genome.fa.s141.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold141
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2772588

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168486--168646	62	2.7	61	83	8	215	37	11	11	39	1.77
170289--170414	20	5.8	20	70	21	92	29	15	12	42	1.83
170329--170463	51	2.7	50	89	3	191	28	16	9	45	1.78
179626--179676	20	2.5	20	87	3	66	25	15	15	43	1.86
180177--180227	19	2.6	19	87	3	66	27	17	15	39	1.90
180177--180241	20	3.3	19	84	4	67	29	18	15	36	1.91
180196--180241	19	2.4	19	88	3	65	30	19	15	34	1.93
180299--180323	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
186439--186478	20	2.0	21	90	5	64	42	15	12	30	1.83
188366--188512	31	4.7	31	96	0	267	41	6	22	29	1.78
189173--189222	20	2.5	20	100	0	100	28	20	18	34	1.95
192083--192159	27	2.9	27	83	9	95	25	29	11	32	1.91
195815--195842	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
197044--197184	45	3.1	45	92	0	228	54	20	0	24	1.44
197047--197118	22	3.2	22	62	11	56	52	22	0	25	1.47
197056--197126	22	3.2	22	63	11	54	53	22	0	23	1.46
197044--197217	90	1.9	90	80	6	201	58	18	0	22	1.44
197242--197355	57	2.0	57	85	0	156	50	21	9	19	1.76
197390--197425	18	2.0	18	88	0	54	44	22	22	11	1.84
198160--198210	24	2.1	25	92	3	86	21	5	15	56	1.60
199506--199534	1	29.0	1	100	0	58	0	0	100	0	0.00
200468--200564	48	2.0	48	97	0	185	47	10	13	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200937--200974	20	2.1	18	85	14	51	50	10	5	34	1.59
204376--204404	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
204355--204419	33	1.9	34	90	9	107	27	21	13	36	1.92
204450--204505	19	2.9	19	91	2	85	33	17	17	30	1.94
205274--205320	21	2.3	21	89	7	71	48	19	4	27	1.67
207035--207076	13	3.2	13	93	0	75	40	14	14	30	1.85
213219--213283	20	3.6	20	69	26	72	30	18	15	35	1.92
213240--213299	13	5.1	13	67	22	51	35	15	15	35	1.88
213220--213299	33	2.4	33	95	0	142	33	16	15	35	1.90
213808--213847	18	2.1	20	86	9	57	35	12	27	25	1.92
221477--221667	95	2.0	95	100	0	382	34	16	14	34	1.89
222069--222184	51	2.2	52	83	10	157	30	16	12	40	1.86
224575--224987	80	5.1	80	80	4	341	27	26	12	33	1.92
225073--225133	26	2.3	27	88	5	90	22	19	29	27	1.98
226779--226901	61	2.0	61	96	0	228	26	8	10	54	1.62
228224--228249	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
228338--228362	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
228351--228415	20	3.6	20	69	26	72	30	15	16	36	1.90
228338--228416	33	2.4	33	97	0	149	32	15	16	35	1.90
229015--229091	37	2.1	37	100	0	154	20	31	2	45	1.65
232670--232709	21	2.0	20	86	13	57	57	5	12	25	1.55
233620--233694	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233617--233694	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
234296--235509	28	42.6	28	85	4	1335	22	17	31	28	1.97
236718--236804	14	6.8	12	77	13	77	1	3	10	85	0.78
236747--236804	1	58.0	1	78	0	62	0	0	10	89	0.48
236752--236805	22	2.4	22	90	3	81	0	0	11	88	0.50
244199--244480	140	2.0	140	98	0	546	36	14	18	30	1.91
247146--247223	20	3.9	19	76	6	75	39	12	12	34	1.82
247146--247223	40	2.0	39	84	2	102	39	12	12	34	1.82
253064--253090	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
253045--253109	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
253074--253131	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
253176--253206	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
256646--256707	20	3.2	19	84	6	79	77	0	17	4	0.94
256645--256700	10	5.8	9	78	14	58	80	0	17	1	0.80
257229--257278	23	2.2	24	79	13	61	38	2	6	54	1.37
261866--262241	80	4.7	79	77	6	310	26	25	12	35	1.92
269967--270012	23	2.0	23	95	0	83	41	13	15	30	1.85
270994--271158	73	2.3	71	87	7	226	39	15	15	29	1.88
272454--272500	21	2.3	21	77	3	51	38	10	17	34	1.84
275164--275215	28	1.9	28	84	7	72	25	26	17	30	1.97
275085--275261	80	2.2	80	80	2	203	27	23	12	35	1.92
283310--283350	1	41.0	1	100	0	82	0	0	100	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284725--284762	20	2.1	18	85	14	51	50	10	5	34	1.59
286200--286255	19	2.9	19	91	2	85	33	17	17	30	1.94
286240--286266	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
288648--288685	18	2.1	19	85	5	51	23	0	36	39	1.55
290274--290301	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
290346--290401	19	2.9	19	91	2	85	33	17	17	30	1.94
291611--291660	27	1.9	26	84	8	66	34	16	26	24	1.95
292762--292801	18	2.1	20	86	9	57	35	12	27	25	1.92
299862--299900	18	2.2	18	86	9	53	10	5	25	58	1.51
302620--302644	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
302633--302683	19	2.6	20	87	3	68	31	17	17	33	1.94
306212--306267	21	2.7	21	100	0	112	32	14	17	35	1.90
310145--310182	20	2.1	19	85	14	53	47	10	5	36	1.61
311075--311190	51	2.2	52	86	4	164	29	16	13	40	1.87
311104--311205	52	2.0	51	80	1	114	32	13	14	39	1.86
313300--313631	171	1.9	171	96	0	610	30	20	16	32	1.95
313756--314164	80	5.1	80	81	2	358	27	26	11	33	1.92
313756--314146	159	2.5	159	78	2	365	27	26	11	34	1.91
325904--326090	35	5.4	35	94	0	331	44	5	30	18	1.73
327316--327384	27	2.5	27	85	2	84	24	31	20	23	1.98
327339--327909	79	7.2	79	94	0	955	27	26	14	31	1.95
335920--335996	32	2.4	33	91	2	120	33	32	15	18	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336053--336172	32	3.8	32	84	3	145	35	29	15	19	1.93
336182--336320	49	2.8	51	84	2	183	25	25	16	32	1.96
336741--336867	20	5.8	20	70	18	85	25	16	15	42	1.87
337453--337485	11	2.8	12	81	9	50	54	39	0	6	1.25
339295--339411	51	2.3	51	86	5	175	32	26	8	32	1.86
339427--339714	79	3.7	78	78	9	237	29	22	11	36	1.90
339427--339748	79	4.1	79	76	10	223	29	22	12	35	1.90
341821--341847	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
352173--352268	1	96.0	1	70	0	57	84	11	3	1	0.79
352173--352244	11	6.9	11	74	17	64	84	13	0	1	0.68
352173--352268	13	7.4	13	74	19	67	84	11	3	1	0.79
352173--352247	25	3.1	23	78	17	89	85	13	0	1	0.67
352173--352268	27	3.7	27	79	12	110	84	11	3	1	0.79
352173--352268	40	2.5	37	85	8	120	84	11	3	1	0.79
353230--353628	60	6.6	60	86	4	541	25	29	19	25	1.99
353230--353628	122	3.3	120	85	4	541	25	29	19	25	1.99
353225--353630	182	2.2	183	89	3	631	25	29	19	25	1.98
353532--353785	100	2.6	100	91	3	394	25	29	17	27	1.98
353737--353922	55	3.3	55	78	6	203	26	29	21	22	1.99
353812--353950	62	2.3	62	87	8	196	24	30	17	27	1.98
354655--354706	20	2.6	20	81	6	61	26	19	9	44	1.81
356268--356508	79	3.1	78	80	4	243	27	23	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
357562--357715	52	3.0	52	84	1	202	26	24	14	34	1.94
362616--362671	20	2.9	19	86	5	78	32	17	16	33	1.92
362828--362877	24	2.1	24	96	0	91	58	24	8	10	1.57
370845--370870	12	2.2	12	100	0	52	42	0	19	38	1.51
371476--371502	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
371486--371581	20	4.9	19	80	11	104	33	15	18	32	1.93
371583--371794	106	2.0	106	99	0	415	39	17	16	26	1.90
375785--375845	21	3.0	21	95	2	106	49	18	13	19	1.79
376893--376947	20	2.7	21	82	2	67	34	16	7	41	1.76
378279--378397	51	2.3	51	87	8	179	42	10	15	31	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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