genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2272160--2272207	21	2.3	20	86	10	62	31	18	22	27	1.97
2272448--2277021	159	28.9	155	65	16	805	35	13	19	31	1.90
2273464--2274676	158	7.7	157	68	14	471	35	13	19	31	1.91
2276733--2277494	387	2.0	388	82	3	953	35	13	20	31	1.91
2277128--2278431	475	2.8	474	85	3	1664	36	13	19	31	1.90
2278361--2278571	70	3.0	70	100	0	422	35	8	24	31	1.85
2278795--2278828	17	2.0	17	100	0	68	41	5	29	23	1.78
2283854--2283961	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
2283857--2283975	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
2283890--2283965	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2285879--2291590	159	36.2	156	66	13	1661	36	13	18	30	1.90
2285870--2287762	476	4.0	476	86	1	2491	36	13	18	31	1.89
2288064--2295819	475	16.3	476	82	5	7549	36	13	18	30	1.90
2290335--2290601	140	1.9	139	84	8	356	35	13	18	31	1.90
2291788--2295813	159	25.5	157	66	13	647	36	13	19	30	1.90
2297441--2297516	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2297440--2297525	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2297431--2297549	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2302732--2304888	474	4.5	475	85	2	2909	37	14	18	30	1.90
2302726--2304864	159	13.5	158	67	11	730	37	14	18	30	1.90
2302753--2304886	951	2.2	950	87	3	3019	37	13	18	30	1.90
2305001--2305680	159	4.3	156	68	15	431	38	14	18	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2307593--2307668	12	6.9	11	81	15	79	39	0	47	13	1.42
2307613--2307673	9	7.1	9	74	10	65	42	0	44	13	1.43
2307583--2307702	42	2.9	42	94	0	204	43	0	45	11	1.40
2307595--2307682	12	7.9	12	77	15	59	42	0	44	13	1.44
2312990--2313898	159	5.8	159	69	10	474	36	13	18	31	1.89
2312848--2313951	471	2.3	469	88	4	1631	36	13	18	30	1.90
2314913--2315550	157	4.0	158	70	9	410	38	13	19	28	1.90
2314148--2315462	159	8.3	156	68	14	529	36	12	19	30	1.90
2314085--2315571	473	3.1	474	90	2	2250	37	13	19	29	1.90
2315253--2315923	352	1.9	353	90	1	1060	37	14	19	28	1.91
2315606--2325171	476	20.1	475	85	2	12385	36	13	18	30	1.90
2315636--2324326	159	54.9	158	66	11	1040	37	13	18	30	1.90
2315871--2325141	317	29.3	315	66	14	1732	36	13	18	30	1.90
2328186--2328304	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	8	1.47
2331276--2331351	12	6.9	11	78	15	61	39	1	48	10	1.46
2331266--2331356	33	2.8	30	77	12	76	43	1	45	9	1.44
2331296--2331356	9	7.1	9	72	10	56	42	1	44	11	1.50
2331266--2331384	42	2.8	42	90	0	184	42	1	46	9	1.46
2340529--2340584	12	4.9	12	74	12	64	10	46	0	42	1.38
2340524--2340584	21	2.7	22	77	18	63	11	44	0	44	1.40
2341340--2341370	15	2.1	15	93	0	53	12	3	6	77	1.08
2341378--2341469	38	2.4	38	100	0	184	52	19	11	16	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2342445--2347629	475	10.8	476	77	7	4705	37	13	18	30	1.90
2342445--2347629	947	5.4	946	79	7	4949	37	13	18	30	1.90
2342473--2346124	159	23.1	158	66	11	896	37	13	18	30	1.90
2346181--2346331	75	2.0	75	98	0	293	38	11	16	33	1.85
2346456--2347134	159	4.3	159	67	12	419	36	12	19	31	1.89
2347637--2356147	475	18.0	476	85	2	10540	36	13	19	30	1.90
2348845--2354291	159	34.5	158	67	10	1578	36	13	19	30	1.90
2347732--2354182	159	40.9	158	66	11	1432	36	13	19	30	1.90
2354506--2355143	159	4.0	160	70	9	475	38	12	18	30	1.89
2360075--2360150	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2360074--2360159	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2360065--2360183	42	2.8	42	92	0	193	43	1	46	8	1.44
2360140--2360189	18	2.8	18	79	11	50	46	2	46	6	1.39
2370064--2370182	42	2.8	42	90	0	184	8	44	2	44	1.47
2370098--2370173	21	3.4	24	70	20	83	9	44	2	43	1.50
2370079--2370149	18	3.6	18	69	20	52	9	42	2	45	1.52
2372721--2372849	18	6.5	18	66	26	57	13	41	0	45	1.43
2372755--2372848	9	11.1	9	68	13	65	13	39	0	46	1.44
2372763--2372857	12	8.7	12	65	25	50	13	40	0	46	1.44
2372750--2372836	24	3.9	24	73	17	96	13	39	0	47	1.44
2372733--2372848	42	2.8	42	94	0	205	14	39	0	45	1.45
2372743--2372857	21	5.5	21	69	25	82	13	40	0	46	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2377308--2377378	24	3.2	24	67	22	73	49	0	36	14	1.43
2377330--2377391	18	3.6	18	74	12	67	48	0	38	12	1.42
2377336--2377406	33	2.2	33	92	0	115	45	0	42	12	1.42
2377264--2377378	42	2.7	42	87	2	169	46	0	37	15	1.46
2377330--2377412	18	4.8	18	75	11	66	45	0	42	12	1.41
2379475--2379511	17	2.2	17	95	0	65	48	27	8	16	1.74
2382402--2389231	476	14.6	475	84	4	8350	36	13	18	30	1.90
2383876--2384994	159	7.1	157	67	13	556	36	13	18	31	1.90
2386666--2401420	159	93.1	157	65	12	2566	36	13	18	30	1.90
2388909--2389566	334	2.0	335	88	2	982	34	13	21	30	1.92
2389244--2401485	475	25.8	474	86	2	15299	36	13	18	30	1.90
2389351--2401446	158	76.3	155	66	12	3263	36	13	19	30	1.90
2400033--2400071	20	2.0	19	95	5	69	35	15	10	38	1.81
2401506--2402685	601	2.0	600	93	1	2046	30	19	21	27	1.98
2403102--2403251	78	1.9	79	86	6	216	36	16	23	24	1.95
2403209--2403279	28	2.5	28	93	0	115	25	21	29	23	1.99
2403133--2403355	104	2.1	104	86	3	304	31	17	25	25	1.97
2403236--2403400	76	2.1	77	89	3	251	30	13	28	26	1.94
2403239--2403402	79	2.1	76	89	3	247	31	14	27	27	1.95
2405696--2405738	20	2.1	21	95	4	79	32	11	23	32	1.90
2405768--2405809	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
2405834--2405906	19	3.7	19	87	5	101	36	16	12	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406514--2406729	119	1.8	116	80	11	260	38	12	27	21	1.90
2406729--2406814	26	3.1	28	64	14	70	25	23	26	24	2.00
2406709--2407356	55	11.3	57	85	7	754	25	21	26	26	1.99
2406706--2407329	177	3.6	175	86	6	848	25	21	26	26	1.99
2407083--2407167	28	3.1	28	61	8	66	25	21	25	27	1.99
2407375--2407666	60	4.9	61	82	6	357	23	20	29	26	1.99
2407705--2408445	61	12.4	60	84	6	918	27	19	27	25	1.99
2407705--2408451	175	4.2	176	90	3	991	27	19	28	25	1.98
2408061--2408445	123	3.2	123	88	3	548	28	19	27	25	1.99
2414658--2414860	106	1.9	106	80	3	237	28	14	29	28	1.95
2417169--2417194	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2417181--2417222	21	2.0	21	95	0	75	28	21	9	40	1.84
2417239--2417290	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
2417247--2417309	19	3.6	19	74	24	75	33	20	12	33	1.90
2417239--2417311	32	2.3	32	97	0	137	32	20	12	34	1.90
2417608--2418759	477	2.4	476	83	2	1431	36	14	19	30	1.91
2418751--2419401	159	4.1	158	69	10	452	37	12	19	30	1.89
2424628--2424718	24	4.1	24	73	15	70	9	42	2	45	1.49
2424613--2424727	42	2.8	41	88	2	167	8	43	2	45	1.48
2425467--2425504	19	2.1	18	85	9	51	5	13	5	76	1.13
2427220--2427247	14	2.0	14	100	0	56	78	7	7	7	1.09
2427814--2427933	42	2.9	43	85	3	156	48	0	40	10	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2428467--2428493	13	2.1	13	100	0	54	48	29	14	7	1.71
2431620--2431652	12	2.8	12	100	0	66	54	18	21	6	1.64
2432788--2435068	158	14.4	158	65	12	524	30	19	13	36	1.90
2432736--2435426	476	5.7	475	87	2	3567	31	19	13	36	1.90
2435502--2435730	42	5.2	44	72	15	136	17	28	12	41	1.86
2436245--2436472	61	3.8	60	77	9	230	25	25	20	28	1.99
2436483--2436722	43	5.5	45	73	12	187	19	25	15	39	1.91
2436483--2436721	42	5.5	43	73	12	175	19	25	15	39	1.90
2437235--2437431	61	3.2	59	77	4	196	24	23	20	30	1.99
2437221--2437441	122	1.8	122	82	3	284	23	24	20	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16