genome.fa.s153.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold153
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3137677

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1386874--1386912	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
1387954--1387987	13	2.7	13	95	4	61	61	0	0	38	0.96
1388709--1388747	19	2.1	19	85	0	51	48	10	0	41	1.37
1389176--1389285	8	13.7	9	63	24	50	45	0	0	54	0.99
1389175--1389280	54	1.9	54	83	11	135	45	0	0	54	0.99
1389173--1389284	16	7.5	15	68	22	60	45	0	0	54	0.99
1389206--1389314	33	3.4	31	80	12	96	41	2	0	55	1.14
1389451--1389487	2	19.0	2	88	5	58	0	48	2	48	1.15
1395557--1395586	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
1395892--1395972	42	1.9	42	82	0	99	40	19	9	29	1.84
1397525--1397590	33	2.0	33	100	0	132	24	12	18	45	1.83
1400238--1400286	25	1.9	26	87	4	73	67	0	0	32	0.91
1400242--1400288	17	2.8	16	78	9	58	72	0	0	27	0.85
1408637--1408670	16	2.2	15	89	5	50	76	0	5	17	0.98
1410131--1410192	31	2.0	31	100	0	124	35	16	12	35	1.87
1410340--1410391	23	2.5	20	75	9	50	34	1	1	61	1.18
1410387--1410440	16	3.4	16	75	22	51	42	0	0	57	0.98
1415857--1415914	25	2.3	26	79	8	66	37	1	5	55	1.33
1415927--1415970	5	9.4	5	80	14	58	59	0	0	40	0.98
1416320--1416366	16	3.0	15	81	9	58	34	2	2	61	1.20
1416648--1416777	29	4.4	28	66	19	68	52	0	0	47	1.00
1416646--1416749	30	3.5	29	69	17	79	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1416679--1416751	35	2.1	35	85	10	96	50	0	0	49	1.00
1416852--1416883	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1417405--1417465	26	2.2	29	82	11	74	63	1	1	32	1.13
1417427--1417473	12	3.8	12	78	13	51	63	0	0	36	0.94
1417740--1417847	23	4.9	22	72	15	82	52	2	0	43	1.22
1417781--1417847	20	3.1	21	87	10	84	50	1	1	46	1.19
1417795--1417860	24	2.8	22	84	15	80	53	0	0	46	1.00
1418163--1418196	16	2.3	15	90	10	52	64	0	0	35	0.94
1420587--1420634	20	2.3	22	79	13	57	50	0	0	50	1.00
1420566--1420625	15	3.9	15	71	16	50	46	0	1	51	1.10
1420524--1420632	14	8.8	12	70	21	66	43	0	0	55	1.05
1421372--1421407	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
1421607--1421653	24	2.0	24	84	8	62	57	2	0	40	1.11
1422377--1422415	21	1.9	21	89	5	62	7	17	5	69	1.32
1422850--1422891	21	2.0	22	85	4	59	38	7	2	52	1.42
1423298--1423344	24	2.0	24	87	4	69	53	2	2	42	1.25
1423358--1423389	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
1423412--1423481	21	3.2	21	80	11	79	54	7	0	38	1.28
1423928--1423980	17	3.2	16	81	13	63	54	0	3	41	1.18
1424682--1424727	21	2.2	21	92	7	76	36	4	0	58	1.18
1428512--1428546	17	1.9	19	88	11	56	22	0	11	65	1.24
1429175--1429221	21	2.2	21	81	11	51	51	2	0	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1429209--1429255	22	2.1	22	84	7	60	51	8	0	40	1.33
1429549--1429583	17	2.2	17	90	10	56	51	0	0	48	1.00
1429625--1429686	22	2.7	23	80	9	74	46	1	0	51	1.10
1432358--1432411	22	2.5	22	96	3	101	61	9	11	18	1.55
1433325--1433399	20	3.8	20	74	0	60	40	12	13	34	1.81
1433322--1433399	40	2.0	39	82	2	93	39	12	12	34	1.82
1434029--1434093	20	3.0	23	80	13	75	53	0	1	44	1.09
1434033--1434100	20	3.2	20	81	8	64	52	0	1	45	1.09
1434867--1434936	35	2.0	36	88	2	106	25	20	12	41	1.88
1435041--1435079	11	3.5	11	82	6	51	69	2	0	28	1.02
1435042--1435079	12	3.2	12	85	3	51	71	2	0	26	1.00
1435042--1435085	23	2.0	22	86	4	61	68	4	0	27	1.09
1435131--1435191	21	2.9	21	78	4	61	44	0	1	54	1.10
1435175--1435278	44	2.7	36	69	21	82	52	0	2	44	1.15
1435172--1435231	29	2.0	31	84	12	81	50	0	0	50	1.00
1435182--1435273	44	2.1	44	91	0	148	53	0	3	43	1.17
1435392--1435429	13	3.0	13	81	18	53	55	5	0	39	1.23
1436086--1436176	37	2.5	36	80	13	91	47	1	0	51	1.07
1437108--1437159	27	1.9	27	84	7	70	50	1	3	44	1.31
1438223--1438256	18	1.9	17	94	5	59	70	0	5	23	1.09
1438222--1438264	17	2.5	17	85	14	61	72	0	4	23	1.04
1438743--1438794	20	2.7	19	76	11	52	63	1	0	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1444543--1444590	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
1444651--1444683	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
1444788--1444854	6	11.0	6	73	13	57	46	0	2	50	1.16
1444798--1444849	11	4.5	11	81	11	59	48	0	0	51	1.00
1444798--1444858	12	5.2	12	78	9	63	52	0	0	47	1.00
1445217--1445255	14	2.6	16	84	12	55	53	0	0	46	1.00
1445829--1445862	18	1.9	17	88	5	50	35	0	2	61	1.11
1445935--1446037	20	4.5	22	74	17	70	55	0	2	41	1.15
1446521--1446578	2	30.5	2	75	16	52	50	1	1	46	1.22
1446563--1446640	32	2.3	33	86	8	113	44	0	0	55	0.99
1447678--1447737	31	1.9	31	86	6	86	40	18	23	18	1.92
1448307--1448371	23	2.9	22	77	13	69	33	36	23	6	1.80
1448339--1448382	22	2.0	22	86	0	61	36	36	22	4	1.75
1448185--1448494	78	3.9	78	85	3	415	37	32	22	7	1.81
1448702--1448898	101	2.0	100	91	1	322	27	4	17	50	1.65
1449580--1449861	149	1.9	149	82	5	356	29	14	17	39	1.89
1461171--1461201	8	3.9	8	91	0	53	87	3	0	9	0.66
1462230--1466539	42	102.0	42	79	3	3696	14	29	17	38	1.90
1467638--1468188	82	6.9	79	81	6	558	37	30	21	9	1.86
1467638--1468148	160	3.2	161	82	3	615	38	30	21	9	1.86
1467899--1467958	23	2.7	22	84	5	84	36	35	18	10	1.84
1467637--1468177	242	2.3	238	87	1	760	37	30	21	10	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1468118--1468275	60	2.7	60	88	1	228	37	30	22	8	1.85
1468487--1468687	101	2.0	100	95	0	357	26	5	17	50	1.67
1469366--1469650	150	1.9	151	81	3	342	29	16	15	38	1.89
1473185--1473225	21	2.0	21	85	0	55	41	7	2	48	1.44
1479150--1479214	32	2.0	32	100	0	130	41	12	15	30	1.84
1481912--1481945	2	17.0	2	87	0	50	44	2	0	52	1.16
1482119--1482157	21	1.9	21	89	5	62	38	23	5	33	1.77
1485107--1485148	22	1.9	22	95	0	75	35	30	4	28	1.78
1485114--1485213	32	3.0	34	82	5	150	40	32	2	26	1.67
1486042--1486075	16	2.1	17	88	5	52	0	14	2	82	0.79
1486772--1486798	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1487556--1487586	4	8.0	4	92	7	55	77	0	0	22	0.77
1488986--1489026	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
1490627--1490656	15	2.0	15	93	0	51	30	40	0	30	1.57
1492990--1493036	18	2.5	19	79	6	51	36	2	4	57	1.30
1493305--1493711	198	2.0	201	87	3	588	40	10	12	37	1.76
1495458--1495504	18	2.5	19	80	16	53	44	2	0	53	1.12
1495518--1495579	28	2.2	27	80	8	70	20	3	9	66	1.35
1495433--1495680	133	1.9	133	79	1	282	32	4	6	57	1.43
1495966--1496022	28	2.1	27	87	9	80	22	8	7	61	1.50
1496915--1496942	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
1498751--1498783	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1499099--1499136	20	1.9	19	89	5	58	55	2	0	42	1.14
1499927--1499974	22	2.2	22	85	7	62	64	0	2	33	1.05
1499899--1499976	18	4.3	18	75	19	74	62	0	1	35	1.03
1502197--1502222	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1503121--1503160	10	3.9	10	90	3	62	57	0	2	40	1.12
1503121--1503160	15	2.6	15	88	4	62	57	0	2	40	1.12
1503118--1503172	15	3.7	15	79	15	53	60	0	1	38	1.08
1509779--1509812	11	3.1	11	95	0	59	50	23	0	26	1.50
1509859--1509908	21	2.5	21	84	15	63	40	0	0	60	0.97
1509870--1509923	26	2.0	28	82	13	69	40	0	0	59	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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