2.1	16	89	10	52	32	0	0	67	0.91
2245776--2245824	23	2.1	22	79	17	55	53	0	0	46	1.00
2245806--2245852	23	2.1	22	88	4	67	36	0	0	63	0.94
2245809--2245882	23	3.3	22	75	14	62	45	1	0	52	1.09
2246153--2246214	32	2.0	31	87	3	88	70	0	29	0	0.87
2246166--2246214	10	4.7	10	79	18	55	75	0	24	0	0.80
2246605--2246689	23	3.7	23	74	12	77	52	16	0	30	1.44
2247398--2247436	21	1.9	21	84	5	53	64	2	0	33	1.08
2247505--2247547	21	2.0	21	86	0	59	48	0	0	51	1.00
2248266--2248291	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2250505--2250549	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2252353--2252383	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2254461--2254499	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
2256945--2256970	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2257861--2257952	20	5.2	18	69	20	61	35	0	1	63	1.02
2258140--2258199	15	3.9	16	80	12	63	55	1	0	43	1.10
2258742--2258780	19	2.0	20	90	5	62	58	0	10	30	1.31
2258752--2258793	20	2.1	20	82	8	50	54	0	7	38	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2258794--2258862	28	2.5	28	74	9	68	53	2	0	43	1.15
2259386--2259431	21	2.2	21	88	0	65	52	0	2	45	1.13
2262143--2262206	31	2.1	31	82	8	78	53	14	10	21	1.71
2263057--2263104	11	4.5	10	78	14	51	66	2	14	16	1.34
2264088--2264151	29	2.1	32	82	11	80	29	4	26	39	1.76
2265555--2265846	93	3.2	92	75	6	268	44	13	18	23	1.84
2265685--2265747	32	2.0	32	90	0	99	47	12	17	22	1.81
2265825--2265897	31	2.3	32	83	6	105	52	16	12	19	1.75
2265555--2265885	93	3.6	93	77	4	258	45	13	18	22	1.84
2265814--2265897	31	2.7	31	77	5	98	50	14	14	21	1.78
2265914--2266107	92	2.1	92	80	6	214	46	14	20	18	1.84
2265947--2266115	92	1.8	93	84	6	236	46	14	18	20	1.83
2265951--2266140	92	2.1	93	80	6	208	47	15	16	20	1.82
2268837--2268871	11	3.2	11	95	0	61	45	28	0	25	1.54
2273241--2273314	20	3.7	20	76	5	69	36	12	10	40	1.78
2276837--2276882	23	2.1	21	84	8	56	15	10	6	67	1.40
2280573--2280664	46	2.0	45	81	12	107	70	10	14	4	1.30
2280871--2280896	12	2.2	12	100	0	52	92	7	0	0	0.39
2285389--2285442	20	2.7	20	85	2	72	33	18	11	37	1.86
2286491--2286534	22	2.0	22	90	0	70	38	18	13	29	1.89
2290511--2290543	6	5.5	6	96	0	57	69	0	0	30	0.88
2292975--2293010	6	6.2	6	87	6	56	38	30	16	13	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2294532--2294619	8	11.8	8	70	18	64	53	1	0	45	1.07
2294494--2294624	19	6.6	21	66	20	59	56	0	0	41	1.10
2294530--2294612	14	5.5	15	70	20	57	51	1	0	46	1.08
2294561--2294628	22	3.0	22	75	12	66	52	0	0	47	1.00
2294527--2294609	29	2.8	31	85	10	111	54	1	0	44	1.08
2294495--2294627	11	12.7	11	65	19	54	57	0	0	41	1.09
2294662--2294717	23	2.5	22	91	5	87	44	0	0	55	0.99
2295383--2295432	26	1.9	26	84	8	66	46	0	0	54	1.00
2297584--2297608	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2297950--2297993	22	2.0	22	83	16	56	56	0	2	40	1.11
2297959--2297997	21	1.9	20	84	5	51	56	0	5	38	1.22
2305160--2305222	30	2.1	30	82	11	76	74	1	6	17	1.10
2307908--2307956	26	1.9	25	87	4	71	51	8	14	26	1.70
2312095--2312151	23	2.7	21	82	15	64	71	12	10	5	1.28
2312118--2312203	44	2.0	43	82	13	104	75	11	8	4	1.17
2312445--2312477	8	4.2	8	92	3	50	90	6	3	0	0.52
2313898--2313923	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2313878--2313945	33	2.1	33	86	8	95	35	16	14	33	1.89
2314714--2315303	27	21.3	27	81	5	508	24	29	13	31	1.94
2314703--2315328	28	22.6	27	77	9	398	24	28	14	32	1.94
2314714--2315277	55	10.2	54	80	6	472	24	29	13	31	1.94
2315279--2315855	28	19.9	28	80	9	452	29	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315279--2315817	56	9.4	56	81	6	519	29	26	17	26	1.97
2324923--2325067	27	5.3	27	81	9	159	24	28	14	32	1.94
2324923--2325067	55	2.6	54	85	3	191	24	28	14	32	1.94
2325339--2325393	20	2.8	20	91	0	83	27	14	12	45	1.81
2325341--2325400	20	3.2	18	80	15	59	28	15	13	43	1.84
2327846--2327945	19	5.9	18	73	26	103	36	17	12	35	1.86
2327868--2327924	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2327849--2327943	32	3.0	32	98	0	181	34	17	12	34	1.88
2329628--2329658	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
2329606--2329674	33	2.1	34	89	8	106	34	18	13	33	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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