genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451570--2451707	51	2.7	51	85	4	181	27	26	11	34	1.91
2456384--2456454	20	3.5	20	82	0	97	42	11	12	33	1.79
2457017--2457756	29	25.3	29	85	6	951	21	17	32	27	1.96
2458956--2459012	10	5.7	10	81	8	71	1	7	5	85	0.78
2458951--2459000	9	5.2	9	81	11	55	4	8	4	84	0.87
2458951--2459000	19	2.6	19	87	3	64	4	8	4	84	0.87
2458956--2459014	11	5.7	11	82	9	72	1	6	6	84	0.83
2471713--2471779	20	3.3	20	76	0	71	44	10	10	34	1.73
2472322--2472356	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
2474209--2474326	54	2.2	55	89	6	186	31	11	16	41	1.83
2477287--2477358	26	2.7	26	75	10	74	43	1	1	54	1.17
2478767--2478793	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2479226--2479276	17	2.9	18	75	24	56	52	1	0	45	1.12
2480193--2480335	19	7.4	19	70	25	88	39	1	0	58	1.07
2480743--2480817	27	2.7	27	82	10	89	40	0	0	60	0.97
2480768--2480806	20	2.0	20	90	5	62	46	0	0	53	1.00
2482458--2482557	20	5.1	20	73	17	84	48	7	5	40	1.52
2482457--2482544	20	4.3	21	76	13	85	51	6	5	36	1.52
2482448--2482544	41	2.3	42	84	10	119	48	7	5	39	1.53
2487550--2487631	29	2.8	29	80	7	94	62	10	8	18	1.53
2493671--2493848	93	1.9	93	91	0	293	22	15	20	41	1.90
2500854--2500918	33	2.0	33	82	11	80	38	1	4	55	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2505136--2505220	20	4.2	20	71	11	66	47	9	8	35	1.66
2508907--2508947	22	2.0	19	90	9	55	41	17	4	36	1.71
2508905--2508950	21	2.2	21	92	7	76	41	15	4	39	1.67
2510093--2510160	16	4.2	17	72	23	58	42	1	0	55	1.08
2511045--2511110	16	3.9	17	70	20	50	39	1	0	59	1.07
2511063--2511126	29	2.2	28	86	8	85	40	1	0	57	1.08
2511071--2511118	13	3.5	13	81	15	60	33	2	0	64	1.05
2511347--2511398	20	2.6	19	76	8	59	59	0	0	40	0.97
2511351--2511402	24	2.1	24	89	7	77	57	0	0	42	0.98
2511365--2511439	40	1.9	37	84	7	96	45	1	1	52	1.17
2511422--2511456	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
2512497--2512563	31	2.1	32	91	2	109	38	2	20	37	1.68
2512924--2512948	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2513802--2513844	9	4.7	9	80	5	50	72	2	4	20	1.14
2514060--2514101	22	2.0	22	90	4	68	35	0	0	64	0.94
2514053--2514123	28	2.4	30	83	6	92	42	0	0	57	0.98
2514085--2514138	18	2.8	19	83	13	67	50	0	0	50	1.00
2514461--2514557	13	7.7	13	69	15	51	59	0	0	40	0.97
2514461--2514515	18	3.2	18	75	19	64	69	0	0	30	0.89
2514515--2514575	23	2.6	23	75	20	63	40	0	0	59	0.98
2525227--2525297	14	5.2	14	88	6	110	28	0	21	50	1.49
2525229--2525297	4	18.8	4	83	16	96	27	0	21	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2525229--2525297	22	3.1	22	91	0	120	27	0	21	50	1.49
2525219--2525297	18	4.2	18	87	9	104	30	0	18	50	1.47
2529308--2529882	286	2.0	286	96	0	1071	40	14	16	27	1.88
2533239--2533269	15	2.1	15	100	0	62	32	12	12	41	1.81
2540811--2540876	35	1.9	35	96	3	125	31	24	12	31	1.92
2541540--2541593	21	2.6	21	93	0	90	42	12	12	31	1.81
2543931--2543962	10	3.1	11	91	8	50	37	0	25	37	1.56
2544125--2544181	29	2.0	29	82	6	71	36	17	17	28	1.93
2544249--2544285	10	3.7	10	85	0	56	51	21	2	24	1.61
2553246--2553394	75	2.0	76	84	7	196	22	18	19	38	1.93
2560760--2560785	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2564868--2564911	21	2.0	22	86	13	63	50	9	9	31	1.65
2564867--2564915	21	2.3	20	80	19	55	48	8	8	34	1.62
2565380--2565439	9	6.3	10	75	21	58	41	0	0	58	0.98
2565390--2565439	27	1.9	25	88	8	73	40	0	0	60	0.97
2567642--2567675	14	2.5	13	81	9	50	58	0	2	38	1.13
2568087--2568127	14	3.0	14	86	13	59	48	0	0	51	1.00
2568944--2569001	12	5.0	12	76	12	50	37	1	0	60	1.07
2572910--2572949	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2573545--2573585	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2573671--2573724	21	2.5	21	80	17	58	50	0	0	50	1.00
2573935--2573988	23	2.4	23	82	11	67	50	1	3	44	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2576487--2576570	32	2.5	33	84	7	107	45	0	0	54	0.99
2576486--2576610	46	2.6	46	77	16	112	40	0	0	59	0.98
2576550--2576638	35	2.5	36	77	14	96	37	0	0	62	0.95
2576589--2576658	13	6.1	11	75	21	56	37	1	0	61	1.05
2576531--2576652	18	6.7	19	68	24	77	38	0	0	60	1.02
2576550--2576656	25	4.2	25	73	19	80	38	0	0	60	1.03
2577222--2577246	13	1.9	13	100	0	50	32	8	0	60	1.26
2578952--2579034	41	2.0	41	97	0	157	42	13	9	34	1.77
2579931--2579998	23	3.0	23	75	12	68	47	0	0	52	1.00
2579926--2580013	34	2.6	34	76	13	85	46	0	0	53	1.00
2580173--2580215	18	2.5	18	81	7	54	39	0	4	55	1.20
2583044--2583115	16	4.4	16	76	1	72	48	27	12	11	1.75
2583110--2583163	16	3.4	16	68	0	54	46	16	16	20	1.84
2583044--2583165	32	3.8	32	82	13	124	45	25	13	14	1.82
2583158--2583216	23	2.6	23	86	0	82	50	25	6	16	1.70
2583643--2583764	53	2.3	55	80	7	133	39	26	12	22	1.89
2583751--2583821	16	4.4	16	75	7	54	43	28	14	14	1.83
2583748--2583821	32	2.3	32	84	6	96	41	29	14	13	1.85
2590909--2592152	28	43.1	28	83	7	1002	23	16	31	28	1.96
2590906--2592035	57	19.5	57	80	10	971	22	17	30	29	1.97
2590909--2592101	143	8.3	141	81	8	1079	23	17	30	28	1.97
2591879--2592308	27	15.7	27	84	3	452	30	13	30	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2591858--2592316	82	5.5	83	84	4	509	30	13	30	25	1.93
2591879--2592308	136	3.1	135	85	2	527	30	13	30	25	1.94
2593602--2593650	25	2.0	25	84	4	64	8	10	6	75	1.18
2600883--2601078	104	1.9	104	100	0	392	28	23	22	25	1.99
2603830--2603879	9	5.5	10	77	17	56	50	0	0	50	1.00
2603839--2603891	16	3.2	16	73	19	54	52	0	0	47	1.00
2603804--2603877	27	2.6	29	77	16	75	51	0	0	48	1.00
2603831--2603891	18	3.6	18	78	10	65	50	0	0	49	1.00
2604228--2604268	13	3.1	14	86	10	59	0	19	0	80	0.71
2610712--2610757	3	15.3	3	100	0	92	0	32	0	67	0.91
2611835--2611877	22	2.0	22	90	9	70	39	0	0	60	0.97
2611925--2611974	20	2.4	21	81	12	59	54	14	2	30	1.51
2612572--2612611	19	2.1	19	90	4	62	62	2	7	27	1.35
2614261--2614299	20	2.0	20	85	10	53	61	0	5	33	1.18
2617492--2617537	17	2.6	18	83	13	60	60	2	0	36	1.09
2617498--2617536	18	2.2	18	90	9	62	64	0	0	35	0.94
2618139--2618182	21	2.1	21	95	0	79	45	2	0	52	1.13
2619269--2619311	16	2.6	17	82	10	54	53	0	0	46	1.00
2619264--2619324	14	4.1	14	74	17	52	50	0	0	49	1.00
2619280--2619374	29	3.5	26	72	20	79	56	0	1	42	1.06
2619280--2619385	55	2.0	53	82	14	128	57	0	1	40	1.09
2619694--2619735	22	1.9	22	95	0	75	66	9	2	21	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619727--2619780	19	2.7	21	72	21	53	64	3	3	27	1.27
2620600--2620718	16	7.4	16	79	11	102	39	0	2	57	1.12
2620600--2620711	32	3.5	32	80	3	118	38	0	2	58	1.12
2620601--2620718	48	2.4	49	81	10	154	38	0	2	58	1.12
2620733--2620785	15	3.6	14	80	10	54	50	3	0	45	1.19
2620844--2620910	16	4.2	16	88	1	100	37	0	0	62	0.95
2620776--2620892	60	1.9	64	84	7	161	37	2	2	57	1.26
2620791--2620910	31	3.9	32	72	14	101	37	1	0	60	1.13
2620925--2620982	28	2.1	28	83	6	73	50	0	6	43	1.29
2621921--2621980	24	2.5	24	88	0	84	48	0	1	50	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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