genome.fa.s153.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold153
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3137677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190102--190500	165	2.4	162	81	8	434	32	10	6	51	1.60
193198--194327	154	7.3	157	76	8	637	37	21	16	24	1.93
193198--194327	309	3.6	310	76	7	758	37	21	16	24	1.93
193198--194487	155	8.3	153	76	8	909	37	20	17	24	1.93
196323--196755	167	2.6	168	78	9	415	50	8	10	30	1.65
198920--199174	34	7.6	33	76	14	170	32	6	18	41	1.77
198920--199172	69	3.8	67	73	12	205	32	6	18	41	1.77
200222--200258	15	2.6	15	91	8	60	72	0	0	27	0.84
200219--200254	13	2.8	12	84	15	54	66	0	0	33	0.92
200417--200495	30	2.6	30	70	9	70	51	0	0	48	1.00
200680--200727	20	2.4	19	82	6	60	43	0	2	54	1.12
202406--202439	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
202439--202465	2	13.5	2	100	0	54	48	51	0	0	1.00
207161--207203	2	21.5	2	100	0	86	48	0	51	0	1.00
207367--207417	27	1.9	27	84	11	70	45	0	0	54	0.99
207737--207786	21	2.5	19	78	12	55	76	6	8	10	1.17
208298--208475	19	9.2	20	69	24	84	41	0	0	58	1.02
208422--208481	20	3.0	20	80	7	70	33	3	0	63	1.11
209542--209582	22	2.0	20	85	9	55	34	0	0	65	0.93
211382--211421	11	3.5	11	86	3	53	85	0	12	2	0.71
211362--211409	23	2.1	22	84	3	60	83	2	14	0	0.74
211362--211427	19	3.2	20	81	14	64	80	1	16	1	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211363--211421	10	5.7	10	76	11	57	81	1	15	1	0.86
211384--211420	19	1.9	19	94	0	65	83	0	13	2	0.74
215089--215162	21	3.6	20	87	3	94	33	16	12	37	1.85
217916--217940	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
217895--217959	33	2.0	32	85	8	87	30	16	13	38	1.88
222725--223000	79	3.6	79	84	8	333	30	17	27	25	1.97
222863--223000	69	2.0	68	94	1	240	30	18	26	24	1.98
222953--223024	27	2.6	27	84	2	81	22	22	33	22	1.97
222977--223029	27	2.0	27	96	0	97	20	18	35	24	1.95
223030--223128	52	1.9	52	86	13	143	37	10	21	31	1.86
234801--235117	79	4.0	79	83	4	390	31	14	27	27	1.95
235070--235141	27	2.6	28	82	8	85	22	22	34	20	1.97
235095--235146	27	1.9	27	96	0	95	23	19	36	21	1.95
235145--235248	53	2.0	53	87	12	153	38	9	21	30	1.85
237616--237641	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
237679--237736	13	4.0	13	74	23	53	32	15	15	36	1.89
237680--237755	32	2.4	32	93	0	125	34	15	14	35	1.88
237693--237757	19	3.8	18	73	24	68	36	15	12	35	1.85
237774--239515	896	1.9	896	100	0	3484	36	14	19	29	1.92
242975--243001	13	2.1	13	100	0	54	22	7	22	48	1.75
243133--243211	38	2.1	38	97	0	149	40	6	16	36	1.74
243798--243859	20	3.2	20	81	11	83	35	16	14	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245686--245734	22	2.2	22	88	0	71	32	22	12	32	1.91
251551--251627	20	3.8	20	89	0	118	41	12	14	31	1.83
251574--251709	71	1.9	71	90	0	218	44	12	14	28	1.82
251503--251698	91	2.2	91	90	1	304	42	13	13	30	1.83
251648--251698	20	2.5	20	87	0	66	43	15	7	33	1.76
252339--252454	42	2.8	42	94	2	207	43	2	7	46	1.46
254862--255350	89	5.5	89	84	3	547	37	14	17	31	1.89
255350--255614	89	3.0	88	83	7	304	39	12	15	32	1.85
255120--255568	231	1.9	231	84	3	591	38	13	16	31	1.87
259957--259981	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
259937--260004	33	2.1	32	88	2	100	36	16	13	33	1.87
261519--261579	20	3.0	20	77	13	61	47	0	3	49	1.18
261547--261600	27	2.0	27	96	3	101	44	0	0	55	0.99
261870--261950	29	2.9	29	76	18	91	30	0	6	62	1.19
261870--261949	28	2.8	27	77	9	79	30	0	6	63	1.19
263437--263474	16	2.4	16	83	12	51	28	0	2	68	1.03
263428--263472	18	2.6	17	86	6	56	28	0	2	68	1.01
266612--266645	17	2.1	17	88	5	52	47	5	0	47	1.26
267168--267192	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
272255--272313	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
274085--274119	14	2.4	14	90	4	52	62	0	0	37	0.95
274185--274251	16	4.1	15	72	16	53	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275925--275995	27	2.7	27	84	8	101	47	0	0	52	1.00
275925--275995	26	2.6	27	80	12	92	47	0	0	52	1.00
279529--279590	33	1.9	33	90	3	99	29	9	14	46	1.76
282217--282392	72	2.5	72	95	2	311	34	14	16	35	1.89
283448--283599	79	1.9	79	89	0	232	33	10	26	29	1.90
283560--283631	28	2.6	28	86	0	99	29	19	30	20	1.97
283587--283788	79	2.6	78	91	3	316	29	15	29	25	1.96
283744--283816	27	2.6	28	89	2	103	20	21	34	23	1.97
283428--283865	185	2.4	185	79	4	481	31	14	27	27	1.95
283665--283865	106	1.9	107	82	3	253	28	14	28	27	1.96
283803--283984	50	3.6	50	82	5	222	35	10	23	30	1.89
283799--283980	101	1.8	101	87	4	278	34	10	24	29	1.90
286998--287097	42	2.5	40	79	12	105	42	9	29	20	1.82
287114--287206	42	2.2	41	77	9	98	38	15	25	20	1.91
287190--287942	55	13.3	55	82	8	800	26	20	25	27	1.99
287442--287527	27	3.1	27	65	3	64	32	20	19	26	1.97
287833--288191	154	2.3	154	90	0	565	28	18	27	25	1.98
289161--289252	1	92.0	1	72	0	67	3	3	7	85	0.79
289161--289253	21	4.4	21	79	12	77	4	3	7	84	0.84
289175--289243	33	2.1	33	89	8	104	2	2	8	85	0.80
289172--289252	15	5.3	15	83	7	92	2	2	8	86	0.75
289161--289251	37	2.4	37	82	7	103	3	3	7	85	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289171--289253	29	2.8	29	82	7	105	3	3	8	84	0.85
301648--301900	79	3.2	79	82	5	244	32	15	25	27	1.95
301858--301927	27	2.5	28	88	2	97	21	20	34	24	1.97
301911--302095	102	1.8	101	89	1	289	34	11	24	29	1.91
301915--302095	51	3.6	51	84	3	231	35	11	23	29	1.90
304530--304579	19	2.5	21	90	6	77	28	14	14	44	1.83
307154--307193	21	1.9	21	89	0	62	50	0	17	32	1.47
307357--307395	20	1.9	21	94	5	71	30	20	12	35	1.90
312733--312780	13	4.2	13	70	29	54	37	18	12	31	1.88
312733--312800	33	2.1	32	89	8	102	35	19	13	32	1.90
312833--312883	19	2.6	20	81	6	68	35	17	15	31	1.92
312869--312895	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
319293--319340	17	2.9	17	93	3	80	56	8	10	25	1.61
320139--320178	20	2.1	19	95	4	71	32	10	15	42	1.79
336864--337385	28	18.1	28	86	6	677	28	30	16	23	1.96
336864--337380	57	9.0	56	89	3	692	29	31	17	22	1.96
337933--338010	20	3.9	20	86	6	113	32	15	12	39	1.85
343202--343226	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
343276--343331	21	2.8	19	78	10	58	30	16	14	39	1.88
343318--343447	53	2.5	53	91	1	208	35	19	16	28	1.94
344782--344808	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
344932--344971	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347184--347253	20	3.5	20	67	7	61	37	24	10	28	1.88
347182--347273	40	2.3	40	96	0	166	33	20	13	32	1.91
347261--347314	19	2.8	20	91	2	83	29	14	18	37	1.91
347707--347775	20	3.8	20	75	25	89	34	14	11	39	1.82
347729--347800	13	6.0	13	80	18	93	31	15	13	38	1.87
347709--347820	33	3.4	33	91	2	163	31	16	13	39	1.87
347729--347820	46	2.0	46	89	4	141	30	16	14	39	1.88
347841--347892	20	2.6	20	96	0	95	26	21	11	40	1.87
350264--350395	51	2.6	51	89	3	198	33	26	10	29	1.90
350315--350623	79	3.9	79	81	1	350	28	24	14	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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