genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1955297--1956929	824	2.0	825	84	3	2131	30	18	14	36	1.91
1956109--1962084	475	12.6	475	87	2	7682	30	18	13	37	1.90
1956604--1961575	158	31.4	158	64	15	890	30	18	13	37	1.90
1962066--1962094	14	2.1	14	100	0	58	34	27	0	37	1.57
1962096--1964589	473	5.3	473	83	2	3057	30	18	14	36	1.91
1964329--1964807	257	1.9	257	86	0	681	29	19	12	37	1.89
1965616--1966304	158	4.3	160	67	12	441	30	18	14	36	1.91
1965173--1969190	474	8.5	474	86	2	5246	30	18	13	37	1.89
1969172--1969200	14	2.1	14	100	0	58	34	27	0	37	1.57
1969202--1971695	473	5.3	473	83	2	3066	30	18	14	36	1.91
1971435--1971913	257	1.9	257	86	0	681	29	19	12	37	1.89
1971692--1973357	473	3.5	472	83	4	1998	29	18	14	37	1.90
1973109--1973630	273	1.9	273	85	4	723	31	18	13	37	1.89
1973374--1977410	471	8.5	470	83	4	4874	30	18	14	37	1.90
1973374--1977421	947	4.3	945	85	4	4991	30	18	14	37	1.90
1977154--1977683	273	1.9	273	88	0	801	31	18	13	37	1.89
1977427--1980045	473	5.5	474	84	4	3322	29	18	14	37	1.90
1977427--1980056	943	2.8	940	91	1	4102	30	18	14	37	1.90
1980062--1982685	943	2.8	946	87	3	3724	30	18	13	36	1.90
1980062--1982680	472	5.5	470	84	3	3289	30	18	13	36	1.90
1982424--1982953	273	1.9	273	86	0	756	31	18	13	37	1.89
1983412--1983533	60	2.0	60	100	0	244	31	21	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1984383--1989943	476	11.7	476	86	1	7119	30	18	13	37	1.90
1983472--1989943	952	6.8	951	85	2	7984	30	18	13	37	1.90
1994298--1994995	159	4.4	160	67	10	390	30	18	14	36	1.91
1996322--1996542	110	2.0	110	100	0	442	26	16	17	40	1.90
1996982--2049073	159	329.1	156	63	13	2295	30	18	13	37	1.89
1989935--2029254	476	82.6	474	84	4	39991	30	18	13	37	1.89
2002355--2004417	158	13.0	156	64	17	470	30	19	13	37	1.90
2008486--2008848	157	2.3	157	95	0	636	29	17	16	36	1.92
2002884--2010325	158	47.1	157	64	16	1035	30	18	13	36	1.90
2028960--2029559	305	2.0	307	84	2	801	29	18	14	38	1.90
2028468--2030031	780	2.0	783	88	1	2303	30	18	13	37	1.90
2029252--2035411	475	13.0	476	86	2	7971	30	18	13	37	1.89
2035479--2049791	476	30.3	475	84	3	17282	30	18	13	37	1.90
2051388--2051429	2	21.0	2	95	0	75	47	0	2	50	1.14
2053055--2053813	159	4.8	153	68	13	425	30	18	14	36	1.91
2051746--2054747	949	3.2	944	86	2	4060	30	18	13	37	1.90
2056375--2056450	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2056374--2056459	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2056365--2056483	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2062389--2062464	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2062388--2062473	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2062379--2062497	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2068403--2068478	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2068402--2068487	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2068393--2068511	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2073493--2100324	476	56.8	475	82	3	30313	30	18	14	37	1.90
2093889--2098290	159	27.8	158	65	11	664	30	18	13	37	1.90
2127963--2128293	158	2.1	159	84	3	427	30	18	9	40	1.84
2127500--2128346	158	5.4	159	71	8	401	30	17	12	38	1.87
2128122--2138368	475	21.7	476	84	4	12428	30	18	13	37	1.90
2127173--2131268	159	25.9	158	66	12	907	30	18	13	37	1.89
2132016--2132667	159	4.1	158	63	15	393	30	19	14	35	1.91
2133862--2138369	159	28.6	157	66	11	1346	30	18	13	37	1.90
2140010--2140041	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
2139980--2140098	42	2.8	42	88	0	166	44	0	42	11	1.46
2139990--2140053	12	5.9	11	77	15	55	40	0	45	14	1.44
2140031--2140079	24	2.0	25	84	4	64	46	0	38	14	1.44
2145027--2147540	475	5.4	476	82	4	2937	30	18	13	37	1.89
2145032--2147540	935	2.7	925	83	3	3029	30	18	13	37	1.90
2147252--2147865	316	1.9	316	87	3	905	29	18	15	36	1.92
2147381--2147863	158	3.1	155	71	12	419	28	18	15	37	1.91
2153104--2153164	9	7.1	9	70	10	56	11	44	1	42	1.50
2153077--2153194	42	2.8	42	90	0	173	10	44	1	44	1.48
2153109--2153185	12	5.9	12	73	26	68	11	46	1	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153109--2153185	24	3.5	24	72	20	94	11	46	1	40	1.48
2156070--2156145	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2156069--2156154	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2156060--2156178	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
2190140--2192272	475	4.5	474	85	3	2694	31	19	13	35	1.90
2192269--2195597	947	3.5	942	86	4	4291	31	19	13	35	1.91
2192269--2195608	475	7.1	474	83	4	3940	31	19	13	35	1.91
2196313--2200487	475	8.8	474	85	3	5220	30	19	14	36	1.91
2196313--2200484	949	4.4	951	84	3	5226	30	19	14	36	1.91
2196460--2200484	158	25.5	158	66	12	1130	30	18	14	36	1.91
2200510--2201159	159	4.1	159	68	12	386	35	14	18	31	1.91
2201173--2202410	474	2.6	467	85	3	1602	30	18	13	36	1.90
2204693--2208538	159	24.4	158	64	16	669	37	13	17	31	1.89
2204463--2206485	475	4.3	472	86	3	2807	37	13	17	31	1.89
2206137--2206654	157	3.3	155	69	15	465	37	12	18	31	1.88
2206137--2206807	311	2.2	311	95	1	1211	37	11	18	32	1.87
2206290--2206782	154	3.2	153	72	12	536	36	11	18	33	1.86
2208739--2213648	476	10.4	475	85	3	6212	37	14	18	30	1.90
2209799--2210463	159	4.2	159	67	10	374	36	13	18	31	1.90
2210649--2213302	159	16.7	158	65	14	771	36	13	18	30	1.90
2208678--2213648	951	5.3	946	86	3	6736	36	14	18	30	1.90
2226211--2226329	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2226244--2226319	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2226235--2226320	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2226226--2226296	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2228220--2230347	159	13.4	158	65	13	538	35	14	19	31	1.91
2227949--2230747	476	5.9	476	85	1	3469	36	14	18	30	1.91
2232286--2233520	159	7.8	159	68	13	440	37	13	18	31	1.89
2231423--2238011	475	13.8	476	76	9	3781	36	13	18	30	1.90
2233307--2233922	317	1.9	316	87	3	891	37	14	18	30	1.90
2233355--2234011	317	2.1	316	84	4	842	37	14	18	29	1.90
2235237--2235635	197	2.0	198	82	4	484	35	15	20	28	1.93
2235659--2237719	159	13.1	157	65	14	447	37	13	18	30	1.90
2236359--2237976	158	10.2	160	66	14	431	37	14	18	30	1.90
2238707--2239720	474	2.1	475	88	1	1487	37	13	18	30	1.89
2239442--2240009	288	2.0	290	85	1	782	35	13	18	32	1.90
2239724--2241803	476	4.4	475	84	4	2568	36	14	18	30	1.91
2242579--2242654	20	3.8	19	80	14	73	35	15	15	32	1.90
2242758--2242817	21	2.9	21	79	18	63	45	15	3	36	1.62
2243881--2253735	475	20.7	478	87	2	13259	36	14	19	30	1.91
2243881--2253713	953	10.3	955	87	2	13350	36	14	19	30	1.91
2251913--2252573	157	4.2	157	66	15	395	35	14	19	30	1.92
2245830--2253639	158	49.2	158	64	16	1053	36	14	19	30	1.91
2261574--2261692	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261607--2261682	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2261598--2261683	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2261589--2261659	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2265458--2265492	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
2265425--2265543	42	2.8	42	88	0	166	9	46	1	42	1.46
2265449--2265534	24	3.8	24	70	17	76	11	46	1	40	1.48
2267247--2267971	158	4.6	155	66	15	363	35	14	19	30	1.92
2268351--2271378	158	19.1	158	64	16	606	36	14	18	30	1.91
2267157--2277114	476	20.9	475	87	3	12080	36	13	19	31	1.90
2272155--2272196	21	2.0	21	100	0	84	28	14	23	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16