genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2437453--2437692	42	5.5	42	71	15	150	18	24	16	40	1.91
2437696--2437797	41	2.5	40	83	13	120	16	26	11	45	1.82
2437696--2437820	40	3.0	42	76	14	125	18	26	12	42	1.86
2438190--2438405	61	3.5	60	83	1	261	24	24	21	29	1.99
2438193--2438413	122	1.8	122	88	2	336	23	24	21	29	1.99
2438389--2438496	45	2.6	40	78	16	121	18	32	16	32	1.94
2438384--2438530	42	3.5	40	76	17	140	19	29	15	36	1.92
2438425--2438664	43	5.5	42	73	13	166	19	26	15	38	1.91
2438429--2438640	42	4.8	43	73	11	128	19	27	14	39	1.90
2439162--2439375	61	3.5	61	82	6	281	23	25	21	29	1.99
2439165--2439385	122	1.8	122	89	3	347	23	25	21	29	1.99
2439397--2439523	42	3.0	42	86	9	161	18	25	14	40	1.89
2439397--2439563	42	3.9	41	80	11	142	19	25	14	40	1.90
2439397--2439636	43	5.5	43	75	12	204	20	25	15	39	1.91
2440135--2440355	122	1.8	122	87	3	329	24	26	20	28	1.99
2440132--2440356	61	3.7	61	78	5	249	24	26	20	29	1.99
2440367--2440606	42	5.5	42	71	15	159	18	25	16	40	1.91
2440610--2440711	41	2.5	40	83	13	120	16	26	11	45	1.82
2440610--2440734	40	3.0	42	76	14	125	18	26	12	42	1.86
2441104--2441318	61	3.5	60	82	5	254	24	24	22	28	1.99
2441107--2441326	121	1.8	121	87	3	327	24	24	21	29	1.99
2441302--2441409	45	2.6	40	78	16	121	18	32	16	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2441338--2441586	43	5.7	45	70	13	182	18	27	14	39	1.90
2441302--2441533	42	5.4	42	73	13	163	18	30	15	36	1.92
2435430--2455068	970	20.1	971	88	3	28289	25	24	17	32	1.97
2442073--2442286	61	3.5	61	81	6	263	23	24	21	29	1.99
2442076--2442296	122	1.8	122	87	3	329	23	24	21	30	1.99
2442308--2442503	45	4.4	45	73	14	192	20	25	15	38	1.92
2442293--2442534	42	5.5	43	74	13	197	17	27	13	42	1.86
2443046--2443266	122	1.8	122	88	3	338	24	25	20	28	1.99
2443038--2443267	61	3.8	61	79	7	261	25	25	20	28	1.99
2443278--2443404	42	3.0	42	84	9	143	18	26	14	40	1.89
2443521--2443622	41	2.5	41	81	10	120	16	25	11	46	1.81
2444015--2444229	61	3.5	61	82	2	263	24	24	21	29	1.99
2444018--2444237	121	1.8	121	87	2	325	23	25	21	30	1.99
2444249--2444497	43	5.7	44	70	11	138	18	26	14	40	1.89
2444253--2444464	42	4.8	43	71	11	110	18	27	14	40	1.89
2444984--2445197	61	3.5	61	81	6	263	23	24	21	29	1.99
2444987--2445207	122	1.8	122	87	3	329	23	24	21	30	1.99
2445219--2445414	45	4.4	45	73	14	192	20	25	15	38	1.92
2445204--2445445	42	5.5	43	74	13	197	17	27	13	42	1.86
2445958--2446178	122	1.8	122	88	3	338	24	25	20	28	1.99
2445950--2446179	61	3.8	61	79	7	261	25	25	20	28	1.99
2446190--2446316	42	3.0	42	84	9	143	18	25	14	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2446433--2446534	41	2.5	41	81	10	120	16	25	11	46	1.81
2446926--2447140	61	3.5	61	82	2	263	24	24	21	29	1.99
2446929--2447148	121	1.8	121	87	2	325	23	25	21	30	1.99
2447160--2447408	43	5.7	45	70	12	171	20	25	14	40	1.89
2447160--2447399	42	5.5	42	73	13	134	20	25	14	40	1.90
2447891--2448111	61	3.6	61	81	6	259	26	23	19	29	1.98
2447899--2448119	122	1.8	122	86	2	318	24	24	19	30	1.98
2448131--2448370	43	5.5	44	71	10	181	20	25	14	39	1.91
2448868--2449213	61	5.7	59	77	10	304	22	25	21	30	1.99
2448868--2449212	121	2.8	122	83	3	428	22	25	21	30	1.99
2449224--2449465	46	5.4	45	79	11	248	19	27	14	39	1.90
2449224--2449507	46	6.5	44	76	16	245	19	26	14	39	1.90
2449224--2449507	130	2.2	130	85	6	360	19	26	14	39	1.90
2450003--2450217	61	3.5	60	83	2	261	24	24	21	28	1.99
2450006--2450225	121	1.8	121	88	2	334	24	25	21	29	1.99
2450201--2450308	45	2.6	40	78	16	121	18	32	16	32	1.94
2450237--2450432	45	4.4	45	71	11	172	18	28	15	38	1.91
2450237--2450363	42	3.0	42	84	9	143	16	28	14	40	1.88
2450972--2451185	61	3.5	61	82	6	281	23	25	21	29	1.99
2450975--2451195	122	1.8	122	89	3	347	23	25	21	29	1.99
2451207--2451444	43	5.4	45	71	14	185	20	24	14	39	1.90
2451207--2451333	42	3.0	42	85	9	152	19	25	13	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2451945--2452165	122	1.8	122	88	3	338	23	26	20	28	1.99
2451937--2452166	61	3.8	61	79	5	259	24	26	20	28	1.99
2452177--2452303	42	3.0	42	84	9	143	18	26	14	40	1.89
2452420--2452521	41	2.5	40	80	13	111	17	26	10	45	1.81
2452420--2452544	42	3.0	43	70	18	104	19	25	12	43	1.85
2452914--2453129	61	3.5	61	82	1	263	24	24	21	29	1.99
2452917--2453137	122	1.8	122	87	2	327	23	24	21	30	1.99
2453149--2453397	43	5.7	45	70	12	171	20	25	14	40	1.89
2453149--2453388	42	5.5	42	73	13	134	20	25	14	40	1.90
2453880--2454100	61	3.6	61	81	6	259	26	23	19	29	1.98
2453888--2454108	122	1.8	122	86	2	318	24	24	19	30	1.98
2454120--2454359	43	5.5	44	71	10	181	20	25	14	39	1.91
2454852--2455192	61	5.6	58	75	9	288	24	24	21	29	1.99
2454895--2455202	122	2.5	122	85	2	404	22	25	21	31	1.98
2455214--2455455	46	5.4	45	78	11	239	19	26	14	39	1.90
2455214--2455497	46	6.5	44	76	16	236	19	26	14	40	1.90
2455214--2455497	130	2.2	130	84	6	351	19	26	14	40	1.90
2455989--2456209	61	3.6	61	85	1	291	23	25	22	28	1.99
2456223--2456422	45	4.5	45	73	12	155	18	26	15	40	1.90
2456229--2456389	42	3.8	41	78	9	135	18	24	16	41	1.89
2456229--2456454	46	5.2	43	76	12	158	17	24	14	43	1.87
2456229--2456538	43	7.4	42	69	18	139	18	23	15	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456961--2457178	61	3.6	60	81	5	251	25	24	20	29	1.99
2457198--2457364	42	3.9	43	78	8	144	19	25	13	41	1.88
2457672--2457979	122	2.5	122	85	1	404	23	24	21	30	1.99
2457651--2457980	183	1.8	182	83	6	443	24	24	20	30	1.99
2457672--2457980	61	5.1	60	78	4	309	23	24	21	30	1.99
2458129--2458253	46	2.7	46	86	3	171	20	27	14	38	1.91
2457991--2458250	130	2.0	134	81	8	318	18	27	14	39	1.89
2458789--2458995	61	3.4	61	82	2	238	25	25	18	30	1.98
2459000--2459246	43	5.6	45	72	13	176	19	26	14	38	1.91
2458991--2459133	42	3.3	41	77	12	144	18	27	13	40	1.88
2459098--2459222	46	2.8	42	71	14	101	20	27	14	38	1.91
2459249--2459351	41	2.5	41	77	13	106	16	24	12	46	1.81
2459742--2459955	61	3.5	61	84	1	277	23	24	20	30	1.98
2458178--2461183	970	3.1	969	93	0	4998	24	24	17	33	1.96
2459962--2460216	43	5.8	43	74	18	197	17	27	14	40	1.88
2460714--2460929	61	3.5	60	82	1	252	22	25	22	29	1.99
2461385--2461716	61	5.4	61	81	2	355	22	24	21	31	1.98
2461385--2461730	122	2.8	122	84	1	399	22	23	21	31	1.98
2461385--2461731	183	1.9	183	82	3	430	22	24	21	31	1.98
2461744--2462004	46	5.8	46	75	15	201	19	27	13	39	1.89
2461742--2462001	130	2.0	134	82	6	325	19	27	13	39	1.89
2462564--2462750	61	3.1	60	80	3	205	25	24	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2462762--2462888	42	3.0	42	86	9	152	19	25	14	39	1.91
2463464--2463677	61	3.5	61	86	1	286	23	25	20	29	1.99
2463699--2463937	43	5.5	43	73	13	184	19	26	13	40	1.89
2463916--2463984	35	2.0	35	82	5	86	21	24	15	37	1.93
2464428--2464547	61	2.0	61	86	0	168	25	23	19	31	1.98
2464832--2465030	61	3.3	60	81	2	245	23	24	21	30	1.99
2464244--2464981	382	1.9	379	93	1	1253	24	21	21	31	1.98
2465038--2465181	42	3.3	44	77	11	127	14	29	13	43	1.83
2465782--2466002	61	3.6	61	77	7	216	26	23	19	30	1.98
2466022--2466148	42	3.0	42	79	9	116	19	28	12	39	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16