genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5026--5069	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
5113--5147	2	17.5	2	93	0	61	45	0	0	54	0.99
5346--5373	14	2.0	14	100	0	56	35	7	0	57	1.26
5183--5719	277	1.9	274	91	1	869	41	10	6	41	1.65
7138--7205	32	2.1	32	80	17	79	48	0	0	51	1.00
9295--9337	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
11346--11427	41	2.0	41	97	0	155	28	19	10	41	1.85
12113--12172	21	2.8	22	80	5	70	41	6	23	28	1.79
15133--15180	23	2.1	23	96	0	87	45	0	16	37	1.48
15903--15978	21	3.6	21	77	10	75	44	3	19	31	1.69
16289--16335	20	2.3	20	85	10	60	42	10	14	31	1.80
16393--16448	20	2.8	20	80	0	67	39	12	8	39	1.75
18885--19259	80	4.7	79	81	5	384	29	28	9	33	1.89
18865--19302	80	5.6	79	80	7	383	29	27	10	31	1.91
18885--19278	159	2.5	157	80	8	406	28	28	10	32	1.90
19000--19278	78	3.5	78	84	5	357	29	29	10	30	1.91
22158--22193	13	3.0	13	84	15	51	63	0	0	36	0.94
22159--22211	11	4.6	11	77	13	54	64	3	0	32	1.12
22159--22211	22	2.3	24	83	9	74	64	3	0	32	1.12
23617--23779	51	3.2	52	77	7	154	37	11	19	31	1.87
23863--23936	28	2.7	27	85	8	96	25	18	32	22	1.97
23923--24088	51	3.3	51	81	0	215	34	11	23	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27033--27063	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
28513--28583	20	3.5	20	84	1	88	42	9	15	32	1.80
28692--28740	20	2.5	20	100	0	98	26	24	10	38	1.87
33750--33775	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
34483--34526	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
36334--36372	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
38443--38473	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
40277--40321	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
42536--42561	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
43945--43969	13	1.9	13	100	0	50	56	16	20	8	1.65
45482--45537	20	2.7	21	83	5	78	28	16	12	42	1.84
45909--45969	12	5.1	12	75	15	54	40	8	11	39	1.71
45925--45976	14	3.9	14	87	7	72	40	9	11	38	1.74
48201--48491	155	1.9	156	86	4	417	41	19	13	24	1.88
48176--48510	156	2.1	156	83	4	435	40	19	13	26	1.89
52408--52993	154	3.8	153	81	5	639	50	7	8	33	1.61
53588--53630	20	2.2	20	95	0	77	25	13	13	46	1.81
55834--55949	51	2.3	51	87	0	160	29	25	14	30	1.95
55936--56006	28	2.5	28	88	8	101	22	26	21	29	1.99
55885--56159	107	2.6	107	84	1	363	26	22	16	34	1.95
56151--56525	79	4.8	77	79	5	374	29	24	13	33	1.93
56150--56525	158	2.4	157	82	3	468	29	24	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63366--63421	20	2.8	20	88	0	85	37	8	14	39	1.77
66156--66284	61	2.1	62	91	2	208	24	27	19	29	1.98
66184--66390	108	2.0	104	90	3	324	24	28	19	28	1.98
66292--66956	60	10.9	61	85	5	837	24	28	19	27	1.99
66292--66948	183	3.6	183	89	3	943	24	28	19	26	1.99
66285--66943	244	2.7	240	85	6	869	24	28	19	27	1.99
66966--67047	36	2.2	36	82	6	94	19	26	13	40	1.89
67008--67163	46	3.5	46	77	3	174	19	27	15	37	1.92
67911--67940	13	2.3	13	94	0	51	33	16	10	40	1.82
67993--68022	13	2.3	13	94	0	51	30	20	13	36	1.90
68033--68074	20	2.1	20	100	0	84	19	28	14	38	1.90
70319--70434	51	2.3	51	85	5	146	28	20	15	35	1.93
70422--70494	28	2.6	28	76	4	76	23	27	20	28	1.99
70371--70649	107	2.6	105	77	8	276	28	22	15	34	1.94
70585--70702	51	2.3	51	83	2	157	32	26	11	30	1.91
70635--71017	79	4.9	75	78	11	335	28	25	12	33	1.91
70636--71017	157	2.4	155	81	7	414	29	24	12	34	1.91
77143--77887	60	12.3	60	80	7	819	24	27	19	28	1.99
77140--77887	183	4.1	182	88	2	1060	24	27	19	28	1.99
77872--78112	89	2.7	90	84	7	287	20	27	12	39	1.89
78920--79024	20	5.6	20	76	17	109	27	16	14	41	1.86
78955--78985	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78935--79000	33	2.0	33	96	0	123	27	16	15	40	1.88
78920--79024	53	2.0	53	88	3	158	27	16	14	41	1.86
81323--81435	51	2.2	51	81	6	122	30	23	12	33	1.92
81426--81495	27	2.5	28	84	9	90	28	28	15	27	1.96
81375--81652	107	2.6	105	85	4	369	28	23	13	34	1.93
81588--81707	51	2.4	51	89	0	186	30	25	12	31	1.93
81639--82023	79	4.9	78	80	5	400	28	25	13	32	1.93
81640--82023	158	2.4	156	81	6	443	28	26	13	32	1.93
87763--87807	21	2.2	20	81	18	56	42	6	20	31	1.77
91161--91469	79	3.9	79	84	5	354	32	13	25	27	1.94
91174--91469	158	1.9	158	85	2	416	32	13	25	28	1.94
91346--91737	127	3.1	127	89	2	608	34	12	25	27	1.92
91404--91519	48	2.3	49	86	4	162	31	12	26	28	1.93
91582--91724	79	1.8	78	85	4	200	30	13	29	26	1.95
94006--94073	33	2.1	33	88	0	100	41	14	16	27	1.87
97101--97134	2	17.5	2	87	6	52	50	2	0	47	1.16
98296--98371	32	2.4	32	84	4	100	59	2	1	36	1.20
98296--98375	33	2.4	33	85	6	108	60	2	1	36	1.18
104903--104937	17	2.1	17	94	0	61	51	8	0	40	1.33
104981--105019	16	2.4	16	83	12	53	48	15	2	33	1.58
106430--106458	13	2.3	13	94	5	51	17	17	10	55	1.69
112619--112692	34	2.2	34	85	0	94	36	0	9	54	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112614--112680	34	2.0	34	90	0	107	37	0	7	55	1.28
114092--114116	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
114337--114376	3	13.3	3	94	0	71	35	2	0	62	1.09
114677--114706	14	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
117273--117315	22	2.0	22	86	4	61	62	4	4	27	1.35
119654--120022	79	4.6	78	79	7	317	39	10	22	28	1.86
119748--120022	80	3.4	82	82	7	301	41	9	21	27	1.85
120694--120739	23	2.0	23	83	8	58	60	2	2	34	1.21
122682--122797	58	2.0	58	86	3	162	41	12	18	28	1.86
122780--122841	28	2.2	28	82	5	72	35	20	19	24	1.96
122801--123082	79	3.6	78	84	8	351	32	14	24	27	1.95
122800--123088	155	1.8	158	86	5	417	33	14	24	27	1.94
122806--123128	155	2.1	158	83	5	399	34	14	23	27	1.94
125486--125510	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
125499--125538	21	1.9	21	94	0	71	25	22	10	42	1.84
125563--125625	19	3.7	18	72	24	64	36	19	11	33	1.87
125561--125627	32	2.1	32	94	0	116	35	17	10	35	1.85
125685--125723	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
126334--126425	41	2.2	42	84	5	116	40	15	25	19	1.90
126409--126536	55	2.3	55	86	0	184	18	21	29	30	1.97
126457--126628	94	1.8	93	88	1	263	22	20	31	25	1.98
126409--126686	149	1.9	149	86	3	398	21	20	30	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126545--127219	61	11.6	59	82	10	697	25	20	28	25	1.99
126555--127215	116	5.7	115	83	8	719	24	20	28	26	1.99
128294--128367	1	74.0	1	72	0	58	0	5	8	86	0.70
128294--128368	12	6.0	12	80	9	78	0	5	9	85	0.74
128294--128361	28	2.5	28	85	2	84	0	5	8	85	0.75
128308--128367	20	3.1	19	86	9	84	0	1	10	88	0.59
128310--128365	28	2.0	29	92	3	96	0	1	10	87	0.62
128308--128353	8	5.8	8	90	10	67	0	2	8	89	0.57
140686--140996	79	3.9	79	82	4	349	32	13	25	28	1.94
140961--141024	28	2.3	28	86	5	85	34	21	18	25	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16