genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466458--2466803	122	2.8	121	85	3	410	21	25	21	30	1.99
2466458--2466791	183	1.8	183	83	3	449	22	25	21	30	1.99
2466458--2466804	61	5.7	61	78	4	360	21	25	21	30	1.99
2466814--2467097	46	6.5	42	76	14	174	19	27	15	38	1.91
2466817--2467056	46	5.4	46	77	12	216	18	28	15	37	1.92
2466812--2467062	130	1.9	134	82	7	316	18	28	14	37	1.91
2467612--2467808	61	3.2	60	84	3	252	27	24	17	29	1.97
2467830--2467935	45	2.5	42	87	7	142	21	25	16	36	1.94
2467830--2467956	42	3.0	42	86	6	150	19	24	14	40	1.90
2468075--2468172	48	2.0	48	83	11	121	15	23	11	50	1.76
2468074--2468177	47	2.2	47	80	11	115	14	25	11	49	1.77
2468293--2468474	61	3.0	61	84	3	222	22	25	20	31	1.98
2468497--2468735	42	5.5	43	81	8	252	18	25	15	39	1.90
2468497--2468735	45	5.5	44	79	11	233	18	25	15	39	1.90
2468482--2468735	130	1.9	130	85	7	345	17	27	14	40	1.89
2469238--2469386	61	2.5	60	84	3	174	22	26	20	30	1.99
2469408--2469513	45	2.5	42	89	7	151	21	26	16	35	1.94
2469408--2469534	42	3.0	42	87	6	159	19	25	14	40	1.90
2469653--2469750	48	2.0	48	83	11	121	15	23	11	50	1.76
2469653--2469755	47	2.2	47	81	11	113	14	24	11	49	1.76
2470153--2470362	61	3.4	61	83	3	255	24	25	19	30	1.98
2470370--2470620	42	5.7	43	72	15	167	17	28	13	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2470627--2470729	41	2.5	41	77	10	106	16	27	11	44	1.82
2469235--2484419	977	15.2	971	68	15	6784	24	24	17	33	1.96
2471116--2471459	61	5.6	60	78	2	346	23	24	22	30	1.99
2471121--2471459	122	2.8	122	83	1	446	23	24	22	30	1.99
2471479--2471717	42	5.5	43	80	8	243	19	25	15	39	1.90
2471479--2471717	45	5.5	44	78	11	224	19	25	15	39	1.90
2471464--2471717	130	1.9	130	85	5	352	18	27	14	40	1.89
2472212--2472440	61	3.8	61	81	2	264	23	25	20	30	1.98
2472454--2472669	47	4.8	46	71	15	132	18	25	12	43	1.86
2472695--2472796	41	2.5	40	80	13	102	17	27	11	43	1.84
2471243--2478409	972	7.2	972	75	12	5899	24	24	17	33	1.96
2473184--2473412	61	3.8	60	85	4	282	23	25	20	31	1.98
2473408--2473506	45	2.2	45	77	10	105	17	29	12	41	1.85
2473408--2473570	42	3.8	42	74	14	118	18	26	14	40	1.89
2473423--2473658	43	5.4	43	73	14	189	19	25	14	40	1.89
2473640--2473708	35	2.0	35	81	16	81	23	26	14	36	1.93
2474179--2474471	122	2.4	122	84	2	390	23	24	23	29	1.99
2474179--2474480	61	5.0	61	76	6	297	22	24	23	30	1.99
2474491--2474760	46	6.1	43	77	7	240	18	26	13	41	1.88
2475275--2475490	61	3.5	61	84	1	272	24	24	21	30	1.99
2475601--2475726	47	2.8	46	71	9	116	19	23	15	41	1.89
2475510--2475736	42	5.2	43	71	11	149	17	25	14	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2475753--2475854	41	2.5	40	80	13	102	17	27	11	43	1.84
2476248--2476463	61	3.5	61	84	3	265	24	25	21	29	1.99
2476468--2476630	87	1.9	87	83	3	213	15	28	15	41	1.87
2476468--2476723	43	5.8	43	75	10	205	17	26	14	41	1.87
2477220--2477440	61	3.6	60	82	1	253	25	25	19	29	1.98
2474720--2484419	973	9.8	974	72	13	6600	25	24	17	33	1.96
2477445--2477670	42	5.2	44	69	16	137	17	26	13	41	1.87
2478194--2478541	61	5.7	60	80	3	347	22	24	22	29	1.99
2478199--2478537	122	2.8	122	84	0	437	22	24	23	30	1.99
2478540--2478928	46	9.3	42	74	17	232	19	26	14	39	1.90
2478540--2478822	130	2.2	131	84	8	355	19	26	15	38	1.92
2478546--2478802	46	5.8	46	82	10	245	19	27	14	39	1.89
2479299--2479331	14	2.4	14	94	0	57	45	18	33	3	1.65
2479358--2479627	83	3.2	81	75	15	237	19	27	14	39	1.90
2479358--2479735	38	9.2	42	70	21	152	18	26	13	41	1.87
2479476--2479744	43	6.5	42	71	19	174	18	25	13	41	1.88
2479511--2479738	116	1.9	117	82	11	282	18	25	12	43	1.85
2479599--2479746	40	3.8	40	73	16	123	19	25	13	41	1.88
2480140--2480464	122	2.7	122	88	0	463	24	26	21	27	1.99
2480125--2480465	183	1.9	183	83	2	443	23	26	21	28	1.99
2480125--2480465	61	5.6	61	81	3	391	23	26	21	28	1.99
2480441--2480669	44	5.2	43	75	10	187	17	27	13	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480446--2480669	42	5.1	43	77	13	208	17	27	14	40	1.88
2480442--2480669	43	5.2	44	75	13	159	17	27	14	41	1.88
2481082--2481244	61	2.7	60	88	3	245	22	27	21	28	1.99
2481303--2481539	43	5.4	45	75	14	201	18	29	14	37	1.91
2481265--2481539	42	6.4	43	76	16	225	19	30	14	36	1.91
2481344--2481539	89	2.2	84	85	7	250	18	28	14	38	1.91
2482031--2482443	61	6.8	61	77	6	406	23	23	21	31	1.98
2482036--2482385	121	2.9	122	77	11	333	23	22	20	33	1.97
2482031--2482442	182	2.2	184	81	5	494	23	23	21	31	1.98
2482418--2482525	45	2.6	40	78	14	121	19	31	16	32	1.94
2482469--2482580	42	2.6	41	80	8	116	18	26	14	40	1.89
2482413--2482716	46	7.0	45	77	12	246	19	27	13	39	1.89
2483229--2483449	61	3.6	61	84	1	282	24	25	19	29	1.99
2483454--2483569	45	2.7	42	77	13	117	18	25	11	43	1.83
2483712--2483814	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
2484203--2484509	61	5.0	61	80	3	323	23	26	20	29	1.99
2484206--2484509	122	2.5	122	83	1	385	23	25	20	30	1.99
2484823--2485052	61	3.8	60	83	2	271	23	26	20	30	1.98
2485056--2485254	45	4.5	45	70	13	146	18	27	13	41	1.87
2485796--2486102	61	5.0	61	79	3	314	23	25	20	30	1.99
2485799--2486102	122	2.5	122	82	1	376	23	25	20	30	1.98
2485471--2486631	621	1.9	620	90	1	1853	28	22	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486417--2486637	61	3.6	61	83	1	273	23	25	20	29	1.99
2486642--2486759	45	2.7	44	80	11	136	17	27	11	42	1.85
2486657--2487002	42	8.2	44	70	16	163	19	24	13	43	1.86
2486899--2487001	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
2487390--2487696	61	5.0	61	80	2	330	23	26	20	29	1.99
2487393--2487696	122	2.5	122	84	1	394	23	26	20	29	1.99
2488010--2488230	61	3.6	61	83	1	273	23	25	20	29	1.99
2488243--2488440	45	4.5	45	69	14	137	18	27	13	40	1.88
2488292--2488376	42	2.0	41	82	6	100	20	23	15	41	1.90
2488491--2488593	41	2.5	41	83	13	124	16	24	11	47	1.80
2488982--2489288	61	5.0	61	79	3	314	23	26	20	29	1.99
2488985--2489288	122	2.5	122	82	2	378	23	25	20	30	1.98
2488657--2489817	621	1.9	620	90	1	1860	28	22	19	29	1.98
2489603--2489823	61	3.6	61	83	1	273	23	25	20	29	1.99
2489836--2490034	45	4.5	45	69	13	137	18	27	13	40	1.88
2489885--2489969	42	2.0	41	82	6	100	20	23	15	41	1.90
2490085--2490187	41	2.5	41	83	13	124	16	24	11	47	1.80
2490576--2490882	61	5.0	61	79	3	314	23	26	20	29	1.99
2490579--2490882	122	2.5	122	82	2	378	23	25	20	30	1.98
2491209--2491409	61	3.3	61	85	1	269	24	24	19	30	1.98
2490251--2491403	613	1.9	615	89	2	1803	28	22	19	29	1.98
2491422--2491620	45	4.5	45	69	13	137	18	27	13	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2491471--2491555	42	2.0	41	82	6	100	20	23	15	41	1.90
2491671--2491773	41	2.5	41	84	10	124	17	24	11	46	1.81
2492162--2492468	61	5.0	61	80	2	330	23	26	20	29	1.99
2492165--2492468	122	2.5	122	84	1	394	23	26	20	29	1.99
2492782--2493002	61	3.6	61	83	1	273	23	25	20	29	1.99
2493022--2493211	43	4.4	43	70	11	138	19	25	14	41	1.89
2493062--2493146	42	2.0	41	82	6	100	20	23	15	41	1.90
2493260--2493362	41	2.5	41	83	13	124	16	24	11	47	1.80
2493747--2494053	61	5.0	61	80	2	321	23	26	20	29	1.99
2493750--2494053	122	2.5	122	83	1	385	23	26	20	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16