genome.fa.s153.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold153
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3137677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2722908--2722937	13	2.3	13	94	0	51	43	0	0	56	0.99
2723472--2723547	37	2.1	37	82	9	93	51	0	0	48	1.00
2723582--2723628	25	1.9	24	91	4	76	44	0	0	55	0.99
2723608--2723646	19	2.1	19	90	0	60	46	2	0	51	1.14
2724801--2724854	20	2.5	22	82	17	69	62	0	0	37	0.95
2727573--2727603	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2728062--2728098	1	37.0	1	100	0	74	100	0	0	0	0.00
2728448--2728878	62	6.9	62	80	1	434	54	17	15	12	1.72
2728450--2728878	187	2.3	186	82	2	511	54	17	15	12	1.71
2730348--2730384	14	2.7	14	91	4	58	37	0	2	59	1.12
2730361--2730417	3	19.0	3	78	7	62	38	0	0	61	0.96
2731006--2731047	22	1.9	22	85	9	59	38	4	0	57	1.20
2734560--2734609	22	2.4	21	84	15	68	68	2	0	30	1.01
2735736--2735760	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2735917--2735965	23	2.1	23	88	0	71	46	0	0	53	1.00
2735943--2735982	14	2.9	14	88	3	55	45	0	0	55	0.99
2736917--2736953	19	1.9	19	88	0	56	37	0	2	59	1.12
2737199--2737278	31	2.8	28	73	14	74	45	0	3	51	1.19
2737287--2737311	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2737861--2737927	6	11.5	6	70	17	52	46	1	1	50	1.19
2741519--2741581	28	2.2	28	88	5	92	53	19	4	22	1.63
2746069--2746127	28	2.1	28	93	0	100	57	15	3	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2749101--2749137	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
2750460--2750502	19	2.2	20	91	4	70	23	4	0	72	1.04
2750783--2750814	6	4.9	7	85	14	50	25	0	0	75	0.81
2750783--2750814	13	2.5	13	100	0	64	25	0	0	75	0.81
2752407--2752444	5	7.6	5	96	0	58	60	13	0	26	1.33
2752650--2752682	17	2.1	16	88	11	50	57	0	0	42	0.98
2752661--2752724	26	2.4	27	77	17	71	37	0	1	60	1.06
2752676--2752713	20	2.0	20	94	5	69	31	0	0	68	0.90
2755783--2755823	17	2.4	18	88	8	59	39	0	0	60	0.96
2755811--2755862	27	1.9	27	96	0	95	61	0	0	38	0.96
2756356--2756397	18	2.4	18	81	14	52	40	0	0	59	0.97
2756389--2756483	24	4.2	23	67	15	56	37	2	1	58	1.17
2756374--2756446	31	2.4	30	82	11	85	41	2	1	54	1.23
2757936--2758245	102	3.0	100	83	7	356	41	3	1	52	1.29
2762814--2762872	13	4.8	13	78	19	65	61	0	0	38	0.96
2762767--2762873	20	5.7	19	71	24	59	59	0	0	40	0.97
2762773--2762879	27	3.9	27	76	11	76	60	0	0	39	0.97
2762767--2762893	51	2.5	51	77	18	122	59	0	0	40	0.98
2762820--2762894	33	2.3	32	80	11	80	58	0	0	41	0.98
2762777--2762964	68	2.8	69	78	11	174	56	0	0	42	1.03
2762806--2762898	17	5.5	17	71	19	59	56	0	0	43	0.99
2762936--2762991	22	2.5	23	75	13	62	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2762829--2762994	70	2.3	72	77	13	166	53	0	0	45	1.04
2763534--2763574	15	2.6	16	84	7	57	51	0	0	48	1.00
2764488--2764526	15	2.6	15	87	0	51	61	10	0	28	1.28
2766516--2766574	21	3.0	20	83	11	68	59	0	1	38	1.08
2766676--2766750	28	2.8	27	78	9	73	57	1	0	41	1.07
2766649--2766727	44	1.9	44	82	12	105	58	0	0	41	0.98
2771390--2771425	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2771607--2771662	27	2.1	27	83	12	71	44	0	0	55	0.99
2772607--2772636	2	15.0	2	92	0	51	0	53	0	46	1.00
2776299--2776354	29	1.9	29	92	0	94	19	25	17	37	1.94
2778005--2778031	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2781810--2781847	19	2.0	19	89	0	58	36	0	2	60	1.11
2781849--2781883	18	1.9	18	88	0	52	60	0	0	40	0.97
2782740--2782803	11	5.4	12	74	10	51	65	0	6	28	1.16
2782756--2782812	11	4.9	12	77	14	57	63	0	5	31	1.17
2782797--2782872	17	4.6	18	70	15	65	55	0	1	43	1.08
2783515--2783563	25	2.0	23	88	7	71	38	0	2	59	1.09
2783550--2783601	17	3.0	17	72	22	54	34	3	1	59	1.27
2783515--2783564	23	2.1	24	89	10	77	40	0	2	58	1.10
2784308--2784382	12	6.3	12	70	15	50	40	0	1	58	1.06
2789178--2789250	32	2.4	30	76	17	78	46	2	1	49	1.24
2789709--2789767	22	2.6	22	76	10	57	50	0	1	47	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2789717--2789759	22	2.0	22	86	4	61	53	0	0	46	1.00
2789753--2789791	20	2.0	18	85	14	51	56	0	0	43	0.99
2791998--2792091	47	2.0	47	93	4	163	41	2	3	53	1.29
2792842--2792881	17	2.2	19	86	13	57	70	0	0	30	0.88
2806746--2806777	15	2.2	15	94	5	57	37	0	0	62	0.95
2812026--2812086	31	2.0	31	90	0	95	32	14	14	37	1.87
2812397--2812436	19	2.1	19	90	0	62	70	0	2	27	1.01
2814019--2814051	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
2815945--2815985	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
2816842--2816911	17	4.2	17	77	12	65	62	0	2	34	1.10
2816885--2816943	29	2.0	30	87	9	86	64	0	0	35	0.94
2816893--2816932	22	1.9	20	90	10	62	65	0	0	35	0.93
2816880--2816946	29	2.3	27	80	14	80	65	0	0	34	0.93
2816994--2817035	18	2.3	18	100	0	84	42	0	0	57	0.99
2816980--2817028	25	1.9	26	84	12	66	42	0	0	57	0.99
2819028--2819052	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2819891--2819940	25	2.0	26	85	11	70	30	0	0	70	0.88
2819979--2820032	18	2.7	19	75	16	56	57	0	0	42	0.98
2820618--2820657	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
2821110--2821150	19	2.3	19	87	8	59	36	0	2	60	1.10
2822361--2822407	22	2.1	22	88	0	67	21	4	21	53	1.63
2822419--2822532	34	3.4	34	75	0	120	25	5	24	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2822822--2822875	19	2.8	19	91	0	81	31	14	14	38	1.87
2826584--2826630	22	2.1	22	92	0	76	19	8	23	48	1.75
2826607--2826755	34	4.4	34	77	3	156	24	6	27	42	1.78
2826606--2826755	68	2.2	68	89	2	221	24	6	27	42	1.77
2830380--2830442	32	2.0	32	81	6	76	38	0	4	57	1.20
2830964--2831014	19	2.6	20	70	14	52	33	0	1	64	1.05
2831174--2831219	24	1.9	24	86	8	67	39	0	0	60	0.97
2831631--2831701	13	4.5	16	68	20	51	56	0	0	43	0.99
2831663--2831709	13	3.6	13	75	11	51	68	0	0	31	0.90
2831664--2831701	18	2.1	18	85	9	51	63	0	0	36	0.95
2831654--2831713	26	2.3	26	82	8	77	60	0	0	40	0.97
2831619--2831694	22	3.4	22	66	12	55	55	0	0	44	0.99
2832229--2832287	29	2.1	27	87	6	82	52	0	0	47	1.00
2835322--2835349	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2836799--2837156	176	2.0	174	84	6	465	44	6	19	30	1.75
2842228--2842274	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
2842845--2842884	21	1.9	21	85	10	55	55	0	0	45	0.99
2844829--2844857	14	2.0	15	93	6	51	62	0	0	37	0.96
2844936--2844969	16	2.0	18	88	11	54	76	0	2	20	0.92
2845735--2845783	18	2.7	18	96	0	89	61	4	0	34	1.15
2845756--2845799	18	2.4	18	84	0	52	63	4	2	29	1.26
2847159--2847205	23	2.1	23	84	7	62	40	0	2	57	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2848934--2848969	16	2.2	17	90	5	56	38	0	0	61	0.96
2851052--2851087	18	1.9	19	88	5	56	44	0	0	55	0.99
2851153--2851215	28	2.2	28	94	2	108	46	17	9	26	1.79
2852640--2852775	51	2.6	50	77	6	139	35	13	23	27	1.92
2852707--2853201	79	6.3	79	94	0	864	31	14	26	27	1.95
2853153--2853228	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
2855412--2855439	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
2855609--2855671	32	2.0	32	81	6	76	38	0	4	57	1.20
2856193--2856243	19	2.6	20	70	14	52	33	0	1	64	1.05
2856403--2856448	24	1.9	24	86	8	67	39	0	0	60	0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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