genome.fa.s232.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold232
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2516017

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1546170--1546212	22	2.0	22	81	4	52	39	11	11	37	1.78
1554379--1554458	36	2.2	37	90	4	126	40	2	13	43	1.58
1557698--1557722	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
1559171--1559200	13	2.3	13	94	0	51	43	16	10	30	1.81
1559289--1559313	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1561645--1561694	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
1561652--1561694	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
1561803--1561828	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1568445--1570143	457	3.7	458	75	11	1255	31	18	14	36	1.90
1570311--1572421	476	4.5	478	78	8	1991	31	17	13	37	1.89
1572580--1573830	476	2.6	472	82	5	1523	31	18	12	37	1.89
1573832--1574788	475	2.0	477	83	3	1203	31	18	13	36	1.90
1574395--1575193	403	2.0	403	85	3	1101	28	17	15	38	1.90
1575744--1575800	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
1575721--1575819	19	5.8	18	70	28	83	35	12	16	36	1.85
1575724--1575824	32	3.1	32	95	1	175	35	11	16	35	1.86
1575724--1575852	65	2.0	65	82	8	156	37	13	16	32	1.88
1575882--1576010	52	2.5	52	97	0	240	34	18	17	28	1.94
1579746--1579994	130	1.9	130	82	4	315	34	18	11	35	1.86
1579995--1582827	403	7.0	403	87	1	3759	29	17	14	38	1.89
1579994--1582819	807	3.5	805	86	2	3826	29	17	14	38	1.89
1583408--1584209	403	2.0	400	81	4	936	30	17	13	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1583828--1585114	475	2.7	470	81	3	1436	30	18	14	37	1.90
1584777--1586313	403	3.8	404	86	2	2018	29	17	14	38	1.90
1584777--1586325	402	3.9	402	85	3	2004	29	17	14	38	1.90
1585933--1587782	477	3.9	475	83	3	2101	30	19	13	36	1.90
1586232--1587377	159	7.3	156	64	14	422	30	19	13	36	1.91
1588273--1589431	380	3.0	378	80	9	1316	29	17	14	37	1.90
1589064--1592176	476	6.6	476	82	3	3407	31	18	14	36	1.90
1591908--1592565	316	2.1	317	81	5	760	30	17	14	37	1.90
1591388--1593040	791	2.1	790	82	4	1983	30	18	14	36	1.90
1592182--1593493	474	2.8	474	80	5	1450	29	18	14	37	1.90
1594056--1594364	152	2.0	151	98	0	591	25	16	17	40	1.90
1599717--1603501	474	8.0	473	84	3	4456	30	17	13	38	1.89
1599717--1603498	949	4.0	951	84	3	4777	30	17	13	38	1.89
1602847--1603499	160	4.1	156	67	14	384	31	18	13	37	1.89
1604596--1604646	16	3.2	16	79	20	70	47	3	15	33	1.64
1605006--1605050	22	2.0	22	100	0	90	17	8	13	60	1.58
1605806--1605857	12	4.2	12	92	4	86	13	15	34	36	1.87
1605806--1605857	25	2.1	24	92	3	86	13	15	34	36	1.87
1606492--1606534	19	2.3	19	88	4	61	48	6	23	20	1.73
1606739--1606786	21	2.3	21	82	10	62	12	0	4	83	0.79
1606755--1606787	8	4.1	8	85	14	50	18	0	0	81	0.68
1607255--1608340	43	25.5	42	74	8	456	35	17	28	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1607255--1608385	85	13.3	85	76	7	773	35	17	28	18	1.94
1607502--1607738	84	2.8	85	83	5	284	35	16	29	18	1.93
1607277--1608375	128	8.6	128	77	7	866	35	17	28	18	1.94
1619234--1619259	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1619298--1619373	20	3.8	20	79	8	73	28	15	14	40	1.87
1619957--1620000	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
1621640--1621708	22	3.3	21	80	15	81	43	4	20	31	1.71
1621645--1621706	22	2.9	22	90	9	94	46	4	20	27	1.71
1621829--1621854	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1623098--1623128	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1624931--1624975	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1626579--1626604	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1628973--1629090	51	2.3	51	88	5	168	27	28	13	29	1.94
1629075--1629358	79	3.6	79	81	8	321	25	27	16	30	1.96
1635511--1635619	54	2.0	54	89	5	166	28	26	22	22	1.99
1635636--1636353	176	4.2	170	83	8	837	25	26	21	26	1.99
1635949--1636034	27	3.1	27	63	3	64	25	22	22	30	1.99
1635657--1636346	230	3.0	230	87	6	948	25	26	20	26	1.99
1635632--1636353	291	2.5	282	83	9	870	25	27	20	26	1.99
1636324--1636507	42	4.2	42	75	13	167	18	27	13	40	1.88
1637271--1637322	21	2.6	21	90	6	81	38	13	13	34	1.84
1637371--1644301	474	14.6	475	84	3	8107	30	18	13	37	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1639890--1643888	158	25.2	159	66	13	632	30	18	13	37	1.89
1644391--1646992	159	16.4	158	66	12	659	29	18	14	37	1.90
1644335--1652270	476	16.8	475	84	3	9481	30	18	13	37	1.90
1655431--1655530	33	3.0	33	86	2	139	40	12	14	34	1.82
1655470--1655532	20	3.5	20	70	28	68	38	11	14	36	1.81
1655484--1655510	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1656399--1656983	49	12.5	49	73	12	372	29	18	26	25	1.98
1656399--1656998	88	6.4	100	79	10	420	29	18	26	25	1.98
1656550--1657172	137	4.6	137	78	11	619	28	18	26	26	1.98
1656785--1657205	39	9.9	39	70	18	241	27	19	26	26	1.99
1656824--1657172	48	7.8	48	72	17	277	28	18	25	26	1.98
1656737--1657215	87	5.5	87	90	0	715	28	18	25	26	1.98
1658509--1658544	15	2.5	15	86	4	56	0	0	16	83	0.65
1662576--1662642	31	2.2	31	91	0	107	26	14	25	32	1.95
1662667--1664578	474	4.0	471	83	4	2312	30	18	14	36	1.90
1664296--1664872	314	1.8	316	85	1	809	30	18	15	36	1.91
1664410--1664860	156	2.9	158	70	12	411	30	17	16	35	1.92
1664575--1669602	475	10.7	475	82	4	5668	30	18	13	37	1.90
1668209--1669800	474	3.4	470	80	6	1538	30	18	12	37	1.89
1668816--1670391	789	2.0	788	83	2	1993	30	17	13	37	1.89
1669599--1707273	475	78.6	473	76	9	17982	30	18	14	37	1.90
1675439--1675659	115	1.9	115	85	1	300	29	19	15	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1676487--1676719	115	2.0	114	85	2	315	29	19	15	35	1.93
1676601--1707273	474	64.4	475	79	7	19762	30	18	13	37	1.90
1678780--1681299	158	15.9	159	66	11	601	31	18	14	36	1.90
1678780--1679552	157	4.9	158	71	11	492	32	17	14	35	1.89
1678686--1683143	159	28.2	158	64	12	649	31	18	13	36	1.90
1683573--1683919	156	2.2	156	82	3	383	31	17	16	34	1.93
1683100--1684300	631	1.9	629	85	3	1648	31	17	14	36	1.90
1685138--1686788	159	10.4	160	65	12	445	29	19	14	36	1.91
1691118--1691165	24	2.0	24	100	0	96	29	4	16	50	1.64
1691679--1692378	157	4.4	158	67	15	401	33	17	13	35	1.89
1691801--1692452	157	4.1	157	67	16	441	32	17	13	36	1.89
1698416--1704766	159	40.1	157	63	15	718	29	18	14	37	1.90
1707576--1707605	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
1707643--1707667	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1714975--1715496	33	15.8	33	73	14	287	20	31	13	34	1.92
1714965--1715125	30	5.2	29	76	13	126	22	30	14	32	1.94
1715101--1715496	69	5.9	67	75	10	337	19	32	13	34	1.90
1715101--1715516	169	2.5	167	88	3	600	19	32	12	34	1.90
1715083--1715494	100	4.1	102	80	7	357	18	32	13	34	1.90
1715498--1715658	32	5.0	32	85	3	198	29	33	18	18	1.95
1715052--1715581	169	3.2	165	79	9	411	21	33	13	31	1.92
1715506--1715658	65	2.4	63	85	5	200	30	33	18	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1715663--1716518	43	18.0	43	72	17	560	24	26	18	30	1.98
1715729--1715794	22	3.0	22	64	27	59	24	22	21	31	1.98
1715944--1716576	52	12.8	52	76	13	606	23	26	18	31	1.98
1715668--1716518	92	8.9	95	85	8	993	24	26	18	30	1.98
1715856--1716518	147	4.6	146	77	12	668	24	26	18	30	1.98
1723674--1723699	11	2.4	11	100	0	52	76	7	7	7	1.15
1723695--1723728	13	2.5	13	90	9	50	85	14	0	0	0.60
1723694--1723728	15	2.4	14	90	9	61	85	14	0	0	0.59
1724879--1724916	16	2.3	17	86	4	51	44	23	5	26	1.74
1725011--1725206	30	6.3	31	77	10	150	22	32	13	31	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16