genome.fa.s153.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold153
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3137677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  16  of  24  ( 2803 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104762--2104809	16	3.1	15	77	17	53	52	2	0	45	1.12
2104753--2104814	31	2.0	30	87	9	90	53	1	0	45	1.10
2106183--2106214	16	2.1	16	94	5	57	46	0	0	53	1.00
2108111--2108151	11	3.6	11	83	6	55	24	0	0	75	0.80
2108155--2108226	21	3.4	21	73	7	56	59	1	1	37	1.15
2110614--2110706	1	93.0	1	78	0	87	0	6	5	88	0.64
2110614--2110706	32	2.9	32	87	9	136	0	6	5	88	0.64
2110614--2110706	36	2.6	37	88	8	138	0	6	5	88	0.64
2110625--2110708	29	3.0	29	80	17	97	0	9	4	85	0.72
2118946--2119004	17	3.4	17	76	11	57	52	0	0	47	1.00
2119409--2119436	13	2.2	13	100	0	56	53	0	0	46	1.00
2119478--2119502	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2123733--2123774	16	2.8	15	75	10	50	33	0	0	66	0.92
2123733--2123791	31	1.9	29	83	10	73	32	0	1	66	1.02
2133468--2133565	31	3.2	30	74	7	99	42	6	3	47	1.43
2133468--2133567	30	3.3	31	73	4	96	43	6	3	48	1.43
2133481--2133596	61	1.9	62	87	1	171	44	6	1	46	1.40
2134474--2134516	2	21.5	2	95	0	77	51	0	0	48	1.00
2139114--2139169	29	1.9	29	96	0	103	23	3	12	60	1.47
2139778--2139838	32	1.9	32	83	6	79	55	0	0	44	0.99
2139773--2139832	15	3.9	15	74	8	57	55	0	0	45	0.99
2140080--2140175	51	1.9	48	82	14	115	61	5	3	30	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2140590--2140732	72	2.0	71	83	1	178	48	6	4	40	1.50
2144296--2144326	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2146208--2146239	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2146248--2146278	16	1.9	16	93	0	53	77	9	6	6	1.12
2146456--2146501	23	2.0	23	83	8	58	43	2	2	52	1.25
2146887--2146955	29	2.5	27	75	25	72	42	1	1	55	1.18
2155080--2155119	11	3.3	12	82	10	55	62	0	0	37	0.95
2155060--2155119	23	2.7	23	79	12	70	63	0	1	35	1.05
2155584--2155650	30	2.2	30	89	0	98	10	31	35	22	1.88
2160559--2160598	18	2.2	19	86	4	55	22	10	0	67	1.20
2161112--2161152	21	1.9	22	85	5	57	39	4	14	41	1.67
2161874--2161955	40	2.0	40	100	0	164	45	15	12	26	1.82
2164130--2164828	349	2.0	350	94	0	1229	42	14	12	30	1.82
2170400--2170424	13	1.9	13	100	0	50	44	16	16	24	1.86
2170979--2171080	52	2.0	52	98	0	195	36	12	15	35	1.86
2171442--2171493	2	26.0	2	88	0	77	48	0	51	0	1.00
2175503--2175558	26	2.2	26	100	0	112	23	12	14	50	1.77
2181244--2181288	12	3.8	12	82	8	56	62	2	0	35	1.08
2182563--2182596	11	3.0	12	87	12	54	67	5	0	26	1.13
2183959--2184004	23	2.0	24	91	4	76	60	2	17	19	1.46
2185187--2185234	16	3.0	15	77	14	51	52	0	0	47	1.00
2186011--2186062	25	2.1	24	82	3	59	38	5	0	55	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2186050--2186095	22	2.2	20	84	7	56	28	4	0	67	1.10
2186765--2186855	20	4.4	22	82	13	97	42	0	0	57	0.99
2186788--2186906	39	2.9	41	79	13	113	47	0	1	50	1.11
2189051--2189083	13	2.5	13	90	0	57	66	3	0	30	1.06
2189099--2189148	18	2.7	18	87	9	66	48	0	0	52	1.00
2189530--2189585	17	3.2	18	78	17	64	64	1	3	30	1.21
2189653--2189749	28	3.5	27	83	10	117	53	2	4	40	1.32
2191490--2191558	27	2.6	27	79	4	77	28	23	20	27	1.99
2191606--2192164	27	20.7	27	73	8	284	22	16	24	36	1.94
2191718--2192218	81	6.2	81	87	0	655	22	16	24	35	1.95
2191993--2192246	81	3.1	81	86	2	199	22	18	25	34	1.96
2196708--2196757	17	2.9	17	81	16	59	62	0	0	38	0.96
2197065--2197102	16	2.3	17	81	4	51	57	0	0	42	0.98
2199939--2200004	27	2.4	27	82	9	73	18	15	27	39	1.90
2199986--2200259	27	10.1	27	67	10	94	20	18	25	35	1.95
2199953--2200288	162	2.1	162	82	5	410	20	18	25	36	1.95
2199961--2200288	81	4.0	81	80	3	365	20	18	25	35	1.95
2205744--2205777	12	2.9	12	86	4	52	64	0	2	32	1.08
2205774--2205819	16	2.8	17	75	18	51	52	0	6	41	1.27
2205766--2205834	33	2.1	33	79	15	81	53	0	4	42	1.20
2205791--2205876	26	3.1	26	71	24	68	54	0	2	43	1.13
2205837--2205893	17	3.4	16	81	15	71	63	0	1	35	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2205747--2205901	32	5.1	32	69	21	95	56	0	3	39	1.17
2205843--2205902	19	3.4	19	70	29	60	61	0	3	35	1.12
2206321--2206374	27	2.0	27	89	7	83	64	0	1	33	1.04
2208127--2208166	17	2.2	19	86	8	57	45	2	0	52	1.14
2208431--2208473	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2208737--2208812	21	3.3	23	77	18	79	35	1	1	61	1.12
2210685--2210772	23	4.0	23	74	14	87	39	1	0	59	1.05
2210679--2210764	34	2.5	36	77	14	108	41	1	0	56	1.06
2210690--2210778	34	2.8	30	77	14	97	40	1	1	57	1.13
2210679--2210781	31	3.0	32	76	16	91	41	0	0	56	1.12
2211652--2211691	16	2.4	16	87	8	53	55	5	0	40	1.22
2211663--2211693	16	1.9	16	100	0	62	54	0	0	45	0.99
2212079--2212148	26	2.5	26	80	15	70	60	1	0	38	1.06
2212354--2212452	31	2.8	35	75	20	100	63	0	0	36	0.95
2212360--2212449	23	3.8	23	73	15	69	63	0	0	36	0.95
2212359--2212449	8	11.5	8	76	15	66	63	0	0	36	0.94
2213550--2213588	18	2.1	19	90	4	62	10	20	15	53	1.70
2216904--2216950	25	1.9	25	86	4	69	57	0	0	42	0.98
2217451--2217529	32	2.4	32	87	2	113	55	0	2	41	1.13
2217451--2217531	16	5.0	16	71	13	67	54	0	2	43	1.13
2218297--2218324	14	2.0	14	100	0	56	71	0	0	28	0.86
2218435--2218515	32	2.6	32	82	2	92	48	3	3	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2218456--2218505	16	3.1	16	70	0	55	46	4	0	50	1.20
2218456--2218523	32	2.1	32	89	5	102	45	2	0	51	1.16
2219343--2219391	22	2.2	21	82	7	53	55	0	0	44	0.99
2219382--2219436	28	2.0	28	82	7	67	30	0	0	69	0.89
2221710--2222240	264	2.0	264	91	2	856	40	9	8	41	1.68
2223337--2223383	24	1.9	25	82	4	60	55	2	0	42	1.12
2224530--2224568	2	19.5	2	94	0	69	48	0	2	48	1.15
2234097--2234124	14	2.0	14	100	0	56	71	14	0	14	1.15
2234778--2234844	32	2.2	31	84	10	84	47	0	0	52	1.00
2234808--2234888	43	1.9	42	85	7	110	53	0	1	45	1.08
2234819--2234889	20	3.5	20	71	16	65	53	0	1	45	1.09
2235746--2235784	15	2.4	16	87	8	53	48	5	5	41	1.47
2235940--2235997	28	2.1	28	83	0	71	50	8	8	32	1.64
2235863--2236048	84	2.2	84	83	3	223	47	9	10	31	1.71
2236561--2236602	22	1.9	22	85	0	57	47	2	4	45	1.36
2243004--2243039	18	2.1	18	94	5	65	52	0	0	47	1.00
2243571--2243632	27	2.3	27	94	0	106	58	3	4	33	1.36
2243573--2243651	27	3.1	24	87	5	95	54	2	3	39	1.32
2245372--2245432	27	2.3	27	77	5	70	27	21	21	29	1.98
2245494--2245572	27	2.9	27	84	5	97	17	15	22	44	1.86
2245513--2245572	28	2.2	28	90	3	95	18	15	21	45	1.86
2245563--2245722	27	5.9	27	74	15	93	21	14	25	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2245600--2246100	81	6.2	81	86	1	657	22	16	24	35	1.95
2245616--2246046	27	16.0	27	71	8	279	23	16	24	35	1.95
2250591--2250642	27	2.0	27	84	3	70	61	0	0	38	0.96
2250588--2250637	17	2.9	17	81	16	59	62	0	0	38	0.96
2250942--2250979	16	2.3	17	81	4	51	57	0	0	42	0.98
2253813--2253878	27	2.4	27	82	9	73	18	15	27	39	1.90
2253860--2254133	27	10.1	27	67	10	94	20	18	25	35	1.95
2253827--2254162	162	2.1	162	82	5	410	20	18	25	36	1.95
2253835--2254162	81	4.0	81	80	3	365	20	18	25	35	1.95
2259620--2259653	12	2.9	12	86	4	52	64	0	2	32	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24