genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1334863--1334971	32	3.4	32	87	1	130	28	17	13	40	1.88
1338286--1338432	46	3.2	46	77	5	136	23	23	11	41	1.87
1338547--1339026	42	11.3	41	67	8	187	17	22	13	46	1.84
1338513--1339054	85	6.4	85	79	6	519	18	22	14	45	1.85
1338504--1338902	43	9.4	42	68	5	160	17	22	14	46	1.83
1338541--1339026	170	2.9	170	83	4	599	18	22	13	45	1.84
1338513--1339054	255	2.1	255	83	3	680	18	22	14	45	1.85
1340241--1340545	167	1.8	164	80	10	370	28	10	9	50	1.68
1341587--1341642	8	6.8	8	75	15	51	75	7	0	17	1.03
1341587--1341660	26	2.8	26	82	12	89	71	9	0	18	1.12
1341594--1341659	18	3.7	18	76	11	55	71	9	0	19	1.12
1341702--1341816	20	5.8	20	73	19	107	41	9	24	24	1.84
1346885--1347385	155	3.2	154	77	6	480	26	16	18	38	1.91
1356237--1356288	21	2.4	21	78	9	61	63	3	9	23	1.41
1360250--1360296	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
1362614--1362639	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1362596--1362660	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
1364458--1364515	1	58.0	1	75	0	53	87	8	1	1	0.67
1364458--1364512	8	6.9	8	81	8	67	87	9	1	1	0.70
1364459--1364515	15	3.9	15	84	9	66	87	8	1	1	0.68
1364458--1364514	17	3.4	16	83	11	71	87	8	1	1	0.68
1364458--1364527	13	5.5	13	76	6	54	85	7	5	1	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1365622--1366360	62	12.1	61	85	4	886	24	27	19	28	1.98
1365622--1366360	123	6.0	121	83	4	932	24	27	19	28	1.98
1366325--1366490	85	2.0	84	84	3	217	20	24	13	41	1.88
1366363--1366556	45	4.5	45	71	13	149	22	24	12	40	1.89
1367229--1367283	20	2.8	20	89	5	87	27	12	14	45	1.81
1368997--1369022	10	2.6	10	100	0	52	23	0	7	69	1.14
1368994--1369022	10	2.7	11	89	10	51	27	0	6	65	1.18
1369647--1369873	80	2.8	78	85	5	285	28	26	12	32	1.92
1372438--1372498	28	2.2	28	84	0	77	31	27	18	22	1.97
1372480--1372571	28	3.3	28	75	6	105	32	22	18	26	1.97
1372890--1372952	28	2.2	28	91	5	101	31	31	19	17	1.95
1376811--1376846	17	2.1	17	100	0	72	41	11	19	27	1.85
1382210--1382265	20	2.8	21	78	8	62	33	10	16	39	1.83
1386044--1386432	163	2.4	162	78	10	402	31	10	10	48	1.69
1387547--1387716	88	1.9	88	89	2	261	29	26	14	29	1.95
1387547--1387774	88	2.6	88	83	3	251	27	27	14	31	1.95
1388210--1388429	47	4.7	46	75	5	199	24	22	14	39	1.91
1388210--1388429	94	2.3	93	77	3	226	24	22	14	39	1.91
1388414--1388532	46	2.6	45	77	2	112	20	25	11	42	1.85
1388477--1388868	46	8.5	46	74	5	281	21	26	11	40	1.87
1388694--1388868	91	1.9	92	84	1	235	21	24	12	41	1.87
1389271--1389379	32	3.4	32	85	1	130	29	16	15	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1389295--1389379	32	2.7	32	90	0	134	31	17	12	37	1.88
1392704--1392850	46	3.2	45	75	7	134	23	22	11	42	1.86
1392927--1393466	85	6.3	85	80	4	514	18	22	13	45	1.84
1393053--1393445	42	9.2	42	68	13	180	18	21	13	46	1.83
1392959--1393338	42	8.9	43	67	13	187	18	22	13	45	1.84
1396012--1396073	16	3.8	15	79	10	61	79	6	0	14	0.93
1396020--1396072	24	2.2	24	83	6	63	79	5	0	15	0.91
1396135--1396263	20	6.8	20	73	17	114	43	9	25	21	1.82
1396123--1396236	37	3.1	37	94	0	192	42	8	26	21	1.82
1400355--1400380	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1400419--1400513	20	4.8	19	84	7	109	27	15	14	42	1.86
1402791--1402966	51	3.5	51	78	5	187	27	23	14	35	1.93
1402906--1403533	79	7.9	79	71	10	355	26	24	15	33	1.95
1403170--1403242	28	2.6	28	93	0	119	21	30	21	26	1.99
1415923--1415980	16	3.6	16	88	6	82	86	10	3	0	0.69
1415922--1415973	22	2.4	22	83	6	70	86	11	1	0	0.65
1415922--1415980	27	2.2	27	84	3	84	86	10	3	0	0.68
1417002--1417263	55	4.6	56	78	10	257	27	29	19	24	1.98
1417002--1417086	26	3.2	26	66	16	66	27	30	20	22	1.98
1417027--1417256	60	3.9	59	79	7	247	27	30	18	23	1.98
1417027--1417268	61	4.1	61	78	9	252	26	30	18	25	1.98
1417278--1417528	61	4.2	59	84	8	289	25	26	21	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1417063--1417463	215	1.9	215	84	4	540	25	28	19	26	1.99
1417548--1417648	42	2.4	42	83	5	114	12	22	14	49	1.78
1417669--1417768	42	2.4	41	79	9	105	18	28	12	42	1.85
1418342--1418380	21	1.9	20	89	5	60	35	12	12	38	1.82
1418417--1418467	21	2.6	18	77	19	57	37	9	19	33	1.85
1418521--1418548	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1418626--1418650	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1418606--1418670	33	2.0	33	90	0	103	29	20	15	35	1.93
1420997--1421159	51	3.2	51	77	1	166	27	22	14	34	1.94
1421136--1421723	79	7.4	79	71	9	363	26	25	15	32	1.95
1421257--1421374	51	2.3	51	85	2	166	29	25	13	31	1.94
1421359--1421428	28	2.5	28	90	0	104	22	28	21	27	1.99
1422886--1422928	21	2.0	21	82	8	52	27	4	16	51	1.64
1424085--1424554	155	3.0	152	76	6	460	26	16	18	39	1.91
1431358--1431397	13	3.1	13	92	0	71	37	15	17	30	1.90
1438734--1438758	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
1438851--1438881	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
1438905--1439041	53	2.6	53	92	1	229	27	17	18	37	1.93
1439029--1439083	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
1439122--1439162	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
1439336--1439394	30	2.0	30	96	0	109	42	22	5	30	1.75
1441998--1442295	163	1.8	163	82	8	383	30	11	7	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1442522--1442562	19	2.1	19	86	4	55	34	2	0	63	1.08
1442539--1442590	14	3.3	15	77	15	52	30	0	0	69	0.89
1443108--1443170	25	2.5	25	89	0	99	41	19	31	7	1.80
1443285--1443373	43	2.1	43	81	8	101	49	12	22	15	1.78
1444042--1444179	61	2.2	62	83	1	161	44	31	17	6	1.74
1445577--1446899	155	8.5	154	81	4	1397	23	18	20	37	1.94
1445581--1446898	467	2.8	459	81	6	1465	23	18	20	37	1.94
1445577--1446899	622	2.1	620	83	3	1676	23	18	20	37	1.94
1451459--1451582	39	3.2	39	79	6	155	21	26	9	41	1.84
1451484--1451587	20	5.4	20	72	17	103	20	25	10	43	1.84
1451481--1451592	37	2.9	38	80	5	145	22	25	9	41	1.84
1451629--1451682	8	6.6	8	87	6	56	14	1	7	75	1.09
1451609--1451667	9	6.7	9	80	3	75	16	1	8	72	1.17
1451622--1451717	50	1.9	50	81	8	115	18	2	6	72	1.15
1452660--1452914	42	6.0	42	69	10	178	34	18	26	20	1.96
1452720--1452864	43	3.4	43	70	9	116	35	18	25	20	1.95
1452676--1452966	85	3.4	85	82	1	343	35	19	26	19	1.95
1460982--1461086	20	4.7	20	71	22	75	40	13	17	29	1.87
1461999--1462437	28	15.5	28	85	2	527	24	17	29	28	1.97
1461999--1462437	85	5.2	84	84	3	547	24	17	29	28	1.97
1461999--1462437	114	3.9	114	89	1	641	24	17	29	28	1.97
1463682--1463721	8	5.0	8	82	11	55	0	0	15	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1472888--1472941	21	2.7	20	72	8	56	37	14	11	37	1.82
1473676--1473739	13	4.8	13	70	16	51	68	1	0	29	0.99
1476095--1476146	20	2.6	20	100	0	104	30	11	19	38	1.87
1476225--1476249	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1476204--1476268	33	2.0	32	88	8	96	30	15	15	38	1.88
1480353--1480390	14	2.7	14	95	0	67	36	18	10	34	1.85
1482401--1482446	20	2.2	21	77	14	51	65	6	6	21	1.39
1482668--1482721	20	2.7	20	94	0	90	33	11	20	35	1.88
1484009--1484185	87	2.0	87	98	0	345	31	24	12	31	1.93
1487812--1488054	99	2.5	97	81	6	262	34	10	22	31	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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