genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  16  of  16  ( 1878 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493435--2494578	617	1.9	612	92	1	1912	28	22	19	29	1.98
2494369--2494584	61	3.5	61	83	1	272	23	26	19	30	1.98
2494597--2494795	45	4.5	43	71	15	133	17	25	14	42	1.87
2494846--2494948	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
2495338--2495644	61	5.0	61	79	2	330	23	26	20	29	1.99
2495341--2495644	122	2.5	122	84	1	394	23	25	20	30	1.98
2495961--2496176	61	3.5	61	83	1	272	23	25	20	30	1.99
2496438--2496552	40	2.8	41	77	15	121	19	24	13	42	1.87
2496929--2497235	61	5.0	61	79	2	321	23	26	20	29	1.99
2496932--2497235	122	2.5	122	83	2	405	23	25	20	30	1.99
2497547--2497853	61	5.0	61	80	2	321	23	26	20	29	1.99
2497550--2497853	122	2.5	122	83	1	385	23	26	20	29	1.99
2496604--2498379	618	2.9	618	95	0	3113	28	22	19	29	1.98
2498170--2498385	61	3.5	61	83	1	272	23	26	19	30	1.98
2498398--2498596	45	4.5	43	71	15	133	17	25	14	42	1.87
2498647--2498749	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
2499138--2499444	61	5.0	61	79	2	330	23	26	20	29	1.99
2499141--2499444	122	2.5	122	84	1	394	23	25	20	30	1.98
2499760--2499975	61	3.5	61	83	1	272	23	25	20	30	1.99
2500727--2501033	61	5.0	61	79	3	314	23	25	20	30	1.99
2500730--2501033	122	2.5	122	82	4	398	23	25	20	30	1.98
2501345--2501651	61	5.0	61	80	2	321	23	26	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2501348--2501651	122	2.5	122	83	1	385	23	26	20	29	1.99
2500402--2502175	618	2.9	619	95	0	3099	28	22	19	29	1.98
2501967--2502181	61	3.5	61	82	1	263	22	26	20	30	1.98
2502186--2502304	44	2.8	44	81	8	147	16	26	14	42	1.87
2502442--2502544	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
2502934--2503239	61	5.0	61	79	4	323	23	26	20	29	1.99
2502937--2503239	121	2.5	122	83	3	396	23	26	20	30	1.99
2502608--2503762	615	1.9	619	90	2	1851	28	22	19	29	1.98
2503554--2503777	61	3.7	61	80	4	256	22	26	20	30	1.98
2504522--2504837	61	5.2	61	80	3	323	23	25	21	30	1.99
2504192--2505966	616	2.9	614	94	2	2995	28	22	19	29	1.98
2505135--2505439	61	5.0	61	79	4	321	22	26	20	29	1.99
2505138--2505439	121	2.5	121	83	3	403	22	26	20	29	1.99
2505757--2505981	61	3.7	61	80	5	249	22	26	20	30	1.98
2506034--2506117	41	2.0	41	84	8	109	19	23	14	42	1.87
2506229--2506333	41	2.5	42	85	11	130	17	25	11	45	1.81
2506729--2507040	60	5.1	61	79	5	301	23	25	21	29	1.99
2506727--2507028	123	2.5	122	82	3	360	23	26	20	29	1.99
2507377--2507550	61	2.9	61	79	8	212	24	25	17	32	1.97
2507345--2507565	60	3.7	60	77	7	187	23	26	19	30	1.98
2507569--2507678	44	2.5	45	80	10	113	17	26	15	40	1.89
2507569--2507918	42	8.4	44	68	19	148	18	25	13	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2507779--2507858	35	2.3	34	76	6	79	18	22	13	45	1.85
2507815--2507917	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
2508308--2508610	122	2.5	121	82	1	365	23	26	20	29	1.99
2508308--2508622	61	5.2	60	79	2	297	23	25	21	28	1.99
2508929--2509151	60	3.7	61	79	5	238	23	25	20	30	1.98
2509147--2509370	45	5.2	44	69	14	124	17	26	12	42	1.85
2509402--2509504	41	2.5	40	83	13	122	16	26	11	45	1.81
2509894--2510192	61	5.0	61	77	4	295	22	26	21	30	1.98
2510501--2510807	61	5.0	61	80	2	321	23	26	20	29	1.99
2510504--2510807	122	2.5	122	83	1	385	23	26	20	29	1.98
2509571--2511322	617	2.9	614	94	1	2976	28	22	19	29	1.98
2511123--2511342	60	3.7	60	81	3	257	22	26	20	31	1.98
2511338--2511544	42	4.7	44	71	14	144	17	27	13	42	1.87
2511595--2511697	41	2.5	40	82	16	115	16	27	11	44	1.82
2512075--2512422	61	5.8	61	78	5	366	22	25	22	30	1.99
2512083--2512422	121	2.8	121	84	4	427	21	25	22	30	1.99
2512491--2512590	42	2.4	44	78	13	120	18	24	16	42	1.89
2512562--2512671	46	2.4	46	89	0	157	19	28	18	34	1.95
2513199--2513550	62	5.8	61	81	7	403	24	24	21	29	1.99
2513202--2513550	124	2.9	123	85	7	464	24	24	21	29	1.99
2513800--2513900	40	2.5	40	80	15	111	14	28	11	44	1.81
2514284--2514620	61	5.6	60	78	8	299	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2514326--2514621	122	2.4	121	83	5	364	26	24	20	28	1.99
2514279--2514607	183	1.8	181	80	7	398	25	24	20	29	1.99
2514598--2514829	45	5.4	43	80	11	230	19	29	15	36	1.92
2514639--2514983	45	8.3	41	73	19	215	18	26	14	40	1.89
2514639--2514877	130	1.8	131	83	6	324	19	25	15	39	1.91
2514882--2514982	41	2.5	40	85	9	125	15	27	12	43	1.84
2515372--2515702	61	5.5	60	75	11	225	24	24	20	30	1.99
2515372--2515703	121	2.7	121	80	9	356	25	24	20	30	1.99
2515372--2515714	60	5.7	61	75	9	292	24	24	20	30	1.99
2515726--2515985	40	6.4	41	71	18	152	18	25	15	40	1.90
2515765--2515894	46	2.9	45	80	14	137	17	25	14	42	1.87
2515920--2516017	41	2.4	40	83	11	110	14	27	13	44	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16

The End!