genome.fa.s153.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold153
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3137677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
733120--733167	21	2.2	21	85	7	60	2	4	8	85	0.80
747125--747199	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
747122--747199	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
747766--747832	23	2.9	22	78	8	62	31	8	7	52	1.61
748707--748752	24	1.9	24	95	0	83	45	4	2	47	1.34
748834--748866	14	2.3	15	94	5	59	48	27	0	24	1.51
748890--748934	21	2.1	21	91	0	72	53	17	6	22	1.67
751674--751715	11	3.9	11	87	6	59	71	2	0	26	0.98
751806--751851	19	2.5	17	83	13	56	43	0	0	56	0.99
752822--752888	23	3.0	23	97	2	127	49	2	0	47	1.16
752945--752982	20	1.9	20	88	0	58	65	2	0	31	1.06
754117--754167	18	3.0	17	86	11	61	58	0	0	41	0.98
761840--761914	11	6.3	11	78	15	78	81	1	1	16	0.83
761836--761914	7	10.7	7	75	15	54	81	1	1	16	0.83
761841--761912	38	1.9	37	88	2	108	80	1	1	16	0.85
761836--761929	37	2.5	38	81	6	104	78	3	3	14	1.00
763667--764053	157	2.5	157	85	3	492	27	24	13	34	1.92
763674--764030	79	4.5	79	80	4	380	28	24	14	33	1.94
768223--768421	79	2.5	79	83	0	218	29	17	28	24	1.97
768376--768447	28	2.6	28	86	0	90	22	19	36	22	1.95
768302--768534	110	2.1	107	84	2	286	28	17	27	26	1.98
768213--768607	189	2.1	186	85	2	531	31	14	27	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768405--768876	79	6.0	79	89	3	614	32	13	26	27	1.94
771270--771295	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
771340--771412	32	2.3	32	87	0	101	34	16	12	36	1.86
771469--771524	21	2.7	21	94	0	94	39	16	8	35	1.80
772214--772433	42	5.1	43	80	12	224	41	13	27	17	1.87
772484--772746	93	2.8	93	94	1	445	24	19	30	25	1.98
772666--772908	116	2.2	110	87	5	344	25	21	26	26	2.00
772666--772915	55	4.4	55	83	7	322	26	21	26	26	1.99
772721--773128	210	1.9	206	82	8	493	25	20	28	25	1.99
772776--773073	155	1.9	155	92	1	499	25	19	28	25	1.99
772928--773182	55	4.5	55	88	4	343	21	21	29	27	1.99
772570--773280	265	2.7	266	86	5	978	25	20	28	25	1.99
773040--773182	26	5.3	26	63	15	74	22	22	30	25	1.99
781330--782972	565	2.9	565	99	0	3268	19	25	20	34	1.96
787105--787229	52	2.4	52	93	0	205	27	17	18	36	1.93
787105--787249	52	2.8	51	87	4	193	28	17	18	35	1.94
787329--787353	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
787307--787373	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
790233--790287	28	1.9	29	88	3	85	36	20	23	20	1.95
790169--790369	79	2.6	78	79	2	197	30	14	27	27	1.95
790264--790470	108	1.9	108	83	2	265	31	13	28	27	1.93
790371--790821	79	5.7	79	88	1	591	34	12	24	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790198--790549	187	1.9	185	86	3	510	32	13	26	27	1.93
793210--793235	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
793222--793263	21	2.0	21	95	0	75	30	19	7	42	1.78
793281--793352	32	2.2	32	92	0	117	33	16	13	36	1.89
793411--793485	21	3.6	21	90	0	114	40	17	5	37	1.72
797361--797428	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
797363--797425	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
797382--797406	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
797448--797502	20	2.8	20	82	0	74	23	14	16	45	1.84
799839--800180	52	6.5	53	69	17	205	29	26	11	32	1.92
799956--800024	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
799844--800179	104	3.2	103	71	13	297	30	25	12	31	1.92
800169--800240	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
799842--800236	212	1.9	212	89	3	625	28	26	13	31	1.94
799902--800319	107	3.9	107	73	9	298	27	27	14	30	1.95
806274--806314	17	2.5	17	88	4	57	85	14	0	0	0.60
806274--806311	13	3.0	12	92	7	58	86	13	0	0	0.56
807644--807716	28	2.6	27	80	6	74	31	30	10	27	1.91
807898--808074	32	5.6	32	74	6	153	26	32	18	23	1.97
808082--808838	49	15.7	43	72	15	290	24	23	17	33	1.96
808106--808174	22	3.2	22	64	32	58	23	24	17	34	1.96
808099--808164	21	3.1	21	62	33	50	27	21	16	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808118--808186	22	3.2	22	64	32	58	26	23	18	31	1.97
808150--809093	52	19.0	50	74	11	639	24	24	17	34	1.96
808064--809088	150	7.0	143	74	13	492	24	24	17	33	1.96
808067--809040	101	9.9	96	74	10	479	24	24	17	33	1.96
808121--808879	245	3.1	245	91	0	1214	24	24	17	33	1.96
808164--809040	150	5.9	150	77	8	526	24	24	17	33	1.96
808107--809096	95	10.0	100	75	9	553	24	24	17	34	1.96
809715--809805	7	12.3	7	70	19	53	73	3	2	20	1.08
809718--809808	26	3.6	26	70	8	80	73	4	2	19	1.11
811530--811892	79	4.6	78	79	6	358	26	23	15	34	1.94
811530--811892	156	2.3	158	88	2	500	26	23	15	34	1.94
816394--816512	39	3.1	38	70	3	96	42	4	12	41	1.62
816514--816959	165	2.7	164	82	6	524	40	8	17	33	1.80
820074--820358	159	1.8	157	83	7	380	38	10	20	30	1.86
820153--820426	79	3.5	76	78	12	259	39	12	20	27	1.89
821631--821677	24	2.0	24	83	8	60	80	2	10	6	0.96
821634--821676	9	4.4	9	78	16	50	83	2	9	4	0.87
821634--821678	10	4.5	10	81	8	56	82	2	11	4	0.91
825495--825887	79	5.0	78	80	4	380	29	23	12	34	1.91
826742--826784	20	2.1	21	91	4	70	30	13	11	44	1.80
827458--827558	43	2.4	43	82	11	127	48	13	24	12	1.78
827646--827847	44	4.7	45	78	8	197	42	12	25	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
827620--827847	86	2.7	88	80	10	269	44	11	25	18	1.83
827649--827845	42	4.6	42	75	8	184	42	12	25	19	1.86
827854--828488	62	10.4	61	85	3	726	35	18	21	24	1.95
827856--828459	245	2.5	243	83	4	766	36	18	20	24	1.95
828513--828585	32	2.4	30	84	8	101	36	12	24	26	1.91
834476--834506	9	3.4	9	90	0	53	87	0	12	0	0.55
840527--840583	16	3.8	16	81	9	66	5	21	0	73	1.02
840639--840834	71	2.8	69	77	12	200	54	11	1	33	1.43
841436--841477	14	3.2	13	80	12	50	54	2	2	40	1.26
841727--841771	14	3.2	14	78	12	56	51	4	4	40	1.42
848394--848461	19	3.9	19	74	21	67	32	11	16	39	1.84
848396--848458	32	2.0	32	90	0	99	31	12	17	38	1.87
848481--848547	33	2.0	33	85	0	89	26	14	14	43	1.85
850876--851006	51	2.5	53	84	8	178	31	25	10	32	1.90
850990--851090	27	3.7	27	91	1	148	24	31	19	23	1.98
851075--851297	52	4.3	53	82	5	222	29	26	12	31	1.92
851280--851352	28	2.6	28	86	0	92	24	31	19	24	1.98
851231--851430	107	1.9	107	83	5	260	27	27	16	30	1.96
851310--851493	79	2.3	79	83	3	219	22	27	16	32	1.96
862397--862423	12	2.2	12	100	0	54	85	14	0	0	0.61
862379--862428	26	1.9	26	84	8	66	82	10	8	0	0.86
863416--863925	55	9.3	55	90	3	735	29	28	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864718--864785	19	3.9	19	74	21	76	33	11	16	38	1.85
864720--864782	32	2.0	32	93	0	108	33	12	17	36	1.88
864825--864850	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
864805--864871	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
867315--867390	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
867206--867595	51	7.4	51	72	14	267	30	26	12	31	1.92
867578--867654	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
867204--867705	264	1.9	263	90	2	810	28	27	13	31	1.94
867608--867810	79	2.6	79	81	0	226	24	29	16	30	1.97
869972--870018	17	2.9	16	84	9	51	36	2	0	61	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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