genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140874--141103	107	2.1	107	84	3	284	30	15	26	27	1.96
140805--141182	186	2.0	186	87	2	535	33	15	24	27	1.95
140981--141230	79	3.2	79	88	3	373	32	14	25	27	1.95
141165--141334	51	3.4	51	76	8	161	34	12	26	26	1.93
143720--143771	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
143728--143788	19	3.6	18	75	25	69	36	16	13	34	1.87
143720--143788	32	2.2	32	97	0	129	36	17	13	33	1.88
145064--145116	20	2.6	21	81	3	63	32	11	11	45	1.76
145620--146307	61	11.0	61	78	7	600	31	16	25	27	1.96
158252--158320	34	2.0	34	97	0	129	46	14	13	26	1.81
158364--158434	32	2.2	32	94	0	124	38	18	11	32	1.86
158372--158435	19	3.7	19	70	23	68	39	17	10	32	1.84
161035--161457	79	5.2	78	77	8	350	40	11	20	27	1.87
161035--161457	158	2.6	159	77	10	412	40	11	20	27	1.87
163856--163911	20	2.7	20	86	10	69	42	10	17	28	1.83
164202--164503	150	2.0	150	97	0	568	33	23	11	32	1.90
165406--165699	147	2.0	147	98	0	570	42	8	12	36	1.74
171436--171475	21	1.9	21	89	0	62	10	35	10	45	1.71
173054--173120	32	2.1	31	83	2	80	62	2	2	31	1.25
175170--175310	75	1.9	74	86	1	201	36	3	7	53	1.46
176800--176838	19	2.1	18	90	4	60	76	2	10	10	1.10
181220--181331	59	1.9	58	82	7	138	45	15	13	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186591--186633	1	43.0	1	92	0	59	93	0	2	4	0.43
186637--186693	21	2.7	21	94	0	96	31	10	17	40	1.84
186749--186816	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
186770--186794	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
186751--186813	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
186856--186881	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
186836--186902	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
189350--189422	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
189405--189575	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
189558--189639	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
193388--193432	21	2.1	22	95	4	83	31	13	15	40	1.86
195025--195148	61	2.0	61	82	13	148	34	15	8	41	1.78
195102--195200	38	2.6	37	80	10	103	31	14	11	43	1.80
195401--195580	36	5.0	36	75	8	143	29	12	15	42	1.83
195393--195531	72	1.9	72	81	5	165	28	13	12	44	1.81
195526--195600	36	2.1	35	82	7	89	26	13	17	42	1.86
195394--195600	107	1.9	108	81	4	249	28	13	14	43	1.84
195977--196065	27	3.3	27	72	9	83	38	13	4	43	1.64
195974--196094	54	2.2	54	83	2	163	38	10	5	45	1.63
196074--196205	54	2.4	56	79	7	139	36	9	6	47	1.62
196900--196942	21	2.1	21	86	4	61	39	0	0	60	0.97
196900--196949	19	2.5	20	77	6	57	42	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196946--196987	21	2.1	19	86	13	57	59	0	0	40	0.97
197742--197950	104	2.0	104	90	1	330	30	14	26	29	1.95
199984--200009	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
199964--200027	33	2.0	32	87	9	94	28	14	17	40	1.88
201686--201921	109	2.2	104	87	5	332	17	12	13	55	1.68
203123--203147	11	2.3	11	100	0	50	0	8	0	92	0.40
205874--205905	16	2.0	16	93	0	55	31	21	6	40	1.78
214336--214364	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
214364--214410	2	23.5	2	100	0	94	51	0	48	0	1.00
217525--217579	25	2.2	26	90	3	85	16	40	14	29	1.88
217618--217661	12	3.8	12	78	6	54	45	0	0	54	0.99
217614--217676	23	2.7	23	74	13	67	46	0	0	53	1.00
218048--218114	29	2.3	29	82	14	86	4	13	1	80	0.93
219568--219622	19	2.8	20	80	5	67	38	14	14	32	1.87
228619--228646	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
228687--228752	32	2.0	33	91	2	107	34	15	12	37	1.84
231007--231031	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
231081--231133	19	2.7	20	88	2	72	35	15	16	32	1.90
231861--231910	17	3.0	17	79	5	66	54	4	10	32	1.52
235731--235793	27	2.3	27	94	0	108	31	22	20	25	1.98
235631--235889	124	2.1	123	83	3	324	36	14	20	27	1.92
241046--241779	29	25.4	29	88	5	1017	23	16	31	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241046--241779	57	12.7	57	86	4	969	23	16	31	28	1.96
243019--243118	1	100.0	1	79	0	110	0	0	10	90	0.47
242999--243119	9	12.9	9	88	11	165	0	1	10	86	0.68
242999--243118	38	3.2	36	90	9	186	0	1	10	87	0.66
247394--247418	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
247374--247440	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
247479--247505	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
259671--259698	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
263935--263970	18	2.1	17	89	5	54	80	19	0	0	0.71
265183--265667	33	15.0	33	87	3	657	22	26	14	36	1.93
265699--265899	27	7.2	27	83	9	199	22	33	13	29	1.93
265672--265872	88	2.3	86	89	1	294	21	33	13	31	1.92
265735--265968	54	4.1	57	82	9	196	26	35	14	23	1.94
265879--266002	29	4.2	30	79	9	112	31	30	18	19	1.96
265851--265997	57	2.6	58	79	6	149	29	32	17	20	1.96
265879--266010	59	2.2	58	81	7	142	30	29	20	19	1.97
266014--266830	49	16.8	49	77	10	784	23	25	17	32	1.97
266014--266830	101	8.4	101	84	6	957	23	25	17	32	1.97
266014--266830	150	5.6	149	77	10	796	23	25	17	32	1.97
266386--266533	39	3.6	38	71	19	109	27	25	18	28	1.98
266324--266686	87	4.0	90	80	11	378	24	25	18	31	1.97
267630--267684	20	2.8	20	91	0	83	30	14	12	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271226--271263	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
272501--272599	52	1.9	52	82	0	126	42	12	14	31	1.82
272659--272720	30	2.1	30	100	0	124	35	14	12	37	1.85
272704--272758	20	2.7	21	88	5	85	34	16	9	40	1.80
274554--274579	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
274534--274597	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
274534--274604	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
275277--275320	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
277093--277118	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
279189--279219	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
281022--281066	21	2.1	21	88	8	65	22	17	4	55	1.60
282690--282782	41	2.3	41	100	0	186	38	9	17	34	1.82
283959--283996	20	2.0	19	85	10	51	31	13	13	42	1.82
283984--284009	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
290752--290823	31	2.4	30	83	4	90	54	0	6	38	1.28
291653--291723	18	3.6	19	71	23	58	49	0	0	50	1.00
292643--292667	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
293124--293161	20	1.9	20	94	0	67	47	28	7	15	1.74
294498--294711	118	1.8	118	91	0	356	53	16	6	23	1.66
295627--295689	2	31.5	2	91	0	99	49	3	0	47	1.17
301559--301585	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
301562--301601	19	2.2	19	86	4	55	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308595--308650	20	2.7	22	75	16	73	32	14	17	35	1.90
308595--308674	21	3.8	21	77	15	78	31	15	15	38	1.88
309109--309173	20	3.3	19	72	12	60	18	4	4	72	1.20
309084--309135	24	2.1	25	85	3	70	25	5	3	65	1.32
309113--309174	19	3.2	19	73	13	63	19	4	4	70	1.23
309075--309180	39	2.7	39	85	0	131	23	5	4	66	1.33
310933--311009	20	3.8	20	72	19	54	53	0	1	45	1.08
310974--311015	17	2.5	17	84	3	59	59	0	0	40	0.97
311544--311581	20	1.9	20	89	10	60	28	0	0	71	0.87
317002--317041	13	2.7	16	77	14	50	75	0	25	0	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16