genome.fa.s153.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold153
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3137677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2382280--2382349	29	2.5	27	81	9	70	28	0	7	64	1.20
2382280--2382352	34	2.2	32	85	7	94	28	0	6	64	1.19
2382291--2382353	18	3.6	19	73	18	64	28	0	7	63	1.22
2382609--2382657	11	4.1	12	82	12	57	61	0	2	36	1.08
2383485--2383557	22	3.4	21	70	11	51	56	0	0	43	0.99
2383459--2383553	45	2.2	42	83	12	115	51	0	0	48	1.00
2383545--2383625	37	2.2	37	82	6	94	58	1	0	40	1.06
2383929--2383996	17	3.8	17	72	14	57	45	0	0	54	0.99
2384224--2384266	15	2.9	15	82	0	59	62	0	2	34	1.08
2384652--2385310	352	1.9	350	89	0	1030	42	6	9	42	1.62
2394282--2394342	32	1.9	32	86	3	88	42	0	9	47	1.36
2395803--2395838	18	1.9	19	88	5	56	50	0	5	44	1.25
2397591--2397653	28	2.3	28	80	2	74	49	1	0	49	1.10
2397645--2397686	14	3.1	14	83	10	52	33	0	0	66	0.92
2399379--2399498	37	3.3	35	80	12	127	52	2	1	43	1.24
2399370--2399498	36	3.5	34	77	17	116	51	2	1	44	1.23
2399373--2399507	37	3.7	35	76	13	121	52	3	1	42	1.28
2399672--2399742	36	1.9	38	83	11	94	67	1	1	29	1.07
2400109--2400166	31	1.9	31	89	3	91	56	8	3	31	1.46
2400108--2400176	30	2.3	32	82	12	92	50	11	2	34	1.54
2400317--2400355	2	20.0	2	84	5	53	46	2	2	48	1.29
2400317--2400353	19	1.9	19	88	0	56	45	2	2	48	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2401384--2401410	6	4.5	6	100	0	54	70	0	0	29	0.88
2401958--2402006	17	3.2	14	76	18	53	40	4	0	55	1.19
2402084--2402150	16	4.3	15	74	22	59	46	1	0	52	1.09
2402118--2402173	17	3.4	16	74	18	53	42	0	0	57	0.99
2402100--2402163	32	2.0	33	96	3	121	45	0	0	54	0.99
2402112--2402162	14	3.4	14	75	19	57	47	0	0	52	1.00
2402114--2402167	18	3.2	18	70	20	62	46	0	0	53	1.00
2402119--2402171	16	3.3	16	71	10	54	41	0	0	58	0.98
2403304--2403338	11	3.3	10	92	8	52	20	0	0	80	0.72
2403304--2403338	16	2.2	16	90	10	54	20	0	0	80	0.72
2403304--2403338	5	6.6	5	87	12	52	20	0	0	80	0.72
2406709--2406739	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
2406755--2406790	6	6.0	6	100	0	72	16	66	0	16	1.25
2406757--2406796	18	2.2	18	90	0	62	22	65	0	12	1.26
2410949--2411114	78	2.1	78	88	1	244	25	22	24	28	1.99
2415954--2416362	86	4.5	93	82	9	409	47	23	6	21	1.73
2416942--2417009	25	2.8	24	78	14	77	55	0	0	44	0.99
2417579--2417623	22	2.0	22	87	8	65	33	6	4	55	1.46
2418014--2418074	11	5.4	11	73	7	59	62	0	1	36	1.05
2418007--2418089	35	2.3	36	80	15	93	57	0	2	39	1.12
2418796--2418870	21	3.8	21	73	20	63	45	0	1	53	1.08
2418794--2418870	39	2.0	38	87	7	111	44	0	1	54	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418998--2419037	15	2.7	15	84	11	55	67	2	0	30	1.04
2419153--2419212	28	2.1	30	81	12	72	38	0	3	58	1.15
2419990--2420042	24	2.2	24	86	0	70	32	1	1	64	1.15
2421141--2421183	21	2.0	21	95	0	77	53	16	4	25	1.62
2421846--2422218	93	4.1	92	78	8	377	43	6	16	33	1.74
2421816--2422212	179	2.2	180	83	4	471	43	7	15	34	1.74
2422056--2422371	160	2.0	161	82	5	390	45	7	14	32	1.73
2422056--2422371	159	2.0	162	82	5	392	45	7	14	32	1.73
2426788--2426861	26	2.8	25	82	13	71	56	0	1	41	1.07
2426810--2426861	26	2.0	28	85	11	74	57	0	1	40	1.10
2430699--2430742	10	4.2	11	81	18	58	63	0	0	36	0.95
2430734--2430811	32	2.4	32	86	4	102	53	0	1	44	1.08
2430734--2430816	33	2.5	32	86	3	103	53	0	1	45	1.08
2430750--2430803	16	3.4	16	70	10	56	51	0	0	48	1.00
2430802--2430834	15	2.1	16	94	5	59	54	0	0	45	0.99
2430807--2430845	15	2.6	14	84	11	51	53	0	2	43	1.14
2434904--2434937	12	2.6	13	90	9	52	35	0	0	64	0.94
2434916--2434955	19	2.2	18	86	13	55	35	0	0	65	0.93
2434912--2434983	28	2.5	28	78	17	76	37	0	0	62	0.95
2434951--2434989	19	2.1	19	95	4	71	48	0	0	51	1.00
2434956--2434998	19	2.3	19	84	8	52	51	0	0	48	1.00
2435635--2435688	27	2.0	27	82	7	65	70	0	3	25	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2435847--2435887	19	2.1	20	90	4	66	46	0	2	51	1.14
2435885--2435929	15	3.0	15	83	0	54	48	2	0	48	1.13
2436860--2436943	40	2.1	40	86	4	116	39	9	8	42	1.68
2437520--2437567	23	2.0	24	84	8	62	58	2	0	39	1.10
2437945--2437972	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2438531--2438773	74	3.3	73	86	4	319	57	12	1	28	1.44
2438971--2439019	23	2.1	24	81	11	57	59	8	0	32	1.27
2439037--2439175	72	1.9	72	86	7	201	56	7	2	33	1.41
2439026--2439189	72	2.2	73	80	7	199	55	9	1	32	1.43
2439603--2439646	23	1.9	23	86	9	63	43	6	0	50	1.29
2440260--2440325	17	4.2	16	74	16	66	43	0	1	54	1.09
2442714--2442755	14	3.0	14	79	6	50	66	0	0	33	0.92
2443711--2443773	17	3.6	18	79	12	69	53	0	1	44	1.10
2444339--2444373	3	11.7	3	93	0	61	34	0	0	65	0.93
2444823--2444855	2	17.0	2	87	6	50	45	0	0	54	0.99
2445322--2445377	20	2.8	20	76	13	62	41	0	1	57	1.09
2445840--2446060	34	6.5	33	81	9	257	41	25	7	24	1.81
2445844--2446060	102	2.1	101	89	0	326	41	24	7	25	1.81
2450469--2450684	34	6.4	34	82	3	222	43	23	6	27	1.77
2450469--2450684	68	3.2	68	83	2	247	43	23	6	27	1.77
2450467--2450654	102	1.8	102	88	0	286	42	23	6	27	1.80
2451368--2451417	25	2.0	25	96	0	91	26	8	28	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451662--2452106	151	2.9	151	90	1	658	33	15	13	37	1.87
2451751--2452106	152	2.4	151	95	0	631	33	17	14	34	1.90
2454770--2454794	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2456661--2456697	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
2457794--2457839	15	2.8	17	81	15	53	65	8	2	23	1.32
2457988--2458054	34	1.9	35	84	3	91	40	1	4	53	1.30
2458838--2458878	15	2.7	15	96	0	73	31	9	4	53	1.55
2458921--2458969	14	3.4	14	76	15	55	26	0	4	69	1.06
2458923--2458972	15	3.4	15	76	15	59	28	0	4	68	1.08
2459537--2459591	23	2.3	24	78	6	58	60	0	0	40	0.97
2459495--2459568	27	2.7	27	71	19	64	52	0	1	45	1.09
2459755--2459792	12	3.2	12	92	3	60	44	0	0	55	0.99
2460921--2460988	11	5.9	11	75	14	57	32	4	1	61	1.24
2460957--2461020	28	2.3	29	82	10	73	37	3	0	59	1.13
2461192--2461217	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
2470301--2470343	21	2.2	19	83	8	50	39	0	4	55	1.20
2470429--2470462	11	3.0	11	86	4	50	58	2	0	38	1.13
2470658--2470701	22	2.0	21	87	12	63	40	0	0	59	0.98
2470989--2471018	6	5.0	6	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2471715--2471757	16	2.7	16	85	0	59	39	2	2	55	1.25
2473975--2474010	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
2474048--2474090	20	2.0	22	91	8	72	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474643--2474713	29	2.4	31	84	11	94	38	15	1	45	1.55
2475655--2475714	25	2.4	25	80	5	68	58	1	8	31	1.38
2479134--2479163	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
2480325--2480352	8	3.5	8	100	0	56	50	0	14	35	1.43
2480598--2480658	15	4.1	14	75	22	54	52	0	0	47	1.00
2480593--2480655	31	2.0	32	87	9	94	53	0	0	46	1.00
2480634--2480658	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
2481144--2481207	21	3.0	21	77	6	67	37	0	1	60	1.06
2481224--2481257	18	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
2482564--2482594	14	2.2	14	100	0	62	90	0	9	0	0.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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