genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1725114--1725543	100	4.2	100	80	10	364	20	33	13	33	1.91
1725019--1725543	69	7.9	66	75	13	370	20	32	13	33	1.92
1725147--1725563	169	2.5	168	90	2	629	20	33	12	33	1.91
1725545--1725705	32	5.0	32	84	1	187	29	32	18	19	1.96
1725080--1725628	169	3.3	166	80	8	449	21	33	13	30	1.92
1725553--1725705	65	2.4	63	83	5	182	30	32	18	18	1.95
1725776--1725839	21	3.0	22	63	28	55	25	23	20	31	1.98
1725710--1726747	92	11.0	92	86	6	1126	24	25	18	31	1.97
1726173--1726799	52	12.7	52	75	14	537	23	26	18	31	1.97
1726088--1726747	147	4.6	146	76	12	628	24	26	18	30	1.98
1725711--1726813	43	23.1	49	75	14	920	24	25	18	31	1.97
1729214--1729280	27	2.5	27	100	0	134	23	44	17	13	1.85
1739134--1739262	52	2.5	52	93	0	222	27	17	18	35	1.94
1739340--1739423	13	5.5	13	68	28	51	34	17	14	33	1.90
1739348--1739410	19	3.7	18	72	24	64	34	17	14	33	1.90
1739340--1739425	32	2.7	32	92	0	154	36	17	13	32	1.89
1740166--1740323	49	3.1	52	86	6	241	36	17	25	21	1.94
1740333--1740432	52	1.9	52	83	4	130	31	19	18	32	1.95
1740402--1740467	20	3.7	18	73	26	61	42	16	16	24	1.88
1740422--1740446	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
1740400--1740466	33	2.0	33	94	0	116	41	16	16	25	1.88
1740554--1752282	475	24.8	475	83	4	12778	30	18	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1745457--1746617	159	7.3	159	65	13	417	31	17	13	37	1.88
1752053--1752469	228	1.8	228	86	1	602	29	20	13	36	1.91
1751579--1752939	702	1.9	702	86	1	1942	29	19	13	37	1.90
1753230--1753283	20	2.6	21	82	2	65	38	14	18	27	1.90
1753333--1753357	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1753314--1753377	33	2.0	33	87	3	94	37	18	14	29	1.90
1753412--1753455	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
1757432--1757470	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
1761335--1761379	22	2.1	22	91	4	74	40	8	17	33	1.81
1761356--1761693	169	2.0	169	97	0	640	38	6	22	32	1.80
1762311--1762336	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1762391--1762434	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
1763108--1764672	475	3.3	470	84	3	1930	29	18	14	37	1.90
1765834--1765870	18	2.0	20	89	10	60	29	21	16	32	1.95
1767462--1767504	19	2.3	19	95	0	77	32	25	18	23	1.97
1766556--1770556	476	8.4	475	82	3	4681	30	18	13	37	1.89
1770364--1770770	214	1.9	214	86	4	579	33	17	13	35	1.89
1770576--1779619	473	19.1	475	83	3	10373	30	17	13	37	1.89
1770576--1779619	949	9.5	947	83	3	10481	30	17	13	37	1.89
1782643--1782771	52	2.5	52	92	0	222	27	17	18	35	1.94
1782780--1782804	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1783752--1784783	49	21.1	49	82	7	1106	33	17	25	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1784221--1784785	92	6.1	92	89	3	756	31	17	25	25	1.97
1783752--1784785	184	5.3	189	84	7	1045	33	17	25	23	1.97
1784803--1784868	29	2.3	30	82	10	84	13	19	34	31	1.91
1784822--1784901	27	2.9	27	86	3	97	22	18	35	23	1.96
1784830--1784970	34	4.6	28	83	12	113	29	13	36	21	1.91
1784869--1785071	34	5.9	34	85	4	273	35	11	33	19	1.88
1784869--1785073	69	3.0	68	87	2	304	36	11	33	19	1.87
1784883--1785071	103	1.8	103	88	4	292	35	10	32	20	1.87
1785082--1785282	32	6.5	31	81	12	123	29	14	28	26	1.96
1785125--1785295	32	5.3	32	88	3	227	36	14	26	22	1.92
1786570--1786609	12	3.2	12	86	13	55	0	0	17	82	0.67
1786573--1786621	24	2.0	26	84	8	66	4	2	16	77	1.01
1793483--1793611	52	2.5	52	93	0	222	29	19	17	34	1.94
1793620--1793644	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1793697--1793760	19	3.7	19	76	23	86	39	18	10	31	1.86
1793693--1793753	32	1.9	32	100	0	122	37	19	9	32	1.85
1793818--1793873	21	2.7	21	94	0	103	37	14	12	35	1.84
1794664--1795248	49	12.1	49	80	11	645	32	17	25	24	1.97
1794936--1795248	43	6.9	43	80	11	340	30	17	25	25	1.97
1794673--1795248	92	6.0	94	90	4	770	32	17	25	24	1.97
1795293--1795346	27	1.9	27	88	7	81	25	20	33	20	1.97
1795295--1795399	27	3.6	27	75	15	75	28	14	36	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1795334--1795524	34	5.8	33	78	10	187	36	12	30	20	1.90
1795341--1795501	34	4.7	34	82	6	191	37	12	29	20	1.89
1795341--1795503	69	2.4	68	87	4	222	37	12	30	20	1.89
1795469--1795525	28	2.0	29	82	3	71	31	14	28	26	1.94
1795341--1795658	32	10.0	31	75	16	172	33	13	30	22	1.93
1796442--1810798	474	30.3	475	83	3	16692	30	18	13	37	1.90
1796442--1810798	949	15.1	947	84	3	16666	30	18	13	37	1.90
1808771--1809913	159	7.2	157	66	15	465	30	19	12	37	1.89
1810935--1811032	43	2.3	43	80	7	110	28	31	3	36	1.73
1810935--1811032	21	4.5	22	84	5	92	28	31	3	36	1.73
1813155--1813207	20	2.7	20	82	11	65	30	16	13	39	1.87
1813237--1813293	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
1813259--1813323	33	2.0	32	87	3	94	40	15	16	27	1.89
1813849--1813929	42	1.9	42	87	0	117	38	27	1	33	1.65
1815782--1815823	13	3.2	13	86	0	66	40	16	14	28	1.88
1822003--1822059	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
1822044--1822070	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1822025--1822089	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
1829312--1829364	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
1829312--1829380	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
1829429--1829492	32	2.0	33	84	9	87	43	12	15	28	1.83
1829782--1831622	477	3.9	475	86	3	2262	30	18	13	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1831907--1833221	474	2.8	466	85	4	1668	30	18	13	38	1.89
1832634--1833833	612	2.0	608	84	4	1578	30	17	12	39	1.87
1833244--1866914	474	71.6	473	84	4	38501	30	18	14	36	1.90
1833244--1866914	936	35.8	936	90	2	38013	30	18	14	36	1.90
1847086--1848663	158	10.0	156	64	16	460	30	17	13	38	1.88
1847382--1848554	159	7.4	157	64	11	370	31	17	13	37	1.88
1851333--1852909	158	10.0	156	64	16	467	30	17	13	38	1.88
1857451--1859028	158	10.0	156	64	16	469	30	17	13	38	1.88
1858222--1858919	159	4.4	157	67	9	369	31	17	13	37	1.88
1861550--1862313	158	4.8	158	67	9	340	30	18	14	36	1.91
1861698--1865631	158	25.0	158	64	16	1027	31	17	13	37	1.89
1865828--1911829	158	290.6	157	62	17	5782	30	17	13	37	1.89
1866780--1867085	151	2.0	151	98	0	594	34	16	14	34	1.89
1866306--1867559	626	2.0	627	94	0	2201	31	17	13	36	1.89
1866931--1924878	949	61.1	949	84	6	37039	30	18	13	37	1.89
1833248--1924878	475	193.5	475	83	6	60086	30	18	13	37	1.90
1870731--1871036	151	2.0	151	96	0	567	34	15	14	35	1.88
1882126--1882431	151	2.0	151	96	0	567	34	15	14	35	1.88
1899870--1900525	319	2.1	317	92	0	1087	29	17	13	39	1.89
1907740--1908399	317	2.1	318	90	3	1044	30	16	13	40	1.86
1921292--1924886	476	7.6	475	84	3	4315	30	18	13	37	1.90
1924478--1925191	316	2.3	317	83	2	862	29	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1924041--1925701	792	2.1	790	88	3	2461	29	18	13	37	1.90
1924856--1928339	473	7.4	473	83	4	4070	30	17	13	37	1.89
1928344--1930428	475	4.4	473	84	2	2558	30	17	14	37	1.90
1930431--1932933	475	5.3	473	85	3	3235	30	18	14	36	1.90
1933244--1934387	158	7.2	158	66	11	454	30	18	13	38	1.89
1932938--1956113	476	48.7	476	82	5	23408	30	17	13	37	1.89
1938200--1939356	159	7.3	157	64	13	382	31	17	13	37	1.89
1941673--1942365	159	4.4	155	68	11	395	31	18	13	37	1.89
1942971--1946444	158	22.1	159	64	15	556	30	17	14	37	1.89
1955757--1956459	349	2.0	351	82	3	862	30	17	15	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16