genome.fa.s153.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold153
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3137677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1883--2687	42	18.8	42	81	7	806	12	30	20	36	1.90
1952--2054	53	2.0	51	86	3	143	14	27	21	36	1.92
1880--2687	254	3.1	253	84	4	1075	12	30	20	36	1.90
3124--3247	43	2.9	43	91	2	187	27	18	8	45	1.77
3150--3226	22	3.5	22	70	22	81	25	20	9	44	1.81
3235--3358	5	24.8	5	88	0	140	21	20	7	50	1.73
3235--3360	20	6.6	20	83	9	163	21	21	7	49	1.75
8410--8624	113	1.9	115	85	7	307	50	1	6	40	1.39
9027--9176	48	3.1	48	82	5	187	40	4	22	33	1.72
9978--10004	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
20441--20471	13	2.4	13	100	0	62	38	6	16	38	1.74
20419--20487	33	2.1	33	83	5	86	39	15	11	33	1.84
20517--20572	19	2.9	19	86	2	76	35	19	16	28	1.93
34247--34387	1	141.0	1	75	0	111	86	6	7	0	0.70
34245--34385	29	5.0	29	83	14	181	85	6	8	0	0.75
34247--34387	58	2.4	60	94	4	245	86	6	7	0	0.70
34249--34385	34	4.4	34	78	18	170	86	6	7	0	0.72
45852--45938	1	87.0	1	73	0	66	86	11	2	0	0.67
45852--45938	41	2.1	41	85	10	124	86	11	2	0	0.67
45850--45938	10	8.8	10	79	11	92	85	12	2	0	0.69
45852--45938	21	4.2	20	77	4	93	86	11	2	0	0.67
47378--47756	30	12.9	29	78	12	296	27	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47404--47754	57	6.0	58	74	11	283	27	31	17	24	1.97
47377--47754	85	4.3	85	73	11	235	27	30	17	24	1.97
47761--47850	43	2.1	43	91	0	144	26	25	17	30	1.98
47804--47957	52	2.9	53	80	4	184	24	24	16	35	1.95
48788--48812	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
48768--48834	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
48875--48899	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
48888--49036	52	2.9	52	88	2	228	32	18	18	30	1.95
52187--52436	130	1.9	130	93	0	428	43	14	14	28	1.83
52976--53008	16	2.1	16	88	5	50	36	21	9	33	1.85
57305--57360	27	2.0	28	86	3	78	35	14	0	50	1.43
61910--61960	20	2.6	19	87	6	66	21	9	1	66	1.31
63696--64087	143	2.7	142	85	3	493	34	10	10	45	1.72
64267--64645	153	2.4	153	80	6	424	25	15	20	38	1.92
67850--67876	12	2.2	12	100	0	54	48	0	0	51	1.00
69833--69869	15	2.5	15	100	0	74	43	0	0	56	0.99
69899--69949	14	3.6	14	78	10	50	41	1	9	47	1.48
71041--72297	623	2.0	616	89	4	1853	41	9	9	38	1.72
73578--73603	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75471--75495	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75451--75517	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
75558--75582	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75591--75719	52	2.5	52	98	0	249	36	18	17	27	1.93
79845--79871	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
89558--89632	20	3.8	19	82	6	71	82	10	6	0	0.83
89571--89632	11	6.0	11	80	16	71	82	11	6	0	0.84
89577--89612	9	3.8	9	86	13	54	80	11	8	0	0.90
89558--89632	31	2.4	33	84	6	102	82	10	6	0	0.83
91067--91545	58	8.1	59	75	11	336	28	28	16	25	1.97
91288--91544	88	3.0	88	91	2	396	31	29	17	21	1.97
91067--91541	30	15.9	30	79	8	364	29	28	16	25	1.97
91549--91638	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
91592--91713	52	2.3	53	82	4	156	26	23	13	36	1.93
92001--92030	11	2.7	11	100	0	60	30	43	0	26	1.55
92587--92611	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
92567--92633	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
92674--92698	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
92707--92887	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
96557--96601	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
98405--98435	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
100441--100518	20	3.7	20	74	15	75	26	15	15	42	1.87
100507--100531	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
103002--103027	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
104818--104872	17	3.2	16	82	10	65	78	1	20	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104818--104877	18	3.4	17	80	13	68	76	1	21	0	0.87
105679--106179	249	2.0	249	100	0	1002	25	12	21	40	1.88
106198--106223	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
106176--106243	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
106276--106327	20	2.5	21	84	3	70	26	17	15	40	1.89
108740--108777	13	2.9	13	92	0	58	34	21	13	31	1.91
114920--114971	20	2.7	20	84	3	70	30	11	19	38	1.87
115005--115057	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
115680--115828	59	2.5	59	80	4	149	28	10	14	47	1.76
115870--115976	49	2.2	49	83	6	128	31	14	12	42	1.82
117810--117840	16	2.0	15	93	6	53	19	0	3	77	0.90
118984--119017	16	2.1	16	88	0	50	23	2	0	73	0.97
119546--120229	131	5.3	128	81	7	685	38	18	31	12	1.87
119544--120236	42	16.1	42	79	6	622	38	17	31	11	1.87
129722--129788	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
130267--130292	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
130382--130437	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
130425--130455	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
130550--130603	20	2.7	20	80	8	65	29	12	16	40	1.86
130642--130682	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
135351--135384	16	2.1	16	88	0	50	23	2	0	73	0.97
137509--137556	21	2.2	22	81	3	53	41	2	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137888--137951	26	2.5	26	70	12	60	56	4	1	37	1.30
138593--138637	17	2.7	16	86	6	54	24	4	2	68	1.19
138625--138667	18	2.4	18	84	0	59	20	6	2	69	1.23
138563--138649	44	2.0	44	81	6	104	25	4	2	67	1.21
139966--139995	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
141866--141947	30	2.8	30	81	5	105	18	52	7	21	1.69
142233--142920	228	3.0	228	86	3	911	23	29	15	30	1.95
153859--153929	20	3.5	20	76	3	72	43	14	9	32	1.78
154489--155238	28	25.3	29	81	9	779	22	18	32	27	1.97
154490--155238	59	12.6	56	81	10	746	22	18	32	27	1.97
156482--156512	15	2.1	14	94	5	53	0	0	9	90	0.46
170336--170406	20	3.5	20	81	7	90	43	11	11	33	1.76
173270--173785	166	3.1	166	81	6	471	31	12	7	48	1.67
173392--173783	166	2.4	165	86	3	529	33	11	6	48	1.65
173405--173830	165	2.6	166	85	4	540	34	10	6	48	1.64
174809--174849	21	2.0	21	85	0	55	34	4	14	46	1.66
175660--176048	155	2.5	157	77	5	387	23	14	20	41	1.89
179482--179561	14	5.6	14	82	11	92	82	2	12	2	0.87
179485--179560	8	9.4	8	74	16	59	84	2	10	2	0.83
180130--180183	19	2.8	19	88	2	72	29	18	16	35	1.93
180130--180298	20	8.7	20	70	18	81	33	15	15	34	1.90
180229--180258	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180212--180278	33	2.0	33	88	0	98	35	14	14	34	1.88
180248--180298	20	2.5	20	96	0	93	45	11	11	31	1.77
181896--181930	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
187926--188112	89	2.1	89	81	7	209	31	24	13	30	1.94
188309--188384	35	2.2	35	90	2	118	23	27	11	36	1.90
188440--188648	48	4.4	48	80	3	217	20	23	19	36	1.95
188440--188650	96	2.2	96	80	0	242	20	23	18	37	1.94
188653--188820	88	1.9	89	86	2	241	19	22	17	39	1.92
188667--188810	44	3.3	44	70	4	130	19	22	17	40	1.91
189728--189770	20	2.0	22	86	8	63	39	2	6	51	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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